본사지방이전 세액감면과 이 사건 각 세액공제(연구 및 인력개발을 위한 설비줕아에 대한 세액공제, 고용창출투자세액공제, 근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제) 중복적용 가능 여부

사 건 2020구합15154 법인세경정거부처분취소 원 고 AAAAA사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 12. 23. 판 결 선 고

2022. 2. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. X. XX. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 XXX,XXX,XXX원, 2017 사업연도 법인세 X,XXX,XXX,XXX원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1981. XX. XX. OOOO의 개발 등을 목적으로 OOOOOO법에 의하여 설립되어 공공기관의 운영에 관한 법률에 의하여 시장형 공기업으로 지정된 법인이다.
• 나. 원고는 2014. XX. X. 구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(2017. 12. 26. 법률 제15309호로 제명 변경되기 전의 것, 이하 ‘구 혁신도시법’이라 한다)에 따라 본사를 OO에서 OO시로 이전하였다.
• 다. 원고는 2016, 2017 사업년도 법인세 신고를 하면서 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 제2항 제2호에 따른 세액감면(본사지방이전 세액감면, 이하 ‘이 사건 세액감면’이라 한다)을 적용하였으나[감면대상소득 산정을 위한 이전비율: 2016 사업년도 X.XX%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명), 2017 사업년도 X.XX%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명)], 본사를 이전하지 않은 사업장에 대한 같은 법 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제), 제26조(고용창출투자세액공제), 제94조(근로자 복지 증진을 위한 시설 투자에 대한 세액공제)에 따른 각 세액공제(이하‘이 사건 각 세액공제’라 한다)를 적용하지 않았다.
• 라. 국세청장(감사담당관실)은 XX지방국세청에 대한 종합감사를 실시한 후 원고가 적용한 이 사건 세액감면과 관련한 이전본사 근무인원의 산정이 잘못되었다는 이유로 이 사건 세액감면을 재계산하도록 처분지시 하였고, 피고는 2019. X. XX. 이 사건 세액감면을 재계산[감면대상소득 산정을 위한 이전비율: 2016 사업년도 X.X%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명), 2017 사업년도 X.XX%(= 이전본사 근무인원 X,XXX명 ÷ 법인 전체인원 XX,XXX명)]하여 원고의 2016, 2017 사업년도 법인세에 대해 증액 경정(이하 ‘이 사건 증액 경정’이라 한다)을 하였으며, 이에 원고는 이 사건 증액 경정에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였다.
• 마. 원고는 2019. XX. XX. 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 이 사건 각 세액공제의 적용을 주장하면서 경정청구를 하였으나(2016 사업년도 법인세 XXX,XXX,XXX원 환급, 2017 사업년도 법인세 X,XXX,XXX,XXX원 환급), 피고는 다음과 같은 사유로 위 경정청구를 기각하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 이에 원고가 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. X. XX. 위 심판청구를 기각하였다. 이 사건 세액감면은 법인 전체의 각 사업연도 소득을 대상으로 하여, 지방으로 이전한 인원비율 등으로 감면대상 소득을 안분 계산한 것이 구 조세특례제한법상 구분경리한 것이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 세액공제의 중복지원이 불가능한 것으로 판단되어 경정청구 기각함.
• 바. 한편, 원고가 2020. X.부터 2021. X.까지 사이에 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 수정신고를 함에 따라 피고가 경정을 하였고(이 사건 증액 경정상의 감면대상 소득 산정을 위한 이전비율을 적용), 조세심판원은 2021. X. XX. 이 사건 증액 경정에 대하여 다음과 같이 결정하였다. 이 사건 증액 경정에 따른 부과처분은 이 사건 세액감면 계산시 원고의 특수사업소 중 경영지원처, ICT인프라처, 경영연구원 소속 직원으로서 이전본사에서 근무한 인원을 이전본사 근무인원에 포함하는 것으로 이전본사 근무인원 비율을 재산정하여 그 세액을 경정한다.
• 사. 이 사건 증액 경정에 대한 조세심판원의 결정을 반영한 이 사건 세액감면의 구체적인 적용 내역은 다음과 같다. 구분 2016 사업년도 2017 사업년도

