이 사건 각 차입금 이자율이 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없으므로 부당행위계산 부인을 적용하여 이자비용을 손금불산입한 처분은 부당함

사 건 광주지방법원-2015-구합-13253 경정청구거부처분 등 취소청구의 소 원 고 AAA 피 고 000세무서장 변 론 종 결

2018. 08. 30. 판 결 선 고

2018. 11. 01.

1. 피고가 2014. 2. 14. 원고에 대하여 한 2010 사업연도에 남아있는 2005 사업연도 손금 미공제 잔액을 10,056,737,884원에서 15,079,672,912원으로, 2006 사업연도 결손금 미공제 잔액을 242,880,136원에서 6,662,106,607원으로, 2007 사업연도 결손금 미공제 잔액을 5,419,782,708원에서 13,133,533,277원으로, 2008 사업연도 결손금 미공제 잔액을 4,779,191,818원에서 14,386,841,721원으로, 2009 사업연도 미공제 잔액을 2,561,609,289원에서 13,203,890,482원으로 각 증액하고, 2010 사업연도 발생 결손금을 0원에서 14,041,438,889원으로 증액하고, 2011 사업연도 발생 결손금을 0원에서 13,497,663,340원으로 증액하고, 2012 사업연도 발생 결손금을 0원에서 12,159,611,020원으로 증액하는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 광주 제2순환도로 1구간 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)은 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’이라 한다)에서 정한 ‘사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정’하는 사업방식[이하 ‘BTO 방식’이라 한다]으로 대우건설 주식회사 외 4개 건설사가 설립한 ○○ 주식회사(이후 그 명칭이 ○○○○ 주식회사로 변경되었으므로, 이하 ‘○○○○’라 한다)에 의하여 2000. 11. 30. 준공되었고, 2001. 1. 1.부터 위 순환도로의 통행료가 징수되었다.
• 나. 원고는 2003. 1. 15. 이 사건 사업을 양수, 운영할 목적으로 설립되어 2003. 1.30. ○○○○와 이 사건 사업을 172,000,000,000원에 양수하는 계약(이하 ‘이 사건 양수도계약’이라 한다)을 체결하였는데, 광주광역시는 2003. 3.경 이를 승인하는 대신 ○○○○가 그 동안 이 사건 사업과 관련하여 차입한 대출금 전액을 상환할 것 등을 그 조건으로 하였다.
• 다. 한편, 원고는 이 사건 양수도대금을 마련하기 위하여 아래와 같이 자금을 대출받았다. 그 과정에서 원고는 2004. 10. 24. △△△와 선순위 차입금 약정을 체결하고, 142,000,000,000원을 고정금리 연 10%로 차입하여 국민은행에 대한 선순위 차입금을 전액 상환하였다.
• 라. 감사원은 2010. 9. 무렵부터 2010. 11. 무렵까지 이 사건 사업과 같이 최소운영수입보장(MRG: Minimum Revenue Guarantee)4) 방식으로 이루어지는 민간투자사업에 대한 사후관리실태를 감사하고, 국세청에 민간투자사업자들의 차입금 이자율의 적정 여부를 조사할 것을 요구하였다. 이에 피고는 2010. 11. 22.부터 2010. 12. 7.까지 원고에 대하여 위 각 차입금 이자율의 적정성 여부를 조사하였고, 그 결과 피고는 원고의 위 각 차입금 거래는 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로서 부당행위계산에 해당하고, 시가가 당좌대출이자율인 8.5%라고 판단한 후 2011. 8. 26. 원고에 대하여 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지의 위 각 차입금의 이자금액 중 위 당좌대출이자율을 기준으로 계산한 이자금액을 초과하는 금액에 해당하는 만큼 손금을 부인하여 위 기간 동안 이월결손금을 감액결정한 후 법인세 과세표준에 대한 경정통지를 하였다
• 마. 원고는 2011. 11. 23. 위 경정통지에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2013. 5. 15. 당좌대출이자율을 시가로 적용하는 것은 부당하다고 보아 ‘피고는 위 각 차입금에 대한 이자율이 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다’고 결정하였다. 이에 피고는 2013. 8. 2. 당초 선순위 차입금 이자율인 연 7.25%를 기준 이자율로 하고 고정금리 프리미엄, 만기 프리미엄, 후순위 위험 프리미엄, 지연이자 과소위험 프리미엄, 선순위 차입금 과다 프리미엄 등을 참작하여 변경 후 선순위 차입금에 대하여는 시가가 연 9.92%이고, 후순위 차입금과 운영자금 차입금에 대하여는 시가가 연 12.64%라고 결정한 후 원고에 대하여 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지의 각 결손금을 증액 경정하였다.
• 바. 한편, 원고는 피고의 위 2010년도 세무조사 이후 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 당좌대출이자율을 적용하여 계산한 이자비용만을 손금으로 신고하였고, 피고는 원고가 위 각 차입금에 관한 약정이자의 지급을 연체하여 발생한 연체이자 전부에 대하여 손금 부인을 하였다.
• 사. 원고는 2013. 12. 17. 피고에 대하여 ① 위 각 차입금의 이자금액과 피고가 2013. 8. 2. 결정한 시가 사이의 차액 부분에 대하여 손금 부인을 당한 점, ② 위 2010사업연도부터 2012 사업연도까지 신고한 이자비용과 위 각 차입금의 이자금액 사이의 차액 부분을 손금에 산입하여야 하는 점, ③ 위 각 차입금에 대하여 발생한 연체이자가 손금 부인을 당한 점을 이유로 2010 사업연도 및 2011 사업연도는 결손금을 증액하고, 2012 사업연도는 법인세를 환급하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2014. 2. 14. 원고에 대하여 아래와 같은 이유로 위 경정청구를 기각(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. <기각 사유> 원고의 행위 또는 소득금액의 계산이 △△△와 완전자회사(100% 지분 소유)인 원고의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되므로 부당행위 계산의 부인에 해당하고, 청구법인이 특수관계자로부터 차입한 금전의 적정 이자율을 당좌대출이자율로 적용하여 자진신고한 내용은 적정하여 청구내용은 이유 없다.
• 아. 이에 원고는 2014. 5. 13. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2015. 8. 18. 원고의 위 경정청구 중 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지 부분에 대하여는 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항 단서에 따른 90일의 불복기간(기산점은 위 2013. 8. 2.)을 경과하여 제기되었다는 이유로 각하하고, ②항 부분은 원고가 신고한 당좌대출이자율을 기준으로 시가를 산정할 것이 아니라 피고가 2013. 8. 2. 결정한 시가(선순위 차입금: 연 9.92%, 후순위 차입금 및 운영자금 차입금: 연 12.64%)를 기준으로 하여야 한다는 이유로 일부 인용하였고, 나머지 청구는 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증, 을 제1 내지 3, 8, 12, 14, 15호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

