이 사건 토지는 관련 법령에 따른 협의매수 또는 수용된 토지가 아니므로 비사업용토지에서 제외할 수 없음

사 건 광주지방법원 2019구합14834 양도소득세부과처분취소 원고, 상고인

○○○ 피고, 피상고인

○○세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고 2020.05.14.

1. 원고의 청구 및 위헌법률심판제청신청을 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 신청취지 청구취지: 피고가 2019. 7. 5. 원고에게 대하여 한 양도소득세 ○○원, 과소신고 가산세 ○○원, 납부불성실 가산세 ○○원의 부과처분을 각 취소한다. 신청취지: 구 소득세법 부칙(법률 제14389호, 2016. 12. 20.) 제2조 제2항 및 제14조의 위헌 여부에 관한 심판을 헌법재판소에 제청한다.

• 가. 원고는 2002. 9. 4. 경기 ○○시 ○○구 ○○동 ○-○ 답 2,532㎡를 취득하였는데, 위 토지는 2016. 11. 21. 경기 ○○시 ○○구 ○○동 ○-○ 답 1,512㎡(이하 ‘이 사건 1토지’라고 한다)와 같은 동 ○-○ 1,020㎡(이하 ‘이 사건 2토지’라 하고, 이 사건 1토지와 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)로 분할되었다. 2016. 11. 21. 이 사건 1토지에 관하여 원고로부터 ○○산업개발 주식회사와 ○○건설 주식회사 앞으로 소유권이전등기(등기원인 2016. 11. 2. 매매, 거래가액 ○○원), 이 사건 2토지에 관하여 원고로부터 ○○산업개발 주식회사, ○○건설 주식회사, 주식회사 ○○ 앞으로 소유권 이전등기(등기원인 2016. 11. 2. 매매, 거래가액 ○○원)가 마쳐졌다. 원고는 위 일자에 이 사건 각 토지의 매매대금 잔금을 지급받았다.
• 나. ○○시장은 2016. 11. 1. 수원 도시관리계획(용도지역․지구 변경, ○○ 지구단위계획구역 지정, ○○ 지구단위계획) 결정을 고시하였고, 2016. 11. 9. 이 사건 각 토지가 포함된 주택건설사업계획승인을 고시하였으며, 2017. 8. 17. 이 사건 2토지 중587㎡를 도로에 편입한다는 내용이 포함된 ○○도시계획시설(도로: 중로1-187호선 등6개 노선, 제48호 학교)의 사업시행자 지정(사업시행자: ㈜○○자산신탁) 및 실시계획인가를 고시하였다.
• 다. 원고는 2017. 1. 31. 이 사건 각 토지가 비사업용 토지가 아니라는 전제하에 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세액 ○○원을 자진납부하는 내용의 양도소득세 예정신고를 하였다. 피고는 2019. 7. 5. 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 판단하여 원고에게 양도소득세액 ○○원, 일반과소신고가산세 ○○원, 납부불성실가산세 ○○원을 산정하여 원고에게 추가로 ○○원(954,538,887원 + 43,449,942원 + 12,231,201원 - 520,039,460원)을 납부하라는 내용의 고지(이하 ‘이 사건 각 처분이라 한다)를 하였다. 원고의 신고 내용과 이 사건 각 처분 내용을 구체적으로 비교하면 다음과 같다. 구분 원고의 신고 내용 피고의 처분 내용 양도가액

○○

○○ 취득가액

○○

○○ 기타 필요경비

○○

○○ 양도차익

○○

○○ 장기보유특별공제

○○

○○ 양도소득금액

○○

○○ 양도소득기본공제

○○

○○ 과세표준

○○

○○ 세율 (누진공제 19,400,000원)

○○

○○ 산출세액

○○

○○ 감면세액

○○

○○ 결정세액

○○

○○ 가산세

○○

○○ 총결정세액(자진납부세액)