① 과세표준 X,XXX,XXX,XXX,XXX원 X,XXX,XXX,XXX,XXX원

② 토지․건물 등 양도차익 및 특정소득 XX,XXX,XXX,XXX원 X,XXX,XXX,XXX원

③ 이전비율 이전본사 근무인원 X,XXX명 X,XXX명 법인 전체인원 XX,XXX명 XX,XXX명 비율 X.XX% X.XX%

④ 감면대상소득[= (① - ②) × ③] XXX,XXX,XXX,XXX원 XXX,XXX,XXX,XXX원

⑤ 산출세액 X,XXX,XXX,XXX,XXX원 XXX,XXX,XXX,XXX원

⑥ 이 사건 세액감면액(= ⑤ × ④ ÷ ①) XX,XXX,XXX,XXX원 XX,XXX,XXX,XXX원 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 25호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

1)

• 가. 원고의 주장의 요지 구 조세특례제한법 제127조 제4항 (이하 ‘이 사건 배제규정’이라 한다)은 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복 적용을 배제하고 있으나, 같은 조 제10항(이하 ‘이 사건 예외규정’이라 한다)은 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 같은 법 제143조에 따라 구분경리 하는 경우에는 중복 적용이 가능하다고 규정되어 있고, 원고가 같은 법 제143조에 따라 이 사건 세액감면을 적용받은 사업과 그 밖의 사업에 따라 구분경리를 하였으므로, 이 사건 예외규정에 따라 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복 적용이 가능하다. 이 사건 세액감면의 산정방식의 특수성으로 인해 감면대상인 소득과 구분경리 되는 이전되는 본사의 소득에 차이가 있어 세액감면과 세액공제의 중복 적용으로 보이는 측면이 있더라도, 이 사건 세액감면의 산정방식은 입법목적에 따라 여러 차례 개정되어 왔으나 이 사건 세액감면 대상인 소득과 그 밖의 소득이 합리적으로 구분이 되는 점, 이 사건 예외규정에서 특별히 이 사건 세액감면을 배제하고 있지 않은 점, 원고는 공익의 실현을 목적으로 하는 공공기관으로서 법령에 따라 본사를 이전하게 된 것으로 이 사건 세액감면의 규모가 충분히 크다고 보기 어려운바, 이 사건 세액감면의 적용을 이유로 이 사건 각 세액공제를 적용하지 못하게 되는 것은 이 사건 세액감면의 취지에 어긋나는 점 등을 고려하면, 이 사건 예외규정의 요건을 충족하지 않았다는 이유로 이 사건 각 세액공제를 적용하지 않은 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누213 판결, 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조)

