이 사건 각 양도행위는 계속성 반복성을 인정할 수 있으므로 그 양도로 인한 소득을 사업소득으로 보아 한 당초처분은 적법함

사 건 2024구합11747 종합소득세부과처분 취소 원 고 KYS 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 7. 판 결 선 고

2025. 4. 4.

1. 원고의 청구를 기각한다.

청 구 취 지 피고가 2023. 4. 10. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 179,477,930원 및 2019년 귀속 종합소득세 261,690,010원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 2017년 귀속 양도소득세 신고·납부

1. 원고는 2016. 2. 26. ○○ ○○구 ○○동 00 대 707.9㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제1토지 지상에 지상 4층 규모의 철근콘크리트구조 다가구주택 건물 2채(이하 ‘이 사건 제1건물’이라 하며, 이 사건 제1토지와 합하여 ‘이 사건 제1부동산’이라 통칭 한다)를 신축하여 2016. 9. 21. 이 사건 제1건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다. 이후 원고는 2017. 10. 23. 한국○○○○○○에게 이 사건 제1토지를 661,355,575원, 이 사건 제1건물을 1,079,247,950원(= 각 건물 양도가액 539,623,975원 × 2채), 합계 1,740,603,525원에 매도하였으며, 위 매매에 따라 2017. 11. 1. 매수인인 한국○○○○○○ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 제1양도행위’라 한다).

2. 원고는 2017. 12. 8. 이 사건 제1부동산에 관하여 과세표준을 ’51,896,625원‘으로, 세율을 ’24%‘로, 양도소득세액을 ’7,235,190원‘으로 기재한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하여 위 양도소득세를 신고·납부하였다.

• 나. 원고의 2019년 귀속 양도소득세 신고·납부

1. 원고는 2018. 4. 19. ○○시 ○○동 00 대 452.9㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제2토지 지상에 지상 4층 규모의 철근콘크리트구조 단독주택(이하 ‘이 사건 제2건물’이라 하며, 이 사건 제2토지와 합하여 ‘이 사건 제2부동산’이라 통칭한다)을 신축하여 2018. 12. 26. 이 사건 제2건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다. 이후 원고는 2018. 12. 28. 한국○○○○○○에게 이 사건 제2토지를 302,197,525원, 이 사건 제2건물을 888,367,500원, 합계 1,190,565,025원에 매도하였으며, 위 매매에 따라 2019. 1. 10. 매수인인 한국○○○○○○ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 제2양도행위’라 한다).

2. 원고는 2018. 7. 27. ○○시 ○○동 1182-5 대 440.6㎡(이하 ‘이 사건 제3토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 사건 제3토지 지상에 지상 4층 규모의 철근콘크리트구조 단독주택(이하 ‘이 사건 제3건물’이라 하며, 이 사건 제3토지와 합하여 ‘이 사건 제3부동산’이라 통칭한다)을 신축하여 2019. 8. 29. 이 사건 제3건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤다. 이후 원고는 2019. 10. 11. 한국○○○○○○에게 이 사건 제3토지를 308,530,100원, 이 사건 제3건물을 908,199,900원, 합계 1,216,730,000원에 매도하였으며, 위 매매에 따라 2019. 11. 1. 매수인인 한국○○○○○○ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 제3양도행위’라 한다).

3. 또한 원고는 2018. 6. 15. ○○시 ○○동 1213-1 대 491.6㎡(이하 ‘이 사건 제4토지’라 한다)에 관하여 자신의 명의로 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이후 원고는 2019. 10. 11. 한국○○○○○○에게 이 사건 제4토지를 343,136,750원에 매도하였다(이하 ‘이 사건 제4양도행위’라 한다).

