과세사업자인 청구법인이 국민주택규모 이하인 쟁점주택을 신축하여 임직원에게 무상 임대하여 사택으로 사용하는 경우, 관련 매입세액은 공제가능함

사 건 2019구합10306 경정거부처분 취소청구 원 고 OO 주식회사 피 고 AA세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 31. 판 결 선 고

2020. 1. 16.

1. 피고가 2018. 2. 19. 원고에 대하여 한 2012년도 제2기분 부가가치세 95,587,742원 및 가산세 15,409,993원1)과 2013년도 제1기 예정신고분 부가가치세 43,771,967원 및 가산세 5,729,751원에 대한 감액경정거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 전력자원 개발 및 전력생산을 주요 사업목적으로 하고 있는 부가가치세 과세사업자이다.
• 나. 원고는 전남 OO군 OO읍 일대에 DD본부를 두고 6기의 원자력 발전설비를 운영하고 있는데, 2012년경 같은 읍 CC리 OO외 2필지 지상에 총 382세대 (43㎡형 120세대, 84㎡형 198세대, 103㎡형 198세대, 103㎡형 6세대, 116㎡형 58세대)의 사택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 신축하여 2017. 1. 4. 소유권보존등기를 마친 다음 이를 원고의 임직원에게 무상으로 임대하고 있다.
• 다. 원고는 위 주택을 건설하는 과정에서 건설자재는 입찰을 통하여 직접 구매하였고, 설계, 건설, 감리용역 등은 다른 사업자로부터 공급받았다. 원고는 이 중 자재와 감리용역 공급에 대한 세금계산서를 발급받았는데 그중 국민주택규모 이하 세대에 대한 자재 및 감리용역의 공급가액(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다) 및 부가가치세 상당액은 다음과 같다. 〈표생략〉
• 라. 원고는 2012년도 제2기 부가가치세 예정 및 확정신고와 2013년도 제1기 부가가치세 예정신고 당시 각 과세기간(이하 총칭하여 ‘이 사건 각 과세기간’이라 한다)에 이사건 주택의 취득에 소요된 자재 및 감리용역 전부에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 신고·납부하였다가, 2013. 8. 6. 이 사건 비용에 대한 부가가치세를 각 과세기간의 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 수정신고하고, 이에 대한 부가가치세[2012년 제2기분 95,587,742원(2012년 3분기 11,474,216원 + 4분기 84,113,526원), 2013년 제1기분 43,771,967원] 및 가산세[2012년 제2기분15,409,993원(2012년 3분기 2,128,467원 + 4분기 13,281,526원), 2013년 제1기분5,729,751원]를 모두 납부하였는데, 원고는 2018. 1. 11. 다시 피고에게 이 사건 비용에 관련한 부가가치세를 이 사건 각 과세기간의 매출세액에서 공제하여야 한다는 이유로 위와 같이 수정신고시 신고․납부한 부가가치세와 가산세를 모두 취소해 달라는 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2018. 2. 19. 국민주택 규모 이하 사택의 신축 관련 매입세액은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 관련예규에 따라 부가가치세 면제대상이라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 16. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 24. 원고의 청구를 모두 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2호증의 1, 2의 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 당사자의 주장 요지

1. 원고 이 사건 비용은 원고의 과세사업인 원자력발전사업을 위하여 원고의 임직원들에 대한 주택 임대용역을 제공하는 데 지출된 것이고, 원고는 주택의 임대용역을 공급하는 사업을 영위하지도 아니하였으므로 이에 대한 부가가치세 상당액은 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제1호에 따라 매입세액으로 공제되어야 함에도 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고 원고가 임직원들에게 이 사건 주택을 사용하도록 하는 것은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제12호 에 따라 부가가치세가 면제되는 주택이라는 재화의 공급 또는 그임대용역에 해당하고, 이는 원고의 과세사업에 필수적으로 부수되는 용역에 포함되지 않으며, 원고는 위 주택을 임대하는 사업자에 해당하므로 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 에 따라 이 사건 비용에 대한 부가가치세액은 원고의 과세사업 매출세액에서 공제될 수 없다.

• 나. 판단

1. 부가가치세법은 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 면세되는재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 '사업'을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 참조).

