법인세법 제13조 제1항의 개정 내용은 과세 형평이나 소급과세 금지원칙에 반한다고 보기 어려우며, 신고행위를 당연무효로 볼 수 없다.

사 건 광주지방법원-2017-구합-12803 법인세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 000세무서장 변 론 종 결

2018. 05. 10. 판 결 선 고

2018. 06. 07.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 12. 31. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 ×××원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 지방공기업법 제49조 에 따라 〇〇광역시가 전액 출자하여 설립한 지방공사로서 2007년부터 ‘〇〇〇〇공동혁신도시 조성사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하고 있다.
• 나. 원고는 이 사건 사업을 시행하면서 소요되는 공사비 등의 비용에 충당하기 위하여 2007. 6. 19.경부터 금융기관에서 자금을 차입하거나 사채를 발행하여 매년 그 차입금이나 발행한 사채에 대한 이자(이하 ‘이 사건 이자’라 한다)를 지급하여 왔다.
• 다. 원고는 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지의 사업연도별 법인세 과세표준과 세액을 피고에게 신고․납부하면서 이 사건 이자를 향후 이 사건 사업 대상 토지가 매각되어 매출이 발생하는 시점에야 비로소 매출원가에 포함되는 비용으로 처리할 수 있는 것으로 알고, 이 사건 이자를 손금에 산입하지 않고 법인세법 제28조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항에서 정한 사업용 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자(이하 ‘건설자금 이자’라 한다)로 이 사건 사업의 건설원가 중 자본적 지출에 가산하였다.
• 라. 원고가 위와 같이 법인세를 신고․납부하던 중 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 〇〇지방국세청으로부터 정기세무조사를 받는 과정에서 이 사건 이자가 건설자금이자가 아니라 재고자산의 취득원가에 포함되어 손금에 산입할 수 있음을 알게 되었다.
• 마. 그러나 그 동안 초과납부한 법인세액에 대하여 위 정기세무조사에 따른 경정결정이 이루어지지 않아, 원고는 2014. 3. 11. 피고에게 이 사건 이자를 손금에 산입하는 내용으로 2008사업연도분부터 2012사업연도분까지의 법인세 과세표준과 세액의 경정을 청구하였다.
• 바. 피고는 2014. 3. 25. 원고에게 위 경정청구에 관하여 ‘2008사업연도분과 2009사업연도분 법인세 과세표준과 세액의 경정청구는 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기간 3년을 경과하여 경정할 이유가 없다’는 취지로 통보하였다.
• 사. 원고는 2013사업연도분 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서, 2008사업연도분과 2009사업연도분 법인세 과세표준과 세액 신고 당시 손금에 산입하였어야 할 이 사건 이자로서 2008년분 ×××원, 2009년분 ×××원 중 2010사업연도분부터 2012사업연도분까지 법인세 과세표준과 세액의 경정을 청구하면서 이월결손금으로 포함시켰던 2008년분 ×××원, 2009년분 ×××원을 제외한 나머지 이 사건 이자 2008년분 △△△원(=×××원 – 〇〇〇원), 2009년분 △△△원(= ×××원 – 〇〇〇원)의 합계 △△△원을 전기오류수정손실로 손금에 산입하였다.
• 아. 이에 따라 피고는 2014. 11. 12. 2009사업연도분 초과납부 법인세액의 환급금으로 ×××원을, 환급가산금으로 ××원을 결정하였고, 이를 원고가 납부하여야 하는 2013사업연도분 법인세에 충당하였으나, 2008사업연도분에 관하여는 아무런 결정을 하지 않았다.
• 자. 이후 원고는 2015. 11. 4. 피고에게 2008사업연도분에 손금으로 반영되지 않은 이 사건 이자 ×××원을 손금으로 인정할 경우 늘어나는 같은 금액의 이월결손금을 2013사업연도분 법인세 과세표준 계산 시 공제하여 □□□원의 세액을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였는데, 피고는 2015. 12. 31. 이 사건 이자가 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2010년 법인세법’이라 한다) 제13조 제1호가 정하는 결손금에 해당하지 않는다는 이유로 이를 기각(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 차. 이에 대하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 6. 29. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

• 가. 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2009년 법인세법’이라 한다) 제13조 제1호에 의하면 이 사건 이자가 결손금으로 인정될 수 있었으나, 개정된 법인세법 제13조 제1호 와 부칙 제4조에 의하면 이 사건 이자가 과세표준 신고 시 결손금으로 신고 등이 되지 않아 결손금으로 인정될 수 없게 되었다. 이는 신고 등이라는 우연한 사정에 따라 납세자를 차별하는 것으로 조세공평의 원칙에 반하고, 납세의무가 성립되어 이미 종결된 사실 또는 법률관계에 대한 것으로 소급과세금지원칙에 위반된다.
• 나. 원고는 2008사업연도분 법인세 과세표준과 세액을 신고․납부함에 있어 앞서 본 것과 같이 이 사건 이자를 손금에 산입하지 않고 건설자금 이자로 처리하여 신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)하였는데, 이는 중대하고 명백한 하자로 인하여 무효이다.

