임대사업이 폐업되었다고 보아 사업의 양도로 보지 아니하는 처분의 당부

1. 피고가 2009. 4. 1. 원고에게 한 2006년 제2기 부가가치세 142,050,660원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다(소장 기재 처분일 2009. 4. 7.은 착오기재로 보인다).

• 가. 원고는 2003. 11. 14. 한국자산관리공사에서 진행된 공매절차에서 광주 광산구 BB동 1576-2 대 2,374.7㎡ 및 위 지상 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)의 소유권을 취득한 후 같은 날 최AA에게 이 사건 각 부동산의 각 1/10 지분을 이전하였고, 원고와 최AA는 2003. 12. 1. 부동산임대사업자로 사업자등록을 하였다.
• 나. 원고와 최AA는 2006. 12. 27. 주식회사 CC에스앤디(이하 ‘CC에스앤디’라 한다)와 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약(이하 ‘제1매매계약’이라 한다)을 체결한 후 같은 달 29. 이 사건 각 부동산의 소유권을 이전하였는데, CC에스앤디가 매매계약상의 의무를 제때 이행하지 않았음을 이유로 2007. 11. 2. 조정에 갈음하는 결정을 통해 CC에스앤디로부터 소유권을 다시 이전받았다.
• 다. 그 후 원고와 최AA는 2007. 12. 26. 환경관리공단과 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약(이하 ’제2매매계약’이라 한다)을 체결한 후 다음날 이 사건 각 부동산의 소유권을 이전하였고, 피고는 제2매매계약에 따른 이 사건 각 부동산의 양도를 사업의 포괄적 양도·양수에 해당하지 않는다고 보아 2008. 11. 12. 원고에게 2007년 제2기 부가가치세로 152,459,430원을 부과(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 이에 원고가 2009. 2. 16. 피고에게 이의신청을 제기하였고, 피고는 2009. 4. 1. 이 사건 당초 처분은 원고의 폐업일을 제2매매계약시인 2007. 12. 27.로 보아 부가가치세법(이하 ‘법’이라고만 한다) 제6조 제1항에 의해 잘못 과세한 것이어서 이를 취소하고, 원고의 폐업일을 제l매매계약시인 2006. 12. '29.로 경정하여 법 제6조 제4항에 의하여 원고에게 2006년 제2기 부가가치세인 142,050,660원을 부과한다는 내용의 처분(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 6. 8. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2009. 8. 28. 이를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 9, 10호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 원고는 제1매매계약 당시 부동산임대업을 유지하고 있었고, 그 폐업일은 제 2매매계약 이후 폐업신고를 한 2007. 12. 27.로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 설사 2006. 12. 29.을 폐업일로 보아 제1매매계약을 과세대상으로 하여 법 제6조 제4항을 적용한다 하더라도, 원고는 이 사건 각 부동산을 공매절차로 취득하여 매입세액을 공제받지 못했으므로, 2007. 1. 1. 시행된 법 제6조 제4항의 괄호 부분의 규정을 소급적용 받게 되어 결국 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관련 법령 별지 관련 법령의 기재와 같다.
• 다. 인정사실

① 원고는 2003. 11. 13.부터 2005. 6. 30.까지 주식회사 DDD프리텔에 이 사건 각 부동산을 임대하였는데, 그 이후 제2매매계약시까지는 임대실적이 없었던 관계로 2005년 2기분부터 2008년 1기분까지의 부가가치세 매출세액을 0원으로 신고하였다.

② 제1매매계약의 내용은 다음과 같다. 다 음 이 사건 각 부동산을 매매함에 있어 매도인과 매수인은 다음과 같이 쌍무계약에 대한 의무를 이행하기로 한다.

1. 총 매매대금은 38억 5,000만 원으로 한다.

2. 대금 중 하나은행 부채 29억 원은 매수인이 승계하기로 한다.

3. 대금 중 잔액 9억 5,000만 원은 계약일로부터 3개월로 하고, 근저당 대출은 해외자금 환율 변동에 따른 금액이 변동되므로 담일 환율로 정산ㆍ가감하기로 한다.

4. 근저당 순위 2번(광주지방법원 2006. 12. 13. 접수 제256896호)은 2007. 1. 2. 매도인 책임 하에 말소하기로 한다.

5. 위 사항 중 잔금일 이전에 예기치 않은 변동사항은 앙 당사자가 협의조정키로 한다.

6. 등기경료일 이후 제세공과금 및 임대료와 모든 수익은 매수인의 것으로 한다.

7. 현 건물상 임대 및 제약 사항이 일체 없는 것으로 인수하는 조건임

① 원고와 최AA는 2006. 12. 29. CC에스앤디에 이 사건 각 부동산의 소유권을 이전해 주면서 위 매매계약서 제3항의 잔액을 담보하기 위해 근저당권자 최AA, 채무자 CC에스앤디, 채권최고액 10억 원인 근저당권을 설정 받았고, 위 매매계약서 제4항에 따라 이 사건 각 부동산에 이 법원 2006. 12. 13. 접수 제256896호로 설정되어 있던 근저당권설정등기를 말소하였다.

② 그런데 CC에스앤디가 매매계약일로부터 3개월이 지나도록 원고와 최AA에게 잔금을 지급하지 않았고, 위 매매계약서 제2항에 따른 채무승계의무도 이행하지 않았다. 이에 원고와 최AA는 CC에스앤디를 상대로 제1매매계약상의 채무를 이행하지 않았음을 이유로 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기를 구하는 조정신청을 하여 2007. 10. 30.자 이 법원 2007머1824호 인용결정에 따라 2007. 11. 2. 이 사건 각 부동산의 소유권을 다시 이전받았다.

③ 원고와 최AA는 2007. 12. 27. 제2매매계약에 따라 환경관리공단에 이 사건 각 부동산에 관한 소유권을 이전해 주었고, 같은 날 피고에게 부동산임대업 폐업신고를 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5 내지 10호증(각 가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 위 인정사실에 의하면, ① 비록 제1매매계약 당시 이 사건 각 부동산에 약 1년 6개월 동안 임차인이 들어오지 않은 사정이 보이지만, 원고가 제2매매계약서까지 사업자등록을 유지하면서 부가가치세 신고를 해 왔던 사정에 비추어 원고가 폐업을 할 의도로 이 사건 각 부동산을 비워두었다고 보기는 어려운 점, ② 원고가 임대사업의 부진 끝에 제1매매계약을 체결하고 CC에스앤디에게 소유권을 이전해 준 사정은 인정되나, 제1매매계약 체결 이후 매수인인 CC에스앤디의 채무불이행으로 인하여 법원의 조정결정으로 다시 소유권을 회복한 사정에 비추어 볼 때 원고가 제1매매계약의 체결만으로 부동산임대업을 확정적으로 폐업하였다고 단정하기는 어려운 점 등을 알 수 있다. 이러한 사정을 종합하여 보면, 제1매매계약의 체결로 인하여 원고의 부동산임 대사업이 폐업되었다는 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 두 번째 주장을 살펴볼 것도 없이 위법하다고 봄이 상당하다(물론 이 사건 처분이 취소된 후 피고가 다시 제2매매계약을 과세대상으로 보아 원고에게 법 제6조 제1항에 의한 부가가치세를 부과할 경우 제2매매계약이 법 제6조 제6항 제2호의 ‘사업의 포괄양도’에 해당하는지 여부는 별론으로 한다).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.