이 사건 해상안전교통진단용역은 부가가치세 면세되는 연구용역이 아님

사 건 2014구합11038 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결

2016. 7. 7. 판 결 선 고

2016. 8. 11.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 8. 6. 원고에 대하여 한 별지1 처분목록 기재 ‘부가가치세’란의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 3. 11. 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률(이하 ‘산학협력법’이라 한다)에 의하여 AA해양대학교산학협력에 관한 업무관장 등을 목적으로 설립된 비영리 사단법인이다.
• 나. 원고는 별지2 용역실적 기재와 같이 2005년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 각 발주처로부터 해상교통안전진단용역 등(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 도급받아 수행하면서 그 대가로 지급받은 공급가액 합계 6,648,884,000원에 대하여 부가가치세 신고를 하지 않았다.
• 다. 피고는 2012. 4. 12.부터 2012. 5. 31.까지 원고에 대하여 조사한 결과 원고가 이사건 용역에 관한 부가가치세 신고를 하지 않은 사실을 확인하고, 이 사건 용역이 구부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제12조 제1항 제17호, 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제37조 제1의2호에서 정한 면세용역에해당하지 않는 것으로 보아 2012. 8. 6. 원고에게 별지1 처분목록 기재 ‘당초처분’란과같이 부가가치세 및 가산세를 결정·고지하는 처분(이하 ‘당초처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2012. 11. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2014. 4. 16. 당초처분 중 가산세를 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하고 원고의 나머지 청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.
• 마. 이에 피고는 2014. 5. 9. 원고에게 당초처분에서 별지1 처분목록 기재 ‘가산세’란의 각 금액을 공제하여 ‘부가가치세’란의 금액으로 감액하는 경정결정을 하고 이를 고지하였다(이하 위와 같이 감액된 당초처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 부가가치세 면제 대상

• 가) 법령해석상 원고가 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 에 따라 부가가치세가 면제되고, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제14호 와 같은 새로운 학술 또는 기술개발과 관련되는 연구용역이라는 한계는 없다.
• 나) 또한 이 사건 용역 중 별지3 면세용역 주장 목록 기재는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 연구용역 또는 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정보완하기 위한 연구용역으로서 부가가치세가 면제된다.

2. 신의성실의 원칙 위반 재정경제부는 산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세가 면제된다고 해석하여 공적인 의견을 표명한 바 있는 점, 원고는이를 믿고 발주자들로부터 부가가치세를 징수하지 않은 점, 과세당국은 원고와 같은 용역을 수행하는 한국해양대학교 산학협력단 같은 경우에도 부가가치세 면제대상이라고 판단하여 조사를 종결한 적이 있어 원고로서도 과세당국의 법령해석을 신뢰한 데 귀책사유가 없는 점 등을 고려하면, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위반된다.

• 나. 관계법령 별지4 관계법령 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 구 해상교통안전법(2009. 12. 29. 법률 제9873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 해상교통법’이라 한다) 제2조 제38호, 제6조의2에 의하면, 해상교통안전진단은 수역의 설정 또는 변경, 항만 또는 부두의 개발·재개발 등 해상교통안전에 영향을 미치는 사업으로 발생할 수 있는 항행안전 위험 요인을 전문적으로 조사·측정 및 평가하는 것으로, 진단대상사업을 추진하고자 하는 사업자는 사업계획의 승인·허가 결정 이전에 기술과 인력을 갖춘 진단대행업자에게 진단대상사업으로 인한 항행안전 위험요인을 전문적으로 조사·측정·평가해 줄 것을 의뢰하고, 진단대행업자는 진단대상사업이 향후 선박통항에 어떠한 영향을 미치게 될지를 사전에 예측하여 평가하는데 세부적으로 해상교통현황조사, 해상교통 현황측정, 해상교통시스템 적정성평가, 해상교통안전대책 등을 평가하며, 그 구체적인 내용은 아래 표와 같다. 해상교통 현황조사 ⇨ 해상교통 현황측정 ⇨ 해상교통시스템 적정성평가 ⇨ 해상교통 안전대책

• 사업개요

• 설계기준

• 자연환경

• 항행여건조사

• 해상교통조사

• 해상교통특성진단

• 해역이용자 의견분석

• 해상교통혼잡도 조사

• 현행 해상교통류 진단

• 통이안정성평가

• 접이안정성평가

• 계류안전성 평가

• 해상교통류평가

• 종합평가

• 전문가 의견

• 대안이 필요한 경우의 평가항목

• 안전대책

2. 이 사건 용역은 별지2 용역실적 기재와 같이 원고가 각 발주처로부터 해상교통안전진단 등의 용역을 도급받은 것으로, 이 사건 용역의 주요 내용은 사업자가 시행하고자 하는 장소의 자연환경(바람, 조류, 파랑 등) 및 해상교통 현황을 분석한 후 선박조종시뮬레이션을 이용하여 해상교통량, 혼잡도 등을 도출해내어 해당사업으로 인한해상교통시스템의 적정성 평가나 이를 토대로 한 해상교통안전 대책을 대안으로 제시하는 것이었다.

3. 선박조종시뮬레이션은 실제 선박과 항만 등을 프로그램에 입력하여 실제 환경과 거의 일치하는 상황을 연출함으로써 시뮬레이션을 통해 사전에 위험성을 평가하고,그 대책을 마련하는 것을 목적으로 하는 것으로, 미리 준비된 프로그램에 선박, 항만및 자연환경 등을 입력하면 자동적으로 조건이 설정되어 실행되는 등 정형화된 기준에의한 결과치를 도출하는 방식으로 이루어졌다.

