구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호는 취득한 후 3년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이에서 정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 법인의 비업무용부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입요건으로 하고 있는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상. 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것임
【원심판결】 광주지방법원 1999. 10. 14. 선고 98구2545 판결 【주 문】
1. 원심판결 중 다음에서 인용하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.피고가 1998. 3. 2. 원고에 대하여 한 1994년 귀속 법인세 금 126,026,635원 및 농어촌특별세 금 4,695,693원, 1995년 귀속 법인세 금 59,283,271원 및 농어촌특별세 금 3,111,826원의 부과처분 을 각 취소한다.2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.3. 소송비용은 1, 2심을 합하여 이를 5분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이 유】
다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제3, 4호증의 각 1, 2, 갑 제5호증의 1 내지 5, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 6, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제11호증의 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13 내지 16호증의 각 1, 2, 갑 제17호증, 갑 제18 내지 20호증의 각 1, 2, 을 제1 내지 13호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.
(1) 관계 법령 별지 1의 기재와 같다.
(2) 비업무용 부동산인지에 대한 판단 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호 에 의하면 이 사건 토지와 같은 공장용 부지의 경우 취득후 2년이 경과하도록 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하면 비업무용 부동산으로 본다고 규정하고 있는바, 앞서 본 사실에 의하면 쟁점 토지는 원고가 이를 취득한 1993. 8. 20.부터 2년이 경과하도록 원고의 업무에 직접 사용되지 아니하다가 ㅇㅇ시에 반환된 사실을 인정할 수 있으므로, 결국 쟁점 토지는 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호 소정의 비업무용 부동산이라 할 것이다.
(3) 원고의 주장에 대하여 (가) 원고는 ① ㅇㅇ시와의 사이에 쟁점토지에 관한 위 매매계약을 해제하기로 합의하고 위 합의에 따른 원상회복으로써 ㅇㅇ시에게 쟁점토지를 반환하였으므로 원고는 당초부터 쟁점토지를 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라, ② 가사 원고가 쟁점토지를 취득하여 보유한 것으로 보더라도 이 사건 토지 위에 2차례에 걸쳐 공장건물을 신축함으로써 쟁점토지를 원고의 업무에 직접 사용하였고, ③ 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호 가 1995. 5. 30. 재무부령 제492호로 개정되어 취득한 후 3년이 경과하도록 당해 법인의 업무에 사용하지 아니한 공장부지만을 비업무용 부동산으로 보게 되었는바, 원고는 쟁점토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 ㅇㅇ시와 쟁점 토지에 관한 매매계약을 합의 해제하여 이를 반환하였으며, ④ 이 사건 토지는 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 제재 등 각종 규제가 심한 산업단지내 토지로서 원고가 처음부터 부동산 투기의 목적으로 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라 위 공업단지 분양실적 저조로 인하여 고심하고 있던 ㅇㅇ시의 권유에 따라 이 사건 토지를 분양받았다가 당시의 경제상황 및 원고의 경영여건 등에 비추어 너무 과다한 토지를 분양받은 것으로 판명되어 그 유예기간인 3년 이내에 ㅇㅇ시와의 합의에 따라 쟁점토지를 반환한 것이므로 원고의 업무에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로, 쟁점토지는 비업무용 부동산에 해당하지 아니한다고 주장한다. (나) 먼저, 원고의 ① 주장에 대하여 보건대, 위 법인세법 제18조 의 3 규정은 타인자본에 의존한 무리한 기업확장을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 비업무용 부동산의 취득과 보유를 모두 금한 것이므로, 원고가 쟁점 토지에 관하여 ㅇㅇ시로부터 토지사용승낙을 받고 1993. 8. 20. 그 명의로 소유권이전등기를 경료하여 쟁점토지를 실질적으로 사용수익할 수 있었던 이상, 그 후 원고가 그 후 ㅇㅇ시와 쟁점토지에 관한 매매계약을 합의 해제하여 이를 ㅇㅇ시에 반환하였다고 하더라도, 원고가 위 1993. 8. 20.