• 가. 원고의 첫째 주장에 대한 판단

1. 관련 법령 등 법인세의 과세표준 산정에 있어 이월결손금 공제 관련 법령은 아래와 같다. (1). 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자 부칙 제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. <2009년 법인세법> 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 <구 법인세법 시행령> 제52조(건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위) (1). 법 제28조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다. (2). 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다. 위 법령을 종합하면, 2009년 법인세법에서는 결손금에 대한 신고, 수정신고나 경정․결정이 없었더라도 10년이 넘지 않는 범위 내에서 후속 사업연도에 이월결손금으로 공제받을 수 있었으나, 2010년 법인세법에서는 2009. 12. 31.까지 결손금으로 신고 등이 된 경우에 한하여 후속 사업연도에 이월결손금으로 공제받을 수 있게 되었다. 따라서 2010. 1. 1. 이후에 이월결손금 공제를 신청하는 경우에는 그 이전에 결손금으로 신고 등이 되어 있지 않으면, 더 이상 공제를 받을 수 없다. 2) 국세기본법 제18조 제1항 은 ‘세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야한다’고 규정하고 있는데, 이는 세법의 해석과 적용에 있어 과세의 형평은 물론 해당 조항의 합목적성을 고려하고, 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 의미이다. 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실들 또는 사정들을 종합하여 보면, 2010년 법인세법에 따라 한 이 사건 처분이 과세의 형평에 반한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분의 근거인 2010년 법인세법 조항의 문언에 의하면, 2009. 12. 31.까지 결손금으로 신고 등이 된 경우에 한하여 후속 사업연도에 이월결손금으로 공제를 받을 수 있음은 분명하다.
• 나) 위 2010년 법인세법으로 인하여 원고와 동일한 상황에 있는 납세자들은 모두 이전 사업연도에 결손금으로 신고 등을 하지 않은 경우 동일하게 공제를 받을 수없게 되었고, 원고와 다르게 2009. 12. 31.까지 결손금으로 신고 등을 한 납세자들은 여전히 그 이후 사업연도에도 이월결손금으로 공제를 받을 수 있어 신고 등이 이루어졌는지에 따라 납세자들을 서로 다르게 대하고 있으므로, 형평의 원칙에 반한다고 보기 어렵다. 또한 법인세의 경우 그 과세요건의 성립과 확정이 분리되어 있다는 점에서 과세요건이 성립된 자와 확정된 자를 달리 취급하는 것을 두고서 형평의 원칙에 반한다고 보기 어렵다.
• 다) 위와 같이 법인세법을 개정한 것은 법적 안정성 등을 감안하여 공제가 가능한 이월결손금을 신고 등으로 확정된 결손금으로 명확하게 하기 위해서이므로, 그 조항의 합목적성이 인정되고, 원고가 이 사건 이자를 이월결손금으로 공제받지 못하게 된 것은 어디까지나 원고의 회계착오로 인한 것으로 그에 대한 신뢰보호의 필요성이 그다지 크지 않아 이를 두고서 납세자의 재산권이 부당하게 침해된다고 보기도 어렵다.

3. 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2008두2736 판결 등 참조). 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실들 또는 사정들을 종합하여 보면, 2010년 법인세법에 따라 한 이 사건 처분이 소급과세금지의 원칙에 반한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

