자산수증이익 등에 대한 신고조정이 해당 사업연도내에 이루어져야 한다는 전제로 경정청구 거부한 처분은 위법

사 건 2011구합969 경정거부처분취소 원 고 XX통신 주식회사 피 고 서광주세무서장 변 론 종 결

2011. 10. 27. 판 결 선 고

2011. 11. 10.

1. 피고가 2010. 6. 1. 원고에게 한 2006사업연도 법인세 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

O 원고는 1998. 12. 29. 설립되어 광통신 시스템 및 광통신 부품 제조 등의 사업을 영위하는 법인인데, 2006사업연도에 정부출연금 309,500,000원을 수령하고, 한국산업기술평가원으로부터 735,808,000원의 상환의무를 면제받았다. O 이후 원고는 자산수증이익인 위 309,500,000원 및 채무변제이익인 위 735,808,000 원 합계 1,045,308,000원(이하 ’쟁점 금액’이라고 한다)을 손익계산서에 특별이익으로 계상하였고, 2006사업연도 법인세를 신고하면서 쟁점 금액을 익금에 산입하였다. O 원고는 2010. 3. 31. 피고에게, 쟁점 금액을 1999사업연도부터 2001사업연도에 발생한 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 기재한 자본금과적립금조정명세서를 제출하면서, 쟁점 금액은 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ’법’이라고만 한다) 제18조 제8호에 의하여 익금불산입되어야 하므로, 원고의 2006사업연도 결손금을 종전 732,872,254원에서 1, 778,180,254원으로 증액하여 줄 것을 요구하는 내용의 경정청구를 하였다 O 이에 대하여 피고는 2010. 6. 1. 원고가 당초 2006사업연도 법인세 신고시 쟁점금액을 이월결손금의 보전에 충당하지 않았기 때문에 경정청구에 의하여 결손금을 증액할 수 없다는 이유로, 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. O 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 8. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2010. 12. 20. 이를 기각하였고, 원고는 2011. 3. 21. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 법 제18조 제8호는 자산수증이익이나 채무변제이익 중 이월결손금의 보전에 충당된 금액을 익금에 산입하지 않는다고 규정하고 있을 뿐, 자산수증이익 등을 이월결손금의 보전에 충당하는 시기를 자산수증이익 등이 발생한 사업연도로 제한하지 않고 있고, 법인세법 기본통칙 18-18"'2에서는 세무조정의 방법으로 자산수증이익 등을 이월 결손금의 보전에 충당하는 것을 허용하고 있으며, 이들 규정의 취지는 결손보전을 통하여 자본충실을 촉진하는 데에 있는 점 등에 비추어 보면, 당초 법인세 신고시 자산수증 이익 등을 익금에 산입하였다고 하더라도 경정청구 기간 이내라면 경정청구를 통한 신고조정의 방법으로 자산수증이익 등을 이월결손금의 보전에 충당하고 그 충당된 금액을 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 그런데 원고는 2006사업연도 법인세 신고시 쟁점 금액을 익금에 산입한 후 3년의 경정청구 기간 내에 이를 익금에 산입하지 아니하기로 하는 신고조정 및 그에 따라 결손금의 증액을 구하는 경정청구를 하였으므로, 피고가 당초 법인세 신고시까지 신고조정이 이루어진 경우에 한해 쟁점 금액을 익금에 산입하지 아니할 수 있다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 관련 법령의 기재와 같다.
• 다. 판단 법 제18조 제8호, 구 법 시행령(2010. 6. 28. 대통령령 제22220호로 개정되기 전의 것) 제10조 제2항, 제IS조 제1항 제l호에 의하면, 내국법인이 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액(이하 ’자산수증이익 등’ 이라고 한다) 중 이월결손금의 보전에 충당된 금액은 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니하고, 여기에서 말하는 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 5년 전에 개시한 사업연도에서 발생한 이월결손금을 포함하며, 자산수증이익 등으로 충당된 이월결손금은 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제된 것으로 보는데, 이처럼 이월결손금의 보전에 충당된 자산수증이익 등을 익금에 산입하지 아니 하도록 한 취지는 결손보전을 통하여 자본충실을 촉진하는 데에 있다. 한편, 종전 법인세법 기본통칙 2-1-6···8(채무변제익 등을 이월결손금의 보전에 충당한 경우의 처리)에서는 ’무상으로 받은 자산의 가액과 채무변제익을 세무계산상 이월결손금의 보전에 충당한 경우에 그 충당된 이월결손금은 소멸한 것으로 본다. 이 경우 ”이월결손금의 보전에 충당한 경우”라 함은 이월결손금과 직접 상계하거나, 당해 사 업연도 결산주주총회결의에 의하여 이월결손금에 보전하고, 이익잉여금처분계산서(결손금처리계산서)에 계상된 경우를 말한다’고 규정하고 있었다. 그런데, 현행 기업회계기준에 의하면, 자산수증이익 등을 특별이익으로 계상하도록 하고 있어 위 조항에 따라 자산수증이익 등을 이익잉여금처분계산서(결손금처리계산서)에 계상하는 방법으로는 이월결손금의 보전에 충당할 수 없는 문제점이 발생하게 되었다. 그리하여 법인세법 기본통칙은 이와 같은 기업회계기준과의 괴리를 해소하고, 세무조정의 방법으로 자산수증이익 등을 이월결손금의 보전에 충당하여 익금에 산입하지 아니할 수 있도록 2001. 11. 1. 개정 당시 18-18···2(채무변제이익 등을 이월결손금의 보전에 충당한 경우의 처리)에서 ’법 제18조 제8호 규정의 ”이월결손금의 보전에 충당된 금액”에는 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 변제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액을 기업회계기준에 따라 특별이익으로 계상한 법인이 자본금과적립금조정명세서에 동 금액을 이월결손금의 보전에 충당한다는 돗을 표시하고 세무조정으로 익금불산입한 경우 동 금액을 포함한다’는 특례를 규정하게 되었다. 이러한 규정들의 문언 및 내용, 그 취지 등을 종합하여 보면, 현행 기업회계기준에 따라 자산수증이익 등을 특별이익으로 계상한 내국법인은 동 금액을 자본금과적립금조정명세서에 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하고 세무조정계산서에 익금으로 계상하지 않는 신고조정의 방법으로 이를 익금에 산입하지 아니할 수 있다고 할 것이므로, 내국법인이 당초 자산수증이익 등을 특별이익으로 계상하여 과세표준을 계산한 다음 그 과세표준신고를 과세관청에 제출하였다고 하더라도 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구기간 내에는 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 자산수증이익 등을 익금에 산입하지 아니할 수 있다고 할 것이다. 그런데, 쟁점 금액을 특별이익으로 계상한 원고가 2006사업연도 법인세 신고시 이를 익금에 산입하였으나, 3년의 경정청구 기간 내인 2010. 3. 31. 쟁점 금액을 자본금과적립금조정명세서에 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하고 세무조정계산서에 익금으로 계상하지 않는 신고조정의 방법으로 이를 익금에 산입하지 않겠다는 내용의 경정청구를 하였음은 앞에서 본 것과 같으므로, 피고로서는 원고의 경정청구를 받아들여 원고의 2006사업연도 소득금액을 계산함에 있어 쟁점 금액을 익금에 산입하지 아니함이 타당하다. 따라서, 쟁점 금액이 익금에 산입되지 않기 위해서는 위와 같은 신고조정이 2006사업연도 내에 이루어져야 한다는 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.