경부터 위 반환시까지는 쟁점토지를 취득, 보유하고 있었던 것으로 보아야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. (다) 다음으로 원고의 ② 주장에 대하여 보건대, 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 에 의하면 공장용 건축물에 직접 사용되는 부속토지로서 지방세법시행령 제84조 의 4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 토지를 비업무용 부동산으로 규정하고 있는바, 구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 14063호로 개정되기 전의 것) 제84조의 4 제3항 제6호, 구 지방세법시행규칙(1993. 12. 31. 내무부령 제602호로 개정되기 전의 것) 제46조의 5 및 별표 4에 의하면 원고가 이 사건 토지 중 쟁점외 토지 부분에 건축한 제1차 공장건물의 공장입지기준면적은 별지 2 계산과 같이 27,671.94㎡이고, 따라서 이 사건 토지 중 38,444.76㎡(66,116.7㎡-27,671.94㎡)는 위 기준면적을 초과하여 비업무용 부동산이 된다 할 것인데, 쟁점 토지는 이 사건 토지 중 위 기준면적 초과부분에 포함되므로, 원고가 이 사건 토지 중 쟁점외 토지부분에 제1차 공장건물을 건축하였다고 하더라도 쟁점 토지는 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 소정의 비업무용 부동산에 해당하여 원고의 업무에 직접 사용되었다고 보기 어렵고, 원고가 1996. 7. 8.경 제2차 공장건물 증축에 착수하여 1997. 2. 19.경 이를 완공하였다고 하더라도 제2차 공장건물은 원고가 쟁점 토지를 ㅇㅇ시에 반환한 이후에 착공한 것임이 명백하여, 제2차 공장건물 면적은 쟁점 토지가 비업무용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 데에 영향을 미치지 못한다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. (라) 원고의 ③ 주장에 대하여 보건대, 원고의 주장과 같이 개정된 구 법인세법시행규칙의 부칙 제1조 본문은 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다고 하면서, 위 부칙 제2조 단서는 제18조의 개정 규정은 이 규칙 시행후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 1993년 귀속 법인세에 대하여는 적용이 없으므로, 개정된 위 법인세법시행규칙이 1993년 귀속 법인세에 관하여 적용됨을 전제로 한 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다. (마) 원고의 ④ 주장에 대하여 보건대, 1993 사업연도에 적용되는 구 법인세법시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호 및 같은 조 제7항에 의하면 법인의 업무에 직접 사용하지 않는 토지는 기본적으로 비업무용 부동산으로 보되, 다만 일정한 유예기간을 두어 그 기간 내에 업무용으로 사용하면 취득시부터 업무용부동산으로 보고, 그 기간 내에 업무용으로 사용하지 않으면 '정당한 사유의 유무와 관계없이' 취득시부터 비업무용 부동산으로 취급하겠다는 취지이므로, 법인의 업무에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 비업무용 부동산이 되지 아니함을 전제로 한 원고의 위 주장 역시 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다.
(4) 정당한 세액 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 볼 때 1993 사업연도 차입금의 지급이자 중 손금불산입 금액 및 그에 따른 법인세액은 별지 3의 기재와 같다. [증거관계] 다툼 없는 사실, 을 제2호증, 을 제5호증, 을 제7호증, 을 제10호증, 을 제11호증, 을 제13호증의 각 기재 및 변론의 전취지
(1) 관계 법령 별지 1의 기재와 같다.
(2) 당사자의 주장 피고는 위 처분사유와 관계법령 등을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 쟁점 토지를 원고의 업무에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있으므로 피고의 이 사건 처분 중 1994년 및 1995년 귀속 각 법인세 및 농어촌특별세에 대한 부분은 위법하다고 다툰다.
(3) 판단 1994 사업연도에 적용될 구 법인세법시행규칙(1995. 5. 30. 재무부령 제492호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호는 취득한 후 2년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 '정당한 사유없이' 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 공장용 부지를, 1995 사업연도에 적용될 구 법인세법시행규칙(1996. 3. 21. 총리령 제557호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호는 취득한 후 3년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 '정당한 사유없이' 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 공장용 부지를 지급이자의 손금불산입 대상이 되는 비업무용 부동산의 하나로 각 규정하여, 종전과는 달리 법인의 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 유예기간이 경과하더라도 위 제18조 제3항 제1호 소정의 비업무용 부동산에 해당되지 아니하는 것으로 하고 있는바, 여기서의 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 법인의 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금 불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고, 특히 업무추진과정에서 사소한 절차상의 하자가 있더라도 그 과정을 전체적으로 관찰하여 보면 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다.