4. 판단
- 가. 甲토건의 이 사건 토목공사 시공 여부 앞서 든 증거들, 갑 제6호증, 을 제6, 17 내지 22호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 아래의 사실 내지 사정을 종합하면, 甲토건은 이 사건 토목공사를 시공하지 않았다고 봄이 상당하다.
1. 원고는 甲토건이 0000. 00. 00.부터 소외 GG건설 주식회사가 이 사건 신축공사 중 토공사를 하기 전까지 터파기 전 준비공사, 민원발생에 따른 대응공사, 폐기물 등 주변정리 공사 등 토목 관련 주변정비작업 등 마무리공사를 했다고 주장하고, 乙건설은 이 사건 세무조사 당시 甲토건이 우수공, 오수공, 포장공, 부대공을 했다는 내용의 견적 내역서를 제출한 바 있는데, ① 원고가 주장하는 공사 자체의 내역이 불분명하고, ② 그 공사 내역조차도 乙건설이 제출한 위 견적 내역서와도 일치하지 않으며, ③ 원고가 주장하는 공사대금 또한 0,000,000,000원으로 큰 금액임에도 원고가 시공했다는 각 공사별로 내역을 인정할 자료가 없다.
2. 이 사건 신축공사 가운데 건물철거공사는 0000. 00. 무렵 소외 주식회사 HH산업이 완료했고, 토공사는 GG건설 주식회사가 0000. 00. 00. 乙건설로부터 도급받아 터파기, 잔토처리, 바닥정지 등 토공사 및 폐기물처리 등을 포함한 부대공사, 복공공사, 가설울타리공사, 임목폐기물공사를 맡아 시공했으며, 배수설비공정(우수 및 오수)은 0000. 00. 무렵 소외 주식회사 II건설이 시공을 마쳤고, 도로포장 공정은 0000년 무렵 마쳐져 乙건설이 그 무렵 도로점용(원상회복)공사 준공확인신청을 했다.
3. 원고는 甲토건이 이 사건 토목공사를 시행했다는 근거로 매입·매출장과 현장사진 18장을 제출했을 뿐이고, 토목공사 시방서, 견적서, 설계도면, 기성청구내역서 등의 자료는 제출하지 못하고 있다.
4. 위 사진 가운데 甲토건이 경계석 설치 및 보도확장(포장공)의 증거로 제출한 사진(을 제18호증, 4쪽)은 0000년 무렵 乙건설이 제출한 도로점용(원상회복)공사 준공확인신청서 첨부 사진(을 제22호증, 7쪽 하단)과 동일하고, 나머지 사진들은 그 촬영일을 확인할 객관적인 자료가 없다.
5. CCC는 이 사건 세무조사 과정에서, 이 사건 신축공사와 관련해 우수공, 오수공, 포장공, 부대공 등을 시공했다고 하면서도 부대공 2) 은 수목 제거 등 주변정리를 의미하는 것으로 본 터파기 공사 전 준비공사라고 진술했고, 도로를 포장했다면서도 볼라드 3) 공사를 시행하고 아스콘 공사를 뜯고 차선을 도색하는 공정을 했다고 진술하는 등 토목공사의 작업공정에 부합하지 않는 진술을 했으며, 오수, 우수, 포장공사 시행업체가 별도로 있었다는 사실을 지적하자 잘 모르겠다고 대답한 것을 비롯해 구체적인 공사내역이나 공사시기에 관해 대부분 기억나지 않는다고 진술해 이 사건 토목공사의 구체적인 내용을 알지 못하는 것으로 보이는데, 이 사건 금원이 甲토건의 0000년도 매출의 상당 부분을 차지하고 있는 점에 비추어 볼 때 甲토건을 실질적으로 경영하던 CCC가 이 사건 토목공사의 구체적인 내용을 잘 알지 못한다는 것은 경험칙상 납득하기 어렵다.
- 나. 이 사건 금원과 이 사건 주식양도 사이 대가관계 여부
1. 관련 법리 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 및 제96조 제1항은 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우 자산의 양도가액은 ‘양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)’으로 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제1항은 ‘양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(양도가액)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있는데, 이때 ‘총수입금액’이란 당해 자산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니라 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻하고, 그 대가에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙상 명목 여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지의 여부에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누2967 판결 등 참조). 한편, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).
