용역제공 완료일, 판결 확정일 등 손익의 귀속시기에 따라 과세한 처분은 적법

사 건 2010구합3725 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 순천XX 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 7. 21. 판 결 선 고

2011. 8. 18.

1. 원고의 주위적 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 주위적으로는, 피고가 원고에 대하여 한 2008. 8. 13.자 2003 사업연도 귀속분 법인세 1,299,430,071원의 부과처분 중 195,079,079원 부분의 취소를, 예비적으로는 위 처분 무효의 확인을 구함.

O 피고는 2008. 8. 13. 원고에 대한 2003 사업연도 귀속분 법인세를 조사한 결과에 따라 2003 사업연도 귀속분 법인세를 1,351,891,150원1)으로 경정·고지(이하, ’원 처분 ’이라 한다)하였다. O 이에 원고가 2008. 11. 12. 원 처분에 대하여 이의신청을 하였으나 피고는 2008 12. 22. 기각하였다. O 원고가 다시 2009. 3. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 2010. 5. 24. 조세 심판원은 원 처분에 관하여 일부는 인용하고, 일부는 기각하는 취지의 결정이 내려졌다. O 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 최종적으로 위 2003 사업연도 귀속분 법인세를 경정함으로써 원 처분은 1,299,430,071원이 남게 되었다(이하, 피고의 최종적 처분인1,299,430,071원의 법인세 부과 처분을 ’이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는, 아래에서 보는 것과 같이 합계 407,004,918원은 2003 사업연도의 비용에 해당하므로, 피고로서는 2003년도 법인세 귀속분을 계산함에 있어 이를 가. 손금 또는 나. 이월결손금으로 인정하였어야 함에도 불구하고 그러지 아니한 위법이 있다. 따라서, 이 사건 처분 금액 중 위 407,004,918원을 위와 같이 감안하여 법인세를 계산하면 195,079,079원이 감액되어야 하므로 그 부분은 취소되어야 하거나(주위적), 무효(예비적)라고 주장한다. 원고가 손금에 포함되어야 한다고 주장하는 것은 다음의 3가지 항목이다.

(1) 유한회사 XX환경공사에게 이 사건 건물관리(청소) 용역 대금으로 지급한 116,004,918원(이하 ’XX환경공사 관련 금액’이라 한다),

(2) OO증권 주식회사가 원고를 상대로 임대차보증금 청구의 소를 제기하여 원고가 위 회사에 지급한 180,000,000원(이하 ’OO증권 관련 금액’이라 한다),

(3) 원고가 채권·채무 합의금으로서 정AA에게 지급한 53,000,000원 및 이BB에게 지급한 58,000,000원(이하 ’정AA 및 이BB 관련 금액’이라 한다).

3. 판단(이 사건 처분의 적법여부) 과세처분취소소송에 있어서 과세요건이 되는 사실에 관하여는 원칙적으로 과세관청에 그 입증책임이 있다고 할 것이나, 납세의무자가 그 수입금 중 일부를 누락하여 과소신고 하는 경우 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이므로, 손금에 산입할 비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고 하였다는 이례적이고 특별한 사정에 관하여는 납세의무자가 이를 입증하여야 하는 것이다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누 10695 판결 참조).

• 가. XX환경공사 관련 금액에 관하여 이에 관하여 원고는, ① 1999년 원고가 부도로 인하여 모든 업무가 마비되고 혼란스러웠던 상태였기 때문에 위 금액은 확실히 지급되어야할 비용이라고 할 수 없으므로 그 의무 및 액수가 확정되었고, 원고가 이를 지급한 때인 2003년도 손금으로 산입되어야하고, ② 그렇지 않더라도 2003년 사업연도의 개시일전 5년 이내에 발생한 결손금 인데 그 후의 사업연도에 그 금액이 공제되지 않았으므로 2003 사업연도의 과세표준에 서 감액되어야한다는 취지로 주장한다.

