후발적 경정청구 해당 여부는 ‘장부 등에 대한 압수의 해제로 인하여 당초 과세표준과 세액을 산정하는 근거가 된 사항에 변동을 가져오는지 여부’에 있음

사 건 2023구합10242 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAAA 피 고

○○세무서장 변론종결

2025. 12. 12. 판결선고

2026. 1. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2022. 2. 28. 원고에 대하여 한 2014년 2기분 부가가치세 60,542,410원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 지위 원고는 건축, 전자자재 제조업 등을 목적으로 하는 회사로, 2013. 3. 6. 설립되었다가 2015. 12. 31. 직권 폐업된 후 2020. 12. 8. 상법 제520조의2 제1항 에 따라 해산간주되었다.
• 나. 원고에 대한 부가가치세 경정ㆍ고지 등

1. 원고는 주식회사 BBBB(이하 주식회사 기재 생략, 다른 회사도 두 번째 기재부터는 같다) 등으로부터 수취한 각 매입세금계산서와 BBBB 등에게 발행한 각 매출세금계산서를 근거로 2014년 2기분 부가가치세를 신고․납부하였다.

2. ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 1.경부터 2016. 4.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였다. 그에 따라 조사청은 원고의 실질 운영자이자 BBBB의 대표이사인 CCC이 해외에 페이퍼컴퍼니를 설립한 후 동일한 재화를 가지고 수출과 수입을 반복하는 이른바 ‘뺑뺑이 무역’을 함으로써 조세범처벌법 제3조 제1항 제2호, 제10조 제2항, 제3항 등을 위반한 것으로 보고, 원고와 CCC을 검찰에 고발하는 한편, 원고가 2014년 2기 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 세금계산서를 발급ㆍ수취하였다고 보아 위 세금계산서들을 가공세금계산서로 확정하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

3. 이에 피고는 2016. 5. 10. 원고에 대하여 2014년 2기 부가가치세 60,542,410원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

• 다. CCC에 관한 형사사건 경과

1. CCC은 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(재산국외도피)죄와 관세법위반죄 등으로 기소되어 2016. 6. 1. 제1심 법원(○○지방법원 ○○지원 2015고합000)에서 징역 8년 및 벌금 19,200,000원을 선고받았다. 위 1심 판결에 대하여 CCC과 검사가 쌍방 항소하였고, 항소심 법원(○○고등법원 2016노000)은 2017. 1. 12. 원심판결을 일부 파기하고 CCC에게 징역 9년 및 벌금 19,200,000원을 선고하였으며, 이에 다시 쌍방이 상고(대법원 2017도0000)하였으나 2017. 5. 31. 상고가 모두 기각되어 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다(이하 ‘제1 관련 사건’이라 한다). 1)

2. 한편 CCC은 2018. 4. 19. 특정범죄가중처벌등에관한법률(허위세금계산서교부 등)위반 및 조세범처벌법위반 등의 공소사실로 기소되어 제1심에서 2019. 7. 19. 징역 6월 및 벌금 180,000,000원을 선고받았다. CCC과 검사 쌍방이 위 판결에 불복하여 항소를 제기하였고, 항소심 법원(○○고등법원 2019노000)은 2019. 9. 30. CCC의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 파기하고 CCC에게 징역 4월 및 집행유예 1년을 선고하였으며, 위 판결은 2021. 10. 8. 그대로 확정되었다(이하 ‘제2 관련 사건’이라 한다). 위 관련 확정판결의 무죄 부분 이유는 별지1 ‘관련 형사사건 무죄 부분 이유’ 기재와 같다.

• 라. 전심절차

1. 원고는 2022. 1. 4. 피고에게 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 사유가 발생하였다는 이유로 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2022. 2. 28. ‘원고가 들고 있는 형사사건에 대한 판결은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다’는 이유로 위 경정청구를 각하하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

