과세기간을 달리하여 분할양도한 것이므로 하나의 거래로 보아야 함

사 건 2024구합12788 양도소득세부과처분취소 원 고 박○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 5. 16. 판 결 선 고

2025. 6. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 1. 원고에 대하여 한 2020년도 귀속 양도소득세 172,226,690원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 토지 취득 및 분할

1. 원고는 1988. 9. 21. OO시 OO면 OO리 산31-1 임야 21,135㎡(이하 토지의 표시는 OO리 이하 지번과 지목, 면적만 기재한다)를 매수하여 같은 해 1988. 10. 6. 소유권을 취득하였다.

2. 산31-1 임야 21,135㎡는 2011. 3. 11. 569-3 임야 21,404㎡로 등록전환 되었고, 2011. 4. 8. 569-3 임야 20,444㎡와 569-4 임야 960㎡로 분할되었다가 2011. 4. 13. 다시 합병되었다. 이후 569-3 임야 21,404㎡는 2011. 5. 2. 569-3 임야 20,507㎡와 569-5 임야 897㎡로 분할되었고, 569-3 임야 20,507㎡는 2015. 5. 4. 569-3 임야 19,679㎡와 569-6 임야 828㎡로 분할되었다.

3. 569-3 임야 19,679㎡는 2018. 3. 7. 569-3 임야 11,362㎡와 569-8 임야 8,317㎡로 분할되었고, 569-8 임야 8,317㎡는 2018. 4. 25. 569-8 임야 7,340㎡(2018. 5. 8. 지목이 전으로 변경)와 569-9 임야 338㎡, 569-10 임야 639㎡로 각 분할되었다.

4. 569-3 임야 11,362㎡는 2024. 7. 10. 569-3 임야 9,188㎡(2024. 12. 9. 지목이 전으로 변경), 같은 리 569-11 임야 1247.1㎡, 같은 리 569-12 임야 876.2㎡, 같은 리 569-13 임야 50.7㎡로 각 분할되었다(이하 분할 전후를 불문하고 위 569-3 임야11,362㎡을 ‘이 사건 토지’라 하고, 개별 토지는 지번과 지목, 면적으로 특정한다).

• 나. 근저당권 설정 및 매매계약의 체결

1. 원고는 2011. 12. 16. 569-5 임야 897㎡ 등을 공동담보로 하는 채권최고액 9억1,000만 원, 채무자 임AA, 근저당권자 BB농업협동조합으로 한 근저당권설정등기(이하 ‘이 사건 제1근저당권’이라 한다)를 하여 주었고, 이 사건 제1근저당권설정등기는 2018. 11. 23. 해지를 원인으로 같은 날 말소되었다.

2. 원고는 2018. 11. 23. 569-3 임야 11,362㎡, 569-5 임야 897㎡ 등을 공동담보로 하는 채권최고액 12억 원, 채무자 임AA, 근저당권자 CC농업협동조합으로 한 근저당권설정등기(이하 ‘이 사건 제2근저당권’이라 한다)를 하여 주었고, 이 사건 제2근저당권설정등기는 2024. 10. 8. 해지를 원인으로 같은 날 말소되었다.

3. 원고는 2019. 9. 30. DD산업 주식회사(변경전 상호: 주식회사 EE월드, 이하 상호변경 전후를 불문하고 ‘DD산업’이라 한다)와 사이에 이 사건 토지 중 11,362분의 5,000지분(이하 ‘이 사건 제1지분’이라 한다)을 매매대금 5억 원에 양도하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 제1매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

4. 이후 원고는 2020. 11. 16. 이 사건 토지에 대한 원고의 나머지 지분 중 11,362분의 5,000지분(이하 ‘이 사건 제2지분’이라 하고, 이 사건 제1, 2지분을 통칭할 때에는 ‘이 사건 각 지분’이라 한다)에 관하여도 DD산업과 사이에 매매대금 5억 원에 이를 양도하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 제2매매계약’이라 하고, 이 사건 제1, 2매매계약을 통칭할 때에는 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

• 다. 원고의 양도소득세 신고

1. 원고는 2019. 12. 24. DD산업에게 이 사건 제1지분에 관하여 ‘2019. 10. 31.자 매매’를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 2020. 2. 29. 피고에게 ‘이 사건 제1지분을 5억 원에 양도’하였음을 이유로 한 2019년 귀속 양도소득세를 신고하면서, 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18661호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 본문, 제133조 제1항 제1호 자경감면 연간한도에 따른 1억 원의 세액감면을 신청하는 한편 위 감면을 적용한 6,748,290원을 납부하였다.