4. 이후 원고는 2019. 2. 13. 이 사건 제2부동산에 관하여 과세표준을 ’24,836,428원‘으로, 세율을 ’40%‘로, 양도소득세액을 ’9,934,571원‘으로 기재한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하여 위 양도소득세 및 가산세 43,948,694원을 신고·납부하였으며, 2019. 11. 29. 이 사건 제3부동산 및 이 사건 제4토지에 관하여 과세표준을 ’-13,649,758원‘으로, 세율을 ’40%‘로, 양도소득세액을 ’0원‘으로, 환급세액을 ’9,934,571원‘으로 기재한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하였다.

• 다. 피고의 원고에 대한 양도소득세 조사 및 종합소득세부과 처분 피고는 2021. 7. 26.부터 2021. 8. 13.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 원고가 주택 신축 부지를 취득하여 주택 신축 후 단기간에 토지 및 주택 양도행위를 반복하는 등 부동산매매업을 영위하였으므로 이 사건 제1 내지 4양도행위(이하 ’이 사건 각 양도행위‘라 한다)로 인한 소득은 양도소득이 아니라 사업소득에 해당한다는 이유로, 원고에 대하여, 2023. 4. 10. 2017년 귀속 종합소득세 179,477,930원, 2019년 귀속 종합소득세 261,690,010원을 각 결정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 라. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청을 거쳐 2023. 11. 8. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2024. 3. 25. 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고는 이 사건 제1 내지 3양도행위를 포함하여 2013. 7. 1.부터 2023. 4. 10.까지 약 10년 동안 총 5차례 부동산 양도행위를 하였으며, 이 사건 제1 내지 3건물(이하 ’이 사건 각 건물‘이라 한다)을 임대사업 목적으로 신축하였고, 실제로 이 사건 각 건물에 관하여 다수의 임대차계약을 체결하였다. 또한 원고는 한국○○○○○○의 적극적인 매도제의에 따라 이 사건 각 양도행위를 하였고, 특히 이 사건 제2양도행위는 이 사건 제2건물의 임대사업 부진으로 인한 경제적 어려움에 기인한 것에 불과하다. 위와 같은 사정들을 종합하여 볼 때, 원고의 이 사건 각 양도행위는 사업목적과 사업의 계속성 및 반복성이 인정되지 않으므로 부동산매매업에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이를 사업소득에 해당한다는 이유로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 설령 이 사건 각 양도행위를 부동산매매업으로 보아 과세한다고 하더라도, 이 사건 제2건물의 취득가액을 확인할 수 없는 이 사건 제2양도행위에 대해서는 추계과세의 방법으로, 이 사건 제3부동산의 취득 및 양도가액이 모두 증빙된 이 사건 제3양도행위에 대해서는 실지조사의 방법으로 과세표준을 결정하여야 한다. 따라서 이 사건 제2내지 4양도행위를 하나의 사업소득으로 보아 추계과세의 방법으로 2019년 귀속 종합소득세 과세표준을 결정한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 다. 피고는 원고의 이 사건 각 양도행위에 따른 2017년 및 2019년 귀속 양도소득세 신고·납부에 관하여 상당 기간 별다른 이의를 제기하지 않았는데 이는 위 양도소득세의 신고·납부에 문제가 존재하지 않는다는 공적인 견해표명에 해당한다. 원고는 위 공적인 견해를 신뢰하여 양도소득세를 납부하였으나, 피고가 약 3~5년여가 지난 상황에서 원고에 대해 종합소득세를 과세하는 것은 신뢰보호원칙에 위반된다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 이 사건 각 양도행위가 부동산매매업의 영위에 해당하는지 여부

