쟁점세금계산서가 실제 물품거래와 상관없이 발행되었다고 본 민사소송 판결문이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

사 건 2019구합15424 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 ooo 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2020. 5. 28 판 결 선 고

2020. 7. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

청 구 취 지 피고가 2019. 4. 15. 원고에 대하여 한 2011년 제1기부터 2016년 제1기까지의 부가가치세 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 자동차부품 제조업을 영위하는 회사로, AAA 주식회사(이하 ‘AAA’라 한다) 등으로부터 수취한 각 매입세금계산서와 AAA 주식회사 등에게 발행한 각 매출세금계산서를 근거로 2011년 1기부터 2016년 1기까지의 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 원고는 2011년부터 2016년까지 AAA에게 자동차 부품을 판매하고, AAA로부터 자동차부품 자재를 매입하는 등의 거래를 계속하였는데 원고와 AAA의 위 기간 동안 발생한 채권을 대등액 범위에서 상계하면 원고의 AAA에 대한 물품대금채권이418,699,070원이 남았다고 주장하며, AAA를 상대로 위 물품대금 및 지연손해금을 구하는 민사소송을 제기하였다. 위 사건 제1심(00지방법원 2016가합00호) 법원은 원고가 제출한 증거만으로 AAA에 대한 위 물품대금채권이 있다고 보기 부족하다는 이유로 원고의 청구를 기각하였고, 항소심(00고등법원 2017나00호) 법원은 다음과 같은 이유로 원고의 항소를 기각하였으며, 상고심(대법원 2018다00호)에서 2018. 11. 00. 원고의 상고가 기각되어 제1심 판결이 그대로 확정되었다(이하 ‘이 사건 확정판결’이라 한다).
• 다. 원고는 2019. 2. 15. 이 사건 확정판결에서 원고가 실제물품거래와 관계없이 매출세금계산서를 발행한 것으로 확정되었으므로 원고가 발행한 매출세금계산서 중 가공비용에 해당하는 부분에 대해서는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 후발적 경정청구 사유로 규정한 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 해당한다는 이유로 피고를 상대로 부가가치세 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2019. 4. 15. 원고와 AAA간 실제 거래사실이 없다고 인정할 만한 입증자료가 미비하다는 이유로 경청청구 거부통지를 하였고(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다), 원고는 이에 불복하여 2019. 5. 30. 조세심판원에 심판을 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 9. 9. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 제1 내지 9호증 및 을 제1, 3, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 확정판결에서 원고가 발행한 매출세금계산서가 실제 물품거래와 관계없이 비용 처리를 위해 발행된 것으로 판단하였고, 이는 국세기본법상 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 또한 위 판결의 취지는 원고가 AAA로부터 수취한 매입세금계산서상 금액에는 이미 원고의 가공비 등이 포함되어 있음에도 원고가 AAA의 요구에 따라 매입세금계산서상 금액에 다시 원고의 가공비 등을 가산하여 실제 물품거래와 상관없이 매출세금계산서를 발행하였다는 것이므로, 원고가 발행한 매출세금계산서상 금액 중 법원이 실제 물품거래와 상관없는 금액이라고 판단된 원고의 가공비 등 상당의 금액을 제외하면 원고는 부가가치세 환급액 00,996,039원과 원고가 기납부한 부가가치세 000,192,982원의 합계인 000,189,021원을 환급받아야 한다. 그럼에도 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 이 사건 확정판결이 국세기본법상 후발적 경정사유에 해당하는지 여부 1) 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 앞서 살핀 바와 같이 원고는 AAA로부터 수취한 매입세금계산서와 AAA에게 발행한 매출세금계산서를 근거로 AAA에 대한 물품대금채권이 있음을 주장하며 민사소송을 제기하였고, 이 사건 확정판결에서 법원은 위 매입세금계산서와 매출세금계산서는 비용처리를 위해 작성된 것일 뿐, 원고와 AAA 사이에 실제 물품거래와 관련하여 발행된 것으로 볼 수 없다고 판단하였다. 위 매입세금계산서와 매출세금계산서는 모두 원고가 이 사건 각 부가가치세 신고시 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래에 대한 입증자료로 제출한 것인데, 법원이 원고와 AAA간 위 각 세금계산서 기재와 같은 물품거래는 없었던 것으로 판결한 이상 원고의 최초 신고는 정당하게 유지될 수 없게 되었다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 확정판결은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 후발적 경정사유로 규정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에 해당한다.

• 나. 이 사건 거부처분의 적법 여부

1. 과세관청이 과세처분을 한 후 납세의무자가 그 과세처분의 적법 여부를 다투는 경우 원칙적으로 처분을 행한 과세관청이 확정된 과세표준과 세액의 정당성을 뒷받침할 자료를 제출할 책임이 있는 반면, 신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었음을 이유로 신고한 과세표준과 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우에는 납세의무자에 의하여 행하여진 당초의 과세표준과 세액의 신고가 잘못된 것임을 뒷받침할 자료를 제출할 책임은 감액경정청구를 하는 납세의무자에게 있다고 보는 것이 타당하다. 다만, 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있으므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결, 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음의 사정을 종합할 때 원고가 제출한 증거만으로 이 사건 거부처분이 위법하다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

• 가) 원고는, 이 사건 확정판결에서 이 사건 매출세금계산서의 공급가액 중 임가공료에 해당하는 일부만이 허위로 판단되었다고 주장하며 위 임가공료에 해당하는 부분의 금액을 원고의 매출액에서 공제하는 방식으로 이 사건 감액경정청구를 하였으나, 앞서 살핀 바와 같이 이 사건 확정판결은 원고와 AAA간 세금계산서에 기재된 물품거래 전부가 없었음을 전제로 이 사건 매출세금계산서와 매입세금계산서가 비용처리 등을 위해 허위로 작성되었다고 판단하였는바, 원고의 주장과 같이 위 확정판결이 이 사건 매출세금계산서의 공급가액 중 임가공료에 해당하는 부분만 허위라고 판단하였다고 볼 수 없다.
• 나) 피고는 이 사건 확정판결의 내용을 고려할 때 원고가 제출한 매출세금계산서와 매입세금계산서가 모두 허위일 경우 부가가치세법 제60조 제4항 에 따라 827,857,646원 상당의 가산세가 발생하는 등 원고가 세법에 의해 정당하게 납부해야 할 최종적인 세액이 792,097,705원으로 원고가 당초 신고하여 납부한 부가가치세액을 초과하고, 따라서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 정당하다는 취지로 주장하고 있는 데, 원고는 이에 대하여 별다른 반박을 하고 있지 않다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.