쟁점 토지가 원고 종중의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용되었는지 여부

[ 세 목 ] 법인 [ 판결유형 ] 국패 [ 사건번호 ] 광주지방법원-2024-구합-11082(2025.02.13) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] [ 제 목 ] 쟁점 토지가 원고 종중의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용되었는지 여부 [ 요 지 ] 쟁점 토지는 원고 종중의 선산임야로 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용된 유형자산으로 봄이 타당함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 법인세법 제4조 제1항 사 건 광주지방법원 2024구합11082 법인세부과처분취소 원 고 JJ종회 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2025. 1. 9. 판 결 선 고

2025. 2.13.

1. 피고가 2023. 8. 29. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 법인세 805,442,240원 중 479,897,040원의 환급 경정거부처분을 취소한다.

청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 JJ 5대 후손 ◇◇문중의 7대 후손 중, 3남 △△, 5남 □□을 공동선조로 한 종중으로, 2020. 10. 19.‘JJ종회’라는 상호로 고유번호를 등록하고, 2023. 3. 3. 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 피고로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다.
• 나. 원고는 1998. 9. 22. ○○ ○○구 ○○동 산 000 임야 6,832㎡(갑 제6호증의 지적측량 결과에 의하면 실제 면적은 5,658㎡인 것으로 보인다. 이하 ‘이 사건 수용토지’라 한다)에 관하여 ‘1998. 9. 18.자 명의신탁해지’를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고(당초 이 사건 수용토지는 1970. 10. 28. 강태○, 강우○, 강태○ 명의로 각 3분의 1 지분에 관한 소유권보존등기가 경료되어 있었다), 2023. 1. 30. ○○○○공원개발 주식회사에 ‘2023. 1. 17.자 공공용지의 협의취득’을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다(그 협의취득 가액은 4,209,195,200원이다).
• 다. 원고는 2023. 4. 4. 피고에게 2022 사업연도 법인세 805,442,240원을 신고․납부하였다.
• 라. 원고는 2023. 7. 5. 피고에게 ‘이 사건 수용토지 전체 면적 6,832㎡ 중 KCS,LBL(KCS의 배우자이다)의 경작면적 2,860㎡를 제외한 나머지 3,972㎡(이하 ‘이사건 쟁점토지’라 한다)는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 사용한 고정자산이므로, 이 사건 쟁점토지를 양도하여 얻은 차익인 2,399,485,200원[=(3,972㎡ ÷ 6,832㎡) × 수입금액 4,127,211,200원]은 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서, 구 법인세법 시행령(2023. 7. 7. 대통령령 제33621호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항에 따라 법인세법상 과세소득에서 제외되어야 한다‘는 이유로 기납부한 세액 중 이 사건 쟁점토지의 처분에 관한 세액인 479,897,040원의 환급을 구하는 취지의 경정청구(이하 ’이 사건 경정청구‘라 한다)를 하였다. 이 사건 경정청구의 구체적 산정내역은 아래 표 기재와 같다.
• 마. 피고는 2023. 8. 29. ‘원고의 양도 부동산(이 사건 쟁점토지)은 처분일 현재 3년이상 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 판단된다’는 이유로 이 사건 경정청구를 각하하는 결정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 8. 29. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 2. 19. 원고의 심판청구를 각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고의 규약에서는 제1조(목적), 제4조(사무)에 ‘시제 및 선영의 관리’를 명시하여 원고의 고유목적사업을 명확히 규정하고 있고, 원고의 종중원들은 매년 분묘 벌초, 시제 시향을 하는 등 선산인 이 사건 수용토지를 관리해왔다. 이 사건 수용토지 중 KCS, LBL가 무상사용한 면적을 제외한 부분인 이 사건 쟁점토지는 제3자에게 임대하여 수익을 얻거나 지상권, 저당권을 설정해주는 등 다른 용도로 사용되지 않았고, 처분일 현재 3년 이상 원고의 규약상 고유목적사업인 ‘시제 및 선영의 관리’에 직접 사용되어 온 유형자산인 선산임야임이 명백하다. 따라서 이 사건 쟁점토지의 처분으로 인한 수입은 원고의 2022 사업연도 소득에서 제외되어야 하므로, 원고가 기납부한 법인세액 805,442,240원 중 이 사건 쟁점토지의 처분에 관한 479,879,040원의 환급을 구하는 취지의 이 사건 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 관련 규정 원고는 2023. 3. 3. 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 피고로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았음은 앞서 본 바와 같고, 따라서 원고는 법인으로 보아 국세기본법과 법인세법이 적용된다. 한편, 법인세법 제4조 제1항 에서는 ‘내국법인에 과세되는 다음 각 호의 소득으로 한다’고 규정하고, 그중 제1호에서는 ‘각 사업연도의 소득’을 규정하고 있다. 같은 조 제3항에서는 ‘제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다’고 규정하고, 그중 제5호에서는 ‘유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 본문은 ‘법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가 균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다’고 규정하고 있다.
• 나. 구체적 판단 앞서 든 증거, 갑 제5, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다),을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실과 사정을 종합하면, 이 사건 쟁점토지는 원고가 이 사건 수용토지를 처분한 2020. 1. 30. 당시 3년 이상 계속하여 원고의 규약(정관)에 규정된 고유목적사업인 ‘시제 및 선영 관리’에 직접 사용되어 온 유형자산이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원고의 2022 사업연도 법인세 과세소득의 범위에서 제외되어야 하므로, 이와 전제를 달리하여 원고가 기납부한 2022년 귀속 법인세 805,442,240원 중 이 사건 쟁점토지의 처분에 관한 세액 부분인 479,879,040원의 환급을 구하는 이 사건 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

