종합소득세 부과처분 취소

사 건 종합소득세 부과처분 취소 원 고 심AA 피 고 광주세무서장 변 론 종 결

2015. 5 28. 판 결 선 고

2015. 6. 11

1. 피고가 2012. 10. 8. 원고에 대하여 한 2007년도 귀속 종합소득세 9,722,160원, 2008년도 귀속 종합소득세 5,962,220원, 2009년도 귀속 종합소득세 68,457,560원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고의 지위 원고는 2003. 5. 20.부터 나주시 산포면 신도리 968-6 외 1필지 지상에서 aa라는 상호로 장어양식업을 영위하다가, 위 사업장이 광주cc 사업부지로 편입되어 수용됨에 따라 2008. 9. 30. 위 aa에 대하여 폐업신고를 하고, 2008. 12. 30. 전남 화순군 도곡면 신덕리에서 cc라는 상호로 계속하여 장어양식업을 영위하고 있는 사업자이다.
• 나. 원고의 종합소득세 신고 및 납부 원고는 2006년부터 2009년까지 다음과 같이 종합소득세를 신고하면서, 위 산포양만장의 건물, 기계기구 및 구축물(이하 ‘이 사건 건물 등’이라 한다)에 관한 2007년도 감가상각비 160,000,000원을, 2008년 감가상각비 60,000,000원을 각 필요경비로 계상하였다.
• 다. 피고의 세무조사 피고는 2012. 4. 2.부터 2012. 5. 11.까지 원고에 대한 2006년 내지 2009년 귀속 종합소득세 신고의 적정여부를 조사하면서 2006년부터 2008년까지 귀속분의 수입금액은 수입통관자료에 의하여 확인된 치어량을 기준으로 추계결정하는 방법으로, 2009년 귀속분의 수입금액은 수입통관자료가 없어 거래처장부 및 계좌분석을 통한 실지조사방법으로 각 산정하고, 소득금액은 2006년부터 2009년까지 모두 기준경비율에 따라 추계결정하였다. 피고는 위와 같은 세무조사결과에 따라 2012. 6. 5. 원고에게 다음과 같이 예상고지세액을 195,943,241원으로 하여 세무조사결과를 통지하였다.
• 라. 원고의 과세전 적부심사 청구와 피고의 재조사 원고는 2012. 7. 3. 피고에게 위 다.항과 같은 피고의 세무조사결과 통지에 대하여 “2006년도 귀속 종합소득세의 제척기간은 5년이므로 제척기간이 경과하였고, 2007년 내지 2009년 귀속 종합소득세는 추계조사가 아닌 실지조사에 방법에 의하여 과세표준을 정하여야 한다”는 취지로 과세전 적부심사 청구를 하였다. 이에 대하여 피고는 2012. 7. 30. 원고의 위 청구를 채택·결정하여 실지조사에 의한 방법으로 세무조사를 실시하면서 2006년 귀속 종합소득세는 제척기간이 경과한 것으로 보아 조사대상에서 제외하였고, 원고가 2007년 내지 2009년 귀속 종합소득세를신고하면서 매출 158,376,000원, 영업손실보상액 240,052,000원을 누락하였다고 판단하 고 이를 소득금액에 추가하였으며, 원고가 주장하는 필요경비 중 장어치어 매입액344,623,000원과 감가상각비 합계 220,000,000원(이하 ‘이 사건 감가상각비’라 한다)은 근거가 없다는 이유로 필요경비에서 제외하였다. 피고는 위와 같은 재조사 결과에 따라 2012. 8. 9. 원고에게 다음과 같이 예상고지세액을 207,248,613원으로 하여 세무조사결과를 통지하였다.
• 마. 피고의 부과처분 원고가 위 통지 이후 위 장어치어 매입액 344,623,000원에 대한 소명자료를 제출하자, 피고는 2012. 10. 8. 위 금액 중 2007년 장어치어 매입액 94,623,000원(이하‘이 사건 장어치어 매입액’이라 한다)을 제외한 나머지 250,000,000원을 필요경비로 인정하고, 2007년도 귀속 종합소득세 9,722,160원, 2008년도 귀속 종합소득세 5,962,220 원, 2009년도 귀속 종합소득세 68,457,560원을 부과·고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
• 바. 전심절차 원고는 2013. 4. 22. 위 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2013. 9. 10. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같다), 을 제1, 2, 5호증, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 이 사건 장어치어 매입액 부분

