4. 판단
1. 관련 법리 일반적으로 특별법이 일반법에 우선하고 신법이 구법에 우선한다는 원칙은 동일한 형식의 성문법규인 법률이 상호 모순·저촉되는 경우에 적용되는 것이나, 이때 법률이 상호 모순·저촉되는지 여부는 각 법률의 입법목적, 규정사항 및 그 적용범위 등을 종합적으로 검토하여 판단하여야 한다(대법원 1989. 9. 12. 선고 88누6856 판결, 대법원 2012. 5. 24. 선고 2010두16714 판결, 대법원 2016. 11. 25. 선고 2014도14166 판결 등 참조). 또한 입법목적을 달리하는 법률들이 일정한 행위에 관한 요건을 각각 규정하고 있는 경우에는 어느 법률이 다른 법률에 우선하여 배타적으로 적용된다고 해석되지 않는 이상 각 법률의 규정에 따른 요건을 모두 갖추어야 한다(대법원 1995. 1. 12. 선고 94누3216 판결, 대법원 2002. 1. 25. 선고 2000두5159 판결 등 참조).
2. 구체적 판단 위 법리에 비추어 볼 때에 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정을 종합하여 보면, 구 상증세법 제48조 제8항, 제78조 제6항 및 구 상증세법 시행령 제80조 제10항이 사립학교법의 규정들과 모순․저촉된다거나, 사립학교법이 구 상증세법에 우선하여 배타적으로 적용되는 특별법 관계에 있다고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
- 가) 공익법인에 관하여는 공익법인법을 별도로 두어 재단법인 또는 사단법인에 관한 민법의 규정을 보완하도록 함으로써 그 공익성을 유지하며 건전한 활동을 할 수 있도록 하고 있는 한편(공익법인법 제1조), 공익법인 중 학교법인에 관하여는 사립학교의 자주성을 확보하고 공공성을 앙양하여 그 건전한 발달을 도모(사립학교법 제1조)하기 위하여 사립학교법에 더 엄격한 규정들을 두고 있다. 원고는 민법상 재단법인이자 동시에 ‘재단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인인 공익법인(공익법인법 제2조)’에 해당하나, 사립학교의 특수성에 비추어 사립학교의 자주성을 확보하고 공공성을 앙양하여 그 건전한 발달을 도모하기 위하기 마련된 사립학교법에 따른 적용을 받게 된다. 나) 사립학교법 제21조 제2항 에서는 ‘이사회를 구성할 때 서로 민법 제777조 에 따른 친족관계인 이사들이 이사 정수의 4분의 1을 초과해서는 아니된다’고 규정하고 있다. 학교법인의 이사는 단순한 집행기관이 아니라 각자 공익을 위해 독립적인 기관에 준하는 지위와 권한을 가지고 있고(사립학교법 제19조), 상호 견제와 균형을 통해 그 권한을 공익을 위해 적정하게 행사하여야 하는 고도의 공공성을 가지는 직책이며, 사립학교법은 사립학교경영자의 전횡을 방지하고 합의체의 토론과 상호견제를 통해 건전한 사립학교 운영을 도모하기 위해 이사회를 두고 있는 바(제16조), 앞서 본 사립학교법의 입법목적과 위의 규정들에 비추어 보면, 사립학교법 제21조 는 이사들이 위와 같은 역할을 충실하게 수행할 수 있도록 이사의 자격에 있어 여러 제한을 두고 있고, 그중 하나의 요건으로 민법 제777조 에 따른 친족관계인 이사들이 이사 정수의 4분의 1을 초과하지 않을 것을 요구하고 있는 것으로 봄이 타당하다. 즉 사립학교법 제21조 의 취지는 출연자 또는 사립학교경영자 등으로부터 자유로이 구성된 학교법인의 이사회가 학교법인의 운영, 교원 임용, 경영에 관한 사항을 결정할 수 있도록 하는 것인바, 사립학교법 제21조 제2항 의 규정의 취지가 아래 라)에서 보는 바와 같이 공익법인등에 재산을 출연한 자가 사적 지배력을 강화하여 사실상 공익법인등을 사유화하거나 상속세나 증여세 부담 없이 편법적으로 재산을 상속하는 효과를 거두는 것을 방지하려는 구 상증세법 제48조 제8항의 취지와 모순․저촉된다고 볼 수는 없다.