• 가. 위 각 차입금에 대한 이자율이 경제적 합리성을 결여하지 않았으므로, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 정하는 부당행위계산 부인의 대상이 아니다.
• 나. 위 각 차입금에 대한 연체이자금액은 광주광역시가 지급하여야 할 보조금의 지급을 지연하여 불가피하게 발생한 것이므로 그 전액을 손금에 산입하여야 한다.

별지와 같다.

• 가. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

1. 피고는, 위 2013. 8. 2. 재조사결정에 따라 위 각 차입금에 대한 적정한 이자를시가로 결정하여 원고에게 통보하였으므로 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따라 위 통보를 받은 날부터 90일 이내에 경정을 청구하여야 함에도 90일이 경과한 2013. 12. 17.에서야 경정청구가 되었으므로, 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다. 국세기본법 제45조의2 제1항 단서는 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있어 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 과세표준 및 세액이 증가됨을 전제로 하고 있다. 그러나 앞서 본 것처럼 피고의 위 2013. 8. 2.자 재조사결정은 결손금을 증액한 것이어서 이로 인하여 과세표준이 감소된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 경정청구기간 경과 주장은 이유 없다.

2. 피고는, 위 2013. 8. 2. 재조사결정에 따라 위 각 차입금에 대한 적정한 이자를시가로 결정하여 원고에게 통보하였으므로 국세기본법 제68조 제1항 에 따라 위 통보를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 하여야 함에도 90일이 경과한 2014. 4. 13.에서야 심판청구가 되었거나, 국세기본법 제55조 제5항, 제56조 제3항에 따라 90일 이내에 행정소송을 제기하여야 함에도 2015. 11. 13.에서야 행정소송이 제기되었으므로, 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다. 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있다(대법원 2010. 1. 28. 선고 2008두1795 판결 등 참조). 그런데 피고의 위 주장은 2013. 8. 2.자 재조사결정통보가 처분성이 있다는 전제에 선 것으로 위 법리에 반하므로, 위 주장 역시 이유 없다.

3. 피고는, 원고가 2013. 12. 17. 경정청구한 대상 중 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지 해당분의 경우 경정청구가 제기된 적이 없거나 국세기본법 제45조의2 제1항 본문이 정하는 경정청구기간인 3년을 경과하여 제기되었으므로, 이에 대한 피고의 거부처분도 존재할 수 없으므로, 이 부분 소는 부적법하다고 주장한다. 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하며, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정 시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니다. 따라서 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2012두24009 판결 등 참조). 그리고 법인세 과세표준에 영향을 미치는 결손금에는 당해 사업연도에 발생한 결손금뿐만 아니라 이월된 결손금도 포함되므로, 법인세법 제13조 에 따라 원고는 법인세 신고의 대상이 되는 당해 사업연도에 발생한 결손금과 이월되어 그 이전의 사업연도에 남아있는 결손금의 증액을 모두 청구할 수 있다. 그런데 원고는 2013. 12. 17. 2010 사업연도에 이월되어 남아 있는 2005 사업연도부터 2009사업연도까지의 결손금을 포함하여 경정청구를 하였음은 앞서 본 바와 같을 뿐만 아니라 2010 사업연도 법인세에 대한 과세표준신고서의 법정신고기한은 2011. 3. 31.까지여서6) 3년의 경정청구 기간 내에 경정청구가 이루어졌음은 계산상 명백하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

4. 피고는, 원고가 2013. 12. 17. 경정청구한 대상 중 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지 해당분의 경우 법인세법 제13조 제1호 에 따라 신고 또는 결정‧경정 내지 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 이월결손금에 해당하고, 피고가 2013. 8. 2. 위 사업연도에 해당하는 이월결손금을 경정하여 확정되었으며, 이에 대한 다툼은 위 경정일로부터 90일 이내에 경정청구에 의해서만 가능하므로, 이 부분 소는 부적법하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 것처럼 피고의 위 경정으로 이월결손금이 확정된 것이 아니라 증액된 것에 불과하고, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 원고가 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따라 법정신고기한으로부터 3년 내인 2013. 12. 17. 이월결손금의 증액 등을 포함한 경정청구를 하였으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

5. 결국 이 사건 소는 적법하다.

• 나. 차입금의 이자율이 경제적 합리성을 결여하였는지 여부

1. 관련 법리 법인세법 제52조 제1항 은 ‘내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’라고 규정하고, 같은 조 제2항은 ‘부당행위계산 부인은 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격인 시가를 기준으로 한다‘라고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 ‘금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율․요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고, 같은 법 시행령 제89조 제3항은 ‘기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율 또는 가중평균차입이자율’을 금전의 대여 또는 차용에 대한 시가로 규정하고 있다.한편 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 참조). 그리고 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장․증명책임은 과세관청에 있다(대법원2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 참조).