2. 원고는 이에 불복하여 2022. 5. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 20. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 4, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 주위적 주장 원고는 매입매출장 등 장부를 비롯한 각종 회계 서류들이 이 사건 부과처분이 있기 이전부터 제1 관련 사건의 수사과정에서 압수된 상태였기 때문에, 이 사건 부과처분의 세액 등이 적정한지 여부를 다투거나 충분한 소명을 할 수 없었다. 그런데 이후 제2 관련 사건에서 이 사건 부과처분의 전제사실인 원고의 허위 세금계산서 발급 및 수취 등과 관련하여 대부분 무죄가 선고되었는바, 그렇다면 원고는 장부 및 증거서류가 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 이 사건 부과처분 당시 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나, 제2 관련 사건에서 인정된 사실관계와 현출된 소송자료 등에 의하여 그와 같은 사유가 해소되었다고 보아야 한다. 그럼에도 피고는 원고의 경정청구 사유가 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호에 따른 경정청구 대상이 되지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였으므로, 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 예비적 주장 설령 그렇지 않더라도, 위와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고의 2014년 2기의 부가가치세에 관하여는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2 제4호의 후발적 경정사유가 발생하였다고 보아야 한다.

• 가. 증명책임 후발적인 사유에 기한 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 납세의무자가 자신의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세자의 보호와 권리구제를 확대하기 위하여 예외적으로 허용한 특별규정으로서, 일반적인 경정청구와 달리 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자에게도 허용되고, 일반적인 경정청구기간의 제한을 받지 않으므로, 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 각 호의 후발적 경정사유에 해당하는지를 판단함에 있어서는 후발적 경정청구 제도의 취지와 특성을 고려할 필요가 있다. 그리고 납세의무자가 납세의무 성립 후 후발적 사유가 발생하여 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생겼다는 이유로 부과된 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우, 당초 과세표준 결정 등의 근거를 이루는 사실관계 등이 다른 것으로 변동되었다는 점, 즉 후발적 경정청구 사유가 일응 존재한다는 점에 대해서는 조문의 구조나 증거의 편재 등에 비추어 볼 때 납세의무자가 이를 주장하고 증명하여야 한다고 보는 것이 타당하다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결, 대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결 등 참조).
• 나. 후발적 경정청구 사유의 존부에 관한 판단