2. 앞서 본 사실, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 임직원들에게 이 사건 주택을 사용하도록 하는것이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 의 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 비용에 대한 부가가치세액이 위 규정에 따라 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 구 부가가치세법은 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매입세액으로 정의하여 이를 사업자의 매출세액에서 공제하도록 하되(제17조 제1항), 같은 조 제2항 각호에서 열거한 매입세액은 불공제하도록 정하고 있는바, 사업관련성이 인정되는 매입세액은 위 규정에서 열거하고 있는 것 외에는 같은 법 제17조 제1항에 따라 모두 공제되어야 하고, 이러한 특별규정 없이 그 공제를 부인할 수 없다는 것은 조세법률주의 원칙상 당연한 귀결이다. 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 피고가 이 사건 처분사유로 들고 있는 규정은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제6호 인바, 위 규정은 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 ‘사업’, 즉 면세사업에 관련된 매입세액을 공제하지 않는다는 것으로, 이 사건 비용에 원고의 과세사업과의 관련성이 인정된다면 이 사건 주택 중 국민주택규모 이하의 세대가 부가가치세 면세재화에 해당하거나 그 주택의 임대용역이 부가가치세 면세용역에 해당하는지 여부와 무관하게 이 사건 비용에 대한 부가가치세는 매입세액으로 공제되어야 하는 것이다. 그런데 구 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 에서 불공제 대상으로 정하고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 판단기준에 관하여 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조제4항은 법인세법 시행령의 법인세법상 손금에 산입하지 아니하는 지출에 관한 규정에 따르도록 하고 있는바, 법인세법상 법인의 사택은 업무용 부동산에 해당하여 이를 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있다는 등의 사정이 없다면 그 취득비용이 손금에 산입된다. 따라서 법인이 사택을 취득하는 데 든 비용에 대한 부가가치세는 과세사업과의 관련성이 인정되어 매입세액에 해당한다고 보이는바, 이 사건 주택이 원고의 임직원에 대한 사택으로 제공되고 있으므로 그 취득비용에 해당하는 이 사건 비용에 대한 부가가치세는 원고의 과세사업을 위해 지출한 매입세액에 해당하는 것으로서 공제되는 것이 타당하다.
• 나) 또한 다음과 같은 이유로 원고가 임직원들에게 이 사건 주택을 임대하는 것이 원고의 과세사업과는 별도의 부가가치세 면세사업인 주택임대사업을 영위하는 것이라고 볼 수도 없다.

① 부가가치세법 제2조 제1항 은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사람을 ‘사업자’라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있는데, 여기서 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사람이란 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화또는 용역을 공급하는 사람을 뜻한다(대법원 1999. 4. 13. 선고 97누6100 판결 참조). 여기서의 ‘사업형태’는 일반적으로 인적 및 물적 설비를 갖춘 경제적 조직체를 말한다고 할 수 있다. 그런데 원고가 이 사건 주택에 관하여 사업용 재산으로서의 관리 정도를 넘어서 원고의 과세사업과 분리되는 별도의 인적 및 물적 설비를 갖추었다고 볼 만한 사정이 없는 점, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주택은 사택으로서 원고의 과세사업을위한 재산으로 해석되는 점, 원고가 이 사건 주택을 임직원들에게 임대하여 관리비만을 교부받고 있을 뿐 그 밖의 대가를 취득하지도 아니하고 있는 점 등에 비추어 보면 원고가 이 사건 주택의 임대에 관하여 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추었다고 보기 어렵다(원고는 일부 세대를 원고의 과세사업에 대한 감독기관인 원자력안전위원회의 직원에게 일정액의 보증금을 받고 임대하기도 하였으나 원고의 발전 사업에 대한 안전규제 및 비상상황 대응 업무를 수행하는 원자력안전위원회 직원들에 대해서도 시설 근처에 상시 체류하도록 할 필요성의 관점에서 이를 원고의 과세사업과 무관하다고 볼 수 없는 점, 이 사건 주택 중 원자력안전위원회 직원들에게 임대된 세대는 소수에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 원고가 이 사건 주택 중일부 세대를 원자력안전위원회 직원들에게 임대하였다고 하는 사정만으로는 달리 볼 수 없다).

② 피고는 원고가 구 주택법(2013. 6. 4. 법률 제11871호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항의 주택건설사업자에 해당하고, 구 임대주택법(2013. 6. 4. 법률 제11870호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조의 건설임대주택사업자에 해당한다고 주장하나, 원고가 구 주택법상 주택건설사업자, 구 임대주택법상 건설임대주택사업자에 해당한다고 하여 당연히 부가가치세법상 사업자에도 해당하게 된다고 볼 수는 없고, 원고가 이 사건 주택을 임직원들에게 임대하는 것과 관련하여 부가가치세법상 사업자요건이 갖춰지지 못하였다면 이를 부가가치세법상 임대사업이라고 할 수는 없다(원고가 부가가치세법상 별도의 임대사업자에 해당한다고 보기 어려운 점은 앞서 본 바와 같다).

③ 주택의 임대용역은 주거전용면적에 상관없이 부가가치세 면세대상임에도 (구 부가가치세법 제12조 제1항 제12호) 이 사건 주택 중 국민주택규모를 초과하는 세대에 대한 부가가치세액 상당액은 매입세액으로 원고의 매출세액에서 공제되었는바, 동일하게 사택 용도로 사용되고 있음에도 이 사건 주택 중 국민주택규모 이하 세대에 관하여만 원고가 자신의 과세사업과 별도의 면세사업을 영위하고 있다고 볼 별다른 근거도 없다.

• 다) 피고는 구 부가가치세법상 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 그밖의 목적으로 사용․소비하는 경우 재화의 공급으로 본다는 취지로도 주장하나, 구 부가가치세법 시행령에 의하면 매입세액이 공제되지 않는 것은 과세되는 재화의 공급으로 보지 아니하는바(제16조 제1항 단서), 위 규정에 비추어 보면 이 사건 비용에 대한 부가가치세의 매입세액 불공제 근거로 피고가 위와 같이 개인적 공급임을 주장하는 것은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.