과세쟁점자문위원회 의결사항이 신뢰보호의 원칙에 반하는지 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 1. 5.(소장에 기재된 ‘2008. 1. 10.’은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2002년 귀속 법인세 345,881,290원, 2004년 귀속 법인세 737,508,350원, 2005년 귀속 법인세 869,941,210원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 건축물의 설계와 공사감리 업무 등을 영위하는 법인으로서, 별지 표 기재 와 같이 출자임원에 해당하는 정AA(정AA의 처인 김BB가 원고 주식을 보유하고 있다), 김CC, 진DD, 양EE, 김FF, 정GG, 조HH, 박JJ, 김KK, 최L, 정MM, 정NN(이하 ‘출자임원들’이라 한다)에게 기술자문료, 고급자격수당, 특허ㆍ선기술ㆍ실용신안수당, 상훈 등 명목으로 2002사업연도에 745,334,040원을, 2004사업연도에 1,819,413,000원을, 2005사업연도에 2,500,000,000원(이하 ‘이 사건 기술자문료 등’이라 한다)을 각 지급하고, 이를 법인소득금액 계산상 손금으로 계상함과 동시에 출자임원들의 사업소득으로 보아 종합소득세를 원천징수하여 납부하였다.
• 나. 그런데 피고는 이 사건 기술자문료 등은 주주에 대한 배당의 성격을 띤 것으로 손금불산입되어야 한다고 판단하였고, 이에 원고가 2007. 1. 9. 이 사건 기술자문료 등 이 임원에게 지급된 공로금 내지 특별상여금으로서 손금산입되어야 한다고 주장하면서 광주지방국세청에 과세쟁점자문신청을 하였는바, 광주지방국세청 과세쟁점자문위원회 (이하 ‘과세쟁점자문위원회’라고만 한다)는 2007. 1. 25.경 피고에게 “이 사건 기술자문료 등은 원고의 수익사업과 관련성이 있고, 정관과 회사규칙, 주주총회의 결의에 따라 지급기준을 정하여 임원 등에게 지급한 특별상여금으로 법인세법상 손금산입 대상에 해당한다”는 의결결과를 통보하였으며, 이에 피고는 이 사건 기술자문료 등을 원고의 각 사업연도 소득금액 계산상 손금으로 인정하되, 원고가 이 사건 기술자문료 등을 수령한 각 출자임원에게 사업소득으로 원천징수하여 신고납부한 원천세는 환급결정하고, 이 사건 기술자문료 등을 각 출자임원의 근로소득에 합산하여 원천세를 경정하였다(이하 ‘이 사건 선행처분’이라 한다).
• 다. 그러나 국세청 정기감사에서 ‘원고가 과세쟁점자문위원회에 제출한 주주총회 의 사록 및 회사규칙 등이 사전에 작성된 것이었는지 여부, 그 지급규정에 따라 산출된 금액을 지급한 것인지 여부, 지급규정이 출자임원에게만 적용된 것은 아닌지 여부 등 에 대하여 추가확인이 필요함에도 불구하고 원고가 제출한 서류에만 의존하여 과세쟁점자문위원회의 심의가 부실하게 운영된 점’이 지적되었고, 이에 광주지방국세청장은 2007. 11. 원고에 대한 현지확인을 실시하여 “원고가 과세쟁점자문위원회에 제출한 주주총회 의사록 등의 공증 여부만으로는 위 서류들이 사후에 작성된 것인지 여부를 확인할 수 없으나, 이 사건 기술자문료 등은 사회통념상 성과상여금이라고 볼 수 없는 고액이고, 해당 사업연도의 성과가 확정되기 전에 지급된 점으로 보아 법인세법상 손금산입 가능한 성과상여금이라고 볼 수 없으며, 사실상 잉여금 처분에 의한 상여에 해 당한다”고 피고에게 통보하였으며, 이에 피고는 원고의 소득금액 계산상 이 사건 기술자문료 등을 손금불산입하여 2008. 1. 5. 원고에게 청구취지 기재의 각 법인세를 각 경정고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제3호증의 1, 3, 5, 갑 제9, 10, 13호증, 갑 제12호증의 2, 을 제2, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 첫째, 이 사건 기술자문료 등은 그 실체가 근로계약의 대가가 아닌 계약에 의한 거래관계의 대가인 용역제공 수수료로서 원고의 수익과 직접 관련되는 판매부대비용이고, 법인세법상 손금에 해당하여 사업소득 원천징수 대상이다.

(2) 둘째, 가사 이 사건 기술자문료 등이 거래관계에 의한 자문수수료에 해당하지 않고 주주임원에 대한 성과상여금으로 판단된다고 가정하더라도 그 지급기준 및 산출 내역이 원고의 정관, 회사규칙 및 주주총회 의사록 등에 의하여 객관적으로 산출 지급 된 금액이므로 법인세법상 손금에 해당한다.

(3) 셋째, 이 사건 기술자문료 등에 대하여 처음에는 손금산업 대상에 해당한다고 하였다가 나중에는 잉여금 처분에 의한 상여로 손금불산입 대상에 해당한다고 한 것은 신뢰보호의 원칙에 반한다.