- 다) 사립학교법에서는 이사회 구성시 이사 선임의 제한(사립학교법 제21조), 임원의 겸직 금지(제23조), 임원의 보수 제한(제26조) 등에 관하여 규정하고 있을 뿐이고, 이사의 보수 등에 관한 조세감면 관련 규정은 두고 있지 않으며, 구 상증세법을 비롯한 개별 세법이 배제된다는 취지의 규정도 별도로 두고 있지 아니하다.
- 라) 구 상증세법은 제16조 제1항에서 공익법인등에 출연한 재산에 대하여는 상속세 과세가액에 산입하지 아니함을 규정하고, 제48조 제1항에서 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니함을 규정하였는바, 이는 공익상의 목적을 위해 공익법인등에 대한 재산 출연이 있는 경우 그 출연자에 대하여는 상속세 부담을 감면해 주고, 출연받은 공익법인등에 대하여는 출연받은 재산에 대하여 증여세 과세가액 불산입 혜택을 줌으로써 공익목적을 위한 재산 출연을 장려하고 기부문화 활성화를 도모하려는 것이다. 그런데 구 상증세법 제48조 제8항에서 출연자 또는 그의 특수관계인이 공익법인등의 현재 이사 수의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나 그 공익법인등의 임직원이 되는 경우에 제78조 제6항에 따라 가산세를 부과하는 이유는, 이러한 경우 공익법인등에 고액의 증여세(가산세)를 부과함으로써 공익법인등에 재산을 출연한 자가 사적 지배력을 강화하여 사실상 공익법인등을 사유화하거나 상속세나 증여세 부담 없이 편법적으로 재산을 상속하는 효과를 거두는 등의 수단으로 ‘공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입 제도’를 악용하는 것을 막으려는 취지이다(대법원 2017. 4. 20. 선고 2011두21447 전원합의체 판결의 취지 참조). 이와 같은 ‘공익법인등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입 제도’를 악용할 위험은 사립학교를 운영하는 학교법인의 경우에도 당연히 발생할 수 있다.
- 마) 구 상증세법 제48조 제8항 본문은 ‘출연자 또는 그의 특수관계인이 대통령령으로 정하는 공익법인등의 현재 이사 수(현재 이사 수가 5명 미만인 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 그 공익법인등의 임직원(이사는 제외한다. 이하 같다)이 되는 경우에는 제78조 제6항에 따른 가산세를 부과한다’고 규정하고, 제78조 제6항은 ‘세무서장등은 제48조 제8항에 따른 이사 수를 초과하는 이사가 있거나, 임직원이 있는 경우 그 사람과 관련하여 지출된 대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다’고 규정하고 있다. 위 법률 규정 문언 그대로의 해석에 의할 때, 출연자의 특수관계인 등이 공익법인의 ‘임직원이 되는 경우’에는 아무런 인원 수 등의 제한 없이 제78조 제6항의 가산세가 부과된다는 것이고, 그 문언상 위 규정들이 ‘이사회를 구성할 때 서로 민법 제777조 에 따른 친족관계인 이사들을 몇 명까지는 둘 수 있다’는 의미, 즉 특수관계인인 이사의 수를 규정하는 의미로 해석되지는 아니한다. 따라서 구 상증세법 제48조 제8항, 제78조 제6항이 특수관계인인 이 사의 수에 관하여 규정한 사립학교법 제21조 제2항 과 동일한 내용을 규정하고 있다거나, 사립학교법 제21조 제2항 이 위 각 규정에 우선하여 배타적으로 적용되어야 한다고 볼 수 없다.