○○

○○ 기납부세액

○○

○○ 차감고지세액

○○

○○

• 라. 원고는 이에 불복하여 2019. 7. 26. 국세청에 심사청구를 제기하였으나, 위 심사 청구는 2019. 10. 24. 기각되었다.
• 마. 정부는 2015. 8. 7. 토지의 거래활성화 지원을 위해 비사업용 토지 양도시 장기보유특별공제를 허용한다는 취지의 입법예고를 하였고, 2015. 9. 11. 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유특별공제 제외 대상에서 ‘제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’는 내용의 소득세법 일부개정법률안을 제출하였다.
• 바. 2015. 12. 15. 소득세법 개정 시 위 내용과 같이 제95조 제2항이 개정되었는데, 동시에 제95조 제4항 단서에 비사업용토지의 장기보유 특별공제를 위한 자산 보유기간(3년)의 기산점에 대해 ‘법 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다‘는 내용이 신설되어(법률 제13558호, 시행일 2016. 1. 1.), 2016. 1. 1. 이전에 비사업용 토를 취득한 경우에는 2016. 1. 1.부터 3년간 보유하여야 장기보유특별공제를 받을 수 있게 되었다.
• 사. 소득세법 제95조 제4항 은 2016. 12. 20. 다시 개정되면서, 단서에서 ‘법 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다‘는 내용이 삭제되었고(법률 제14389호, 2017. 1. 1. 시행), 그 부칙 제2조 제2항에는 “이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.”, 제14조는 ”이 법 시행 전에 비사업용 토지를 양도한 경우에는 제95조 제4항의 개정 규정에도 불구하 종전의 규정에 따른다.“라고 규정(이하 위 부칙 제2조 및 제14조를 통틀어 ’이 사건 각 법률조항‘이라 한다)되어 있다. [인정 근거] 갑 제1, 2, 3, 28, 29호증 및 을 제1 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 본안 청구 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1. 이 사건 각 처분 중 양도소득세 부분

• 가) 원고는 이 사건 각 토지를 ○○시장의 주택건설사업계획승인 고시일(2016. 11. 9.)로부터 2년 이전에 취득하였고, 위 도시관리계획(2016. 11. 1.) 이후 수용될 것이 명백하였으므로 ‘ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지’에 해당하여 이 사건 각 토지는 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제3호에 따라 비사업용 토지가 아니다. 또한 이 사건 각 토지는 ‘한국농어촌공사가 8년 이상 수탁하여 임대하거나 사용대한 농지 사용대한 농지’에 해당하므로 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제168조의8 제3항 제9호에 따라 비사업용 토지가 아니다. 따라서 이 사건 각 토지를 비사업용 토지로 판단하여 결정된 이 사건 각 처분 중 양도소득세 부분은 위법하다.
• 나) 2015. 12. 15. 개정된 소득세법(법률 제13558호) 제95조 제4항 단서는 비사업용토지의 장기보유특별공제를 위한 자산 보유기간의 기산점에 대해 ‘법 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일로부터 기산한다’로 정하였는데, 위 조항은 비사업용 토지 양도시 장기보유특별공제를 적용하겠다는 입법예고와 정부의 정책발표를 믿고 거래한 양도인들의 신뢰를 침해하는 것이며, 양도인의 재산권을 침해한 위헌적 법률이므로 위 법률을 적용한 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.
• 다) 2016. 12. 20. 개정된 소득세법(법률 제14389호) 제95조 제4항 단서에서 기존의 ‘법 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다‘는 내용이 삭제되었고, 2016년 자산 처분자는 경과규정을 통해 위 법 개정 이후의 자산 처분자와 동일한 취급을 받을 것으로 기대하였다. 그러나 위 개정법 부칙 제2조 제2항은 “이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.“고 규정하고, 제14조는 ”이 법 시행 전에 비사업용 토지를 양도한 경우에는 제95조 제4항의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.“고 규정함으로써 원고와 같이 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31. 비사업용 토지를 양도한 경우에만 장기보유특별공제를 적용받지 못하게 되었다. 이는 원고를 비롯한 2016년 자산 처분자의 보호받아야 할 기대를 저버린 것이며, 헌법상 평등원칙을 위배한 것이고, 양도소득세 과세대상인 부동산의 처분시기에 따라 장기보유특별공제 여부를 달리한 경우에 해당하여 국세기본법 제18조 제1항 을 위반한 것으로 원고에게도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
• 라) 원고는 공익사업에 필요한 토지를 공익사업 시행자에게 양도한 경우에 해당하므 로 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 에 따라 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액이 감면되어야 한다.