• 나. 관계법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 첫째 주장에 대한 판단 살피건대, 갑 제2호증의 3, 4, 갑 제3호증의 1, 3, 5, 갑 제4호증의 4, 5, 13, 15, 17, 18, 갑 제5호증의 2, 3, 8, 9, 10, 12, 갑 제6호증의 11 내지 15, 을 제3호증의 1 내지 26, 을 제6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 기술자문료 등이 출자임원들의 주식보유비율에 따라 안분 하여 지급된 것으로 보이는 점, ② 원고와 출자임원들이 독립된 거래당사자의 지위에 서 기술자문협정을 체결한 바 있음을 입증하기 위한 자료인 기술자문협정서는, 계약금액에 계약서 작성일자 이후의 감리현장의 배치 내역, 수상 내역, 특허출원 내역 등에 대한 부분까지 포함되어 있다는 점에 비추어 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없는 점, ③ 2003. 8. 8.자 주주총회 의사록에는 “주주임원의 보수지급에 관한 건 - 특별상여금, 포상금, 기술자문수수료 등은 당해 연도 총 급여액의 10배를 초과하지 않는 범위 내에서 지급할 수 있다”라고 기재되어 있는바, 이는 이 사건 기술자문료 등이 독립된 거래관계에 의해 지급된 금원이라는 원고 주장과 배치되는 점, ④ 원고가 제출한 회사규칙에 의하더라도 이 사건 기술자문료 등은 성과급 및 포상의 일종으로 규정되어 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 기술자문료 등이 독립된 거래관계에 기해 지급된 것으로 볼 수는 없다.

(2) 둘째 주장에 대한 판단 구 법인세법(2008. 12. 26.법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항, 제3항, 제20조 제1호, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4.대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제20조 제1항 제4호, 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22.대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제43조 제2항의 각 규정에 의하면, 잉여금의 처분은 그 개념상 손금에 속하지 않으므로 원칙적으로 이를 손금에 산입할 수 없고, 다만 예외적으로 내국법인이 근로자와 성과산정지표 및 그 목표, 성과의 측정 및 배분방법 등에 대하여 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 그 근로자에게 지급하는 성과배분상여금이나, 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 사전에 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액에 대해서만 이를 인건비에 해당하는 것으로 보아 손금에 산입할 수 있을 뿐이다. 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제2호증의 1, 2, 4, 5, 6, 갑 제3호증의 1, 3, 5, 갑 제4호증의 4, 5, 13, 15, 17, 18, 갑 제5호증의 2, 3, 8, 9, 10, 12, 갑 제6호증의 11 내 지 15, 갑 제11호증의 2, 을 제4, 6호증, 을 제3호증의 1 내지 26의 각 기재에 변론 전 체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 기술자문료 등이 원고 주장의 급여지급기준과 달리 앞서 본 바와 같이 출자임원들의 주식보유비율에 따 라 안분하여 지급된 것으로 보이는 점, ② 이 사건 기술자문료 등이 출자임원들에게만 지급된 점, ③ 원고가 이 사건 기술자문료 등을 기술개발비, 여비교통비, 소모품비, 지 급수수료, 외주비 등으로 나누어 회계처리한 점, ④ 원고가 이 사건 기술자문료 등을 근로소득으로 원천징수하지 아니한 점, ⑤ 사전에 정관이나 주주총회의 결의에 의해 이 사건 기술자문료 등의 구체적이고 객관적인 지급기준을 정한 것으로 보이지 않는 점, ⑥ 이 사건 기술자문료 등의 지급기준에 관해 보다 구체적으로 규정하고 있는 회사규칙의 경우, 회사규칙에 기재된 원고 상호명과 회사규칙 시행일 당시의 원고 상호명이 일치하지 않는 점 등에 비추어 사후에 작성 또는 수정되었을 가능성을 배제할 수 없는 점, ⑦ ㉮ 출자임원들과의 기술자문협정은 매 사업연도 초에 이루어졌음에도 계약금액에는 당해 사업연도 중에 발생한 성과(감리현장의 배치 내역, 수상 내역, 특허출원 내역 등)가 모두 반영되어 있는 점, ㉯ 주주총회 의사록에 의하더라도 출자임원들과 별도의 계약을 체결하여 기술자문수수료를 지급하기로 한 것은 2002. 7. 15.임에도 출자임원들과의 기술자문협정서 작성일자는 그보다 앞선 2002. 2.인 점, ㉰ 원고 역시 조세심판 과정에서 기술자문협정서가 사후에 작성되었다는 취지로 주장한 사실이 있는 점 등에 비추어 기술자문협정서 역시 사후에 작성된 것일 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 기술자문료 등은 원고 주장과 같이 사전에 정해진 객관적인 급여지급기준에 의해 지급된 것이 아니라 당해 사업연도에 발생한 이익을 기술자문료 등의 명칭으로 분배함으로써 실질적으로 잉여금을 처분한 것에 불과하다고 보이므로 손금산입의 대상에 해당한다고 할 수 없다.

(3) 셋째 주장에 대한 판단 국세기본법 제15조 는 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어 지켜야 하는 신의 성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 규정하고 있는데, 과세처분에 있어서 이러한 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이 표명된 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되어야 한다. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 과세쟁점자문위원회의 의결, 그에 따른 이 사건 선행처분과 이 사건 처분이 있기까지의 경위에 비추어 원고에게 유리한 과세쟁점자문위원회의 의결과 그에 따른 이 사건 선행처분이 있었다는 것만으로 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명이 확정적으로 이루어졌다고 보기는 어려울 뿐 아니라, 이 사건 기술자문료 등이 앞서 본 바와 같이 잉여금 처분의 성격으로 지급된 것임에도 원 고가 실제와 반대되는 사실을 계속 주장하여 과세쟁점자문위원회의 의결 및 이 사건 선행처분이 있게 된 사정에 비추어 원고의 신뢰에 귀책사유가 없다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.