• 가) 원고의 주장 원고가 피고에게 소명자료로 제출한 수입계산서, 보세구역외장치 허가서, 세금계산서 등의 기재에 의하면, 원고가 이 사건 장어치어를 실제로 매입한 사실을 충분히 인정할 수 있음에도 피고가 이 사건 장어치어 매입액을 필요경비로 인정하지않은 것은 위법하다.
• 나) 피고의 주장 원고는 이 사건 장어치어 수입에 관련된 서류만을 제출하고 있을 뿐 이 사건 장어치어 매입액을 지출하였다는 점을 입증할 자료를 전혀 제출하지 못하고 있으므로, 이 사건 장어치어 매입액은 필요경비에서 제외되어야 한다.

2. 이 사건 감가상각비 부분

• 가) 감가상각 방법 미신고 등의 경우 필요경비에서 제외되어야 하는지

(1) 원고의 주장 이 사건 건물 등은 사업용 고정자산으로 감가상각의 대상이고, 원고가 2007년 및 2008년도에 종합소득세를 신고하면서 이 사건 감가상각비를 필요경비로계상하였으므로, 피고가 이 사건 감가상각비 전액을 부인한 것은 위법하다.

(2) 피고의 주장 소득세법 시행령 제64조 제1항, 제73조의2 제1항은 사업용 고정자산의 감가상각비를 필요경비로 계상하기 위해서는 감가상각 방법, 내용연수 등을 관할세무서장에게 신고하도록 규정하고, 감가상각비를 계상한 경우에는 감가상각비조정명세서 합계표 등을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있음에도, 원고는 이를 이행하지 않았으므로, 이 사건 감가상각비 전액은 필요경비에서 제외되어야 한다.

• 나) 감가상각비의 기초가 되는 이 사건 건물 등 취득가액의 계산방법

(1) 원고의 주장 원고가 2006년경 이 사건 건물 등을 담보로 대출받기 위하여 행한감정평가결과는 이 사건 건물 등의 취득가액으로 볼 수 있는 객관적인 자료이고, 설령그렇지 않다 하더라도 취득가액은 피고가 입증하여야 함에도 취득가액을 알 수 없다는이유로 이 사건 감가상각비 전액을 필요경비에서 제외한 것은 위법하다.

(2) 피고의 주장 위 감정평가결과는 객관적인 자료가 아니고, 원고가 이 사건 건물을 얼마에 취득하였는지 알 수 있는 자료를 전혀 제출하지 않았으므로, 이 사건 건물 등의 가액을 산정할 수 없다. 따라서 필요경비에서 포함되어야 할 감가상각비를 계산하는 것은 불가능하므로, 이 사건 감가상각비 전체는 필요경비에서 제외되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.