(1) 손금으로 산입할 수 있는지 여부 살피건대, 갑 제2, 4, 8, 9호증, 을 제2, 5 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. O XX환경공사는 원고에게 1998. 8. ~ 2000. 2.까지 이 사건 건물 관리(청소)용역을 제공하였으나 원고로부터 그 용역 대금을 받지 못하자, 2000. 3. 18. 채무자를 원고, 청구채권을 건물관리비, 청구금액을 116,004,918원으로 하여 광주지방법원 순천지원 2000카합144호로 이 사건 건물에 관하여 가압류결정을 받아 두었다. O 원고는 2003. 12. 5. 광주지방법원 순천지원에 2003년 제2781호로 XX 환경공사의 위 부동산가압류 청구금액 상당 116,004,918원을 해방공탁하였다. O XX환경공사는 2003. 12. 10. ’원고로부터 116,004,918원을 이 사건 건물 관리(청소)용역 대금 청구에 대한 합의금으로 수령하여 이후부터는 채권문제가 소멸되었고 어떠한 법적인 문제가 없음을 확인한다’는 취지의 합의서 및 ’116,004,918원을 이 사건 건물 관리(청소)용역 대금 청구에 대한 합의금으로 영수하였다’는 취지의 영수증 을 각 작성해 주었다. O 원고가 법인세 과세표준 신고를 위하여 제출한 1999~2001년 각 사업연도 귀속분 법인세 신고서, 손익계산서 등에는 XX환경공사 관련 금액에 관한 기재는 없고, 이후 다른 사업연도 법인세 과세표준 신고시에도 XX환경공사 관련 금액을 손금산입하였다는 점을 확인할 수 있는 자료는 없다. 위 인정사실에 의하면, 원고가 2003. 12. 10. 실제로 XX환경공사 관련 금액을 지급한 사실은 있으나, 법인세 과세표준 신고시 이를 누락한 채 손금으로 계상하지 않았음을 인정할 수 있다. 그러나, 용역계약에서 생기는 손익의 귀속사업연도는 용역제공을 완료한 날이 속하는 사업연도로 하는데(법인세법 시행령 제69조 제1항 참조), 위에서 본 것과 같이 원고가 XX환경공사 관련 금액을 실제로 지급한 시기는 2003. 12. 10.이라 하더라도 XX환경공사가 이 사건 건물관리(청소)용역의 제공을 완료한 날은 1998. 8. ~ 2000. 2. 이라 할 것이므로, 원고가 주장하는 사유만으로는 이 사건 건물관리(청소)용역에 관한 비용은 1998-2000 각 사업연도에 손금산입하여야 하고, 실제 비용을 지출한 연도인 2003 사업연도에 산입할 것은 아니다. 따라서, 피고로서는 이 사건 처분 중 XX환경공사 관련 금액을 손금으로 산입 하여 산출한 세액을 감액경정할 수 없고, 이와 다른 전제에선 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이윌결손금으로 인정할 수 있는지 여부 (가) 살피건대, 법인세법 제14조 제2항 에 의하면, 결손금이란 어느 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 의미하고, 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호 에 의하면, 이러한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 이월결손금이라 하는데, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1호, 같은 법 시행령 제10조 제1항에 의하면, 이윌결손금은 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세 표준 계산시 먼저 발생한 것부터 순차적으로 공제하여야 한다고 규정하고 있다. 을 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 건물관리(청소)용역 제공을 완료한 날이 속하는 1998-2000 각 사업연도에 손금산입하여야 했음에도 그러지 못하였던 XX환경공사 관련 금액은 2003 사업연도를 기준으로 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금인 사실을 인정할 수 있고, 따라서 원고 주장과 같이 2003 사업연도의 과세표준 계산시 이윌결손금으로 공제 될 수는 있다 할 것이다. (나) 그런데, 피고는 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 계산시 이윌결손금이 과다 공제되었다는 것을 근거로 원고 주장의 이월결손금 공제와 상관없이 이 사건 처분은 여전히 정당하다고 주장하는 반면 이에 대하여 원고는 이 부분 피고의 주장은 처분 사유의 추가·변경으로서 허용되지 않는다고 다투고 있으므로 이를 살펴보기로 한 다.

① 먼저, 피고의 위 이월결손금 과다 공제 주장이 허용되는 것인지 관하여 본다. 과세처분취소소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 과세 표준 및 세액의 객관적 존부이고, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 교환·변경할 수 있는데(대법원 2002. 3 12. 선고 2000두2181 판결 참조), 이 사건 처분에 대한 처분사유로서 위와 같은 이월 결손금 과다 공제사유를 피고가 새로이 주장하는 것이라 하더라도, 이는 원고에 대한 2003 사업연도 귀속분 법인세 부과처분으로서 과세단위가 동일한 이 사건 처분의 정당성에 관한 것이라는 점에서, 처분의 동일성이 유지되는 범위 내의 처분사유 추가에 해당하여 허용된다.