2. 판단 앞서 든 증거와 갑 제15, 16, 18 내지 20, 22호증, 이 법원의 2016. 8. 10. NICE평가정보 주식회사에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실들 또는 사정들을 종합하면, 피고가 주장하는 이자율(선순위 차입금: 연 9.92%, 후순위 차입금과 운영자금 차입금: 연 12.64%)이 위 각 차입금의 이자율 시가라고 단정하기 어려울 뿐만 아니라 위 각 차입금의 이자율(선순위 차입금: 연 10%, 후순위 차입금: 20%, 운영자금 차입금: 15%)이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 볼 수 없다. 가) 법인세법 시행령 제89조 제3항 은 금전 차용의 경우 가중평균차입이자율이 나 당좌대출이자율을 시가로 한다고 규정하고 있다. 이자율은 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용 정도 등 여러 사정에 따라 달라질 수 있으므로, 실제로 거래한 이자율이 부당행위계산에 해당하여 부인할 수 있는지 판단하기 어렵다는 점을 고려하여 위 규정이 마련된 것이다. 그러나 앞서 본 것과 같은 부당행위계산의 부인을 둔 취지나 법인세법 시행령 제89조 제3항 의 위임근거인 법인세법 제52조 제2항 등에 의하면, 이자율의 시가 역시 일반적이고 정상적인 금전거래에서 형성될 수 있는 객관적이고 합리적인 것이어야 하므로, 법인세법 시행령 제89조 제3항 에서 정한 가중평균차입이자율 등을 시가로 볼 수 없는 사정이 인정된다면 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율의 시가를 과세관청이 증명하여야 한다.

