개인사업자 법인전환 과정에서 이월과세신청을 기한 내 하지 않은 경우 이월과세적용을 받을 수 없음.

사 건 2015구합12052 양도소득세부과처분취소 원 고 이진영 피 고 해남세무서장 변 론 종 결

2015. 11. 12. 판 결 선 고

2015. 11. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한 45,663,930원의 양도소득세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 법인설립 원고는 1996. 3. 10.부터 전남 완도군 OO면 OO리 OOO에 있는 사업장(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)에서 ‘OO실업’이라는 상호로 양어업을 영위해오다가, 별지1 목 록 순번 1 내지 7 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)의 가액을 합계 282,212,000원으로, 같은 목록 순번 8 내지 12 기재 각 건물(이하 ‘이 사건 각 건물’이라 하고, 이 사건 각 토지와 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)의 가액을 25,200,000원로 계산하여 2012. 7. 19. 이 사건 각 부동산을 비롯한 이 사건 사업장의 사업용 자산 전부를 현물출자(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다)하여 OO영어조합법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)을 설립하였고, 2012. 9. 3. 이 사건 법인에게 이 사건각 부동산에 관하여 2012. 7. 19. 법인전환을 원인으로 하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 원고의 양도소득세 신고 원고는 북OO세무서장에게, 2013. 12. 19. 이 사건 각 부동산의 양도가액을 213,480,001원, 취득가액을 48,846,602원으로 하여 이 사건 현물출자로 인한 양도소득세 23,399,336원을 신고하였고, 2013. 12. 20. 이 사건 현물출자에 관하여 구 조세특례제한법(2012. 6. 1. 법률 제11459호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 신청하였다.
• 다. 피고의 양도소득세 부과처분 피고는 원고가 양도소득세 과세표준 확정신고 기한까지 이월과세 적용신청서를 제출하지 않았다는 이유로 구 조세특례제한법 제32조 에 의한 이월과세 적용을 배제하 고, 2014. 12. 1. 원고에 대하여 양도가액은 실지거래가액인 307,412,000원으로 하여, 취득가액은 위 실지거래가액에 기초한 환산가액인 101,716,780원으로 하여 2012년 귀 속 양도소득세 45,663,930원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 1. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나, 조세심판원은 2015. 5. 11. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고의 이월과세적용신청에 따라 양도소득세가 이월되어야 함 원고가 구 조세특례제한법 제32조 제3항, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 8.

3. 대통령령 제24017호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제4항이 정한 기한 후에 이월과세 적용신청을 하기는 하였으나, 현행 세법에서 모든 세무신고에 관하여 기한 후 신고를 인정하면서 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관하여만 기한 후신고를 인정하지 않는 것은 형평에 반하고, 실질적으로 법인전환 후 법인의 자산으로이용되고 있는 점에 비추어 국세기본법이 정한 실질과세 원칙에도 반한다.

2. 피고는 과세표준을 잘못 산정함

• 가) 기준시가를 기준으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 함 원고가 이 사건 각 부동산의 가액을 합계 307,412,000원(= 이 사건 각 토 지의 가액 합계 282,212,000원 + 이 사건 각 건물의 가액 합계 25,200,000원)으로 정 하기는 하였으나, 그 가액에 오류가 있으므로, 상속세 및 증여세법에서 정한 기준시가 를 기준으로 계산한 양도가액 및 취득가액에 따라 과세표준을 다시 산정하여야 한다.
• 나) 이 사건 각 부동산의 취득가액은 합계 342,212,000원임 원고는 이 사건 각 부동산을 합계 342,212,000원(이 사건 각 토지 합계 282,212,000원 + 이 사건 각 건물 합계 60,000,000원)에 취득하였으므로, 이를 기준으로 과세표준을 다시 산정하여야 한다.
• 나. 관계법령 별지2 관계법령 기재와 같다.

• 가. 원고의 이월과세적용신청에 따라 양도소득세가 이월되어야 하는지 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 그 법문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이 유 없이 이를 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2004. 5.

28. 선고 2003두7392 판결 참조). 구 조세특례제한법 제32조 제1항, 제3항에 의하면 거주자가 사업용 고정재산을 현물출자의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 이월과세를 적용받기 위해서는 대통 령령이 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 하고, 구 조세특례법 시행령 제29조 제3항은 ‘양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자를 한 날이 속 하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께

• 5 - 재정경제부령이 정하는 이월과세 적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.’는 취지로 규정하고 있다. 위 법리와 관련규정의 내용에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① ‘과 세연도의 과세표준신고시 이월과세 적용신청서의 제출’이 이월과세의 적용 요건으로 규정되어 있는 점, ② 이월과세는 조세감면과는 달리 납세자가 개인에서 법인으로 변 경되므로 부과되어야 할 조세가 타인으로 전가되는 문제가 있어 납세자의 명확한 의사 표시가 요구되는 점, ③ 조세감면은 당초 납세의무자에게 세부담을 덜어주는 직접적인 조세지원의 형태이고 이월과세는 당초 납세의무자의 세부담을 타인에게 전가하는 간접 적인 조세지원의 형태로 양자가 구별되는 점, ④ 앞에서 본 바와 같이 명문의 규정이 없는 이상 특혜규정이라고 볼 수 있는 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세규정을 합리적 근거 없이 유추·확장해석 할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 당해 과세연도의 과세표준신고시까지 이월과세 적용신청서를 제출하도록 한 것은 조세감면에서와 같이 납세자의 단순한 협력의무라고 볼 수 없고, 납세자로 하여금 양도소득의 직접 부담과 이월과세 중 어느 하나를 선택하도록 한 것이어서 그 신청이 필수적인 요건이라고 봄 이 타당하다. 따라서 원고가 당해 과세연도의 과세표준 신고시까지 이월과세 적용신청서를 제 출하지 아니하였음을 이유로 피고가 이월과세 적용을 배제하여 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

• 나. 피고가 과세표준을 잘못 산정하였는지

1. 기준시가를 기준으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 하는지 소득세법은 제96조 제1항에서 ‘자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 실 지거래가액에 따른다.’는 취지로 규정하여 원칙적으로 양도가액은 실지거래가액에 의하도록 하면서, 예외적으로 제114조 제7항에서 “양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.”고 규정하여 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 기준시가 등에 의하도록 규정하고 있다. 그런데 이 사건 각 부동산의 양도가액, 즉 실지거래가액이 합계 307,412,000 원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로[원고의 2015. 8. 24.자 준비서면 2쪽 2)항 두 번째 문단, 2015. 11. 15.자 준비서면 1쪽 첫 번째 문단], 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 각 부동산의 취득가액이 합계 342,212,000원인지 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의 무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의 무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여 금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것 이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 부동산의 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호에서 정한 필요경비로서 원고가 입증하여야 한다고 할 것인데, 이 사 건 각 부동산의 취득가액의 합계 금액이 피고가 인정한 101,716,780원을 초과하는 342,212,000원이라는 사실을 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.