과세기간을 달리하여 지분으로 양도한 토지를 하나의 거래로 보아 과세한 처분은 적법함

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 광주지방법원-2023-구합-14510(2025.2.13.) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] [ 제 목 ] 과세기간을 달리하여 지분으로 양도한 토지를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부 [ 요 지 ] 과세기간을 달리하여 지분으로 양도한 토지를 하나의 거래로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법함 [ 판결내용 ] 판결 내용은 붙임과 같습니다. [

] 국세기본법 제14조 사 건 광주지방법원 2023구합14510 양도소득세부과처분 취소 원 고 JHS 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2024. 12. 19. 판 결 선 고

2025. 2. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

청 구 취 지 피고가 2022. 11. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 126,164,170원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 10. 25. 망 장00 소유였던 ○○시 ○○동 전 2,703㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 ‘2009. 10. 15.자 협의분할에 의한 상속’을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2017. 11. 9. 이 사건 토지를 장HH(이하 ‘매수인’이라 한다)에게 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 구체적으로 ① 이 사건 토지 중 1/2 지분(이하 ‘이 사건 제1지분’이라 한다)에 대해 매매대금 426,860,000원, 잔금 지급일 2017.12. 22.로 한 매매계약(이하 ‘제1매매계약’이라 한다), ② 이 사건 토지 중 나머지 1/2지분(이하 ‘이 사건 제2지분’이라 한다)에 대해 매매대금 421,858,680원, 잔금 지급일 2018. 1. 19.로 한 매매계약(이하 ‘제2매매계약’이라 하고, ‘제1매매계약’과 통칭하여 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다)을 각 체결하였다.
• 다. 원고는 2017. 12. 22. 매수인에게 이 사건 제1지분에 관하여 ‘2017. 11. 9.자 매매’를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 2018. 1. 31. 2017년 귀속 양도소득세를 신고하면서, 8년 이상 자경농지라는 이유로 이 사건 제1지분에 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 구 조세특례제한법이라 한다) 제69조 제1항의 양도소득세 감면규정을 적용하여 같은 법 제133조 제1항 제1호의 감면세액 연간 한도 1억 원(이하 ‘감면세액 연간 한도’라 한다)의 범위 내에서 산출세액 78,849,957원 전액이 감면되어 납부세액이 없다고 신고하였다.
• 라. 원고는 2018. 1. 15. 매수인에게 이 사건 제2지분에 관하여 ‘2017. 11. 13.자 매매’1)를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 2018. 4. 2. 2018년 귀속 양도소득세를 신고하면서 8년 이상 자경농지라는 이유로 이 사건 제2지분에 양도소득세 감면규정을 적용하여 감면세액 연간 한도 1억 원의 범위 내에서 산출세액 78,685,205원 전액이 감면되어 납부세액이 없다고 신고하였다.
• 마. 피고는 이 사건 토지가 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 양도되었으나 그 실질은 하나의 거래로서 이 사건 토지 전체가 2018년도에 양도된 것으로 보고, 2017년과 2018년의 양도소득을 합산하여 양도소득세를 부과하고 감면세액 연간 한도를 초과한 금액을 경정하여, 2022. 11. 4. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 합계 126,164,170원 (가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 1. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 6. 26. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다.이하 같다), 을 제1호증의 각 기재

원고는 매수인의 자금사정으로 인해 이 사건 토지를 지분별로 나누어 이 사건 각 매매계약을 체결하게 된 것이고, 이 사건 각 매매계약의 각 매매가액, 양도시기가 모두 다르므로, 이 사건 각 매매계약은 각각 체결되어 구분되는 거래로서 자경농지에 대한 양도소득세 감면(과세기간별 1억 원)이 시기별로 각각 적용되어야 한다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 1) 국세기본법 제14조 제1항, 제2항이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조). 2) 국세기본법 제14조 제3항 은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”라고 규정하고 있다. 국세기본법 제14조 제3항 을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2022.8. 25. 선고 2017두41313 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단 앞서 본 사실, 앞서 든 증거들과 갑 제7, 8, 9호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 2개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 부당하게 받으려는 목적으로 이 사건 토지를 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 양도한 것이라고 봄이 타당하다. 그렇다면 피고가 이 사건 제1, 2지분 양도를 실질상 연속된 하나의 거래로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