2. 이 사건 각 처분 중 가산세 부분

• 가) 이 사건과 동일한 쟁점에 대해 법원이 최초로 판결을 선고한 2018. 1. 31. 이전까지는 이 사건 토지의 양도가 비사업용 토지의 양도에 해당하는지 여부에 대해 확립된 해석이나 판례가 없었고, 세법 해석상 견해가 대립하는 등 원고가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정에 해당하므로 원고에게 납부불성실가산세를 부과하는 것은 위법하다. 또한 납세자가 일응 정당하다고 믿고 양도세액을 신고, 납부하였음에도 피고가 이에 대해 가산세를 부과한 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다. 가사 그렇지 않다고 하더라도, 위 판결이 선고된 2018. 1. 31.부터 산정하여 납부불성실가산세를 부과하여야 한다.
• 나) 원고는 위와 같은 이유로 이 사건 토지의 양도를 사업용 토지의 양도로 판단하여 신고하였고, 원고가 고의로 세금을 과소 신고할 의사가 없었다. 그럼에도 원고에게 신고불성실가산세를 부과하는 것은 위법하다.
• 나. 이 사건 각 법률조항에 대한 위헌법률심판 제청신청 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제95조 제4항 단서는 비사업용 토지의 양도소득에 대한 장기보유특별공제를 적용함에 있어 자산 보유기간의 기산점을 ‘2016. 1. 1.’로 정하고 있었는데, 이는 조세 형평의 원칙에 반하는 불합리한 법률이었고, 이에 대한 반성적 고려로 위 법이 2016. 12. 20. 개정되면서 위 부분이 삭제되었다. 그럼에도 불구하고 위 법률 부칙(법률 제14389호, 2016. 12. 20.) 제2조 제2항은 ‘이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.’고 정하고, 제14조는 ‘이 법 시행 전에 비사업용 토지를 양도한 경우에는 제95조 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.’고 정하여 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31. 사이에 부동산을 양도한 원고는 현실적으로 양도소득세 장기보유특별공제를 전혀 적용받지 못하게 되었으므로 위 각 부칙 조항은 헌법 제11조의 평등원칙에 반하고, 원고의 재산권을 침해하는 위헌 법률이다.

별지 기재와 같다.

• 가. 이 사건 각 처분 중 양도소득세 부분에 대한 판단

1. 이 사건 각 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 주장에 대한 판단

• 가) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조의3 제1항 제1호는 ‘비사업용 토지’에 해당하는 농지로 ‘소유자가 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’ 및 ‘시 지역 이상의 도시지역(대통령령으로 정하는 녹지지역 등은 제외)에 있는 농지’를 규정하면서, 다만 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우(제1호 가목 단서)나 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로정하는 기간이 지나지 아니한 농지(제1호 나목 단서)는 예외적으로 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제104조의3 제2항은 ‘제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우’에는 일정한 요건에 따라 그 토지를 다시 ‘비사업용 토지’로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 는 위 법 제104조의3 제2항에 따라 비사업용 토지로 보지 않는 경우로 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말하고, 법 제97조의2 제1항을 적용받는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 2년이전인 토지’를 규정하고 있다. 위와 같은 법령의 규정 내용을 종합해 보면, 농지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하여 양도소득세 산출시 장기보유특별공제의 대상에서 제외되나, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 따라 협의매수 또는 수용되는 농지로서 그 취득일이 사업인정고시일로부터 2년 이전인 경우에는 이를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아서 장기보유특별공제를 인정하여 양도소득세를 산출하여야 한다. 이 사건에서 살피건대, 원고가 농지인 이 사건 각 토지를 2016. 11. 21. 주식회사 ○○, ○○산업개발 주식회사, ○○건설 주식회사에 양도한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 각 양도는 협의에 의한 매매로서공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률등에 따른 협의매수 또는 수용과 법적 절차, 성질을 달리하는 것이므로 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 에 해당한다고 볼 수 없는바, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다[원고는 이 사건 각 토지의 양도가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 따른 협의매수 또는 수용과 실질적으로 동일한 것이라고 주장하나, 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용될 수 없는데(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 참조), 이 사건이 그와 같은 확장해석이나 유추해석이 허용될 만한 합리적 이유가 있는 경우에 해당한다고 볼수 없으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다. 또한 원고는 사업시행자인 매수인의 사정, 편의, 이익을 위하여 계약금 지급이 연기되어 앞서 본 바와 같이 등기가 이전된 것이 라고 하나, 매수인들이 사업시행자가 아닐 뿐 아니라, 사업시행자라고 하더라도 결론에는 영향이 없다].