• 가. 이 사건 장어치어 매입액 부분에 관한 판단 다툼 없는 사실과 갑 제9, 11호증, 을 제5호증의 2의 기재, 이 법원의 국립수산물품질관리원 인천공항지원장에 대한 사실조회 회신에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① 원고는 위 기초사실 마.항 기재 소명자료를 제출하면서 나머지 장어치어 매입액을 송금한 금융거래 내역은 제출하였으나, 이 사건 장어치어 매입액과 관련된 금융거래 내역은 제출하지 않은 사실, ② 광주세관장은 2007. 2. 16. 원고가 이 사건 장어치어 매입액 상당의 민물장어를 수입하였다는 취지의 수입계산서를 발행하여 준 사실, ③ 원고는 세무공무원과의 면담과정에서 영업손실 보상액을 높이기 위하여 이 사건 장어치어를 매입한 것처럼 하였을 뿐 실제로는 다른 사업자가 수입한 것이라고 진술한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 장어치어 매입액은 거액임에도 다른 장어치어 매입액과 달리 원고가 이를 지출하였다는 점을 인정할 증거는 없는 점, ② 원고가 자신의 명의로 이 사건 장어치어 매입액 상당의 민물장어를 수입한 사실은 인정되나 그 장어를 자신의 양만장에서 생육하고 출하하였다고 볼 자료는 전혀 없는 점, ③ 원고는 스스로 영업손실 보상액을 높이기 위하여 이 사건 장어치어를 수입한 것처럼 외관을 꾸며냈다고 세무공무원에게 진술한 바 있고 그럴만한 충분한 경제적 동기가 있는 점을 종합하면, 원고가 이 사건장어치어 매입액을 지출하였다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 장어치어 매입액은 필요경비에서 제외되어야 하고, 원고의 위주장은 이유 없다.
• 나. 이 사건 감가상각비 부분에 관한 판단

1. 감가상각 방법 미신고를 이유로 감가상각비 전액을 필요경비에서 제외할 것인지

• 가) 관련규정 (1) 소득세법 제27조 제3항, 소득세법 시행령 제55조 제1항 제14호 는 사업용 고정자산의 감가상각비를 필요경비로 계산하도록 규정하고 있고, 다만 소득세법 제33조 제1항 제6호, 소득세법 시행령 제62조 제1항 “사업용 고정자산의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 고정자산별로 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)을 한도로 하여 필요경비로 계상한다”고 규정하고 있다.

(2) 또한 소득세법 시행령 제63조 는 제1항은 사업용 고정자산의 종류별로 상각방법, 기준내용연수를 정하여 그 범위 내에서만 감가상각을 하도록 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제64조 제1항, 제2항은 사업자가 위 상각방법을 선택하여 신고하도록 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제73조의2 제1항 은 사업자가 감가상각비를 필요경비 로 계상한 경우 감가상각비조정명세서합계표와 감가상각비시부인명세서 및 취득·양도자산의 감가상각비조정명세서를 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있다. 한편 소득세법 시행령 제4항 은 사업자가 상각방법을 신고하지 아니한 경우의 상각범위액의 계산방법에 대하여 규정하고 있다.

• 나) 판단 위와 같은 관계법령의 문언과 취지를 종합적으로 해석하여 보면, 관할세무서장은 사업자가 감가상각액을 필요경비로 계상한 경우 상각범위액의 한도 내에서는 당연히 필요경비로 인정하여야 하고, 다만 그 상각범위액은 사업자가 관련규정에 따라 신고한 경우에는 그 신고방법에 따라 계산한 금액을, 신고하지 않는 경우에는 소득세법 시행령 제64조 제4항 의 규정에 따라 계산한 방법으로 계산한 금액을 의미한다.고 해석하여야 한다(이렇게 해석하지 않으면 신고하지 않은 경우 상각범위액을 계산하도록 한 소득세법 시행령 제64조 제4항 은 무의미한 규정이 된다). 나아가 사업자에게 감가상각비를 필요경비로 계상한 경우 상각범위액의한도 내에서 당연히 필요경비로 인정하여야 하는 이상 소득세법 시행령이 감가상각비 조정명세서합계표 등을 제출하도록 한 취지는 사업자가 관련 규정에 맞게 감가상각비를 계산하였는지, 그 감가상각비가 상각범위액 한도 내인지를 확인하는 과정의 편의를 위한 규정에 불과한 것으로 해석하여야 한다. 따라서 원고가 이 사건 감가상각비를 필요경비로 계상한 이상 피고로써는 상각범위액을 계산하여 그 한도를 초과하는 범위 내에서 이 사건 감가상각비를 부인할 수 있을 뿐이고, 단순히 원고가 감가상각 방법을 신고하지 않았다거나, 감가상각비조정명세서합계표 등을 제출하지 않았다는 사정만으로 이 사건 감가상각비 전체를 필요경비에서 제외할 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

