선급금이 공사에 투입되지 않아 반환채권이 발생하였음에도 이를 자산으로 계상하지 않아 과세하였으나 경찰서의 수사내용을 보면 선급금은 공사에 투입되었다 판단되므로 과세처분을 취소함
선급금이 공사에 투입되지 않아 반환채권이 발생하였음에도 이를 자산으로 계상하지 않아 과세하였으나 경찰서의 수사내용을 보면 선급금은 공사에 투입되었다 판단되므로 과세처분을 취소함
1. 피고가 2005. 7. 1. 원고에 대하여 한 2002사업연도 법인세 금 102,473,323원의 부과처분 중 금 61,961,508원을 초과하는 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.
3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 피고가 2005. 7. 1. 원고에 대하여 한 2002사업연도 법인세 금 112,783,350원(아래 1.의 다.항에서 보는 바와 같이 원고가 2002사업연도 법인세 금 112,783,350원의 부과처분에 불복하여 ○○지방국세청장을 상대로 이의신청을 제기하여 2002사업연도 법인세 금 10,310,030원을 감액하는 내용의 경정처분을 받았으므로, 잔존하는 2002사업연도 법인세는 금 102,473,323원이 되는바, 위 금 112,783,350원은 금 102,473,323원의 착오 기재로 보인다)의 부과처분 중 금 36,364,623원을 초과하는 부분과 2002년 제1기분 부가가치세 금 38,401,640원 및 2004년 제2기분 부가가치세 금 21,667,900원의 가가 부과처분을 취소한다.
(1) 원고(토목공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 변경전 상호는 ‘○○종합건설 주식회사’이다)는 2001. 9. 25. ○○시로부터 ‘○○사지 주변 정비공사’ 중 철근콘크리트공사{계약기간 2001. 10. 5.~2002. 3. 3., 공사대금 177,930,900원(이후 금205,302,000원으로 증액되었다), 이하, ‘○○사지 공사‘라 한다}를 수급하였고, 2001. 9. 28. ○○군으로부터 ’2002년 오염하천정화사업‘ 공사{○○군 ○○읍 ○○지내, 도급금액 금 1,005,240,000원(이후 금 1,209,542,000원으로 증액됨), 공사기간 2001. 10. 8. ~ 2002. 5. 31., 이하 ’하천정화사업‘이라 한다}를 수급하였다.
(2) 원고는 2001. 10. 22. ○○건설 주식회사(대표이사 이○길, 이하 ‘○○건설’이라 한다)에 ○○사지 공사를 하도급{계약기간 2001. 10. 20.~2002. 2. 20., 공사대금 124,550,000원(이후 금 180,400,000원으로 증액되었다)}하였고, 2001. 11. 20.경 ○○군에 ‘원고가 2001. 10. 23. ○○건설과의 사이에 2001. 10. 23. 위 공사 중 토공사 부분(도급금액 금 221,635,000원, 공사기간 2001. 10. 31 ~ 2002. 5. 20.)과 철근콘크리트공사 부분(도급금액 금 28,351,000원, 공사기간 2001. 11. 8 ~ 2001. 5. 20.)에 관한 하도급계약(이하, ‘이 사건 하도급계약’이라 한다)을 체결하였다’는 내용이 담긴 보고서를 제출하였다(원고는 실질적으로 ○○건설과의 사이에 하천정화사업공사 전체에 대하여 공사대금을 원공사대금의 69%인 금 693,615,600원으로 정한 하도급계약을 체결하고, ○○건설은 다시 위 공사현장의 책임자인 윤○○과의 사이에 공사대금을 원공사대금의 55%인 금 552,882,000원으로 정하여 재하도급계약을 체결하였다고 주장한다).
(3) 그후 원고는 2001. 12. 24.경 ○○군으로부터 하천정화사업공사에 관한 선급금으로 금 201,000,000원을 지급받아 위 금원의 69%에 해당하는 금 138,690,000원을 ○○건설에게 이 사건 하도급공사의 선급금(이하, ‘이 사건 선급금’이라 한다)으로 지급하였고, ○○건설로부터 2001. 12. 24.자 금 111,700,000원(공급대가) 상당, 2002. 3. 28.자 금 10,635,000원(공급대가) 상당의 각 매입세금계산서를 수취하였다.