1. 주위적 주장에 관한 판단 앞서 본 처분의 경위와 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 이 사건 경정청구에 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호에서 정한 후발적 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 가) 앞서 본 국세기본법령의 내용, 체계 및 취지, 특히 입법자는 납세자의 권리구제를 확대하기 위하여 후발적 경정청구제도를 마련하면서도, 조세법률관계의 안정성을 확보하기 위하여 법령에서 열거한 일정한 후발적 사유로 인하여 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우로 후발적 경정청구 사유를 제한하고 있는 점 등에 비추어 보면, 국세기본법 시행령 제25조의2 제3호 에 규정된 ‘최초의 신고‧결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우’란 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자가 최초신고 등이 이루어질 당시에 장부 등이 압수되거나 압수에 준하는 정도에 이르는 사유로 말미암아 과세표준이나 세액을 산출할 수 없었던 까닭에, 개별 조세실체법에 따른 납세의무가 일단 성립하였으나 ② 이후 그 해당 사유가 소멸함에 따라 당초의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부, 그 법률효과 내지 법적의미가 후발적으로 변경됨으로써 당초의 과세처분이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 뜻한다고 봄이 상당하다.
• 나) 갑 제1호증의 기재에 의하면, 제1 관련 사건의 수사과정에서 원고의 매입매출장 등 회계장부를 포함하여 세금계산서, 거래명세표, 통장내역 등 기타 회계서류가 압수된 사실은 인정된다. 그런데 원고의 주장에 의하더라도 원고의 장부 및 관련 서류들을 수사기관으로부터 환부 받지 못하고 있다는 것이므로, 현재의 상태에서는 당초 부과처분의 과세표준 및 세액의 전제가 되는 거래 또는 행위(예컨대 원고와 BBBB 사이의 거래관계)의 존재 여부나 그 법률효과에 어떠한 변동이 생겼다고 볼 수 없을 뿐만 아니라(즉, 원고의 공급내역, 결제내역 등에 관한 장부나 세금계산서 등 증빙자료를 확인할 수 없는 현재의 조건에서는 원고가 주장하는 비용의 용도 및 액수를 확정하거나, 이 사건에서 가공거래로 문제된 세금계산서가 실물거래에 기초한 것인지 여부 등을 전혀 파악할 수 없다), 설령 원고가 위와 같은 증빙자료를 새로이 제출한다고 하더라도, 원고의 2014년 2기분 부가가치세에 관한 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 사정이 발생한다고 단정하기도 어렵다.
• 다) 이와 관련하여 원고는, CCC에 대하여 몰수의 선고가 없는 제1 관련 사건의 판결이 확정됨에 따라 원고의 회계 장부 및 서류 등에 대한 압수가 해제된 것으로 간주되는 점, 압수물 환부에 대한 수사기관의 자의적인 판단에 따라 후발적 경정청구의 당부가 달라지는 부당한 결과가 초래될 수 있는 점 등을 들어 이 사건 부과처분에는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 제25조의2 제3호에서 정한 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 보아야 한다고 주장한다. 그러나 형사절차와 행정절차는 그 목적과 요건 등이 구별되는 별개의 절차일뿐만 아니라, 국세기본법상 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것인바, 국세기본법 시행령 제25조의2 제3호 소정의 경정사유에 해당하는지 여부는 ‘장부 및 증거서류에 대한 압수의 해제 등으로 인하여 당초 과세표준과 세액을 산정하는 근거가 된 사항에 변동을 가져오는지 여부’에 달려 있다고 할 것이지 단순히 ‘압수가 종료되었는지 여부’에 의한 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 라) 또한 원고는, 제2 관련 사건 판결에서 인정된 사실 및 판단, 그리고 위 재판 과정에서 제출된 과세자료 등으로 인해 원고가 부가가치세 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었던 ‘부득이한 사유’가 소멸되었다는 취지로도 주장한다. 살피건대, 국세기본법 시행령 제25조의2 제3호 는 ‘장부 및 증거서류의 압수’와 ‘그 밖의 부득이한 사유’를 병렬적으로 규정하고 있으므로, 그 문언 자체에서 보더라도 둘 중에 어느 하나에 해당할 수 있을 뿐 위 두 종류의 경정사유에 중복하여 해당할 수는 없다고 할 것이다. 그런데 원고 스스로 밝히고 있는 바와 같이, 원고가 이 사건 부과처분 당시에 그 과세표준이나 세액의 적정성 등을 확인할 수 없었던 것은 제1 관련 사건의 수사과정에서 원고의 회계 장부 및 서류에 대한 압수가 이루어졌기 때문이고, 달리 원고에게 압수에 준하는 정도에 이르는 장애 사유가 있었다고 볼 만한 사정도 없으므로, 원고에게는 애초에 위 조항에서 말하는 ‘그 밖의 부득이한 사유’가 존재하였다고 볼 수 없다(제2 관련 사건의 판결 확정을 위 압수의 효력을 직접 상실시키는 사유에 해당한다고 볼 수 없음은 물론이다).
• 마) 설령 가정적으로 이에 관하여 살펴보더라도 다음과 같은 이유에서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

① 원고는 국세기본법 제45조의2 제2항 제3호 의 후발적 경정청구 사유를 주장하면서도 실질적으로는 제2 관련 사건의 판결을 들며 이 사건 부과처분의 기초를 이루는 사실관계와 법률상 쟁점에 관하여 다투고 있는바, 이는 이 사건 부과처분의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 제2 관련 사건의 확정판결에 의하여 다른 것으로 확정되었다고 주장하는 것과 다를 바 없다.

② 그런데 형사사건의 재판절차에서 납세의무의 존부나 범위에 관한 판단을 기초로 판결이 확정되었다 하더라도, 과세절차는 실질과세의 원칙 등에 따라 적정하고 공정한 과세를 위하여 과세표준 및 세액을 확정하는 것인데 반하여, 형사소송절차는 불고불리의 원칙에 따라 기소된 공소사실을 심판대상으로 하여 국가 형벌권의 존부 및 범위를 확정하는 것을 목적으로 하므로, 설사 조세포탈죄의 성립 여부 및 범칙소득금액을 확정하기 위한 형사소송절차라고 하더라도 과세절차와는 목적이 다르고 그 확정을 위한 절차도 별도로 규정되어 있어 서로 상이하고, 형사소송절차에서는 대립 당사자 사이에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위의 취소 또는 무효 여부에 관하여 항변, 재항변 등 공격ㆍ방어방법의 제출을 통하여 이를 확정하는 절차가 마련되어 있지도 않다.

