3주택 보유하다가 순차적으로 2개의 주택을 처분한 경우 ‘일시적 1세대 2주택’ 비과세 특례 요건의 기산은 3주택자에서 2주택자로 된 시점(양도일)부터 보유기간을 기산하는 것이 타당함

사 건 2023구합10730 양도소득세경정거부처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2023. 7. 6. 판 결 선 고

2023. 8. 31.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 5. 24. 원고에 대하여 한 양도소득세 비과세로 인한 환급세액 36,560,280원 경정청구 거부 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2017. 11. 21. 광주 북구 △△동 아파트(이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 마쳤고, 2019. 1. 3. 광주 서구 ◇◇동 아파트(이하 ‘이 사건 제2주택’이라 한다)에 관하여 2018. 12. 18.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고의 배우자 AAA은 2019. 9. 9. 광주 서구 □□동(이하 ‘이 사건 제3주택’이라 한다)에 관하여 2018. 4. 12.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 후, 현재까지 원고와 함께 위 주택에서 거주하고 있다.
• 다. 원고는 2021. 10. 6. 이 사건 제2주택을 주식회사 BBB, 주식회사 CCC에게 양도하였고, 2021. 10. 12. 피고에게 이 사건 제2주택 양도에 대한 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 라. 원고는 2021. 10. 24. DDD와 이 사건 제1주택에 관한 매매계약을 체결하였고, 2021. 11. 29. DDD에게 이 사건 제1주택을 양도하였는데, 이상과 같은 원고의 주택취득 및 양도 현황을 정리하면 아래 표의 기재와 같다. 주택 취득일 양도일(처분일) 비고 이 사건 제1주택

2017. 11. 21.

2021. 11. 29.

2021. 10. 24. 매매계약 체결 이 사건 제2주택

2019. 1. 3.

2021. 10. 6.

2021. 10. 12. 양도소득세 예정신고 이 사건 제3주택

2019. 9. 9. 현재 거주 중

• 마. 원고는 2022. 2. 28. 이 사건 제1주택 양도에 대해 1세대 2주택 기본세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 36,471,586원을 수정신고·납부하였으나, 2022. 4. 1. 피고에게 이 사건 제1주택이 양도 당시 1세대 일시적 2주택 비과세 적용대상에 해당한다고 주장하며 양도소득세 36,471,586원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2022. 5. 24. 원고의 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였는데, 이 사건 처분의 사유는 아래와 같다. 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따른 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일은 이 사건 제2주택의 양도일(2021. 10. 6.)로서, 이 사건 제1주택은 양도일(2021. 11. 29.) 현재 소득세법 제89조 및 같은 법 시행령 제154조에 따른 비과세 요건을 충족하지 않은 것으로 판단된다.
• 사. 원고는 이에 불복하여 2022. 7. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 20. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 처분사유의 부존재 이 사건 제1주택이 양도될 당시 시행되고 있던 소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제4항, 구 소득세법 시행령(2021. 11. 9. 대통령령 제32104호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제154조 제1항, 제5항, 제11항, 제155조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 1주택 보유자가 그 종전 주택을 양도하기 전에 다른 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택 보유자가 된 경우라고 하더라도, 종전 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하였고, 그 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하였으며, 그 양도 당시 종전 주택의 취득일로부터 양도일까지의 종전 주택의 보유기간이 2년 이상이면 양도소득 비과세 대상인 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’에 해당한다. 그런데 원고와 같이 종전 주택(이 사건 제1주택)을 소유한 1세대가 순차로 2개의 신규 주택(이 사건 제2, 3주택)을 취득하여 3주택을 보유하다가, 1개의 주택(이 사건 제2주택)을 처분하여 2주택(이 사건 제1, 3주택)을 보유하던 중 다시 종전 주택(이 사건 제1주택)을 처분한 사안에서, 종전 주택(이 사건 제1주택)을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득하였고, 그 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택(이 사건 제1주택)을 양도하였으며, 그 양도 당시 종전 주택(이 사건 제1주택) 취득일로부터 양도일까지의 보유기간이 2년 이상이면, 앞서 본 경우와 마찬가지로 양도소득 비과세 대상인 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’에 해당한다고 해석하여야 하고, 원고는 그에 따른 양도소득 비과세 요건을 모두 충족하였다. 그럼에도 피고가 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일을 ‘이 사건 제1주택의 취득일’이 아닌 ‘이 사건 제2주택의 양도일’로 잘못 판단하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙 등 위반 국세청의 2021. 4. 12.자 유권해석(사전-2021-법령해석재산-0404, 2021. 4. 12., 이하 ‘종전 유권해석’이라 한다)에 의하면, 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일은 위 주택의 취득일(2017. 11. 21.)이 되어 원고는 위 주택을 2년 이상 보유한 것으로 인정되므로, 이 사건 제1주택의 양도는 1세대 일시적 2주택 비과세의 대상이다. 그러나 기획재정부의 2021. 11. 2.자 유권해석(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2., 이하 ‘새로운 유권해석’이라 한다)에 의하여 종전 유권해석은 삭제되었고, 이로 인해 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일은 이 사건 제2주택의 양도일(2021. 10. 6.)이 됨으로써 결과적으로 1세대 일시적 2주택 비과세의 대상에서 제외되었다. 따라서 피고가 이 사건 제1주택에 관한 매매계약이 체결된 이후 새로운 유권해석을 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 종전 유권해석에 대한 원고의 신뢰를 침해한 것이므로, 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙 등을 위반하여 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 처분사유의 존부