(4) 원고는 2002. 3. 25.경 이 사건 하도급공사의 기성고가 66%라고 주장하면서 ○○군 측에 기성검사신청을 하였고, ○○군 소속 준공검사관은 2002. 3. 30. 위 공사가 60%의 기성고에 이르렀음을 확인하였으며, 이에 따라 ○○군은 원고에게 위 공정율에 따라 1차 기성금 732,226,000원에서 이미 선급금으로 지급된 금원을 공제한 나머지 금 611,626,000원을 지급하였다.
(5) 하천정화사업공사 진행도중 공사내용이 변경되어 공사대금이 대폭 증액되어야 하는 상황이 발생하였는데, 계약명의자인 ○○건설의 대표이사 이○길은 원고가 위 공사와 관련하여 무리한 요구를 한다는 이유로 변경계약의 체결을 거절하였고, 위 공사의 실질적인 시공자였던 ○○건설의 기술이사 이○일(○○건설 대표이사 이○길의 동생이다)은 건설면허를 양수하여 2002. 1. 14.경 설립된 ○○산업개발 주식회사(이하, ‘○○산업개발’이라 한다)의 대표이사에 취임한 후 원고의 동의를 얻어 위 공사를 계속 진행하였다(이○일은 당시 투입된 공사대금이 원계약금액을 훨씬 초과하였다고 보아 증가된 공사대금을 지급받기 위하여 위 ○○산업개발을 설립하였고, 2002. 4. 16.경 뒤늦게 공사대금을 금 516,560,000원으로 정하여 이 사건 하도급공사에 대한 ○○산업개발과 원고 명의의 계약서를 작성하였다).
(6) 2002. 4. 12.경 ○○군에 ○○건설의 하수급인들로부터 위 ○○사지 및 하천정화사업 공사에 관한 노무비 및 장비대금 등의 미지급에 관한 민원이 제기되었고, 원고는 ○○산업개발 명의의 은행계좌에 위 노무비 등을 입금한 후 다시 전액출금하여 이○일, 윤○○의 현장입회하에 원고 회사 소속 경리부장이 주도하여 직불하고 그에 따라 관련서류(영수증 등)을 회수하여 갔다. 그 때 이○일은 원고에게 ○○산업개발 명의의 공급대가 금 250,000,000원(공급가액은 금 227,272,728원) 상당의 세금계산서를 작성해 주었으나, 그 후 다시 공급대가 금 231,970,380원(공급가액은 210,882,000원) 상당의 세금계산서(이하, ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 작성해 주었고, 원고는 2002년 1기분 부가가치세 신고 당시 위 금 231,9701,380원 상당의 세금계산서를 제출하였다.
(7) 그후 원고는 ○○산업개발이 위 하천정화사업공사를 포기하자 ○○산업개발과의 공사계약을 해지하고, 2002. 4. 17.경 윤○○과의 사이에 미시공부분에 관한 공사를 진행하기로 하는 내용의 계약을 체결하였으나, 2002. 4. 말경 공사지체를 이유로 윤○○과의 위 약정 또한 해지한 후 이 사건 공사를 직접 시공하여 2002. 6. 14. 준공하였다.
(8) 2002. 6. 하순경 이○일은 원고 회사 사무실을 방문하여 기성고에 따라 위 각 공사의 공사비를 정산할 것과 ○○산업개발 명의로 작성된 위 세금계산서를 반납할 것을 요구하였고, 2002. 7. 6., 같은 달 10., 같은 달11., 같은 달16. 등 4차례에 걸쳐 공사비 정산을 요구하는 내용증명우편을 보냈으나, 원고의 수취거부로 모두 반송되었다.
(9) ○○산업개발은 2002. 1. 14. 개업하여 2002. 12. 31. 직권폐업조치되었는데, 위 기간 중 ○○산업개발은 이 사건 세금계산서 외에 다른 세금계산서를 발행하지 않았고, ○○산업개발이 2002. 4. 16. 원고와 새로 하도급계약을 체결하면서 작성한 하도급공사내역서에는 도급예정액 금 516,560,000원 중에서 재료비로 금 254,510,491원(순공사 재료비 금 94,689,731원, 사급자재대금 159,820,760원)이 책정되어 있었으나, ○○산업개발의 2002사업연도 법인세신고내용에는 공사수입금 227,272,728원 중 재료비는 전혀 포함되어 있지 않고 노무비(일용급여)로 신고되었다.