2. 원고는 2020. 12. 10. DD산업에게 ‘2020. 11. 16.자 매매’를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 2021. 2. 28. 피고에게 ‘이 사건 제2지분을 5억 원에 양도’하였음을 원인으로 한 2020년 귀속 양도소득세를 신고하면서, 자경감면 연간한도에 따른 1억 원의 세액감면을 신청하는 한편 위 감면을 적용한 7,056,624원을 납부하였다.

• 라. 피고의 양도소득세 부과처분 피고는 이 사건 토지가 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 양도되었으나 그 실질은 하나의 거래로서 이 사건 토지 전체가 2020년도에 양도된 것으로 보고, 2019년과 2020년의 양도소득을 합산하여 양도소득세를 부과하고 감면세액 연간 한도를 초과한 금액을 경정하여, 2023. 11. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 합계 172,266,690원 (세율 42% 적용, 가산세 42,222,699원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 1. 9. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 4. 3. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 6, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관계법령 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고는 임AA과 사이에 이 사건 토지를 담보로 제공하고 임AA이 BB농업협동조합으로부터 대출금을 차입하되 그중 일부를 원고에게 차용해 주기로 약정하였다. 위 약정에 따라 원고는 위 토지에 이 사건 제1근저당권을 설정하고, 임AA으로부터 합계 4억 1,700만 원을 차용하였는데, 임AA이 변제를 독촉하여 위 토지의 매각대금으로 이를 변제하려고 하였으나 위 토지가 임업용산지 등으로 지정되어 있는 관계로 매각이 이루어지지 않았다.

2. 이에 원고는 이 사건 토지에 추가로 이 사건 제2근저당권을 설정하여 임AA으로 하여금 CC농업협동조합으로부터 대출을 받아 이 사건 제1근저당권의 피담보채무를 변제하도록 하는 한편, 원고가 임AA에게 이 사건 제1지분을 5억 원에 매도하되 매매대금 중 2억 원은 원고의 임AA에 대한 차용금 채무와 대등액에서 상계하기로 합의하고, 이 사건 제1매매계약을 체결하였다.

3. 그 후 원고는 임AA으로부터 2억 원을 추가로 차용하게 되어 총 차용금이 4억 1,700만 원이 되었는데, 임AA이 위 돈의 변제를 독촉하기에 이 사건 토지에 관한 원고의 나머지 지분의 매각대금으로 이를 변제하려고 하였으나 매수인이 나타나지 않아 매각이 이루어지지 않았다. 이에 부득이 원고와 임AA은 원고가 임AA에게 이 사건 제2지분을 5억 원에 매도하되 매매대금과 원고의 임AA에 대한 차용금 원금 및 이자상당액과 상계하기로 합의하고, 이 사건 제2매매계약을 체결하였다.

4. 이와 같이 이 사건 제1, 2매매계약은 별개의 행위로서 이를 실질적으로 하나의 거래로 볼 수 없으며, 원고에게 부당한 세금감면 혜택을 받기 위한 조세회피의 목적도 없었다. 또한 위 각 계약에 따른 양도 시기는 2019. 12. 24.과 2020. 12. 10.로 구분되므로, 각 양도소득세를 합산할 수 없고, 2019년 양도소득세와 2020년 양도소득에 대하여 각 양도소득세가 부과되어야 하며, 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 1억원 역시 각 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 처분은 국세기본법 제14조 제3항 을 잘못 적용하여 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