③ 더욱이 형사소송절차에는 엄격한 증거법칙 하에서 증거능력이 제한되고 무죄추정의 원칙이 적용된다. 법관으로 하여금 합리적 의심이 없을 정도로 공소사실이 진실한 것이라는 확신을 가지게 할 수 있는 정도의 증명력을 가진 증거에 의하여만 유죄의 인정을 할 수 있다. 따라서 형사소송에서의 무죄 판결은 그러한 증명이 없다는 의미일 뿐이지 공소사실의 부존재가 증명되었다는 의미가 아니다(대법원 1998. 9. 8. 선고 98다25368 판결, 대법원 2006. 9. 14. 선고 2006다27055 판결 등 참조).

④ 제2 관련 사건의 판결은 형사재판에서 범죄사실의 인정에 요구되는 엄격한 증거 법칙과 합리적인 의심이 없는 정도의 증명을 고려하여 검사가 제출한 증거들만으로는 CCC이 운영하는 원고가 실제 재화나 용역을 공급하지 아니한 채 허위의 세금계산서를 발급하였다거나, 실제 재화나 용역을 공급받지 아니한 채 허위 세금계산서를 수취하였다는 점에 관한 증명이 부족하다는 이유로 CCC에 대한 허위 세금계산서 발급ㆍ수취의 점 중 일부에 관하여 무죄로 판단한 것이다. 따라서 위와 같은 판결로 인하여 이 사건 부과처분의 기초가 된 법률관계나 사실관계가 실체적, 후발적으로 변동되었다거나 절차상 다른 내용으로 확정되었다고 보기는 어렵다.

⑤ 또한 제2 관련 사건은 이 사건 부과처분의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관하여 발생한 분쟁의 해결을 목적으로 하는 소송이 아님이 명백하고, 그 판결로 인하여 이 사건 부과처분의 전제가 된 사법상 거래 또는 행위의 효력에 영향을 미치지도 아니하며, 이 사건 부과처분 관련 납세의무의 존부나 범위에 관하여 판단을 한 바도 없다.

• 바) 이와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

2. 예비적 주장에 관한 판단 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 주장하는 사유가 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호 에 규정된 경정청구 사유에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

① 국세기본법 제45조의2 제2항 은 제1호부터 제4호까지에서 후발적 경정청구 사유를 열거하고 있고, 제5호에서 ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유’를 규정하고 있다. 그리고 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 의 위임에 따른 같은 법 시행령 제25조의2는 제1호부터 제3호까지에서 후발적 경정청구 사유를 열거하고 있고, 제4호에서 ‘제1호부터 제3호까지와 유사한 사유’를 규정하고 있다. 즉, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 부터 제4호까지와 같은 법 시행령 제25조의2 제1호부터 제3호까지에 규정된 후발적 경정청구 사유들은 모두 최초 신고 또는 결정 후 그 신고 또는 결정의 전제가 된 사실관계가 변경되었다고 볼 수 있는 경우들을 유형화한 것이다.

② 앞서 살펴본 바와 같이, 원고의 회계장부 등에 대한 압수가 해제된 것으로 간주된다거나 관련 형사판결이 확정되었다는 사정은 국세기본법 시행령 제25조의2 각 호의 사유와 그 기본적인 내용에 차이가 있어 동일하게 취급하기 어려우므로, 그에 준하는 사유로 보기도 어렵다.

③ 따라서 원고가 주장하는 사정이 이 사건 부과처분의 과세표준과 세액을 산정하는 근거가 된 사항에 변동을 초래한다고 볼 수 없으므로, 이를 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 부터 제3호까지에 규정된 후발적 경정청구 사유들과 ‘유사한 사유’에 해당한다고 볼 수는 없다.

3. 소결론 따라서 이 사건 경정청구에 후발적 경정청구 사유가 존재하지 않으므로, 피고의 이 사건 거부처분은 적법하다(한편 원고는 이 사건 부과처분이 근거과세 및 실질과세의 원칙 등에 반하여 위법하다는 취지로도 주장하나, 위와 같은 사유는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의한 통상의 경정청구 사유가 될지는 몰라도, 통상의 경정청구 기간이 지난 경우에도 납세자의 권리구제를 위하여 일정한 사유가 발생한 경우에만 예외적으로 허용되는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않거나 적어도 후발적 경정청구 사유가 인정됨을 전제로 한 다음 단계의 판단 영역에 해당하므로, 이에 관하여는 별도로 살펴보지 아니한다).

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 다만 위 사건의 공동피고인 중 김○○, 유○○에 대하여는 2021. 10. 28. 대법원에서 상고 기각되어 최종 확정되었다.