• 나) 민간투자시설이 완공되어 운영이 개시되면 사업시행자는 신규투자자를 모집하여 출자자의 지분을 줄이고 차입금을 추가로 조달함으로써 자본구조를 변경하는 것이 일반적이고, 민간투자사업기본계획은 이를 허용하고 있다. 이 사건 사업의 경우에도 이와 동일한 방식으로 진행되었다. 즉, 이 사건 사업의 경우 건설 단계에서는 건설사들(대우건설 주식회사 외 4개 회사)이 사업시행자(○○○○)를 설립하여 투자하였다가 준공 후 민간투자시설의 운영이 개시되자 출자자 변경을 통해 기존 건설사들이 단기에 투자금을 회수하고 장기투자가 가능한 재무적 투자자(△△△)가 원고를 통하여 후속으로 투자하는 방식으로 이루어졌다. 이는 건설사들의 경우 민간투자사업에 참여하는 목적이 건설도급계약으로 인한 이익을 얻기 위한 것이지 장기적으로 민간투자사업을 운영함으로 인한 수익을 얻기 위한 것이 아니므로 건설공사가 완료되고 투입비용 등을 회수하면 이 사건 사업에서 이탈하기를 원하고, 이에 반해 재무적 투자자들의 경우 건설이 완료되어 건설에 따른 위험이 해소되면 민간투자사업시행자의 지분을 인수하고 동시에 사업시행자에게 대출을 하여 민간투자사업 시설의 운영수익으로 대출원리금을 변제 받음으로써 금융이익을 얻을 수 있기를 원하므로, 이러한 건설사들과 재무적 투자자의 이해관계가 맞아 떨어졌기 때문이다. 이러한 방식으로 이루어진 사업시행자의 변경에 대하여 광주광역시는 2003. 3. 17. 승인하였고, 기존 사업시행자가 차입한 대출금을 새로운 사업시행자인 원고가 모두 변제할 것을 그 조건으로 하기도 하였다. 다만, 그 과정에서 원고는 위 사업시행자 지위의 양도 대금 전액(1,720억 원)을 차입금으로 충당하였고, 기존 사업시행자인 ○○○○가 건설에 소요된 비용(총 약 1,893억 원)의 일부(약 543억 원)는 자신의 자본으로 하고 나머지(1,350억 원)만 차입금으로 충당하였다는 점에서 실질적으로 위와 같이 자본구조가 변경되었다. 이와 같은 추가적인 차입금 조달을 포함한 자금재조달 또는 출자자 변경의 목적은 자본구조, 출자자 및 타인자본 조달조건 등을 변경하여 출자자의 기대수익을 증가시키기 위한 것이고, 추가적인 차입금을 조달하면 이자비용이 발생하여 법인세가 감소한다는 점은 예상된 결과이다. 특히 이러한 사업구조가 금지되지 않으므로 이러한구조 자체가 위법하거나 원고 측의 귀책이라고 보기 어렵다.
• 다) 이 사건 사업의 대상인 고속도로는 사회기반시설로서 국민들의 각종 생산 활동의 기반이 되고, 국민생활의 편익을 증진시키는 등 그 공익성이 매우 강한데 국가또는 지방자치단체의 기술이나 자금능력의 부족 등으로 국가적으로 필요한 기반시설에 대한 확충이 어려워지는 것을 방지하고 민간의 투자를 촉진하기 위해 민간투자법을 제정함으로써 민간의 기술과 자본 등을 통해 사회기반시설의 확충‧운영을 하게 되었다. 이처럼 이 사건 사업과 같은 사회기반시설의 건설과 운영은 그 성질상 궁극적으로 국가 또는 지방자치단체에서 그 책임을 부담하여야 하는 것임에도 실제로는 일정한 범위 내에서의 최소운영수입보장을 제외하고 투자비용 미회수 등 사업에 따른 위험을 전적으로 민간사업자가 부담하게 된다.