(10) 피고는 다음과 같은 과정을 거쳐 2005. 7. 1. 원고에 대하여 2002사업연도 법인세 금 112,783,350원(가산세 포함)과 2002년 1기분 부가가치세 금 38,401,640원을 각 부과하였다(이하, 각 ‘2002사업연도 법인세 부과처분’, ‘2002년 1기분 부가가치세 부과처분’이라 한다).
① 피고는, 원고가 2001. 10. 23. ○○건설과의 사이에 이 사건 공사와 관련하여 하도급계약을 체결하고, ○○건설에 선급금으로 2001. 12. 24. 금 111,700,000원, 2002. 3. 28. 금 10,635,000원 합계 금 122,335,000원(공급대가)을 지급하였으나, ○○건설이 공사를 이행하지 아니하여 2002. 4.경 위 계약이 해지되었으므로, 원고가 ○○건설에 대하여 위 선급금에 대한 반환채권을 가지고 있다고 보아 위 선급금의 공급가액 금 111,213,636원을 2002사업연도에 익금산압하여 유보처분하였다.
② 피고는, 원고가 ○○산업개발의 공사비 명목으로 외주비에 계상한 금 210,882,164원을 허위의 가공거래에 의한 것으로 보아 이를 손금불산입하고, 위 공사용역공급을 그 내용으로 하는 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하지 아니하였으며, 원고가 2002. 4. 12. ○○건설의 하수급인들에게 직접 지급한 공사대금 207,663,380원중 원고가 ○○건설의 하수급인들로부터 매입세금계산서를 직접 수취하여 공사원가로 손금산입한 금 35,466,000원을 차감한 금 172,197,380원(2001사업연도귀속 금 83,851,000원, 2002사업연도 귀속 금 88,366,380원)을 손금추인하고 유보처분 하였다.
(1) 원고는 ○○군으로부터 수급한 ‘○○군 ○○지구 지표수보강개발사업’공사 중 철근콘크리트공사(이하, ‘○○지구 철근콘크리트공사’라 하다)와 관련하여 주식회사○○기초건설(이하, ‘○○기초건설’이라 한다)과의 사이에 계약금액 금 254,430,000원, 계약기간을 2003. 9. 8.부터 2004. 12. 27.까지로 정하여 하도급계약을 체결하였다(이후, 계약금액은 금 276,725,000원, 계약기간은 2004. 10. 27.으로 변경되었다).
(2) 원고는 ○○군청에 2004. 4. 23.을 실지준공일로 하여 준공검사원을 제출하였고, 2004. 5. 6. ○○군청측의 준공검사결과 준공확인을 받은 후 ○○기초건설에 위 공사계약에 따른 공사대금을 지급하고 ○○기초건설로부터 이 사건 공사와 관련하여 매입세금계산서 3장(2004. 9. 2.자 공급가액 58,390,000원 상당, 같은 일자 공급가액 10,266,364원 상당, 2004. 11. 5.자 공급가액 103,571,845원 상당, 이하, ‘○○기초건설 세금계산서’라 한다)을 교부받아 그 매입세액을 공제하여 2004년 2기 부가가치세 신고를 하였다.
(3) 그런데 피고는, 위 각 세금계산서에 기재된 용역공급시기(각 2004. 9. 2.과 2004. 11. 5.이다)가 아닌 위 공사의 준공검사일인 2004. 4. 23.을 이 사건 공사용역의 공급시기로 보아 위 각 세금계산서에 기재된 용역공급시기가 사실과 다르다고 판단하여 위 각 해당 매입세액을 공제하지 아니하고, 2005. 7. 1. 원고에 대하여 2004년 2기분 부가가치세(가산금 포함) 금 21,667,900원을 부과․고지하였다(이하, ‘2004년 2기분 부가가치세 부과처분’이라 한다).
(1) 원고는 2005. 7. 12. 이 사건 각 처분에 불복하여 ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 이에 대하여 ○○지방국세청장은 금 30,326,000원을 추가로 손금산입하여 2002사업연도 법인세 금 10,310,030원을 감액하는 내용의 결정을 하였다(따라서, 2005. 7. 1.자 2002사업연도 법인세 부과처분 중 금 102,473,320원에 해당하는 부분이 잔존하고 있다).