1. 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로 사용되어 왔다면 그 종중 단체의 고유목적사업에 직접 사용된 유형자산이라고 할 수 있다.

2022. 6. 19. 제정된 원고의 정관(규약)에는 제1조(목적)에 ‘조상님의 전통을 이어받아 후손된 도리를 다한다’는 내용이 포함되어 있고, 제4조(사무)에서는 제1조의 목적을 달성하기 위한 사업으로 조상님의 은덕을 기리고 섬기며, 시제 및 선영의 관리(제1호), 본종회 회원 상호간의 친목과 상부상조를 위한 사업(제2호), 종중 재산(선조 분묘)의 보존관리와 변동에 대한 처리(제3호), 기타 본회의 목적달성을 위한 사업 등(제4호)을 각 규정하고 있다.

2. 이 사건 수용토지는 1970. 10. 28. 강태○, 강우○, 강태○이 각 3분의 1 지분에 관한 소유권보존등기를 마쳤다가, 1998. 9. 22. 원고가 ‘1998. 9. 18.자 명의신탁 해지’를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료한 사실은 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같다. 또한 이 사건 수용토지에 인접한 토지인 ○○ ○○구 ○○동 산000 전 2,625㎡(이하 ‘인접토지’라 한다)는 강영○, 강대○, 강용○, 강현○가 각 4분의 1 지분에 관하여1970. 10. 27. 소유권보존등기를 마쳤는데, 인접토지 또한 원고의 규약 재산목록에 포함되어 있다. 이 사건 수용토지의 수용 당시 작성된 분묘 보상액 명세자료 및 지적도(을 제1호증)에 의하면, 이 사건 수용토지에는 무연고 분묘 3기를 포함하여 총 25기의 분묘(합장분묘 1기 포함, 그중 지적도에 표시된 유연고 분묘 22기가 원고 조상 분묘로 보인다)와 1기의 와비가 존재하고, 인접토지에도 8기의 분묘가 존재하는바, 이 사건 수용토지와 인접토지는 오랜 기간 원고의 선산으로 사용되어 왔던 것으로 보인다.