② 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제9호 는 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제3조 에 따른 한국농어촌공사가 같은 법 제24조의4 제1항에 따라 8년 이상 수탁(개인에게서 수탁한 농지에 한한다)하여 임대하거나 사용대한 농지인 경우에는 구 소득세법 제104조의 3 제1항 제1호 가목에서 정하는 스스로 거주하거나 경작하는 농지가 아니라 하더라도 비사업용 토지에서 제외하고 있다. 이 사건에서 살피건대, 갑 제18호증의 기재에 의하면 원고는 2011. 4. 21. 한국농어촌공사와 분할 전 이 사건 토지를 임대 수위탁기간 2011. 4. 21.~2016. 4. 23.로 정하여 농지임대수위탁계약을 체결한 사실이 확인되는바, 이는 위 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제9호 에서 정한 8년 이상의 수탁 임대기간에 미치지 못함이 명백하므로 이 사건 각 토지를 위 규정을 적용하여 비사업용 토지가 아닌 경우로 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제95조 제4항 단서를 적용해서는 안 된다는 주장에 대한 판단

• 가) 원고는 위 조항이 비사업용 토지 양도시 장기보유특별공제를 적용하겠다는 입법예고와 정부의 정책발표를 믿고 거래한 양도인들의 신뢰를 침해한 것이므로 이를 적용한 이 사건 각 처분은 위법하다는 취지로 주장하나, 위와 같은 신뢰는 헌법상 보호가 치 있는 신뢰라고 보기 어려우므로[헌법재판소 2018. 11. 29. 2017헌바517, 2018헌바200·267(병합) 결정 참고] 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 나) 원고는 위 조항이 자산 양도인의 재산권을 침해한 위헌적 법률이므로 위 법률을 적용한 이 사건 각 처분은 위법하다는 취지로 주장한다. 그러나 입법자는 2016. 1. 1. 이전의 보유기간에 관하여도 장기보유특별공제의 혜택을 부여할 경우, 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진한다는 정책목적 달성에 반할 우려가 있기 때문에 비사업용 토지의 양도소득에 대한 장기보유특별공제의 시적 범위를 2016. 1. 1. 이후 보유한 부분으로 한정한 것이고, 대신 비사업용 토지 소유자는 2016. 1. 1. 이후 최소 3년 이상 보유 요건을 충족하여 장기보유특별공제의 혜택을 받을 수 있으며, 비사업용 토지 소유자의 자유로운 선택에 따라 양도 시기를 조정함으로써 조세 부담을 경감시킬 수도 있으므로 위 조항이 입법재량의 한계를 일탈하여 재산권을 침해한다고 볼 수 없다(위 헌법재판소 결정 참조). 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제95조 제4항에 따라 장 기보유특별공제가 적용되어야 한다는 주장에 대한 판단 이 부분 주장과 위헌법률심판제청신청 부분은 그 내용이 중복되므로 함께 살펴본다.