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 것과 같이, 원고 세대는 이 사건 제1주택을 보유하다가 순차로 이 사건 제2, 3주택을 취득하여 3주택 보유자가 되었다가, 이 사건 제2주택을 처분하여 이 사건 제1, 3주택을 보유한 2주택 보유자로 있던 중 이 사건 제1주택을 양도하였다. 위 인정사실 및 앞서 본 법리에 비추어 살피건대, 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 제1주택을 양도한 것은 ‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례를 규정한 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호가 적용되는 경우라고 볼 수 없다. 따라서 피고가 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 등에 따라 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일을 ‘이 사건 제2주택의 양도일’로 보아 이 사건 처분을 한 것은 정당하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 이 사건 처분의 근거가 된 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(소득세법 제4조 제1항 제3호), 예외적으로 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(소득세법 제89조), 특히 원고가 주장하는 일정한 요건을 충족한 2주택자의 종전 주택(이 사건 제1주택) 양도에 대하여 양도소득세를 부과하지 않는 소득세법 등 관계 법령의 해당 규정은 명백한 특혜규정이므로, 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 한다.
• 나) 원고의 경우와 같이 1세대가 주택을 신축이나 매매, 증여 등의 계약으로 취득함으로써 2주택 이상을 보유한 경우에 관한 양도소득 비과세 특례를 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 에 따르면, 국내에 1주택(종전 주택, 이 사건 제1주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 종전 주택(이 사건 제1주택)을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득하고, 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택(이 사건 제1주택)을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다. 위와 같은 구 소득세법 시행령의 규정 내용에 의하면, ’1세대 일시적 2주택‘에 대한 양도소득 비과세 특례는 1개의 주택을 보유한 1세대가 신규로 1개의 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하는 것이고, 원고와 같이 3개의 주택을 보유한 1세대가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2개의 주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않다.
• 다) 또한, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에서는, 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ’ 소득세법 제95조 제4항 에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(구 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다‘고 정하고 있다. 위와 같은 양도소득 비과세 특례 적용요건으로서의 보유기간 계산에 관한 규정 역시, 구 소득세법 시행령 제155조 등에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우나 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우만을 상정하고 있을 뿐이고, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우를 상정하고 있지는 않다. 라) 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 제154조 제11항, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서, 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 ‘1세대 일시적2주택’으로 보아 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이다. 위와 같은 관계 법령규정의 입법 목적이나 취지에 비추어 보면, 원고와 같이 3주택을 보유하다가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우는 소득세법 제89조 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.
• 마) 결국 원고의 주장처럼 원고가 보유한 3주택 중 1개의 주택(이 사건 제2주택)이 처분된 시점을 기준으로 하여 그 때부터 새롭게 비과세대상인 1세대 2주택으로 취급하는 것은, 종전에 과세의 대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않게 됨으로써, 앞서 본 관계 법령의 입법 목적이나 제도의 취지와도 배치되는 결과를 발생시킨다. 따라서 피고가 이 사건 제1주택의 취득일이 아니라 원고가 3주택자에서 2주택자가 된 시점(이 사건 제2주택의 양도일)부터 이 사건 제1주택의 보유기간을 기산함으로써, 이 사건 제1주택에 대한 2년 이상 보유요건이 충족되지 아니하였다고 판단한 이 사건 처분사유는 적법하다.
• 나. 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙 등의 위반 여부

1. 관련 법리 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 위 법리에 비추어 살피건대, 갑 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 종전 유권해석은 ‘주택 보유세대가 1주택을 양도하여 남은 주택이 1세대 일시적 2주택이 된 상태에서 먼저 취득한 주택을 추가로 양도할 경우, 해당 주택의 보유기간 기산일은 해당 주택(이 사건의 경우, 이 사건 제1주택)의 취득일로 한다’는 내용의 질의회신을 한 사실 및 새로운 유권해석은 ‘위와 같은 경우, 해당 주택의 보유기간 기산일은 1세대 일시적 2주택이 되기 전 양도한 주택(이 사건의 경우, 이 사건 제2주택)의 양도일로 한다’는 내용의 질의회신을 한 사실이 각 인정된다. 그러나 종전 유권해석은 원고의 질의에 대한 답변이 아니므로 원고에 대한 공적인 견해표명으로 보기 어렵고, 종전 유권해석이 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정납세자를 상대로 일반적으로 공표한 법령 해석에 관한 견해 표명에 불과하므로, 원고에 대한 보호가치 있는 신뢰가 존재한다고 볼 수 없다. 더욱이 새로운 유권해석은 회신일(2021. 11. 2.) 이전으로 소급해서 적용하는 것이 아니라, 위 회신일 이후 양도하는 분부터 새롭게 적용하는 것임을 명시적으로 밝히고 있다. 그리고 설령 원고에게 종전 유권해석에 대한 신뢰가 존재하는 것으로 가정하더라도, 합법성의 원칙을 희생하면서까지 원고의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합한다는 등의 특별한 사정도 보이지 않는다. 따라서 이 사건 처분이 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙 등을 위반하여 위법한 것으로 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

• 다. 소결 결국 피고가 이 사건 처분 당시 원고에게 내세운 처분사유는 적법하여 이 사건 처분은 그 정당성이 인정되고, 원고의 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙 등의 위반 주장 역시 이유 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 이 사건 청구를 기각한다.