• 라) 이 사건 사업은 그 사업기간이 28년으로 매우 장기여서 사업의 편익 및 비용이 당초 예측과 다르게 실제 사업환경에 따라 변동될 위험이 매우 크고, 앞서 본 것처럼 이 사건 사업에 막대한 초기비용이 투자되는 점, 원고가 투자비용 미회수위험을 부담하는 점, 변경 후 선순위 차입금은 2018년부터 후순위 차입금은 2024년부터 원금이 분할상환되며, 운영자금 차입금은 2027년에야 원금이 상환되는 점 등에 비추어 채무불이행으로 인한 위험이 매우 높다. 그런데 이 사건 사업에 관한 2000. 12. 29.자 실시협약 제2조, 제44조에 의하면 원고는 실제로 징수한 사용료가 추정통행료수입의 85% 수준에 미달하는 경우 그 부족분을 지급받을 수 있을 뿐, 달리 위와 같은 위험을 해소할 수 있는 방안을 마련하기 어려웠던 것으로 보인다. 즉 민간투자법 제14조 제4항 에 따라 원고는 이 사건 사업 이외의 사업을 할 수 없어 이 사건 사업에서 손실이 발생할 경우 이를 회복할 수 없는 방법이 없고, 실제 통행량이 예상 통행량에 미치지 못할 경우 적정한 통행료의 인상을 통하여 그 간격을 줄여야 하나, 위 실시협약상 일정한 제한으로 인하여 이 사건 사업에 내재하는 위험을 해소할 만큼 통행료를 인상하기는 사실상 어려웠던 것으로 보인다. 실제로 이 사건 사업은 운영개시시점인 2001년부터 매년 최소운영수입보장률을 충족하지 못하였으나, 2009년도에 이르러서야 최초로 통행료가 인상되었다. 위 최소운영수입보장금액을 지급하여야 할 의무가 있는 광주광역시의 경우 원고가 이 사건 사업을 양수한 2003년 당시 재정자립도가 63% 정도로 상당히 낮아 최소운영수입보장금액이 제때 지급되지 못할 위험이 존재하였다.
• 마) 이 사건 사업에 내재해 있던 위와 같은 여러 위험들은 실제로 현실화되었다. 즉, 위 실시협약 체결 당시 추정하였던 통행량이나 통행료 수입이 실제 통행량이나통행료 수입에 현저히 미치지 못함으로써 사업의 개시 시점부터 지속적으로 최소운영수입보장률을 충족하지 못하여 매년(2002년부터 2013년까지) 원고에게 지급되어야 할 최소운영수입보장금액이 최소 50억 원에서 최대 200억 원에 이르렀음에도, 광주광역시는 이를 실시협약상 정한 지급일자에 제때 지급하지 않은 채 최소 61일에서 최대 1년 가까이 지나서야 원고에게 지급하였고, 심지어 2012년도분은 2016. 6.경, 2013년도분은 2016. 7.경 지급되기도 하였다. 특히 위 추정통행량은 원고가 아니라 광주광역시가 산출하여 제시하였다.
• 바) 위 실시협약 제51조에 의하면, 광주광역시는 이 사건 사업의 수익성에 지대한 영향을 미치는 각화교차로 및 동광주 IC의 입체 교차 및 접속을 위한 각화교 건설사업을 2005년 말까지 완료하기로 노력하되, 만일 위 기한까지 건설사업이 완료되지 않으면 2006년부터 최소운영수입보장률을 당초 85%에서 90%로 조정하여 적용하기로 하였다. 그러나 그 동안 미지급한 2002년도 최소운영수입보장금액의 지급을 조건으로 원고와 광주광역시는 2004. 10. 16. 그 동안 미지급된(2002년도~2004년도) 최소운영수입보장금액에 대하여 지급기한을 실시협약과 다르게 규정하였을 뿐만 아니라 이후 2005년부터 2009년까지의 금액에 대한 지급기한 역시 실시협약 제49조에서 정하는 ‘요청한 날부터 90일 이내에’와 다르게 ‘각 회계연도 종료 후 6개월 이전’이라고 변경하여 이미 위 실시협약 제49조 제3항에 따라 발생한 연체이자의 일부를 면제하고, 그 지급기한을 연장하기로 합의하였다. 또한 위 2004. 10. 16.자 합의에서 위 각화교 건설사업의 준공기한을 2009. 