경정청구 거부처분이 위법한지

사 건 2014구합10455 법인세경정거부처분취소 원 고 AAA시 AA공사 피 고 서광주세무서장 변 론 종 결

2014. 12. 18. 판 결 선 고

2015. 1. 29.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 3. 25. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 귀속분 법인세 경정처분에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 지위 원고는 2007년부터 BBB공동혁신도시 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하고 있는 공기업이다. 원고는 이 사건 사업을 시행하면서 이 사건 사업에 소요되는 비용을 충당하기 위하여 2007. 6. 19.부터 금융기관으로부터 OOOO원을 차입한 후 매년 위 차입금에 대한 이자를 지급하고 있다.
• 나. 원고의 차입금 이자 손금 불산입 및 세액 납부 원고는 피고에게 2007년부터 2012년까지 각 사업연도별 귀속 법인세를 신고‧납입하면서 위 차입금에 대한 이자를 법인세법 제28조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제52조 제1항의 특정차입금으로 잘못 판단하여 이를 손금에 산입하지 않고 자본적 지출에 가산하여 2007년부터 2012년까지 사업연도의 각 과세표준을 정하고 그에 따른 세액을 피고에게 신고한 후 각 사업연도의 다음 해 3. 31. 각 해당 세액을 납부하였다.
• 다. 원고의 과세표준‧세액 재계산과 광주지방국세청장의 법인세 추가납부통지 광주지방국세청장은 2013. 11. 5.부터 2013. 12. 3.까지 원고에 대한 정기세무조사를 실시하였는데, 그 과정에서 원고가 위와 같이 차입금 이자를 손금에 산입하지 않아 과세표준과 세액을 과다 신고하였음을 발견하고 원고에게 차입금 이자를 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 다시 계산하여 제출할 것을 요구하였다. 이에 원고가 위 차입금 이자를 손금에 산입하여 각 사업연도별 법인세를 다시 계산하여 광주지방국세청장에게 제출하였고, 광주지방국세청장은 2013. 12. 10. 원고에게 세무조사 결과를 통지하면서 법인세 OOOO원을 추가로 납부하여야 함을 통지하였다.
• 라. 원고의 법인세 경정청구에 대한 피고의 이유 없음 통지 및 환급 원고는 2014. 3. 11. 피고에게 2008년부터 2012년까지 각 사업연도별 귀속 법인세의 과세표준과 세액에 대하여 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다. 이에 피고는 2008, 2009 사업연도 법인세에 대하여는 2014. 3. 25. 원고에게 원고가 아래와 같이 한 경정청구가 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제3항의 경정청구기간 3년을 경과하여 경정하여야 할 이유가 없음을 통지(이하 ‘이 사건 통지’라 한다)하고, 2010, 2011, 2012 사업연도 법인세에 대하여는 과다 납부한 세액을 환급하였다. 한편, 원고가 2013 사업연도 법인세 확정신고 시 2008, 2009 사업연도분 손금을 2013 사업연도분 손금에 산입하여 법인세를 과소납부하자, 피고는 2014. 11.경 2013 사업연도분 손금을 증액하고 2009 사업연도 해당분 손금은 직권 경정하는 방법으로 2009 사업연도 법인세의 과다납부 세액을 원고에게 환급하였다.
• 마. 조세심판청구 및 이 사건 소 제기 원고는 2014. 3. 31. 조세심판원에 심판청구를 하고, 같은 날 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10호증, 을 제1호증의 각 기재(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 1) 법인세법 제66조 제2항 의 직권경정 의무 위반임 피고는 원고가 신고한 과세표준 및 세액의 오류가 명백하고 객관적으로 밝혀진 경우 법인세법 제66조 제2항 에 따라 이를 경정하여야 할 의무가 있음에도 이 사건 경정청구를 거부하는 이 사건 통지를 하였는바, 이 사건 통지는 법인세법 제66조 제2항 의 직권경정 의무를 해태한 것이다. 설령 직권경정이 재량행위이더라도 그 경정을 거부한 이 사건 통지는 평등의 원칙에 위배되고 재량권을 일탈‧남용한 것이다. 2) 법인세법 제66조 제4항 에 따라 다시 경정하여야 함

2013. 12. 10.자 법인세 추가납부 통지는 원고의 법인세 신고내용에 대한 오류부분 중 과납 부분의 오류를 경정하지 않은 처분이므로 그 후 이 사건 경정청구를 받은 피고는 법인세법 제66조 제4항 에 따라 이를 다시 경정하여야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.

• 가. 본안 전 항변

1. 기한을 경과한 경정청구에 대한 거부는 항고소송의 대상이 되는 처분이 아님 이 사건 경정청구는 기한을 경과하여 이루어진 부적법 한 경정청구이므로 그 거부행위인 이 사건 통지는 쟁송 대상이 아니다. 원고에게는 경정을 요구할 법규상 또는 조리상 신청권이 없고, 기한을 경과하여 이루어진 경정청구는 단순히 과세관청에 대하여 경정청구를 요망하는 사실행위에 지나지 않는다.

2. 국세기본법상 심판청구의 결정을 거치지 않았음 원고는 국세기본법에 의한 심판청구의 결정을 거치지 않고 행정소송을 제기하였으므로 이 사건 소는 부적법하다.

• 나. 판단 먼저 기한을 경과한 경정청구에 대한 거부가 항고소송의 대상이 되는 처분인지에 관하여 살펴보기로 한다. 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상의 신청권이 있어야만 한다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2001두10936 판결 참조). 살피건대, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 은 경정청구기한을 법정신고기한 경과 후 3년 이내로 규정하고 있고, 법인세법 제60조 제1항 은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 법인세 과세표준과 세액을 신고하도록 규정하고 있으므로, 원고의 2008 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구기한은 법정신고 기한인 2009. 3. 31.로부터 3년 후인 2012. 3. 31.이라 할 것이다. 그런데 원고는 경정청구기한이 이미 경과하였음이 역수상 명백한 2013. 3. 11. 이 사건 경정청구를 하였으므로, 이 사건 경정청구 당시 구 국세기본법에서 정하고 있는 경정청구권은 이미 소멸하여 존재하지 아니한다. 또한 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항이 과세관청으로 하여금 과세표준 및 세액의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 이를 경정하도록 규정하고 있다고 하더라도 이는 과세관청의 내부적 사무처리절차를 규정한 것에 지나지 않을 뿐만 아니라, 구 국세기본법 제45조의2 에서 납세의무자의 경정청구권을 명시적으로 규정하면서 그 행사기간 및 방법‧절차 등을 정하고 있는 이상 국세기본법 소정의 경정청구권 이외에 법인세법에 기한 법규상 또는 조리상 경정청구권이 있다고 볼 수 없다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두12469 판결 참조). 따라서 이 사건 경정청구에 대하여 구 국세기본법 제45조의2 에서 정하고 있는 경정청구기한이 이미 경과하였다는 이유로 경정하여야 할 이유가 없음을 통지한 이 사건 통지는 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없으므로, 그 취소를 구하는 이 사건 소는 국세기본법상 심판청구의 결정을 거치지 않았는지에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 부적법하다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.