② 따라서, 더 나아가 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 계산시 이월결손금이 과다 공제되어 이 사건 처분이 여전히 정당한 것인지에 관하여 본다. 살피건대, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 법 제18조 제8호, 같은 법 시행령 제10조 제2항, 제18조 제1항에 의하면 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 이월결손금(즉, 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액)의 보전에 충당된 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 익금에 산업하지 않는다고 규정하고 있다. 한편, 을 제10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고의 2003 사업연도 과세표준 계산시 그로부터 5년 이내(즉 1998-2002 사업연도)에 발생한 결손금으로서 공제 가능한 이월결손금의 합계는 949,552,479원인 사실, ② 그런데 피고가 이 사건 처분과 관련하여 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 계산시 공제한 이윌결손금은 1,308,657,158원인 사실, ③ 그리고 원고의 사업개시일인 1996. 6. 18.이 속하는 1996 사업연도부터 1997 사업연도까지 발생한 결손금 중 법인세 과세 표준 계산시 소득금액에서 공제되지 아니한 금액은 100,019,143원 사실을 인정할 수 있다. 위 관련 법령들 및 위 인정사실에 의하면, 앞서 본 것과 같이 피고가 이 사건 처분시 채무변제익 9,303,843,095원을 익금산입하였으므로 이에 상응하여 5년이 넘는 결손금으로서 1996 사업연도부터 1997 사업연도까지 발생한 결손금인 위 100,019,143원을 위 채무변제익과 상계함으로써 익금의 금액을 감소시킬 수 있다 하더라도, 결국 피고는 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 계산시 이월결손금 259,085,536원(= 1,308,657,158원 - 위 949,552,479원 - 위 100,019,143원) 상당을 과다 공제하였다고 할 수 있다. 따라서, XX환경공사 관련 금액(116,004,918원)을 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 계산시 이윌결손금으로 인정할 수 있다 하더라도, 과다 공제한 이월결손금 위 259,085,536원이 XX환경공사 관련 금액을 초과하는 이상 이 사건 처분시 피고가 산출한 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 및 세액은 정당한 금액보다도 못 미치게 된다. 결국, 이 사건 처분 중 XX환경공사 관련 금액을 이윌결손금으로 인정하여 산출한 세액을 감액경정하여야 한다는 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

• 나. OO증권 관련 금액에 관하여 이에 관하여 원고는, ① OO증권 관련 금액 1억 8,000만 원은 임대차보증금과는 무관한 소송상 합의금으로서 그 의무 및 액수가 확정되었고, 원고가 이를 지급한 때인 2003년도 손금으로 산입되어야하고, ② 그렇지 않더라도 2003년 사업연도의 개시일전 5년 이내에 발생한 결손금인데 그 후의 사업연도에 그 금액이 공제되지 않았으므로 2003 사업연도의 과세표준에서 감액되어야한다는 취지로 주장한다.