2. 구체적인 판단 앞서 든 증거들, 을 제7, 23호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 아래의 사실 내지 사정을 모아보면, 甲토건이 이 사건 토목공사를 실제 시공하지 않았음에도 불구하고 이 사건 주식 및 지분의 양수인인 DDD가 운영하는 乙건설이 원고가 최대주주로 있는 甲토건에게 이 사건 토목공사대금으로 이 사건 금원을 지급한 것은 이 사건 주식양도 및 지분양도의 대가라고 경험칙상 추정할 수 있고, 원고가 제출한 증거들만으로는 그러한 경험칙을 적용할 수 없는 사정이 충분히 입증되었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 금원이 이 사건 주식양도와 대가관계가 없다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
- 가) 이 사건 주식양도 시점(0000. 00. 00.)에서, 丁개발 보유 부동산에 대해 기준시가(토지는 개별공시지가, 건물은 기준시가)를 적용한 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 주식의 1주당 가액은 00,000원이다. 한편, 0000년 무렵 ○○동 일대에서 아파트 시행부지로 편입된 인근 필지의 거래가액은 아래와 같이 상승했고, 丁개발이 소유한 ○○동 부동산도 乙건설이 0000년 신축한 ○○○○○○○ 1차 아파트 사업 부지에 포함된바, 丁개발 보유 부동산 가액은 기준시가보다 높다고 봄이 상당하다. 그럼에도 불구하고 원고가 DDD에게 이 사건 주식을 보충적 평가에 따른 주당 가액 00,000원보다 현저히 낮은 00,000원에 양도한 것은 경험칙상 납득하기 어렵다. 아파트 시행부지로 편입된 인근 필지의 ㎡당 토지 거래가액 순번 소재지 면적(㎡) 거래일자 거래가격(㎡당) 공시지가(㎡당) 1
○○동 000-1, 24 1,836.7
0000. 00. 00. 2,071,265 858,600 2
○○동 000-2, 21, 22 5,565
0000. 00. 00. 988,426 810,000 3
○○동 000-6 1,182
0000. 00. 00. 1,184,433 858,600 4
○○동 000-7 1,988
0000. 00. 00. 1,562,487 810,000 5
○○동 000-11 1,988
0000. 00. 00. 1,681,767 810,000
0000. 00. 00.)에서, 丙개발 보유 부동산에 대해 위와 같은 보충적 평가방법에 따라 평가한 출자지분 1좌당 가액은 00,000원이고, 앞서 본 사정 및 丙개발이 소유한 ○○동 부동산도 乙건설이 0000. 00. 신축한 ○○○○○○○ 2차 아파트 사업부지에 포함된 점을 고려하면 丙개발 보유 부동산 가액 또한 기준시가보다 높다고 봄이 상당함에도 원고가 DDD에게 丙개발 출자지분을 보충적 평가에 따른 출자지분 1좌당 가액 00,000원보다 낮은 00,000원에 양도한 것 또한 이례적이다.
- 다) 원고는 0000년에 甲토건으로부터 0,000,000,000원을 입금받은 후 000,000,000원을 상환하고 나머지 0,000,000,000원은 상환하지 않았고, 甲토건의 0000 사업연도 법인세 신고 당시 제출된 자료에는 원고가 상환하지 않은 위 0,000,000,000원에 대하여 주주·임원·종업원 단기대여금으로 계상된 사실도 없으므로, 원고는 0000년에 甲토건으로부터 합계 0,000,000,000원를 지급받은 것으로 보인다(원고는 원고와 甲토건 사이의 위 금전거래는 원고의 가족들에 의해 운영되는 甲토건의 자금을 원고의 가족들의 계좌를 통해 운용한 것이고 이러한 금전거래는 0000년 외에도 계속되어 왔다고 주장하면서도 이와 관련된 자료는 제출하지 않았다). 또 위 0,000,000,000원은 乙건설이 甲토건에게 지급한 이 사건 금원에 근접한 금액이고, 甲토건과 乙건설 사이에 이 사건 주식양도 및 지분양도 외에 이 사건 금원의 성격을 가름할 의미 있는 법률관계는 없다.
- 다. 소결론(정당한 세액의 산정) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이고(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조), 세액의 산출과정에 잘못이 있어 과세처분이 위법한 것으로 판단되는 경우라도 사실심 변론종결 당시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 법원은 과세처분 전부를 위법한 것으로 취소할 것이 아니라 과세처분 중 정당한 산출세액을 초과하는 부분만을 위법한 것으로 보아 그 위법한 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누19496 판결 등 참조). 한편, 소득세는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 1년 단위로 과세하므로(소득세법 제5조 제1항), 동일 과세년도에 2회 이상의 자산양도가 있는 경우에 그 양도소득세는 각 양도횟수별로 계산하여 부과되는 것이 아니라 모든 양도자산에 대하여 하나의 양도소득세액을 산출하여 부과하여야 한다(대법원 1991. 5. 24. 선고 91누865 판결 등 참조). 그렇다면, 이 사건 처분은 비록 세액의 산출과정에 있어서 이 사건 금원을 이 사건 주식양도의 대금으로만 특정한 잘못이 있으나, 이 사건 주식양도 및 지분양도는 0000년 귀속 소득세 과세기간(0000. 1. 1.부터 0000. 12. 31.까지) 내에 이루어진 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 금원을 이 사건 주식양도 및 지분양도에 따른 소득으로 보아 산정한 0000년 합산 양도소득금액과 이 사건 처분에서 산정한 0000년 합산 양도소득금액이 동일하고 그에 따라 산출되는 세액 또한 동일하다. 따라서 이 사건 처분의 세액은 정당한 세액을 초과하지 않는바, 이 사건 처분은 적법하다.