1. 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2003. 5. 16. 선고 2000다54659 판결 등 참조). 제1매매계약과 제2매매계약은 같은 날, 같은 당사자들에 의하여 체결되었고, 그 목적물은 하나의 용도(田)로 이용되어 온 것으로 보이는 1필지의 토지이며, 매수인은 이 사건 제1, 2지분에 관한 각 소유권이전등기를 마친 후 이 사건 토지를 하나의 필지로 일괄하여 사용하고 있는 것으로 보인다. 비록 제1매매계약은 매매대금이 426,860,000원, 잔금 지급일이 2017. 12. 22.이고, 제2매매계약은 매매대금이 421,858,680원, 잔금 지급일이 2018. 1. 19.로 각 매매대금 및 잔금일자에 약간의 차이가 있기는 하나(다만 등기부상으로는 거래가액이 동일하다), 그 매매대금의 액수 차이가 크지 않고, 잔금일자도 약 1달 간격을 두고 있을 뿐이다. 매수인은 이 사건 토지 외에도 원고의 형제자매들 공유의 ○○시 ○○동 2 대 876㎡(당초 소유자는 원고 및 원고의 형제자매들의 아버지다. 이하 ‘제1 인근토지’라 한다), 김TS(원고의 형제인 장JT의 배우자이다) 소유인 ○○시 ○○동 2 대 698㎡(이하 ‘제2 인근토지’라 하고, ‘이 사건 토지’, ‘제1 인근토지’, ‘제2 인근 토지’를 통칭하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 대해서도 송JH(장JJ의 배우자로, 원고의 매제이다)을 통해 이 사건 각 매매계약 체결일과 같은 날인 2017. 11. 9. 매매계약을 체결하였고(각 부동산 등기부상 매매일자는 2017. 12. 11.이다), 그 잔금일도 2018. 1. 19.로 하였으며, 아래 2)에서 보는 바와 같이 매수인이 송JH, 원고에게 이 사건 각 토지에 대한 대금을 구분하지 않고 지급한 점 등에 비추어 보면, 매수인은 이 사건 각 토지를 일괄 매수할 의사로 각 매매계약을 체결한 것으로 보이는바, 이 사건제1, 2지분에 대한 이 사건 각 매매계약이 별도의 계약이라고 볼 수 없다.

2. 이 사건 각 토지에 관한 각 매매계약상 매매대금, 지급약정일은 다음 표 기재와 같다 매수인은 이 사건 각 토지의 매매대금을 별도로 구분하지 않고 ① 2017. 11.10. 송JH에게 액면금 1억 원의 자기앞수표로 지급하고, ② 2017. 12. 22. 송JH에게 2억 5,000만 원을 지급하였으며, ③ 2018. 1. 15. 원고에게 합계 749,718,676원을 2차례 나누어 송금하는 방법으로 지급하였다. 위 [표]와 같이 이 사건 각 토지의 계약금은 합계 109,471,868원(= 42,686,000원＋ 42,185,868원 ＋ 14,600,000원 ＋ 10,000,000원)으로, 매수인이 2017. 11. 10. 송JH에게 교부한 수표액면금 1억 원의 금액과 거의 유사한 점, 한편 송JH은 매수인으로부터 위 수표를 교부받은 후 2017. 11. 13. 원고 및 원고의 형제자매들 총 9인에게 각 1,000만 원씩 지급하였던 점에 비추어 보면, 매수인이 2017. 11. 10. 지급한 1억 원은 이 사건 각 토지에 대한 계약금 중 일부라고 봄이 타당하고, 원고가 주장하는 바와 같이 제1매매계약에 따른 이 사건 제1지분의 계약금 및 잔금이라고 보기는 어렵다. 매수인은 제1매매계약의 잔금지급약정일인 2017. 12. 22. 송JH에게 2억 5,000만 원을 지급하였는데, 위 돈이 이 사건 각 토지 중 어떤 토지에 대한 대금인지 구분되지 않고, 송JH이 즉시 위 돈을 원고에게 전달하지도 않았던 점, 앞서 매수인이 지급한 1억 원을 더하여 보더라도 3억 5,000만 원(= 2017. 11. 10.자 1억 원 + 2017. 12.22.자 2억 5,000만 원)에 불과하므로 이 사건 제1지분의 매매가액인 426,860,000원에는 현저히 미치지 못하는 점에 비추어 보면, 원고의 주장과 같이 매수인이 지급한 위 2억5,000만 원이 제1매매계약의 잔금으로서 지급된 것이라고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 매수인은 2018. 1. 15. 원고에게 합계 749,718,676원을 지급함으로써 이 사건 각 토지 매매가액 합계 1,099,718,680원(= 426,860,000원 ＋ 421,858,680원 ＋ 151,000,000원 ＋ 100,000,000원)을 최종적으로 지급하였다. 위와 같이 매수인은 이 사건 각 토지 중 어떤 토지에 대한 대금인지 구분하지 않고 그 대금을 3차례로 나누어 송JH, 원고에게 지급하였고, 각 대금의 지급시기도 앞서 본 [표]의 지급약정일과는 다른바, 이 사건 각 토지에 관하여 매수인이 지급한 대금중 어느 대금이 이 사건 제1, 2지분에 대한 대금인지 특정할 수 없는 경우에 해당하고, 원고 주장과 같이 매수인이 이 사건 토지의 매매대금을 청산한 날이 이 사건 제1지분의 경우 2017. 12. 22.이고, 이 사건 제2지분의 경우 2018. 1. 15.임이 분명하다고 볼 수는 없다. 따라서 그 대금을 청산한 날이 분명하지 않으므로, 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제1호에 따라이 사건 토지에 관하여 최종적으로 등기부등본상 매수인의 등기접수가 이루어진 날인2018. 1. 15.을 이 사건 토지 전체의 양도시기로 보는 것이 타당하다.