(1) 살피건대, 다툼 없는 사실, 갑 제5, 6호증, 을 제16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고와 임대차기간을 입주일로부터 1년으로 한 임대차계약을 체결한 OO증권이 원고를 상대로 임대차보증금 청구의 소(서울지방법원 99가합 50182호)를 제기하여 1999. 12. 10. 원고는 OO증권에게 임대차보증금 중 일부인 151,624,000원 및 이에 대하여 임대차계약 종료 다음날인 1999. 9. 29.부터 판결 선고일인 12. 10.까지는 연 5%, 그 다음날부터 완제일까지는 연 25%의 각 비율에 의한 지연 손해금을 지급하라는 판결이 선고되어 같은 해 12. 31. 확정된 사실, ② 원고는 2003. 11. 28. OO증권에게 ’위 임대차보증금 미반환금액 151,624,200원에 대하여 1. 상환금액: 1억 8,000만 원, 2. 내역: 원금 151,624,000 +이자(연 4% 기준)+소송비용(50%)과 같이 정리하고자 하오니 검토하여 회신바랍니다’라고 기재된 ’협의요청서’를 보낸 사실, ③ 이에 OO증권은 2003. 12. 1. 원고에게 ’2003. 11. 28.자 귀사의 임차보증금 반환금액 협의 요청(안)에 대하여 당사는 수용할 수 있음을 통보하는 바입니다’라는 내용의 문서(OO증권 35-6764호)를 보낸 사실, ④ 원고는 2003. 12. 4. OO증권에게 1억 8,000 만 원을 지급한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 위와 같이 원고가 스스로 OO증권에게 1억 8,000만 원을 지급하면서 그 금원의 성격을 위 판결에서 반환의무를 인정한 임대차보증금 151,624,000원 및 그에 대한 지급 당시까지의 이자와 소송비용 등으로 산정한 나머지 28,376,000원을 합한 금액이라고 밝혔고 OO증권도 이러한 원고의 의사를 수용하였으므로, 위 1억 8,000만 원 중 151,624,000원은 임대차보증금으로서, 나머지 28,376,000원은 지연손해금으로서 각 지급된 것이라 할 수 있다. 그런데, 원고가 OO증권에게 반환하여야 할 의무를 지고 있는 임대차보증금은 기업회계상 고정부채에 해당하는 항목으로서 이러한 부채의 반환은 법인세법상으로도 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액인 손금에 해당 하는 산입 항목으로 볼 수 없고, 또 법원의 판결에 의하여 지급하는 손해배상금 등의 손익 귀속시기는 판결확정일이므로(대법원 2008. 8. 21. 선고 2008두7434 판결 참조), 결국 원고는 지연손해금으로서 손해배상금의 성격을 가지는(대법원 2010. 9. 9. 선고 2010다24435 판결 등 참조) 위 28,376,000원에 대하여만 위 판결확정일이 속하는 사업연도인 1999 사업연도의 손금으로 처리할 수 있다 할 것이나, 위 XX환경공사 관련 금액에서 이미 본 것과 같이 이미 부과제척기간이 만료되었으므로, 이 사건 처분 중 OO증권 관련 금액을 손금으로 인정하여 산출한 세액을 감액경정 할 수 없다. 따라서, 이와 다른 전제에선 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 나아가, 위 28,376,000원을 원고의 2003 사업연도 법인세 과세표준 계산시 이윌결손금으로 인정할 수 있다 하더라도, 위에서 본 것과 같이 과다 공제한 이윌결손금 259,085,536원이 XX환경 공사 관련 금액(116,004,918원)과 위 28,376,000원을 합한 금 액 역시 초과하는 이상, 마찬가지로 이 사건 처분 중 OO증권 관련 금액을 이윌결손금으로 인정하여 산출한 세액을 감액경정하여야 한다는 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

• 다. 정AA 빛 이BB 관련 금액에 관하여 이에 관하여 원고는, 원고가 2003. 12. 5. 정AA 및 이BB 관련 금액을 지급하였으므로 정AA 및 이BB 관련 금액은 그 비용이 발생한 때인 2003년도 손금으로 산입 되어야한다는 취지로 주장한다.

(1) 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 정AA는 2004. 3. 25. 채권·채무 관계를 5,300만 원에 합의한다는 내용의, 원고와 이BB은 2004. 4. 7. 채권·채무 관계를 5,800만 원에 합의한다는 내용의 각 합의서를 작성한 사실, 원고는 2004 사업연도 법인세 신고시 계정별원장 잡손실계정에서 위 2004. 3. 25.자 정AA와의 합의금 5,300만 원, 위 2004. 4. 7.자 이BB과의 합의금 5,800만 원을 각 계상한 사실을 인정할 수 있다.

(2) 한편, 원고 스스로도 정AA 및 이BB 관련 금액을 2004 사업연도 법인세 신고시 손금으로 산입하였다는 사실을 인정하고 있는 점에서, 원고 명의의 통장에서 2003. 12. 5. 1억 1,100만 원이 인출되었다는 사실(갑 제6호증 참조)만으로는 정AA 및 이BB 관련 금액은 2004 사업연도가 아닌 이 사건 처분과 관련하여 2003 사업연도의 손금이나 이윌결손금으로 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서, 이 사건 처분 중 정AA 및 이BB 관련 금액을 손금으로 인정하여 산출한 세액을 감액경정하여야 한다는 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

• 라. 소결론 그러므로, 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주위적 청구는 이유 없다.

원고는 이 사건 처분에는 중대·명백한 하자가 있다 할 것이므로 이 사건 처분은 무효라고 주장하나, 위에서 살펴본 것과 같이 이 사건 처분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 예비적 청구는 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 주위적 청구와 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.