- 바) 더욱이 구상증세법 제16조 제1항에서는 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자를 공익법인 등으로 규정하고, 그 위임을 받은 구 상증세법 시행령 제12조 제2호에서는 초·중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업을 영위하는 자를 공익법인 등으로 예시하고 있는데, 원고가 위 구 상증세법 제16조 제1항, 구 상증세법 시행령 제12조 제2호의 공익법인 등에 해당함은 명백하므로 원고에게는 구 상증세법 제48조 제8항이 적용된다고 할 것이다.
- 사) 따라서 학교법인이 이사회를 구성함에 있어서는 사립학교법 제21조 제2항 뿐만 아니라 구 상증세법에 따른 가산세 규정이 모두 적용되어 각각의 요건을 갖추어야 하는 것으로 봄이 타당하고, 어느 한 쪽 법률의 적용으로 인하여 다른 쪽의 법률의 적용이 배제되는 특별법과 일반법의 관계에 있다고 볼 수 없다.
- 나. 제2주장에 관한 판단
1. 관련 규정 및 관련 법리
- 가) 구 상증세법 제78조 제6항은 ‘세무서장등은 제48조 제8항에 따른 이사 수를 초과하는 이사가 있거나, 임직원이 있는 경우 그 사람과 관련하여 지출된 대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다’고 규정하고, 동법 시행령 제80조 제10항은 법 제78조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 직접경비 또는 간접경비"란 해당이사 또는 임·직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비등(괄호 안 내용 생략)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다‘고 규정하고 있다.
- 나) 항고소송에 있어서 해당 처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 처분의 적법을 주장하는 처분청에 있지만, 처분청이 주장하는 해당 처분의 적법성에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있는 정도로 증명이 있는 경우에는 그 처분은 정당하고, 이와 상반되는 예외적인 사정에 대한 주장과 증명은 상대방에게 책임이 돌아간다(대법원2012. 6. 18. 선고 2010두27639, 27646 전원합의체 판결 참조).
2. 구체적 판단 앞서 든 증거와 갑 제7, 14호증, 을 제3호증의 각 기재, 증인 丙의 일부 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분에 피고가 특수관계인인 甲의 이사 취임시기를 잘못 판단한 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.
- 가) 원고는 정관상 이사를 8인으로 규정하고 있고(이사장 1인 포함, 원고 정관 제18조 제1항), 원고의 설립 당시부터 현재까지의 이사회 구성 현황은 별지2 표 기재와 같다.
- 나) 원고의 이사 중 출연자의 특수관계인으로는 배우자 甲, 아들 乙이 있다. 甲은 19XX. XX. XX. 원고 설립시 이사로 취임하여 임기만료 후에도 수차례 중임하던 중 20XX. XX. XX. ‘퇴임’하였고, 20XX. XX. XX. ‘취임’한 것으로 20XX. X. X. 원고의 등기부등본에 등기되었으며, 20XX. XX. XX. 중임하여 현재 원고의 이사로 재직 중이다. 乙은 20XX. X. XX. 이사로 취임하여 임기 만료 후에도 수차례 중임하던 중 20XX. X. XX. 사임한 것으로 원고의 등기부등본에 등기되어 있다.
- 다) 원고의 이사회는 20XX. XX. XX. 제XXX회 이사회를 개최하여 제3호 안건으로 임원선임 및 해임의 건에 관하여 논의하였다. 당시 甲의 이사 임기는 20XX. XX. XX.로 만료될 예정이었고, 甲은 이사회에서 ‘본인의 개인 사정으로 인해 잠시 법인 이사직을 사임하고자 한다’고 발언하고 퇴장하였으며, 남은 이사 6인은 후임 이사로 전 ○○대학교 총장 丁을 선임하기로 의결하였다. 원고의 이사회는 20XX. XX. XX. 제XXX차 긴급이사회를 개최하여, ‘제XXX회차 이사회에서 甲 이사가 개인적 사유로 이사직을 사임하고 후임으로 丁이 선임되었으나, 丁의 건강에 문제가 있어 사의를 표명하였다’는 이유로 丁의 후임이사 선임안건에 대해 논의하였다. 원고의 이사 중 BBB이 甲을 丁의 후임이사로 추천하였고, 출석한 이사들이 모두 찬성하여 甲이 丁 이사의 후임이사로 선임되었다.