3. 원고가 제출한 2021년 내지 2023년의 정기총회 회의록에 의하면, 원고는 2021.4. 2. 2021년도 정기총회를, 2022. 4. 24. 2022년도 정기총회를, 2023. 5. 7. 2023년도 정기총회를 각 개최하였다. 원고 종중원들은 각 정기총회일에 시제․정기총회 및 선산시찰을 하고, 분묘 벌초를 점검하였으며, 2021년도 정기총회에는 총 5명이, 2022년도정기총회에는 총 24명이, 2023년도 정기총회에는 총 35명이 참석한 것으로 각 회의록에 기재되어 있다. 각 회의록에는 수입지출내역도 기재되어 있는데, 2021년도 정기총회 회의록에는 시제비 1,200,000원, 벌초비 300,000원, 2022년도 정기총회 회의록에는 벌초비 400,000원, 2023년도 정기총회 회의록에는 시제비 967,020원, 벌초비 500,000원이 각 기재되어 있다. 또한 원고는 2020년경부터 이 사건 수용토지에 대한 재산세,전기요금, 임시총회비 등 각종 비용을 납부해온 것으로 보이는바, 이러한 사정을 종합하여 보면, 피고 주장과 같이 각 총회회의록이 형식적으로만 작성된 것이라고 보기는 어렵고, 원고가 이 사건 쟁점토지를 선산으로 사용하며 관리해온 이상, 고유 목적인 시제 및 선영 관리를 위해 직접 사용해왔다고 봄이 타당하다.

4. KCS, LBL가 이 사건 수용토지 중 일부 면적에 비파나무 등 관상수를 식재하여 경작한 사실은 인정된다. 그러나 원고는 이 사건 수용토지 중 일부 면적에의 경작을 허락한 사실을 인정하면서 이를 제외한 면적(이 사건 쟁점토지)의 처분금액에 대해서만 법인세 환급 경정청구(이 사건 경정청구)를 하였다. 앞서 본 바와 같이 원고가 1998년경 원고 명의로 이 사건 수용토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤고, 이 사건 수용토지에 존재하는 분묘들을 관리하고 시제를 지낸 것으로 보이는 점, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 수용토지 중 KCS, LBL가 경작한 부분은 이 사건 쟁점토지와는 분명하게 구분되는 점 등에 비추어 보면, 원고가 KCS, LBL에게 이 사건 수용토지 및 인접토지 전체를 경작하도록 임대하여 고유목적과는 다른 용도로 사용하였다거나, 이 사건 수용토지에 존재하는 분묘를 방치한 채 아무런 관리를 하지 않았다고 보기는 어렵다.

5. 이 사건 쟁점토지와 KCS, LBL의 경작면적이 명확히 구분되지 않는다는 피고의 주장에 관하여 본다. 피고는 이 사건 쟁점토지에도 비파나무가 식생 중인 것으로 보인다고 주장하나, 2024. 5. 30. 이 사건 수용토지에 대해 이루어진 지적측량결과 (이하 ‘이 사건 측량결과’라 한다)에 의하면, 이 사건 수용토지의 실제 면적은 5,658㎡로, 그중 비파나무가 식재된 곳은 아래 그림의 ㄴ부분(1,321㎡)이고, 나머지 ㄱ부분(4,337㎡)에는 비파나무가 식재되지 않은 사실이 확인되고, 설령 이 사건 쟁점토지에 비파나무가 일부 식생하고 있더라도 자연 번식하였을 가능성을 배제할 수 없는 바, 이 사건 쟁점토지와 KCS, LBL의 경작면적은 명확히 구분된다고 봄이 타당하다(다만 원고는 이 사건 측량결과에 따른 이 사건 쟁점토지의 면적은 4,337㎡임에도, 그 면적이 3,972㎡임을 전제로 하여 이 사건 경정청구를 하였다).

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.