(2) 원고는 2006. 7. 22 이 사건 각 처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2006. 11. 9. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는사실, 갑 제4호증의 10, 11, 12, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 2002사업연도 법인세 부과처분 및 2002년 제1기분 부가가치세 부과처분 취소청구에 대한 판단
(1) ○○건설은 원고로부터 지급받은 선급금을 모두 하천정화사업공사에 투입하여, 원고가 ○○건설에 대한 선급금반환채권을 가지고 있지 아니하므로, 피고의 2002사업연도 법인세 부과처분 중 원고가 ○○건설에 대한 선급금반환채권을 가지고 있음을 전제로 한 부분은 위법하다.
(2) ○○산업개발은 이 사건 세금계산서 상당의 공사를 실제로 하였고, 원고가 이에 대한 공사대금을 지급한 것 또한 사실이므로, 원고가 위 공사대금 상당액을 손금산입하고, 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제한 것은 정당한데도, 이와 달리 이 사건 세금계산서를 허위의 가공거래에 의한 것으로 보고 위 공사대금을 손금으로 산입하지 아니하고, 매입세액을 불공제한 결과 산정된 2002사업연도 법인세 부과처분과 2002년 1기분 부가가치세 부과처분은 위법하다.
(1) 이 사건 하도급공사와 관련된 고소사건의 진행경과 (가) 원고는 2002. 6. 7. 광주지방검찰청에 ‘원고가 ○○건설의 대표이사인 이○길에게 지급한 이 사건 선급금을 공사비로 사용하지 않고 이를 횡령하였다’는 등의 범죄사실로 이○길, 이○일, 윤○○(이하, ‘이○길’등이라 한다)을 고소하였다.(나) 이○길은 2002. 8. 3. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 ‘○○건설이 원고로부터 비슷한 시기에 ○○사지공사와 하천정화사업공사를 하도급받았는데, 원고로부터 하천정화사업공사에 대한 선급금만을 지급받아 위 선급금으로 위 2곳의 공사를 함께 진행하였고, ○○사지 공사에 대하여는 ○○건설이 원고에게 미지불 인건비, 장비대금, 추가공사비 등을 손해배상 하여야 하나, 하천정화사업공사에 대하여는 오히려 ○○건설이 원고로부터 2002. 4. 15.까지의 공사비중 미지급액을 더 받아야 할 입장에 놓이게 되어 이를 상호 정산하여야 한다. 하천정화사업공사와 관련하여서는 최초 입금된 선급금과 ○○건설, ○○산업개발 명의로 입금된 기성금을 합산하여 약 금 450,000,000원 가량을 지급받았다’고 진술하였다. (다) 이○일은 2002. 8. 3. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 ‘이○일은 2001. 12. 6.부터 2002. 4. 12.까지 25회에 걸쳐 ○○사지 및 하천정화사업공사의 현장책임자였던 윤○○에게 금 214,320,000원을 지급하였고, 자재 및 장비대금, 인건비 등 현장경비의 집행내역은 윤○○만이 알고 있다.’고 진술하였고, 위 피의자신문당시 제출한 진술서에 ‘원고가 2002. 4. 12. 이 사건 하도급 공사현장의 미지급 노무비, 장비대금 등에 관한 민원을 해결하기 위하여 ○○산업개발 명의의 은행계좌에 위 미지급 노무비 등의 상당액을 입금한 후 ○○산업개발로부터 위 금원에 대한 은행출금전표를 교부받아 이를 이용하여 위 금원을 전액 출금한 다음 이○일, 윤○○ 등이 입회한 가운데 원고 회사 소속 경리부장 등이 주도하여 위 공사현장(○○사지공사 포함)의 하수급인 등에게 직접 노무비 등을 지급하고 영수증 등을 회수하여 갔으며, ○○산업개발 발행의 금 250,000,000원(부가가치세 포함) 상당의 세금계산서를 수취했다’고 기재되어 있다. (라) 이○일은 2002. 8. 9. 윤○○을 ‘이○일이 윤○○에게 위 2곳의 공사비 금 214,320,000원을 전달하였으나 윤○○이 위 금원을 공사비로 사용하지 않고 착복하였다’는 취지로 고소하였다. (마) 윤○○은 2002. 8. 19. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 ‘○○건설이 원고로부터 위 ○○사지 및 하천정화사업공사를 합계 금 1,400,000,000원에 도급받았고, 이○일은 원고로부터 위 금원의 70%(하도급률) 정도에 해당하는 금 980,000,000원 가량을 지급받아야 하고, 윤○○은 이 사건 하도급 공사를 진행하기 위해서는 공사비용으로 금 660,000,000원 정도가 필요했는데, 윤○○이 지급받은 공사비는 이○일로부터 23차례에 걸쳐 받은 합계 금 194,320,000원과 원고가 노무비로 직불한 금 250,000,000원 총합계 금 450,000,000원 정도에 불과하므로, 윤○○이 금 210,000,000원 가량을 더 받아야 하는 입장이다. 윤○○은 하천정화사업공사를 공정율 76%까지 진행하였고, 공사비를 지급받지 못하여 임금 및 장비대금을 완불하지 못하였으며, 이 사건 하도급공사를 마무리 하지 못했다’고 진술하였다. (바) 2002. 9. 18. ○○동부경찰서에서 피의자신문당시 원고 회사의 대표이사였던 이○칠, 윤○○은 다음과 같이 진술하였다.
