과세사업을 위해 신축한 부동산의 면세전용시 경과된 과세기간의 수의 계산

사 건 광주지방법원 2021구합10545 경정청구 거부처분 취소 원고, 상고인

○○○ 피고, 피상고인

○○세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고 2021.09.03.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 ○○. ○. ○. 원고에 대하여 한 ○○년 ○기 부가가치세 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2012. 2. 1. ○○도 ○○군 ○○읍 ○○로16번길 31에서 ‘○○프라자’라는 상호로 부동산, 비주거용건물판매업에 관한 사업자 등록을 마치고, 위 소재지에 지하 1층, 지상 6층 규모의 ‘○○프라자’ 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축 하였다.
• 나. 이 사건 건물의 사용승인일은 2013. 8. 28.이고, 원고는 2012년 제1기 ～ 2013년제2기 동안 이 사건 건물의 신축비용에 대한 매입세액 ○○원을 공제받았다.
• 다. 원고는 위 부동산업과 별도로 이 사건 건물 105호에서 2013. 10. 23. 부터 2016. 12.31.까지 ○○ 소매업을 영위하였다.
• 라. 원고는 2013. 12. 26.경 소외 ㈜○○과 사이에 이 사건 건물 102호에 관하여 보증금 ○억 원, 월 차임 ○만 원, 임대기간을 임차인의 영업개시일로부터 24개월로 하는 임대차계약을 체결하였고, 임차인 ㈜○○은 2013. 12. 26.부터 2015.12. 31.까지 위 102호에서 소매업을 운영하였다.
• 마. 원고는 2015. 5. 6.경 소외 ○○○과 사이에 이 사건 건물 2층 ～ 6층에 관하여 월 차임을 매출액의 25%로 하되, 최저 ○○만 원에서 최고 ○○만 원으로 하고, 임대차기간은 2015. 7. 10.부터 2020. 7. 9.까지 5년으로 하는 임대차계약을 체결하였다.

○○○은 원고의 동의하에 학원 운영을 위한 인테리어 공사를 시작하였으나, 2015. 6.초경 자금난으로 인하여 공사를 중단하였다. 원고는 ○○○을 상대로 임대차계약의 해지 및 임대료의 지급을 구하는 소를 제기하였고, 2017. 1. 26. ○○○으로 하여금 원에게 ○○원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라는 판결이 선고되어 2017. 2.16. 확정되었다(○○지방법원 ○○가단○○호).

• 바. 원고는 2019. 7. 5.경 이 사건 건물 중 3층 ～ 6층에서 직접 ‘○○요양원’(이하 ‘이 사건 전용부분’이라 한다)을 운영하기 시작하였다.
• 사. 원고는 2020. 2. 10. 피고에게 면세사업 전용에 따른 간주공급을 이유로 2019년 제2기 부가가치세 수정신고(과세표준: ○○, 추가 납부세액: ○○원)를 하였다가, 2020. 4. 27. 이 사건 건물 102호를 2013. 12. 17.경부터 실제 임대하였으므로 이 사건 건물의 면세전용일인 2019. 7. 5.까지 경과된 과세기간을 “12”로 보아 과세표준을 ○○으로 경정하여 ○○원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 아. 피고는 2020. 6. 17. 부가가치세법 제10조 및 같은 법 시행령 제66조 제2항을 적용하여 감가상각자산 자가공급 등의 공급가액을 계산함에 있어 각 층 ․ 호별로 구분등기가 되어 있고, 이 중 면세전용으로 사용되는 면적이 공부에 의하여 확인되며, 실제 원고가 임대업에 사용한 102호는 면세전용 부분과 무관한 바, 경과된 과세기간이 없는 것으로 보아야 하므로 당초 2020. 2. 10.자 원고의 수정신고 내용이 옳다는 이유를 들어 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 자. 원고는 2020. 9. 15. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나 2020. 12. 14. 기각되자 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고는 2015. 5. 6. ○○○에게 이 사건 건물 중 2 ~ 6층을 임대하였고, 임대료 의 지급을 구하는 소송을 제기하여 승소판결까지 받았으므로, 이 사건 전용부분이 계 속하여 공실상태였음을 전제로 하여 경과된 과세기간의 수를 0으로 계산한 이 사건 처 분에는 사실을 오인한 위법이 있다.
• 나. 부가가치세법 제10조 제1항 및 구 부가가치세법 시행령 제66조 제5항 에서 규정 한 ‘취득’이란 법문 그대로의 취득을 의미할 뿐, 취득 후 사업에 실제 사용한 적이 있는 것이라고 해석할 수 없고, 시행령 제66조 제2항 제1호의 산식은 재화의 감가상각을 고려한 것이므로 이 사건 전용부분에 대하여 ‘경과된 과세기간의 수’를 계산할 때 취득일(신축일) 이후 면세전용일 전까지 경과된 과세기간이 모두 포함되어야 하는바, 경과된 과세기간의 수는 2013년 2기부터 2019년 1기까지의 경과된 과세기간인 “12”가 적용되어야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리

1. 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 일부개정되기 전의 것, 이하‘구 부가가치세법’이라 한다) 제10조 제1항은 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 매입세액이 공제된 재화를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있는바, 이는 사업자가 그 사업과 관련하여 생산·취득한 재화를 자신이 부가가치세가 면제되는 사업에 직접사용·소비하게 되면 매출세액이 발생하지 않게 되어 부가가치세의 전가는 중단되므로,이와 같이 직접사용. 소비한 경우에 최종 소비자적 지위와 같게 하기 위하여 재화의 공급으로 보아 부가가치세의 기본구조를 유지하려는 데 취지가 있다 할 것이다(대법원1990. 10. 12. 선고 90누2383 판결 등 참조).