- 라) 甲이 실제로 퇴임한 바 없었다면 그 등기부등본상 甲을 ‘중임’으로 표시하거나 같은 날 ‘퇴임’ 및 ‘선임’이 이루어진 것으로 등기하였을 것으로 보이는데, 원고의 제XXX차 이사회 회의록상 甲이 당초 임기인 20XX. XX. XX. 퇴임한 사실이 확인되고, 제XXX차 이사회 회의록상 丁의 ‘후임이사’로서 선임된 사실이 확인되며, 甲은 20XX. XX. XX. 개최된 제XXX차 긴급이사회에서 이사로 선임된 다음 날인 20XX. XX. XX.에 이사로 ‘취임’한 것으로 등기부등본에 등기되었던 점에 비추어 보면, 甲이 20XX. XX. XX. ‘퇴임’하였고, 20XX. XX. XX. ‘취임’한 것으로 등기된 원고의 등기부등본은 그 실체관계에 부합하는 것으로 보인다. 따라서 피고가 원고의 등기부등본과 이사회회의록을 근거로 甲이 특수관계인 중 나중에 취임한 이사라고 보아 이 사건 처분을 한 것은 합리적이고 수긍할 수 있다.
- 마) 甲이 임기만료로 퇴임한 20XX. XX. XX.부터 丁의 후임이사로 선임된 20XX. XX. XX. 사이에 이사장으로서 서류를 결재한 것으로 보이기는 하나(다만 갑 제9호증의 3, 4의 서류는 甲의 재취임일인 2006. 12. 29. 이후 결재된 것이다), 갑 제9호증의 1은 공유재산대부계약서로 남구청장으로부터 광주 ○○ ○○○ 대 60㎡를 대부하는 계약을 갱신하는 것이고, 갑 제9호증의 2는 원고가 ○○대학교 건물에 대하여 교육시설재난공제회에 가입한 공제대상가입증을 수신한 문서에 결재한 것인바, 위 각 서류에 결재하는 것은 후임 이사장이 선임되지 않은 상황에서 학교법인인 원고의 정상적인 운영이 이루어질 수 있도록 하는 일종의 보존적 조치라고도 볼 수 있다. 따라서 앞서 본 법리에 비추어 보면, 갑 제9, 10호증의 각 기재 및 증인 丙의 증언만으로는 앞서 본 등기부등본의 기재 및 이사회회의록 내용에도 불구하고 甲이 실제로는 계속하여 이사로서 재직하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
- 바) 따라서 甲은 원고의 등기부등본에 등기된 일자인 20XX. XX. XX. 선임된 것으로 보아야 하고, 甲의 이사 취임으로 인해 출연자의 특수관계인(乙, 甲)이 원고의 이사 8인 중 5분의 1(= 1.6명)을 초과하게 되었으므로, 나중에 취임한 이사인 甲에 대해 원고가 지급한 이 사건 경비가 가산세 부과 대상이 된다고 보아 한 이 사건 처분에 원고가 주장하는 사실오인의 위법이 있다고 볼 수 없다.
- 다. 제3주장에 관한 판단 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제2항 본문은 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 하도록 규정하고 있으므로, 구 상증세법 제48조 제8항, 제78조 제6항에 따른 가산세의 세목은 증여세이다. 구 국세기본법 제26조 제4항 전단은 상속세ㆍ증여세의 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 한다고 규정하고 있으므로, 구 상증세법 제48조 제8항, 제78조 제6항에 따른 가산세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조 제4항 전단이 정한 10년으로 봄이 타당하다(대법원 2023. 1. 12. 선고 2022두55583 판결 참조). 따라서 2011년부터 2020년까지의 각 귀속 가산세를 부과한 이 사건 처분은 부과제척기간 내에 이루어져 적법하다.