12. 31.까지로 연장하고 2010년부터 최소운영수입보장률을 90%로 조정하기로 합의하였다. 이처럼 최소운영수입보장금액의 지급기한과 지급금액이 위 실시협약보다 더 불리하게 변경되었다. 이와 같이 이 사건 사업에 따른 위험성을 상당부분 해소할 수 있는 최소한의 장치인 최소운영수입보장률과 관련하여 그 금액이나 그 지급여부가 이 사건 사업의 사업적인 요소에 따른 원고의 경영상 판단이 아니라 관할관청의 공익적 판단 등 외부적인 요인으로 인하여 실시협약 체결 당시보다 더 불리하게 변경될 수 있는 위험 역시 위 각 차입금에 대한 적정 이자율 산정에 고려되어야 한다.
• 사) 앞서 본 것처럼 이 사건 사업의 최소운영수입보장률은 위 실시협약에 따라 2006년부터 90%로 증가되었어야 하나 위 2004. 10. 16.자 합의로 증가되지 못하였고, 오히려 광주광역시는 2007. 4. 26. 예측교통량과 실제교통량에 상당한 차이가 있는 등 사건 사업이 협약체결 당시와 실제 운영 간에 많은 차이가 있어 시 재정에 막대한 부담이 되는데 반하여 원고는 고금리의 대출협약을 통해 투자자의 이자수익만 꾀하고 있다는 이유로 최소운영수입보장률을 80%로, 보장기간을 20년으로 변경할 것을 요청하였고, 이후 2011. 1. 4. 그 동안 변화된 사정에 맞추어 단계별로 최소운영수입보장률을 76%까지 낮추자는 제안을 하였다. 이처럼 광주광역시는 위 실시협약상 증가하였어야 할 최소운영수입보장률을 증가시키지 않음으로써 재정적 부담을 감소하는 이익을 얻게 되었다. 이와 관련하여 원고는 위 2004. 10. 16.자 합의에 따라 위 실시협약상 예정하였던 여러 가지 조건들이 원고에게 불리하게 변경되는 등으로 인하여 당초 선순위 차입금에 대한 채무불이행 사유가 발생할 위험에 처하게 되었고, 이는 원고가 당초 선순위 차입금보다 이자율 등에서 더 불리한 조건을 가지는 변경 후 선순위 차입금을 새롭게 차입하게 된 하나의 원인이 되었다. 이러한 사정 역시 위 각 차입금에 대한 적정이자율 산정에 고려되어야 한다.
• 아) 변경 후 선순위 차입금의 경우 당초 선순위 차입금보다 더 불리한 조건으로 변경하게 된 사정이 있었고, 당초 변동금리였던 것을 고정금리로 하였으며, 당초 선순위 차입금에 있었던 제한조건 중 선순위 원리금 상환을 위한 예금 적립 규정, 일정현금비율 유지규정, 일정 부채비율 유지규정이 삭제되어 원고에게 유리하게 변경되었다.
• 자) 후순위 차입금과 운영자금 차입금의 경우 민간투자사업에서 사업시행자가 주주로부터 차입하는 후순위 차입금은 일반적인 자금대출과는 다른 특수성이 있고 선순위 차입금과도 그 지급조건, 상환기간, 담보 등에 있어서 불리한 지위에 있는데, 이는 위 후순위 차입금과 운영자금 차입금 역시 마찬가지이다. 즉 ① 피고가 주장하는 적정 이자율은 변동금리인 당초 선순위 차입금의 이자를 기준으로 하고 있으나, 위 후순위 차입금과 운영자금 차입금은 모두 고정금리이고, ② 원금을 상환하려면 선순위 차입금에 대한 변제 등 변제요건을 충족시켜야 하며, ③ 피고가 주장하는 적정 이자율의 대상이 되었던 당초 선순위 차입금의 경우 2008년부터 10년간 분할하여 상환 받을 수 있음에 반하여 후순위 차입금은 2024년 이후부터, 운영자금 차입금은 2027년에야 비로소 원금을 상환 받을 수 있고, ④ 당초 선순위 차입금에 대하여는 관리운영권 등 담보가 존재하는 반면, 위 후순위 차입금과 운영자금에 대하여는 아무런 담보도 존재하지 않는다.