• 가) 원고는 2013사업연도분 법인세의 과세표준을 계산함에 있어 2009년 법인세법에 따라야 한다고 주장하나, 2013사업연도분 법인세 납세의무의 성립은 2013. 12. 31.이므로 당시 시행되던 2010년 법인세법에 따라 과세표준을 계산하는 것을 두고서 소급과세금지의 원칙에 반한다고 보기 어렵다.
• 나) 원고가 2008사업연도에 지급한 이 사건 이자를 손금으로 산입하여 결손금으로 공제받지 못한 것은 원고의 회계착오로 발생하였는데, 이러한 경우 국세기본법은 납세자에게 수정신고(제45조) 또는 경정청구(제45조의2) 등의 구제절차를 두고 있다. 다만, 세법관계의 안정성 등을 위하여 그 기간을 제한하고 있으므로 그 기간 안에 이와 같은 구제절차를 거쳐야 하고, 납세자의 과실로 이러한 절차를 제대로 거치지 못하였다고 하여 과세관청이 직권으로 경정 등을 하여야 할 의무가 있는 것은 아니다. 그런데 앞서 본 바와 같이, 피고는 원고가 잘못 신고하여 이월결손금을 공제받지 못하였던 부분에 대하여 국세기본법이 정하는 국세 부과의 제척기간(5년) 또는 경정청구 기간(당시 3년) 내에 있던 부분(2009사업연도분부터 2012사업연도분까지)까지는 원고의 경정청구를 받아들여 이를 모두 공제하였으나, 2008사업연도분에 대하여는 국세 부과의 제척기간 및 경정청구 기간이 모두 경과하여 이를 공제하지 않았다.
• 다) 2010년 법인세법은 2009년 법인세법에 비하여 공제되는 결손금의 범위를 일정한 요건 하에 축소하고 있는데, 납세자의 신뢰 보호를 위하여 부칙 제4조 본문을 통해 2010년 법인세법의 공포 이후부터 적용하는 것으로 정하고 있다. 나아가 부칙 제4조 단서는 2009년 법인세법에 따라 이미 법인세 납부의무가 확정된 부분에 대하여는 2009년 법인세법이 적용되도록 규정하여 그 반대해석상 납부의무가 아직 확정되지 않은 부분에 대하여는 2010년 법인세법이 적용되도록 하여 법적안정성을 도모하고 있다. 따라서 이 사건의 경우 2008사업연도분 법인세에 대한 추상적 납세의무는 이미 발생하고 있고 다만 일정한 요건을 갖춘 결손금만을 과세표준에서 공제하므로, 그 결손금 인정 요건을 강화하였다 하여 새로운 과세의무를 소급적으로 과한다고 보기 어렵다.
• 나. 원고의 둘째 주장에 대한 판단

1. 법인세 등과 같은 신고납부방식의 조세의 경우 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이다. 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 4. 9. 선고 2012다69203 판결 등 참조).

2. 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실들 또는 사정들에 비추어 보면, 이 사건 신고행위의 하자가 중대하다고 볼 수 있더라도 명백하다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 신고행위를 당연무효라고 볼 수 없어 이를 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

• 가) 구 법인세법 시행령 제52조 제1항 에서 정하는 ‘명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금’에 해당하여 법인세법 제28조 제1항 제3호 에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는지의 여부는 위 차입금 등이 ‘사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설에 소요되는 자금’인지에 따라 결정되는데, 이 사건 사업을 시행하면서 소요되는 공사비 등으로 사용된 위 차입금 등이 ‘사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설에 소요되는 자금’인지 ‘재고자산의 취득에 사용된 자금’인지는 위 차입금 등의 구체적인 용도 등 구체적인 사실관계를 확인하지 않고 쉽게 판단할 수 없다.
• 나) 원고는 지방자치단체가 전액 출자하여 설립한 지방공기업으로서 회계사무소를 통하여 관련 세무업무를 처리하여 왔음에도 2007사업연도분부터 2012사업연도분까지 6년 동안의 법인세 과세표준과 세액을 신고함에 있어 이 사건 이자를 건설자금이자로 판단하여 신고하여 왔다.
• 다) 원고는 〇〇지방국세청의 정기세무조사 이전까지 이 사건 신고행위를 포함하여 위 6년 동안의 법인세 과세표준과 세액의 신고행위의 하자를 확인하지 못하였다.

3. 그 외 원고는, 이 사건 신고행위의 하자가 중대하나 명백하지 않더라도 법인세의 경우 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 그 신고행위를 당연무효로 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않고, 국세기본법이 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되면서 경정청구기간을 5년으로 연장하였으며, 확립된 법리에 어긋나게 법인세 신고가 이루어졌고, 위 차입금 등이 재고자산의 취득에 사용되었던 사정 등이 있어 원고에게 이 사건 신고행위로 인한 불이익을 감수키시는 것이 현저하게 부당하므로, 이 사건 신고행위가 당연무효에 해당한다고 주장하나, 이러한 사정만으로 이 사건 신고행위가 당연무효에 해당한다고 보기 어렵다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없이 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.