① 이○칠 원고는 ○○건설에게, 2001. 12. 24. 하천정화사업공사 선급금명목으로 금 114,700,000원 가량을 지급하였고, 2002. 2. 9. ○○사지공사 기성금으로 금 93,120,000원을 지급하였으며, 2002. 3. 19. 준공금 명목으로 금 26,000,000원을 지급하였고, 2002. 3. 28. 하천정화사업공사에 관하여 금 18,750,000원을 내려주었으며, 2002. 4. 12. ○○사지와 하천정화사 직접 금 207,663,380원을 지급하여 ○○건설과 ○○산업개발에 합계 약 금 460,233,380원을 지급하였다.
② 윤○○ 윤○○은 이○일로부터 금 219,000,000원을 지급받았다고 주장하며 182쪽에 달하는 영수증 및 공사비 내역서를 제출하였다 (사) 광주지방검찰청은 2003. 5. 9. ‘이○길이 원고로부터 지급받은 이 사건 선급금은 이○길의 소유에 속하고 원고를 위하여 보관하는 지위에 있지 아니하므로 이를 다른 용도에 사용하였다 하더라도 횡령죄는 성립하지 아니하고, 채무불이행에 불과하다’라는 이유로 이○길 등에 대하여 불기소(무혐의)처분을 하였고, 원고가 이에 대하여 불복하여 항고를 하였으나 ○○고등검찰청은 2002. 12. 2. 항고를, 대검찰청은 2003. 5. 9. 재항고를 각 기각하였다.
(2) 이 사건 하도급공사와 관련된 민사소송사건의 진행경과 (가) 원고는 2004. 11. 26. 김○○(○○건설의 현장소장)를 상대로 ‘○○건설이 이 사건 공사를 진행하던 중 자금난에 봉착하자 원고로부터 금 138,690,000원을 차용하였고, 원고는 위 금원을 대여할 당시 지급을 담보하기 위하여 ○○건설로부터 위 금원 상당액의 약속어음을 교부받았는데 위 김○○가 위 금원의 채무를 보증하겠다는 의미로 위 약속어음에 기명날인하였다’고 주장하면서 대여금반환청구의 소(○○지방법원 2004가합11935호, 이하, ‘이 사건 민사소송’이라 한다)를 제기하였다. (나) 이에 대하여 김○○는, ‘원고가 ○○건설에 선급금 138,690,000원을 지급하면서 이 사건 공사의 시공을 중단하는 등의 사유로 인하여 ○○건설이 원고에게 선급금을 반환하여야 할 상황이 발생할 경우의 선급금 반환채권을 담보하기 위하여 ○○건설로부터 액면금 138,690,000원 상당의 약속어음을 교부받았고, 원고의 요구에 따라 이 사건 공사의 책임자인 김○○가 위 약속어음금의 지급을 연대보증하는 의미로 위 약속어음에 배서를 한 것이고, 이 사건 공사의 발주처인 ○○군이 2002. 4.경 기성검사를 실시한 결과 그때까지의 이 사건 공사의 공정율은 60%임을 확인하였으며, 원고에게 위 공정율에 따라 1차 기성금 812,620,000원 중 선급금으로 이미 지급한 금 201,000,000원을 공제한 나머지 금 611,620,000원을 지급하였다. 원고는 위와 같이 ○○군으로부터 공사대금 611,620,000원을 지급받았으므로 ○○건설에게 하도급계약에 따라 위 금액의 69%에 상당한 금액을 지급하여야 함에도 불구하고 정당한 이유 없이 이를 지급하지 아니하였고, 그로 인하여 이 사건 공사현장의 노임 및 자재대금체불 등의 문제가 발생하여 더 이상 이 사건 공사를 계속할 수 없게 되자, ○○건설이 2002. 4.경 이 사건 공사의 시공을 중단하였다. 따라서, 위와 같이 ○○건설, 이○일, 윤○○이 위 선급금을 이 사건 공사비로 사용하였으므로 ○○건설의 원고에 대한 선급금반환채무 및 김○○의 보증채무가 소멸하였다.’라고 항변하였다. (다) 이 사건 민사소송계속중 ○○군수는 ‘2002. 3. 30. 기성검사 당시 하천정화사업 공사현장의 기성율이 60%에 이르러 2002. 4. 12. 원고에게 1차 기성금 611,626,000원을 지급하였다’는 취지의 사실조회에 대한 회신을 하였다. (라) 원고는 2005. 10. 14. 원고와 피고 사이에 합의가 이루어졌다면서 위 소를 취하하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 11, 16호증, 갑 제2호증의 1 내지 24, 갑 제3호증의 1내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지