3. 원고는 이 사건 제1, 2지분을 별도로 거래한 것은 매수인의 자금사정상 이 사건 제1지분에 관해 매수인 명의로 소유권이전등기를 경료한 후, 매수인이 이 사건 제1지분을 담보로 하여 이 사건 제2지분에 대한 잔금 및 제1, 2 인근토지에 대한 잔금을 치르기 위한 것이었다고 주장한다. 그러나 부동산 매수자금 대출이 필요한 경우 통상한 필지의 토지 전체에 대해 같은 날 담보대출을 받고 그 돈으로 매매잔금을 치르는 방식, 즉 소유권이전등기를 경료하면서 동시에 근저당권설정등기를 하는 것이 일반적인 거래 형태이고, 이 사건과 같이 하나의 용도로 이용되는 한 필지의 토지를 각 1/2 지분씩 나누어 매매계약을 체결하고, 일부지분에 대한 등기만을 우선경료하는 것은 극히 이례적인데, 매수인에게 위와 같은 복잡한 방식을 선택할 특별한 사정이 있었다고 볼 자료가 없거니와(매수인은 2018. 1. 15. 이 사건 제2지분 및 제1, 2 인근토지에 관한 소유권이전등기를 경료받음과 동시에, 이 사건 제1지분을 포함한 이 사건 토지 및 제1, 2 인근토지를 공동담보로 하여 주식회사 국민은행에 채권최고액 5억 4,000만 원의 근저당권을 설정해주었다), 매도인인 원고 입장에서 살펴보더라도 아직 이 사건 제1지분에 대한 매매대금을 모두 지급받지도 않은 상황에서 매수인의 자금사정을 이유로 이 사건 제1지분에 대한 소유권이전등기를 경료해준다는 것은 극히 이례적이다. 또한 원고의 주장에 의하더라도, 매수인은 이 사건 제1지분에 관하여 2017. 12.22. 이 사건 제1지분에 관한 소유권이전등기를 경료하면서 아직 그 대금의 일부를 지급하지 못한 상태였으므로, 자금 사정 때문에 위와 같은 방법을 선택한 것이라면 이 사건 제1지분에 관하여 주식회사 국민은행에 채권최고액 2억 4,000만 원의 근저당권을 설정해준 후 받은 담보대출금으로 지체 없이 원고에게 이 사건 제1지분에 관한 잔금을 지급하는 것이 경험칙에 부합한다. 그런데 매수인은 앞서 본 바와 같이 2018. 1. 15.에 이르러서야 이 사건 토지 및 제1, 2 인근토지의 남은 잔금을 지급하였을 뿐이다.

4. 원고는 이 사건 토지를 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 거래함으로써 8년 이상 자경농지라는 이유로 각각 양도소득세 감면규정을 적용하여 조세감면을 받았는바, 원고는 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 2개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 부당하게 받으려는 목적으로 이 사건 토지를 이 사건 제1, 2지분으로 나누어 양도한 것이라고 봄이 타당하다. 그렇다면 피고가 이 사건 제1, 2지분 양도를 실질상연속된 하나의 거래로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.