• 차) 서울지방국세청은 2009. 6. 29.부터 2009. 7. 28.까지 원고에 대하여 2004년부터 2008년까지 발생한 위 각 차입금의 이자가 적정한지 여부에 대하여 세무조사를 하였는데 위 이자가 적정하다는 취지로 과세표준을 경정하지 않았다. 그리고 원고가 회계법인을 통하여 각 차입금의 이자율이 적정한지 여부를 검토하였는데 변경 후 선순위 차입금의 경우 금리가 고정금리로 변경되고 금융약정상 차주의 제반준수사항을 완화한 점을 반영하여 그 적정 이자율은 8.87~10.45% 또는 8.64%~10.22%였고, 후순위 차입금과 운영자금 차입금의 경우 국제조세조정에 관한 법률에 따라 여러 요소를 고려하여 그 적정 이자율은 13.7~30.2% 또는 16.5~31.5%였다. 이 사건 사업과 유사한 다른 민간투자사업에서의 후순위 차입금 이자율은 6~65% 수준으로 매우 다양하다.
• 카) 피고는 위 각 차입금에 대한 적정이자율을 산정함에 있어 당초 선순위 차입금의 이자율을 기준으로 여러 가지 위험요소를 고려하고 있다. 그러나 앞서 본 바와같이 각 차입금의 지급조건, 상환기간, 담보 등에 있어 상당한 차이가 있으므로, 당초 선순위 차입금의 이자율을 기본이자율로 보고 일정한 위험요소를 단순히 가산하는 방식으로 각 차입금의 적절한 이자율을 피고와 같이 산정하는 방식 자체가 타당하다고 단정하기 어렵다. 다만, 원고 역시 피고의 재조사 과정에서 위와 같은 방식으로 산정한 이자율을 적정한 이자율이라고 주장하였고, 위와 같은 위험 요소들이 결국 시가 산정의 요소가 된다고 보아 위와 같은 산정방식에 따라 살펴보더라도 피고가 주장하는 시가가 적정하다고 보이지 않는다. 변경 후 선순위 차입금의 경우 피고는 그 시가가 9.92%라고 보았으나, 실제 이자율은 10%인데 법인세법 시행령 제88조 제3항 에 의하면, 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호 의 부당행위계산의 유형을 적용하도록 규정하고 있다. 그런데 시가와 거래가액의 차이는 0.08%로 피고가 주장하는 시가의 100분의 5에 미치지 못함은 계산상 명백하다. 그와 같은 차이는 피고가 선순위 위험 프리미엄 0.08%를 인정하지 않아서 발생한 것인데, 앞서 본 것처럼 당초 선순위 차입금에서 변경 후 선순위 차입금으로 변경하면서 일부 제한조건을 변경하였으므로, 이러한 요소를 반영할 필요가 있어 보인다. 나아가 피고가 인정한 요소들에 따른 가산이자율은 이 사건 사업과 같은 민간투자사업에서 반영된 이자율이나 요소를 고려하고 있는데, 피고가 산출내역에서 들고 있는 사안이 그대로 이 사건에 원용될 수 있다고 단정하기 어렵다. 후순위 차입금과 운영자금 차입금의 경우 피고는 그 시가가 12.64%라고 보았으나 실제 이자율은 20%, 15%이고, 그와 같은 차이는 피고가 기타 프리미엄 7.36%, 2.36%를 인정하지 않아서 발생한 것인데, 기타 프리미엄은 민자사업 고유의 위험성 등 기타 특정할 수 없는 위험프리미엄이다. 그런데 앞서 본 여러 위험성들, 특히 후순위 차입금과 운영자금 차입금은 선순위 차입금보다 이러한 위험에 더 크게 노출될 수밖에 없다는 점을 고려할 때 이를 전혀 인정하지 않은 피고의 판단은 부당하다.
• 다. 차입금에 대한 연체이자를 손금에 산입하여야 하는지 여부