(1) 이 사건 선급금 반환채권의 존재여부에 대한 판단 살피건대, 앞서 인정한 바와 같이, ○○건설이 원고로부터 수급한 하천정화사업공사를 2001. 10. 31.부터 2002. 4.경까지 진행하였는데, ○○건설은 하천정화사업공사현장의 책임자인 윤○○에게 2001. 12. 6.부터 2002. 4. 12.까지 합계 금 214,320,000원을 지급하였고, 장성군이 2002. 3. 30.자 기성고검사에서 위 공사의 기성고가 60%임을 확인한 후 그에 따른 기성금을 지급한 점(○○건설이 하천정화사업공사 전체를 시공하였는지 그 중 토공사 및 철근콘크리트공사만을 시공하였는지 여부는 불분명하나, ○○건설이 위 공사 중 일부분만을 시공하였다 하더라도 철근콘크리트공사, 토공사는 토목공사의 기초가 되는 점에서 철근콘크리트공사, 토공사 또한 최소한 60% 정도의 기성고를 보였으리라 추정된다), 위 공사현장의 책임자였던 윤○○이 경찰피의자신문당시 위 공사를 이어받아 2002. 4. 17.부터 같은 달 하순경까지 공사를 진행하였는데, 공정율이 76%에 이르렀다고 진술한 점, ○○건설의 대표이사 이○길이 원고가 위 공사와 관련하여 무리한 요구를 한다는 이유로 공사대금의 증액을 내용으로 하는 변경계약의 체결을 거절하였으나, 그의 동생인 이○일이 당시 투입된 공사비가 원래 계약금액을 초과하였다고 판단하고 위 증가된 공사비를 지급받기 위하여 ○○산업개발을 설립하여 다시 계약을 체결하기까지 한 점, 이○일이 원고 사무실을 방문하거나, 4차례에 걸쳐 내용증명우편을 발송하여 기성고에 따라 ○○사지 및 하천정화사업공사의 공사비를 정산할 것을 요구한 점, 이○길이 경찰피의자신문당시 ‘○○사지 공사에 대하여는 ○○건설이 원고에게 미지불 노무비 등을 지급하여야 하나, 하천정화사업공사에 대하여는 오히려 ○○건설이 원고로부터 미지급액을 지급받아야 한다고 주장한 점’, 이○일이 윤○○현을 이 사건 선급금과 관련된 하도급공사비용 중 일부를 횡령하였다고 고소한 사건의 수사과정에서 윤○○이 이○일로부터 지급받은 금원을 공사비용으로 사용하였다는 사실을 입증하기 위하여 영수증 등의 관련자료를 제출하였는데, 담당 경찰관이 수사결과를 보고할 당시 옥천사지 및 하천정화사업공사의 자료들이 혼재해 있고, 건설공사의 특성상 위 자료들을 명백히 구분하기 어려워 보인다는 의견을 제시한 점, 원고가 ○○건설의 현장소장이었던 김○○를 상대로 제기한 민사소송에서 처음에는 어음금의 보증채무를 이행할 것을 청구원인으로 하였다가, 소송진행 과정에서 김○○가 관련증거들을 제시하며 김○○가 어음에 배서한 것은 선급금을 하천정화사업공사에 투입하지 않는 경우를 담보하기 위한 것이었다고 항변하자, 그때서야 청구원인의 내용을 선급금 반환 채무의 이행으로 변경하였으나, 설득력 있는 증거들을 제시하지 못한 점, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세요건의 존재에 대한 입증책임이 처분청에 있는 점 등을 종합하면, ○○건설이 이 사건 선급금을 공사현장에 투입하여 공사비로 사용하였다고 봄이 상당하다. 따라서, 원고는 이 사건 선급금과 관련하여 어떠한 채권도 가지고 있지 아니하므로, 2002사업연도 법인세 부과처분 중 원고에게 ○○건설에 대한 선급금반환채권이 있음을 전제로 익금산입하여 이루어진 부분은 위법하다.