4. 한편 재정경제부(2006. 11. 29.자 재정경제부 부가가치세제과-265)는 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 제3항 규정의 학술․기술연구용역에만 부가가치세가 면제되는 것이 아니라 산학협력단이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세가 면제된다고 해석한 바 있으나, 국세청은 산학협력단이 교통안전진단용역을 공급하는 경우 부가가치세 면제 여부에 대한 피고의 자문에 대하여 교통안전진단용역은 학술 및 기술의 연구결과를 단순히 응용 또는 이용하여 제공하는 것으로 연구용역으로 보기 어려우며 기존해석(법규과-1356, 2011. 10. 14)에서도 동일한 해상교통안전진단용역에 대하여 과세되는 것으로 해석되어 부가가치세가 면제되지 않는다고회신하였다.

5. 민간회사로서 해상교통안전진단 대행업자로 등록된 한국**컨설팅 주식회사는 부가가치세 과세사업자로 사업자등록이 되어 있다. [인정근거] 갑 제2, 4호증, 을 제2, 3, 8, 9호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 부가가치세 면제 대상 여부

• 가) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제12조 제1항 제16호, 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제37조 제1호 후단 규정의 문언내용과 취지, 그리고 관련 규정의 체계, 특히 법 제12조 제1항 제13호, 시행령 제35조제2호 (라)목, 구 부가가치세법 시행규칙(2008. 4. 22. 기획재정부령 제12호로 개정되기전의 것) 제11조의3 제3항이 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘개인·법인 또는 법인격없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 공급하는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’을 별도로규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 법 제12조 제1항 제16호, 시행령 제37조 제1호후단의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913 판결참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 선박조종시뮬레 이션 등 기존 연구결과를 응용 또는 이용하여 발주처가 요구하는 용역을 제공하고 그에 대한 대가를 지급받았던 것으로 보이므로, 이 사건 용역이 구 부가가치세법 제12조제1항 제17호 에 따라 부가가치세가 면제되는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역이라거나 기존의 학술연구나 기술연구결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 구 시행령 제37조 제1의2호에 ‘학술연구단체나 산학협력단이 제공하는 연구용역’에 대하여 부가가치세를 면제한 입법취지는 학술연구단체나 산학협력단의 연구개발을 장려하여 세금 부담을 경감시키기 위한것으로 보이는 점, 산학협력단이 기존 연구결과를 응용하는 용역으로 수익활동을 하는경우 부가가치세를 면제한다면 동일한 수익활동을 하는 다른 납세의무자(예컨대, 한국**컨설팅 주식회사 등)에 대하여는 불평등하게 부가가치세를 부과하게 되는 결과가 발생하는 점, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제14조, 구 시행령 제35조, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것) 제11조의3 제3항은 인적용역 중 새로운 이론·방법 등에 관한 연구용역에 한정하여 부가가치세 면제를규정한 점 등을 고려하면, 산학협력단인 원고가 단순히 기존의 학술연구나 기술연구결과를 응용 또는 이용하는 용역은 부가가치세가 면제되지 않는다고 해석함이 타당하다.

(2) 이 사건 용역은 대부분 해상교통안전진단을 위한 것으로, 사업자가 시행하고자 하는 장소의 자연환경(바람, 조류, 파랑 등) 및 해상교통 현황을 분석한 후 선박조종시뮬레이션을 이용하여 해상교통량, 혼잡도 등을 도출해 내는 방법으로 해상교통 현황조사, 해상교통 현황측정, 해상교통시스템 적정성평가, 해상교통안전대책 등을 제공하는 것을 그 주된 내용으로 하고 있다. 원고는 이 사건 용역의 결과를 도출하기 위해 미리 준비된 프로그램에 선박, 항만 및 자연환경 등을 입력하면 자동적으로 조건이설정되어 실행되는 선박조종시뮬레이션을 사용하였는바, 이는 기존 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역에 해당한다.

(3) 원고는 이 사건 용역 중 별지3 면세용역 주장 기재의 용역들은 새로운 이론이나 기존 연구의 타당성을 검토하고 수정·보완하기 위한 연구용역이라고 주장하나,갑 제5 내지 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하더라도 위 용역들은 기존의 학술연구나 기술연구, 해상교통안전진단 기법, 선박조종시뮬레이션 등을 응용 또는 이용하여 발주자가 필요로 하는 용역을 제공한 것으로 보일 뿐이다. 또한 원고는 별지3 면세용역 주장 기재 순번 6, 7, 10, 11의 용역과 관련하여서는 아무런 증거자료를 제출하지않고 있는바, 위 용역들이 다른 용역과 달리 새로운 이론이나 기존 연구의 타당성을검토하고 수정·보완하기 위한 연구용역이라고 볼 수도 없다.

2. 신의성실의 원칙 위반 여부

• 가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는결과가 초래되어야 하는바, 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용이 부정된다(대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두19447 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 재정경제부의 해석(2006. 11. 29.자 재정경제부 부가가치세제과-265)은 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1의2호와 관련하여 산학협력단이 공급하는 연구용역 수익의 경우 비과세된다는 점에 관한 일반론적인 견해를 표명한 것에 불과한 점, 피고는 원고에 대한 조사 후 이 사건 용역이면세대상이 아니라고 판단하여 원고에게 부가가치세를 부과한 점, 과세당국이 BB해양대학교 산학협력단에 부가가치세 면제대상이라는 내용으로 조사를 종결한 적이 있다는 사정만으로 비과세관행이 일반적으로 성립하였다거나 원고에게 법령해석을 신뢰한데 귀책사유가 없다고 볼 수도 없는 점 등을 고려하면, 이 사건 처분이 신의성실의 원칙을 위반하였다고 보이지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.