• 나. 판단

1. 관련 법리

• 가) 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2003. 5. 16. 선고 2000다54659 판결 등 참조). 나) 국세기본법 제14조 제3항 은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 규정하고 있다. 국세기본법에서 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그러므로 국세기본법 제14조 제3항 을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2022. 8. 25. 선고 2017두41313 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 처분 경위와 앞서 든 증거들, 을 제9, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 원고는 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 2개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 부당하게 받으려는 목적으로 이 사건 토지를 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 양도한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 제1, 2지분 양도를 실질상 연속된 하나의 거래로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 이 사건 각 매매계약의 매수인인 DD산업은 주택건설 및 분양공급업, 토지개발 분양업 등을 영위하는 회사로서, 이 사건 제1매매계약 당시 원고의 처형인 유FF이 위 회사의 대표이사로, 유FF의 남편인 임AA이 위 회사의 사내이사로 각 재직하고 있었고, 이후 2019. 11. 27. 유FF이 대표이사직을 사임하면서 임AA이 대표이사로 취임하여 현재까지 위 회사를 운영하고 있다.
• 나) 이 사건 각 매매계약은 당사자가 동일하고 이 사건 제1매매계약 체결일로부터 1년이 채 경과하지 않은 시점에서 이 사건 제2매매계약이 체결되었다. 토지의 매매는 토지 전체 또는 지번별로 이루어지는 것이 일반적이라 할 것인데, 원고와 DD산업은 이 사건 토지의 11,362분의 5,000지분씩 동일한 금액으로 매도하되 과세연도만 달리하여 계약 및 소유권이전등기를 하는 이례적인 거래방식을 취하였다.
• 다) 원고와 DD산업이 이 사건 제1, 2지분의 각 매매대금을 결정하는 과정에서 이 사건 토지의 용도와 지목, 도로와의 접근 조건과 연접비율, 위치, 형상, 면적, 이용상황, 주변환경 등을 고려하여 개별적으로 가격을 결정하는 협상 과정을 거쳤다고 볼 만한 자료가 없다.
• 라) 이 사건 제1매매계약은 이 사건 토지 중 일부 지분만을 양도하는 것임에도 이 사건 제1매매계약서에는 원고가 양도한 지분이 이 사건 토지의 특정 부분을 지칭한다고 볼 만한 기재가 없을 뿐만 아니라, 위 토지의 특정 부분을 측량하는 방법에 관하여도 정하고 있지 않다. 또한 이 사건 제1매매계약서에는 공유자인 원고와 DD산업 사이에 어떠한 형태로 이 사건 토지를 분할점유하여 사용할 것인지 등 위 토지의 공동이용계획에 관한 기재 역시 없다. 위와 같은 이 사건 제1매매계약서의 내용에 따르면, 원고와 DD산업은 이 사건 토지 중 이 사건 제1지분에 관한 계약만이 개별적으로 존속되는 상황을 상정하지 않고 있었던 것으로 보인다.
• 마) 과반수 지분권자가 아닌 공유자는 다른 공유자를 배제하고 공유물을 독점적으로 사용ㆍ수익할 수 없다. 원고는 이 사건 제1매매계약 당시 DD산업이 휀스설치 및 지적측량, 지질조사 등을 수행하는 것에 동의하였을 뿐 주택건설공사가 가능한 부분의 면적이나 위치를 특정하지 않았는바, DD산업으로서는 이 사건 제1지분만을 취득하여서는 ‘주택개발사업의 시행’이라는 계약의 목적을 달성할 수 없다 할 것이어서 DD산업이 이 사건 제1지분만을 따로 떼어내서 매수할 이유를 찾기 어렵다. 더구나 원고는 이 사건 제2매매계약 체결 이후인 2020. 12.경까지도 이 사건 토지를 계속 점유하면서 헛개나무 등을 경작하며 이를 자경하였는바, 양도소득세 감면 종합한도 규정을 회피하기 위한 원고의 요청이 없었다면 DD산업으로서는 이 사건 제1지분만을 먼저 취득할 이익이 없다고 보인다.
• 사) 한편 원고는 이 사건 제1지분에 대한 매매대금을 모두 지급받지도 않은 상황에서 DD산업에게 이 사건 제1지분에 대한 소유권이전등기를 경료하여 주었다. 만일 이 사건 토지 전체에 대한 양도가 예정되어 있지 않았다면, 원고가 반대급부 없이 이러한 양보를 하여야 할 합리적 이유가 없다.