(2) ○○산업개발이 이 사건 세금계산서 공급가액 상당의 공사를 실제로 진행하였는지 여부에 대한 판단 살피건대, 앞서 인정한 바와 같이, 이○일이 2002. 3. 23. 관련면허를 양수하고 ○○산업개발의 대표이사에 취임한 후 2002. 4.경 ○○건설이 이 사건 하도급 공사를 포기한 이후부터 위 공사를 이어받아 진행하였으나, 2002. 4. 17.경 위 공사계약을 해지하여 이 사건 세금계산서의 공급가액인 금 231,97,380원 상당의 공사를 진행하기에는 그 기간이 너무 짧은 점(원고는 ○○산업개발의 대표이사인 이○일이 ○○건설의 직원으로 재직하던 2002. 1.경부터 실질적으로 이 사건 하도급공사를 진행하여 왔으므로, 사실상 ○○산업개발이 위 공사를 2002. 1.경부터 시공한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이○일이 ○○건설의 직원으로 재직하였던 기간에 진행한 공사는 그 시공자를 ○○건설이라고 보아야 할 것이지 아직 설립되지도 아니하였던 ○○산업개발이 위 공사를 시공하였다고 볼 수는 없다 할 것이다), ○○산업개발의 존속기간(2002. 1. 14.부터 같은 해 12. 31.까지) ○○산업개발이 발행한 세금계산서로는 이 사건 세금계산서가 유일하고, ○○산업개발이 2002. 4. 16. 원고와 하도급계약을 체결할 무렵 작성한 하도급공사내역서에는 도급금액 금 516,560,000원 중 재료비로 금 254,510,491원이 책정되어 있었으나, ○○산업개발의 2002 사업연도 법인세신고내역에는 공사수입금 227,272,728원 증 재료비가 전혀 포함되어 있지 않고, 전액 노무비에 해당하는 것으로 나와 있는 점, 이○길이 고소사건의 경찰피의자신문당시 ‘○○건설은 하천정화사업공사와 관련하여 선급금 201,000,000원과 ○○건설, ○○산업개발 명의로 입금된 기성금을 합산하여 약 금 450,000,000원 가량을 지급받았다고 진술한 점 등에 비추어 공급가액 금 210,882,163원 상당의 이 사건 세금계산서는 원고가 2002. 4. 15. 이 사건 하도급공사 현장의 노무비, 자재대금으로 직접 금 207,663,380원에 대한 것으로 보이는 점(원고는 원래 공급대가 금 250,000,000원 상당의 세금계산서를 ○○산업개발로부터 교부받았었으나, 2002년 제1기분 부가가치세 신고 당시 이를 제출하지 않고, 대신 이 사건 세금계산서를 제출하였다)등을 종합하면, ○○산업개발이 이 사건 세금계산서 공급가액 상당의 공사를 시행하지 아니하였고, 이 사건 세금계산서는 허위의 가공거래에 의한 것이라고 봄이 상당하므로, 2002년 1기분 부가가치세 및 2002사업연도 법인세 부과처분 중 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 공제하지 아니하고, 손금에 산입하지 아니한 부분은 적법하다 할 것이다.
3. 2004년 2기분 부가가치세 부가처분 취소청구에 대한 판단
이 사건 2002사업연도의 법인세 부과처분 중 원고가 ○○건설에 대하여 선급금반환채권을 가지고 있다고 보아 금 111,213,636원을 익금산입하여 산정된 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것인바, 그에 따라 정당한 법인세액을 계산해 보면, 2002사업연도 법인세는 별지 2002사업연도 법인세 산출내역 기재와 같이 금 61,961,508원이 된다.
그렇다면, 이 사건 원고의 청구는 2002사업연도 법인세 금 102,473,323원의 부과처분 중 금 61,961,508원을 초과하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.