2. 감가상각비의 기초가 되는 이 사건 건물 등 취득가액의 계산방법

• 가) 관련규정 소득세법 제39조 제2항 은 사업자가 매입·제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호 는 소득세법 제39조 제2항 에 의한 자산의 취득가액이 불분명한 자산은 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 규정하고, 소득세법 시행규칙 제48조 는 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호 에서 말하는 ‘기획재정부령이 정하는 시가’라함은 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의것) 제89조 제1항은 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을, 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차로 적용하여 계산한 금액을 취득가액으로 규정하고 있다.
• 나) 원고가 행한 감정평가결과를 이 사건 건물 등의 취득가액으로 볼 것인지 다툼 없는 사실과 갑 제7호증의 1, 2의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고는 이 사건 건물 등 중 일부를 2003년 동생으로부터 취득하였고, 나머지는 2006년경 직접 신축·구입한 사실, 원고는 2006. 7.경 이 사건 건물 등을 담보로 양만수산업협동조합으로부터 대출을 받기 위하여 감정평가법인에 이 사건 건물 등에 관한 감정평가를 의뢰한 사실, 위 감정평가결과 2006. 7. 27. 현재 이 사건 건물 등의 감정가액은 717,917,000원인 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면 위 감정평가결과는 이 사건 건물 등을 취득 후 담보대출을 위한 평가시점인 2006. 7. 27. 당시의 가액에 불과하고 이 사건 건물 등의 취득당시의 가액은 아니므로, 위 감정평가결과인 717,917,000원을 이 사건 건물 등의 취득가액으로 하여 이 사건 감가상각비의 상각한도액을 산정할 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 다) 이 사건 건물 등의 취득가액을 산정할 수 없는지 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 소득금액산정의 기초가 되는 필요경비액에 대한 입증책임도 원칙적으로는 과세관청에게 있으며 다만 구체적 경비항목에 대한 입증의 난이라든가 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세자측에 그 입증책임을 돌리는 수가 있을 뿐이라 할 것이므로, 소득 산정의 기초가 되는 필요경비 중의 하나인 건물의 감가상각액을 계산하기 위하여 먼저 그 취득가액을 확정지어야 할 경우에도 그 가액이 얼마인지에 관한 입증책임은 일차적으로 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 1991.02.22. 선고 90누5382 판결). 위와 같은 법리와 위 가)항에서 살펴본 규정을 종합하면, 이 사건 건물등의 취득가액이 불분명하고, 위 나)항에서 살펴본 바와 같이 원고가 행한 감정평가결과를 취득가액으로 할 수 없다고 하더라도, 피고는 소득세법 제39조 제2항, 소득세법시행령 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행규칙 제48조, 구 법인세법 시행령 제89조 에 의하여 준용되는 구 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의것) 제61조 제1항 제2호, 제4항, 구 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령제22042호로 개정되기 전의 것) 제51조 제4항 규정 등에 의하여 이 사건 건물 등의 취득가액을 보충적인 평가방법으로 계산하여 이 사건 건물 등의 상각범위액을 산정하고 그 상각범위액을 초과하는 부분을 필요경비에서 제외할 수 있을 뿐이고, 이 사건건물 등의 취득가액을 원고가 입증하지 못하였다고 하여 이 사건 감가상각비 전체를 필요경비에서 제외할 수는 없다.
• 다. 소결론 - 이 사건 처분의 전부 취소 결국 원고의 주장 중 이 사건 장어치어 매입액 부분은 이유 없고, 이 사건 감가상각비 부분은 일부 이유 있으나, 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니라고 할 것인데(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조), 이 사건에서 당사자가제출한 자료만으로는 이 사건 건물 등의 취득가액을 산정할 수 없어서 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

• 다. 재판장 판사 박강회 판사 장우석 판사 류지원