토지 건물 가액 구분금액이 안분계산한 가액과 100분의 30이상 차이가 있어 토지 건물 가액이 불분명한 때에 해당

사 건 2021구합14332 양도소득세경정처분 취소 원 고 이○○ 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2022.5.26. 판 결 선 고 2022.7.7.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 9. 4. 원고에 대하여 한 00원의 2019년도 양도소득세 경정처분을 취소한다.

• 가. 원고와 그 배우자인 엄○○은 2019. 5. 16. 주식회사 ○○종합개발(이하 ‘○○종합개발’이라 한다)과 사이에 아래와 같이 원고와 엄○○이 각 1/2 지분씩 공유한 ○○ ○구 ○○동 ○-○ 외 2필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 원고 단독 소유의 이 사건 토지 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 총 매매대금 23억 100만 원에 ○○종합개발에게 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다). 표삭제
• 나. 원고는 2019. 12. 9.경 ○○종합개발로부터 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 모두 수령하였고, ○○종합개발은 같은 날 이 사건 토지 및 건물에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였으며, 이후 ○○종합개발은 2019. 12.23.경부터 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지 등 11필지 지상에 오피스텔 등을 신축하고 있다.
• 다. 원고는 2020. 2. 27. AA세무서에 이 사건 건물의 가액을 1,000원, 이 사건 토지 중 원고의 1/2 지분에 해당하는 가액을 1,150,499,500원으로 산정하여 양도소득세 31,452,900원을 신고ㆍ납부하였다.
• 라. 피고는 원고, 엄○○이 이 사건 매매계약을 통해 ○○종합개발에게 일괄 양도한 이 사건 토지 및 건물에 관하여 소득세법 제100조 제2항, 제3항에 따라 토지와 건물 등의 가액구분이 불명확한 때로 보아 기준시가1)로 안분계산하여 이 사건 토지 중 1/2지분의 양도가액은 약 6억 2,845만 원, 이 사건 건물의 양도가액은 약 9억 4,918만 원을 적용하여 양도소득금액을 계산 후, 2020. 9. 4. 원고에 대하여 양도소득세 86,852,500원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 이에 원고는 2020. 9. 22. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2021. 9. 7. 이를 기각하였다(조심 2020광8284). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지의 양도가액은 23억 100만 원(그 중 원고의1/2 지분의 양도가액은 11억 5,050만 원), 이 사건 건물의 양도가액은 0원이다. 나아가 이 사건 매매계약은 이 사건 토지 등 지상에 오피스텔 신축을 하려는 ○○종합개발에게 이 사건 건물은 철거하고 이 사건 토지만을 취득하게 할 목적으로 이루어진 것이고, 실제로 ○○종합개발은 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지 등 11필지 지상에 오피스텔 등을 신축하고 있는 점 등에 비추어, 위와 같이 이 사건 매매계약에서 이 사건 토지 및 건물의 가액을 구분한 것이 원고, 엄○○, ○○종합개발의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우라고 보기 어렵다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지 중 원고의 1/2 분 및 이 사건 건물의 양도가 토지와 건물 등의 가액구분이 불명확한 때로 보아 소득세법 제100조 제2항, 제3항에 따라 기준시가로 안분계산하여 원고에게 양도소득세86,852,500원을 경정ㆍ고지한 이 사건 처분은 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 구 소득세법 제100조 제3항 의 규정과 그 해석 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구 분이 불분명한 때로 본다”고 규정하는데, 아래에서 보는 바와 같은 이 사건 조항의 입 법취지, 문언의 내용, 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다2).

① 구 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회 피를 방지하고자 하는 그 입법취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석된다.

② 이 사건 조항은 그 문언상 납세자가 토지ㆍ건물 등을 함께 양도하는 경우 양도소득의 계산을 위하여 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이나는 경우에는 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다.’고 규정하여 단순한 추정규정이 아니라 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있다.

③ 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 가액 구분이 불분명한 때로 보아 개별사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산을 하도록 정한 것은, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기가 어렵다는 사정을 감안하여 구 소득세법 제100조 제2항 의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 보인다. 이 사건 조항이 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 그 가액을 구분하기는 하였으나 구분한 가액이 위와 같이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다.’고 규정하고 있는 것은 결국, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 볼 수 있다.

④ 이 사건 조항을 그 문언에도 불구하고 위 규정의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정으로 본다면 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증만 있으면 이 사건 조항을 적용하지 않을 수 있게 되어 사실상 이 사건 조항의 신설 전과 아무런 차이가 없게 되어 간주규정의 형식을 취함으로써 조세 법률관계를 명확히 하고자 하는 입법취지에 위배되는 결과를 초래한다.

• 나. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 구체적 판단 위 규정에 비추어 이 사건을 보건대, 원고는 이 사건 매매계약을 통해 ○○종합개발에게 이 사건 토지 중 1/2 지분과 이 사건 건물을 일괄하여 양도한 사실, 이 사건 토지 중 1/2 지분과 이 사건 건물의 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 양도가액이 이 사건 토지 중 1/2 지분 약 6억 2,845만 원, 이 사건 건물 약 9억 4,918만 원인 사실은 앞서 본 바와 같다. 나아가 위 인정사실에 이 사건 건물이 현재 철거되기는 하였으나, 이는 이 사건 토지 지상에 오피스텔을 신축하기 위한 것으로 이 사건 매매계약 당시 이 사건 건물의 기준시가는 363,404,000원에 이르고, 원고는 이 사건 건물을 양도한 후에도 자신의 사업장으로 이용하거나 창고로 임대하기도 하였는바, 이 사건 매매계약 당시 이 사건 건물의 경제적 가치가 없다고 보기도 어려운 점 등을 더하여 보면, 설사 원고의 주장과 같이 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 실지거래가액이 이 사건 토지 2,301,000,000원, 이 사건 건물 0원이라고 하더라도, 그 실지거래가액은 위와 같이 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 가액과 30% 이상차이가 있으므로, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지 중 원고의 1/2 지분과 이 사건 건물의 양도차익을 계산함에 있어서는 이 사건 조항에 따라 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 ‘의제되어’ 구 소득세법 제100조 제2항 에 따라 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 양도가액(이 사건 토지 중 1/2 지분 약 6억 2,845만 원, 이 사건 건물 약 9억 4,918만 원)을 기준으로 양도차익을 계산하여야 한다. 따라서 이 사건 토지 및 건물에 관하여 구 소득세법 제100조 제3항, 제2항에 따라토지와 건물 등의 가액구분이 불명확한 때로 보아 기준시가로 안분계산하여 2020. 9.4. 원고에 대하여 양도소득세 86,852,500원을 경정ㆍ고지한 피고의 이 사건 처분은 구 소득세법 제100조 제3항, 제2항에 따른 것으로 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.