• 아) 이에 대하여 원고는, 이 사건 제1매매계약은 원고의 임AA에 대한 차용금채무의 일부 대물변제 및 추가 차용을 위하여 체결된 것이고, 이 사건 제2매매계약은 원고와 임AA 사이에 일체의 채권채무 관계의 정산ㆍ확정을 위하여 체결된 것이므로, 이 사건 각 매매계약을 하나의 거래로 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 살피건대, 임AA이 이 사건 제1매매계약 체결 당시 DD산업의 사내이사였고, 이 사건 제2매매계약 체결 당시 위 회사의 대표이사였던 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제6, 8호증의 각 기재에 의하면, 임AA 명의 계좌에서 원고 명의 계좌로 2014. 1. 22.부터 2017. 7. 6.까지 2억 6,400만 원이 입금되고, 2020. 1. 14. 및 2020. 3. 3. 합계 2억 원이 입금된 사실은 인정된다. 그러나 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부정할만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 그 기재 내용에 의하여 그 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하는바(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002다23482판결 등 참조), 진정성립이 인정되는 이 사건 각 매매계약서상 원고가 주장하는 바와 같은 대물변제 약정의 존재를 인정할 만한 내용이 나타나 있지 않을 뿐만 아니라 원고의 임AA에 대한 차용금 채무의 대물변제 등을 목적으로 이 사건 각 지분을 임AA에게 양도할 의도였다면, 원고로서는 DD산업을 거치지 아니하고, 임AA을 당사자로 하여 계약을 체결하는 것이 합리적이라 할 것이고, 달리 DD산업에게 이 사건 각 지분을 이전함으로써 임AA에 대한 채무를 정산하는 번거로운 방식을 취할 이유가 없다고 보인다. 더욱이 임AA의 계좌에서 원고의 계좌로 송금이 시작된 것은 이 사건 제1근저당에 따른 대출이 이루어진 2011. 12. 16.경부터 약 2년 이상 경과한 시점인 2014. 1. 22.로서 대출시기와 송금시기 사이에 상당한 시간적 간격이 있어 그 지급명목이 차용이라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라 여기에 원고가 주장하는 송금 내역 중에는 임AA이 아닌 자신이 주주로 있는 GG건설사업 주식회사로부터 송금받은 금원이 포함되어 있는 점, 임AA이 당시 사업자금을 마련하기 위해 원고 소유의 토지를 담보로 제공하면서 본인 명의로 대출까지 받은 상황이었다면 그러한 상황에서 대출금의 절반 이상을 대여하지는 않았을 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 제1매매계약과 이 사건 제2매매계약 체결일 사이인 2019. 12. 2. DD산업에게 2억 5,000만 원 상당의 거액을 대여할 정도의 자력이 있었던 점, 원고에게 임AA으로부터 수억 원에 이르는 금원을 계속하여 차용할 정도의 급박한 경제적 어려움이 있었다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는 점 등을 보태어 보면, 원고의 위 주장은 그대로 믿기 어렵다.
• 자) 원고는 DD산업에게 이 사건 토지를 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 매도함으로써 위 각 계약의 과세연도가 달라지도록 하였고, 이에 따라 원고는 한 번에 매매계약을 체결하였으면 한 번 적용되는 연간 감면한도 1억 원을 2019년 및 2020년에 각 한 번 씩 총 두 번 적용하여 양도득세를 신고하였다. 이러한 신고내용이 그대로 확정된다면 이 사건 제1, 2지분의 양도시기가 자의적으로 조정됨에 따라 결국 원고가 양도소득기본공제와 자경농지에 대한 감면을 부당하게 이중으로 적용받고 관련 세금의 지급을 회피하는 결과를 가져온다. 원고의 이러한 행위는 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 해당하므로 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 연속된 하나의 거래를 한 것과 동일하게 평가할 수 있다.
• 차) 이러한 사정에 비추어 보면, 원고의 제1, 2지분 양도는 하나의 거래를 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 제1, 2지분의 양도를 실질상 연속된 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지 감면세액 연간 한도를 적용하여 과세한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.