1. 앞서 본 것처럼 위 각 차입금에 대한 이자율은 적정하고, 이 사건 사업에 따른운영수입은 최소운영수입보장률에도 미치지 않아 지속적으로 적자가 발생하였으며, 원고는 다른 사업을 영위할 수 없어 위 적자를 해소할 수 있는 수입을 올릴 수 없었으므로, 이에 따라 연체이자가 발생할 수밖에 없었을 것으로 보인다.

2. 연체이자율이 적정한지 살피건대, 후순위 차입금과 운영자금 차입금은 약정이자율(20%, 15%)과 연체이자율(20%, 15%)이 동일하므로, 앞서 본 것처럼 적정하다. 변경 후 선순위 차입금은 연체이자율이 15%로 약정이자율인 10%보다 5% 더 높지만, ①통상적으로 연체이자율은 약정이자율보다 더 높고, ② 갑 제23, 24호증의 각 기재에 의하면, 시중은행들이 공시한 최고 연체이자율은 11~21% 수준이고, 주요카드사의 경우 연체이자율이 21~29% 정도인 점, ③ 앞서 본 이 사건 사업에 내재된 위험성 등 여러 사정 등에 비추어 보면, 위 연체이자율이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 것이라고 볼 수 없다.

3. 따라서 위 각 차입금에 대한 연체이자는 손금에 산입하여야 한다.

• 라. 소결 그러므로 변경 후 선순위 차입금에 대한 이자율 약정 중 9.92%를 넘는 부분과 연체이자 부분, 후순위 차입금과 운영자금 차입금에 대한 이자율 약정 중 12.64%를 넘는 부분과 연체이자 부분이 부당행위계산에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.