2. 구체적 판단 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제4 내지 24, 26 내지 31호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세액감면과 이 사건 세액공제의 중복 적용이 어려운 것으로 보이므로 이 사건 처분은 적법하다고 판단된다. 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 조세지원인 세액감면, 세액공제가 개념적으로 중복 적용될 수 없는 것이라고는 볼 수 없으나, 조세지원의 중복 적용은 구 조세특례제한법 법령 등의 요건을 충족하는 경우에만 가능한 것이다. 그런데 이 사건 배제규정은 내국인이 동일한 과세연도에 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다고 규정하고, 이 사건 예외규정은 이 사건 배제규정을 적용할 때 구 조세특례제한법 제143조 에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 사건 예외규정이 2013. 1. 1. 신설된 취지는 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 않음을 명확화하기 위한 것이었던 것으로 보인다.
• 나) 구 조세특례제한법 제143조 제1항 은 내국인이 같은 법에 따라 세액감면을 적용 받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제136조 제1항은 위 구분경리에 관하여는 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조의 규정을 준용한다고 규정하며, 같은 법 제113조 제1항 내지 제5항은 비영리법인 등의 구분경리에 대해 규정하고 같은 조 제6항은 위 규정에 따른 구분경리의 방법등의 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제156조 제1항은 위 구분경리에 대한 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 하며, 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조 제1항은 위 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하나, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은 조 제2항은 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 위 제1항 등의 규정을 준용하여 구분경리 하여야 한다고 규정한다. 위와 같은 관계 법령의 규정 및 체계를 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 제143조 의 구분경리는 세액감면을 받는 사업 등의 소득을 구분하도록 하는 것이고, 그 취지는 세액감면 등이 적용되는 소득을 파악하는 데에 있는 것으로 보이는바, 이 사건 예외규정에서 구 조세특례제한법 제143조 에 따라 구분경리 하는 경우에 세액감면과 세액공제가 중복적용이 가능하다는 취지는 이미 세액감면 등이 적용되고 있는 소득이 아니라 면, 다른 조세지원의 적용도 가능하다는 것으로 보인다.
• 다) 원고가 공공기관 구분회계 운영 지침에 따라 XXXX산업(XX, XX, XX 등), 기타사업(본사)으로 자산 및 부채, 손익을 구분한 2016, 2017 사업년도 재무제표를 공시하기는 하였으나(갑 제4호증), 이 사건 처분시까지 이 사건 세액감면에 관하여 구 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제46호 별지 제48호 서식의 소득구분계산서를 제출하지 않았고, 2) 이 사건 세액감면은 원고의 전체 과세표준에서 특정소득을 제외한 금액에 법인 전체인원을 본사 근무인원으로 나눈 이전비율을 적용하여 산정되었고 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않았으므로, 이 사건에서 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제를 중복 적용하기 위한 이 사건 예외규정의 요건이 충족되었다고 단정하기 어려운 측면이 있고, 이는 이 사건 세액감면의 요건이 개정된 연혁을 고려하여 보더라도 마찬가지이다.
• 라) 이 사건 세액감면은 원고가 본사를 지방으로 이전함에 따른 조세지원으로서 앞서 본 바와 같이 원고의 본사 근무인원을 고려한 이전비율을 적용하여 산정되고, 본사의 소득을 기준으로 산정되지 않는바, 전체 소득에서 본사 그 자체의 소득의 비중은 크지 않을 수 있다는 점을 고려할 때, 3) 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제가 중복 적용되지 않는 것이 부당하다고만 보기 어렵고(이 사건 처분에 대한 조세심판원 결정에서는 이 사건 세액감면액을 2016 사업년도 XX,XXX백만 원, 2017 사업년도 XX,XX백만 원으로 상정하였었는데, 이 사건 증액 경정에 대한 조세심판원의 결정으로 이 사건 세액감면액이 이 사건 처분시보다 적지 않은 비율로 증가한 것이 된다), 이는 본사와 공장시설을 함께 이전한 경우에 적용될 수 있는 조세지원과 비교하여 보더라도 마찬가지이다. 한편, 이 사건 세액감면은 구 조세특례제한법 제132조 의 최저한세의 대상이 아닌바, 최저한세를 통해 과도한 조세지원이 조정될 수 있다고 하여, 이 사건에서 이 사건 예외규정의 요건 충족 여부를 달리 볼 수 있는 것도 아니다.
• 마) 또한 원고가 본사를 이전하게 된 것은 자체적인 경영판단이 아니라 공기업으로서 구 혁신도시법에 따른 것으로(즉, 이 사건에서 이 사건 세액감면이 원고의 본사 이전을 유인케 한 측면은 크지 않다고 보인다), 원고가 본사를 이전함에 따라 현실적으로 비용이 발생할 수 있다고 하더라도, 이는 공적역할을 수행하는 공기업이 부담하여야 할 비용으로서 이를 이유로 이 사건 세액감면에 나아가 이 사건 각 세액공제와의 중복지원이 적용되어야 한다고 보기도 어렵다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 이 사건 처분 이후에 원고의 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 이 사건 증액 경정 등이 이루어졌으나, 이 사건 증액 경정을 취소하는 취지의 조세심판원의 결정이 이루어졌고, 이 사건 증액 경정 등에도 불구하고 이 사건 각 세액공제가 2016, 2017 사업년도 법인세에 반영되지 않았으며, 이 사건 각 세액공제는 그 자체로는 투자금액에 일정한 비율을 적용하여 산정되므로(이 사건 세액감면과 같이 과세표준 또는 산출세액에 일정한 비율을 적용하여 산정되지는 않는다), 이 사건 처분이 취소되는 경우 원고로서는 2016, 2017 사업년도 법인세에 관하여 피고에게 이 사건 각 세액공제의 적용을 구할 수 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분의 적법 여부에 대해 판단하기로 한다(대법원 1987. 1. 20. 선고 83누571 판결 취지 등 참조). 2) 위 서식은 매출액, 매출원가, 판매비와 관리비, 영업외 수익, 영업외 비용, 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액 등을 감면분 또는 합병승계 사업 해당분 등으로 구분하여 기재하도록 하고 있다. 원고는 이 사건 소송 중에 위 재무제표를 토대로 소득구분계산서(갑 제21호증)를 작성하여 제출하였으나, 피고는 위 소득구분계산서가 구 법인세법 법령에 따르지 않았다고 주장하고 있다. 3) 원고가 이 사건 소송 중에 제출한 소득구분계산서(갑 제21호증)에 따르더라도 본사의 매출액 등의 비율이 이 사건 세액감면에 적용된 이전비율에 미치지 못하는데, 위 매출액 등도 대부분은 해외사업에 따른 것으로 보인다(갑 제4호증 참조).