• 가) 원고는 위 조항의 개정과 경과규정을 통해 2016년 자산 양도자도 장기보유특별공제의 적용을 받을 수 있다는 기대를 하였고, 위와 같은 기대는 보호받아야 하는 것이므로 이 사건 각 법률조항은 위헌이며, 원고에게도 장기보유특별공제가 적용되어야한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고의 위와 같은 기대가 헌법상 보호가치있는 기대라고 보기 어렵고, 달리 원고의 주장을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 나) 원고는 이 사건 각 법률조항으로 인하여 2017. 1. 1. 이후 비사업용 토지를 양도한 경우와 달리 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31. 양도한 경우에만 장기보유특별공제를적용받지 못하게 되었으므로 이는 헌법상 평등원칙에 위반되고, 원고의 재산권을 과잉침해한 것이라는 취지로 주장한다. 조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현으로서 이는 국민에 대하여 절대적인 평등을 보장하는 것이 아니라 합리적인 이유 없이 차별하는 것을 금지하는 취지이므로, 규율하고자 하는 대상의 본질적 차이에 상응하여 법적으로 차별하는 것은 그 차별이 합리성을 가지는 한 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다. 한편 정책의 변경에 따라 조세법규가 개정된 경우라도 그 법령에서 정한 과세요건이 개정 전에 완성되었다면 법령에 특별한 규정이 없는 한 그에대하여 개정 전의 법령을 적용하는 것이 당연하고, 동일한 조세법규가 과세요건 완성당시의 납세의무자들을 차별 취득하는 것으로 규정하고 있다면 이는 평등의 원칙 또는조세 공평의 원칙에 어긋날 여지가 있지만, 법규가 개정된 결과 그 개정 전후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된다고 하더라도 이를 평등의 원칙에 어긋난다고할 수는 없다(헌법재판소 1995. 2. 23. 선고 93헌바24 결정 참조). 또한 조세입법의 경우 조세의 부과를 통하여 재정수입의 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문에 입법재량에 대한 요청이 매우 크다. 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제95조가 비사업용 토지를 장기보유특별공제의 대상으로 포함시키면서도 공제를 적용받기 위한 보유기간을 2016. 1. 1. 이후 보유한 부분으로 한정했던 것은 2016. 1. 1. 이전의 보유기간에 관하여도 장기보유특별공제의 혜택을 부여할 경우, 부동산 투기를 억제하고 국토의 효율적 이용을 촉진한다는 정책목적 달성에 반할 우려가 있기 때문이었는데, 이후 위 기산점 조항이 삭제되어 2017. 1. 1. 이후 비사업용 토지를 양도한 경우에 결과적으로 장기보유특별공제가 적용될 여지가 크다 하더라도 이는 입법자의 입법재량에 속하는 영역일 뿐이고, 개정 전후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래되었다는 이유만으로 이를 평등원칙에 위배된다거나 원고의 재산권을 침해 하는 것으로 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다(원고는, 헌법적 가치인 평등대우의 원칙, 이를 실현하기 위한 실질과세원칙에 비추어 볼 때 위와 같은 경과규정을 입법상 오류 등으로 보아 법원의 합법적, 합리적 해석에 의해 장기보유특별공제가 적용되도록 할 수 있다고도 주장하나, 그와 같이 법률을 해석, 적용할 수는 없으므로 위 주장은 받아들일 수 없다).
• 다) 원고는 이 사건 처분이 양도소득세 과세대상인 부동산의 처분시기에 따라 장기보유특별공제 여부를 달리한 경우에 해당하므로 국세기본법 제18조 제1항 을 위반한 것이므로 원고에게도 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 취지로 주장한다. 국세기본법 제18조 제1항 은 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”고 규정하고 있으나, 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때 이 사건 처분이 양도소득세의 과세 대상인 부동산의 처분시기에 따라 그 공제 여부를 달리한 경우에 해당하여 위 조항에 위반된다고 볼 수는 없으므로(원고가 들고 있는 대법원 2016. 12. 29. 선고 2010두 3138 판결은 이 사건과 사안이 다르다), 위 주장은 받아들일 수 없다. 4) 조세특례제한법 제77조 제1항 적용 주장에 대한 판단 조세특례제한법 제77조 제2항 은 거주자가 같은 조 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 토지 등을 2015. 12. 31. 이전에 양도하고 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 위 규정에 따라 양도소득세를 감면받기 위해서는 2년 이상 소유한 토지를 공익사업의 시행자 등에게 2015. 12. 31. 이전에 양도하였음을 요건으로 하나, 이 사건 각 토지가 2016. 11. 21. 양도된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 각 매매는 위 조세제한법 제77조 제2항의 요건을 갖추지 못하였음이 명백하므로 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
• 나. 이 사건 처분 중 가산세 부분에 대한 판단

1. 납부불성실가산세 부분 주장에 대한 판단 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재로서, 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다(국세기본법 제48조 제1항). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때 원고가 제출한 증거만으로는 원고에게 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 그 의무 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

2. 신고불성실 가산세 부분 주장에 대한 판단 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대 원고의 주장과 같은 과소신고의 고의 여부는 가산세 부과에 고려되지 않고, 앞서 살핀 바와 같이 원고에게 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 및 위헌법률심판 제청신청은 모두 이유 없으므로 이 를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.