1. 관련 법리 부동산의 양도로 인한 소득이 소득세법상 사업소득인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 할 것이다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2004두3700 판결, 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결 등 참조). 또한 부동산의 거래행위가 사업소득세 및 부가가치세 과세요건인 부동산매매업에 해당하는지 여부는 그 거래행위가 수익을 목적으로 하고, 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 비추어 가려져야 할 것이고, 부가가치세법 시행규칙 제2조 제2항 은 부동산매매업으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정한 것에 불과하여 그 부동산 거래가 전체적으로 사업목적 하에 계속성과 반복성을 갖고 이루어진 이상 위 규정상의 판매횟수에 미달하는 거래가 발생하였다고 하더라도 그 과세기간 중에 있은 거래의 사업성이 부정되는 것이 아니다(대법원 1996. 2. 3. 선고 95누10969 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 이 사건 처분의 경위 및 앞서 든 증거들에 갑 제16, 17호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 고려하면, 원고의 이 사건 각 양도행위는 객관적으로 보아 수익 목적과 사업 활동으로서의 계속성․반복성을 인정할 수 있어 그 양도로 인한 소득은 사업소득에 해당한다고 할 것이다.

• 가) 원고와 원고의 배우자 진○○ 및 원고의 자녀 김○○의 2016년부터 2019년까지의 부동산 취득 및 양도 내역은 다음 표 기재와 같고, 진○○ 명의의 건물이 이 사건 제4토지와 함께 한국○○○○○○에게 양도된 점, 김○○ 명의의 토지와 그 지상 건물이 원고의 이 사건 제2양도행위와 같은 날 한국○○○○○○에게 양도된 점 등에 비추어볼 때, 진○○ 및 김○○의 각 부동산 양도행위가 이 사건 각 양도행위와 무관하다고 단정할 수 없다.
• 나) 원고가 이 사건 제1 내지 4토지(이하 ’이 사건 각 토지‘라 한다)를 취득한 후 이 사건 각 건물을 신축하여 이를 양도할 때까지의 소요 기간이 최단 9개월 내지 최장 1년 5개월에 불과하고, 이 사건 각 양도행위의 상대방은 모두 한국○○○○○○이며, 그 양도의 규모나 양도가액의 합계액 또한 적지 아니하다.
• 다) 나아가 원고는 이 사건 제3건물을 2019. 8. 22. 취득하고, 2019. 11. 1. 이 사건 제3부동산과 이 사건 제4토지를 양도하였는바, 이는 부가가치세법상 부동산매매업을 판단하는 기준인 '1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매한 경우'에 해당하고, 그렇게 보지 않더라도 부가가치세법 시행규칙 제2조 제2항 제2호 는 부동산매매업으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정한 것에 불과하여 그 부동산거래가 전체적으로 수익목적 하에 계속성과 반복성을 갖고 이루어진 이상 위 규정상의 판매횟수에 미달하는 거래가 발생하였다고 하더라도 그 과세기간 중에 있은 거래의 사업성이 부정되는 것은 아니다.
• 라) 또한 원고는 2015. 4. 16.부터 2018. 12. 7.까지 부동산업(주택신축 판매업, 부동산 임대업, 부동산 중개업) 및 부동산 컨설팅업을 목적으로 하는 유한회사 ○○엔씨(이하 '○○엔씨'라 한다)를 설립·운영하다가, 2018. 12. 7. ○○엔씨를 폐업한 뒤 2019. 4. 3.부터 ○○엔씨와 동일한 업종으로 유한회사 ○○건설(이하 '○○건설'이라 한다)을 설립·운영하였다. 비록 그 영업활동에 따른 수입신고가 이루어지지는 아니하였지만, 원고가 이 사건 각 건물을 신축하여 판매할 목적으로 그 연장선상에서 ○○엔씨 및 ○○건설을 설립하였고 봄이 타당하다.
• 마) 이에 대하여 원고는 부동산 임대업을 영위하기 위하여 이 사건 각 건물을 신축하였고, 실제 세입자들과 사이에 임대차계약을 체결한 사실도 존재한다고 주장하나, 주택신축 판매업을 위해 신축한 건물에 세입자들과 임대차계약 등을 체결하여 신축 건물이 양도되기 전까지 사업비용을 충당하는 것은 이례적이지 않고(실제로 이 사건 제1건물에 관한 임대차계약 15건 중 1건만이 월세계약이며 나머지는 전세계약이었으며, 이 사건 제3건물에 관한 임대차계약 8건 중 2건만이 월세계약이며, 나머지는 모두 전세계약이었다), 부동산 매매업자가 부동산 보유기간 동안 임대업을 하였더라도 이는 부동산 매매 사업 활동의 일환에 불과하며, 원고가 부동산임대사업자등록을 하거나 임대소득을 따로 신고한 사실도 없는 점 등을 종합하여볼 때, 원고의 주장은 이유없다.
• 나. 2019년 귀속 종합소득세 과세표준 결정을 위한 추계조사 방법의 타당성