(대법원 1999. 3. 9. 선고 97누829 판결 참조) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 6, 갑 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1994. 12. 8.경 ㅇㅇ시에 '현재 제1차 공장건설을 추진하고 있고, 앞으로 제2차 공장건설을 계획하고 있는데, 91년 하반기부터의 국내외 경기침체로 인한 경제여건 악화 등을 고려한 결과 이 사건 토지 중 10,000평을 반환하고자 한다'는 내용의 일부 토지 반환요청을 하였으나, 같은 해 12. 14. ㅇㅇ시로부터 거절당하고, 다시 원고가 1995. 5. 6.경 반환할 토지의 면적을 일부 감축하여 9,000평의 토지에 대한 반환요청을 하자, ㅇㅇ시는 같은 해 5. 9. 원고의 위 요청을 승인하되 반환할 토지면적에 상응하는 계약금 등은 ㅇㅇ시에 귀속된다는 내용의 회신을 한 사실, 원고는 같은 해 5. 31. 반환할 토지의 면적을 7,500평으로 감축하고, 그 토지 면적에 해당하는 매매대금 전액의 반환을 구하는 내용의 통지를 하고, 이에 광주광역시는 같은 해 7. 21. 이 사건 토지 중 7,500평에 대한 반환을 승낙하면서 위 토지에 해당하는 계약금을 제외한 나머지 대금만을 돌려주겠으니 지적분할신청하고 도면을 첨부하여 그 돈을 찾아가라는 취지의 회신을 한 사실, 원고는 1995. 7. 25.경 7,500평에 대한 토지분할신청을 하여 그 후 쟁점토지가 분할되고 1995. 9. 14. 그에 관한 분할등기가 경료된 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없으며, 그 후 1998. 9. 21. 쟁점토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 말소된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위 인정사실을 종합하면 원고와 ㅇㅇ시는 늦어도 1995. 7. 말경 쟁점토지에 대한 매매계약을 해제하기로 하는 합의(적어도 구체적인 경계 특정만을 제외한 나머지 사항에 대한 합의)가 이루어졌다고 봄이 상당하고, 갑 제1호증, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 6, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10, 12, 17호증, 갑 제11, 13 내지 16, 18 내지 20호증의 각 1, 2의 각 기재, 당심 증인 박ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 ㅇㅇ시는 자신이 조성하여 분양하던 ㅇㅇ공단 공장용지의 분양율이 저조하자 지역 업체인 원고에게 공장용지 분양을 권유한 사실, 원고가 분양 받은 이 사건 토지는 원고 회사의 사업 규모 등에 비추어 볼 때 다소 넓은 면적이었던 사실, 이 사건 토지 매매계약서에는 사용용도를 공장건설 용지로 특정하고, 원고가 그 용도 이외의 목적으로 이 사건 토지를 사용하면 ㅇㅇ시가 해제권이나 환매권을 행사할 수 있도록 한 사실, 이에 따라 이 사건 토지에 관하여 ㅇㅇ시를 환매권자로 하는 환매등기까지 경료된 사실, 원고는 쟁점 토지에 관한 매매계약을 해제함으로써 계약금 180,000,000원을 광주광역시에 몰취당하고 나머지 토지 대금만을 반환받은 사실 등을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 위 각 인정사실 및 원고가 처음부터 이 사건 토지를 부동산 투기의 목적으로 취득한 것으로는 보이지 아니하는 점, 원고는 이 사건 토지상에 2차에 걸쳐 공장 건물을 건축하는 등 이 사건 토지를 원고의 업무에 사용하기 위하여 상당한 노력을 다하였다고 보이는 점, 원고가 쟁점토지를 제2공장건물 증축공사 착공 이후에 반환하였더라면 제1, 2공장건물 면적을 합산하여 공장입지기준면적을 산정되게 되므로 쟁점토지의 상당부분이 비업무용 부동산에서 제외될 수 있었던 점, 1995. 7. 말경 이미 ㅇㅇ시와 이 사건 토지 중 7,500평(토지 분할을 통하여 쟁점 토지로 구체적으로 확정됨)을 반환함에 합의한 원고에게 쟁점 토지를 원고의 업무에 계속 사용하도록 하고, 그렇지 아니할 경우 불이익을 가하는 것이 부당하다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고는 ㅇㅇ시로부터 이 사건 토지 중 일부의 반환을 최초로 승낙받은 1995. 5.부터 또는 늦어도 ㅇㅇ시와 쟁점토지에 관한 매매계약을 합의 해제한 1995. 7. 말경부터는 쟁점 토지를 원고의 업무에 사용할 법인세법상의 의무가 소멸하였다고 봄이 상당하고, 결국 쟁점 토지를 원고의 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이므로(대법원 1991. 1. 11. 선고 90누6668 판결, 대법원 1990. 6. 26. 선고 90누2963 판결 참조), 쟁점토지가 비업무용 부동산임을 전제로 하여 1994년 및 1995년 귀속 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 것은 모두 위법하다고 할 것이다.
그렇다면 이 사건 처분 중 1994년 및 1995년 귀속 각 법인세 및 농어촌특별세에 대한 부분은 위법하므로 이를 각 취소하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로 원심 판결 중 위 인용부분에 해당하는 부분을 취소하여 이 사건 처분 중 위 인용부분에 해당하는 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.