2. 구 부가가치세법 제10조 제1항 에 의하여 재화의 공급으로 보는 경우의 공급가액인 ‘재화의 시가’는 원칙적으로 공급의제 당시의 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격으로 산정하여야 한다. 한편 구 부가가치세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30397호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제66조는 이러한 재화가 사업자의 과세사업에 사용되어 온 감가상각자산인 경우에는 낮은유통성으로 인하여 거래가격에 의하여 시가를 산정하기 어려운 점을 감안하여, 그 재화의 취득가액을 기준으로 하여 부가가치세 과세기간의 경과에 비례하여 일정률로 감액된 금액을 시가로 보아 공급가액을 산정하도록 하고 있으나, 판매용 재고자산인 소형승용차가 비영업용으로 전용된 경우와 같이 사업자의 과세사업에 사용되지 아니한재화가 공급으로 의제된 경우에는 위 규정에 의하여 공급가액을 산정할 수 없다고 할것이다(대법원 2016. 7. 7. 선고 2014두1956 판결 참조).

• 나. 판단 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고 제출의 증거만으로 원고의 주장과 같이 이 사건 처분이 위법·부당하다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가없으므로, 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 구 부가가치세법 제10조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제66조 에서는 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 매입세액이 공제된 재화를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 그 공급가액에 관하여 그 재화의 취득가액을 기준으로 부가가치세 과세기간의 경과에 비례하여 일정률로 감액된 금액을 공급가액으로 계산하도록 정하고 있는데, 이는 사업자의 과세사업에 사용되어 온 감가상각자산인 경우에는 낮은 유통성으로 인하여 거래가격에 의하여 시가를 산정하기 어려운 점을 감안한 것이다. 따라서 과세사업에 전혀 사용되지 않은 재화의 경우에는 위와 같은 공급가액을 산정함에 있어 경과된 과세기간은 존재하지 않는다고 봄이 상당하다.

② 총 16호실로 이루어진 이 사건 전용부분은 당초부터 각 층 ․ 호별로 구분등기가 이루어져 있었고, 이 사건 건물에 관하여 사용승인이 이루어진 2013. 8. 28. 이후 공실로 있다가 2019. 7. 22. 당초 제1종 근린생활시설에서 노인복지시설로 용도변경을 거쳐 비로소 요양원으로 사용이 개시되었으므로, 면세전용일이 속하는 과세기간은 2019년 제2기라 할 것인 바, 결국 경과된 과세기간의 수는 존재하지 않는다. 따라서 경과된 과세기간을 0으로 계산하여 공급가액을 산정한 최초 부가가치세 신고분이 적정한 것으로 보인다.

③ 원고는 이 사건 전용부분을 포함하여 이 사건 건물 중 2층 ~ 6층에 대하여 2015. 5.경 임대가 이루어졌고 임대료 지급을 명하는 판결도 확정되었으므로, 이 사건 전용부분은 공실로 남아있었던 것이 아니라 실제 사용되었다는 취지로 주장한다. 그러나 원고와 ○○○ 사이의 임대차계약에 따르면 임대차기간은 2015. 7. 10.경부터 시작되는 것으로 정하였는데 그 이전인 2015. 6.경 학원 입점을 위한 인테리어 공사가 중단되었고 이후 위 부분은 원고가 요양원으로 전용하기 전까지 미사용 상태로 남아있었던 점, 위 건물 부분에 대하여 학원업 등록이 이루어진 사실이 없고, 인테리어 공사에 관한 매입계산서 등도 발행되지 않은 점, ○○○에 대하여 원고에게 2015. 7.분부터 2016. 2.분까지의 임대료 상당의 금원을 지급할 것을 명하는 판결이 확정되기는 하였으나 원고가 실제로 ○○○으로부터 위 임대료를 지급받아 부가가치세 신고를 하였다는 자료는 나타나지 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 전용부분이 실제로 사업에 사용되었다고 볼 수 없다.

④ 원고는 이 사건 건물을 신축하여 취득한 2013년 2기부터 경과된 과세기간의 수를 적용하여야 한다고 주장하나, 구 부가가치세법 시행령에서 감가상각자산의 공급가액을 경과된 과세기간의 수에 따라 의제적으로 감액하는 규정을 둔 것은 그 동안 해당 재화가 실제로 과세사업에 공급되어 부가가치세를 수취하는 사업에 사용된 만큼 그 공급가액을 경감해주기 위한 것인바, 과세사업에 활용되지 않고 매입세액만을 공제받은 채 공실로 남아있던 이 사건 전용부분을 실제 과세사업에 활용되어 감가상각된 자산과 동일하게 평가하는 것은 형평에 맞지 않는다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다