1. 관련 법리

• 가) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 참조).
• 나) 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결).

2. 구체적 판단 이 사건 처분의 경위 및 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정들을 고려하면, 이 사건 제2 내지 4부동산에 관하여 추계과세의 방법으로 2019년 귀속 종합소득세 과세표준을 결정한 피고의 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

• 가) 피고는 다음과 같이 이 사건 제2 내지 4양도행위를 단일한 과세목적물로 보아 각 부동산 양도가액을 합하여 수입금액을 산정하였고, 주요경비(이 사건 제2 내지 4토지 취득가액, 취득세, 기타비용 및 이 사건 제3건물에 관한 도급비용 등의 총합) 및 기준경비(수입금액 × 기준경비율 12.4%)를 총 경비로 보아 수입금액에서 이를 공제하는 방식인 추계과세의 방법으로 2019년 종합소득세 결정세액을 산정하였다
• 나) 원고는 이 사건 제2건물 신축 공사와 관련한 세금계산서 등의 발행을 통해 관련 공사비 지출을 용이하게 증빙할 수 있었으며, 이를 통해 이 사건 제2건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 신고하는 등 이 사건 제2건물을 실지조사의 방법으로 과세표준을 결정할 수 있게 하는 방법이 있음에도 불구하고 위와 같은 증빙자료를 전혀 제출하지 않은 채, 오히려 이 사건 제2양도행위 이후 2019. 2. 13. 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하며, 이 사건 제2건물에 관하여 실지거래 가액이 아닌 환산가액으로 신고하였고, 이후 2020. 11. 27. 이 사건 제2건물에 관한 취득가액을 환산가액이 아닌 감정가액으로 정정하는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다) 앞서 살핀 바와 같이, 이 사건 제2 내지 4양도행위가 부동산매매업에 해당하는 이상 각 부동산에 대한 양도소득세가 아닌 2019년 귀속 종합소득세가 과세되어야 하므로, 이 사건 제2건물과 이 사건 제3건물은 단일한 과세목적물에 해당하여 실지조사와 추계조사의 방법을 혼합하여 취득가액을 산정할 수 없다. 따라서 이 사건 제3건물의 실지취득가액 산정이 가능하여 이 사건 제3양도행위에 관하여는 실지조사 방법에 의한 과세표준 결정이 가능하다고 하더라도, 이 사건 제2건물의 취득가액 산정 등 실지조사에 필요한 장부와 증빙서류가 존재하지 않고 달리 이를 입증할 수 있는 방법이 없는 한, 이 사건 제2 내지 4양도행위는 별도의 구분 없이 하나의 추계조사의 방법으로 2019년 귀속 종합소득세를 과세표준을 결정하는 것이 타당하다.
• 다. 신뢰보호원칙 위반 여부 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하는데, 피고는 이 사건 각 양도행위와 관련하여 원고 스스로 양도소득세 신고 및 이에 기초하여 계산된 양도소득세액을 피고에게 납부하도록 한 것에 불과하고, 피고가 원고의 양도소득세 신고·납부 이후 이 사건 양도소득세 조사가 있기 전까지 특별한 처분을 하지 않은 것이 위 양도소득세 신고·납부에 하자가 없다거나 이 사건 각 양도행위에 따른 소득을 양도소득으로 본다는 피고의 공적인 견해표명이라 볼 수도 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.