이 사건 분양권매매계약과 법인인수계약은 계약당사자 및 계약목적물이 상이하므로, 연속된 하나의 계약으로 볼 수 없음

사건 광주고등법원 2024누12534 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 AAA 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심판결 광주지방법원 2024. 9. 26. 선고 2023구합14152 판결 변론종결

2025. 4. 3. 판결선고

2025. 5. 29.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 20××. ×. ××. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다.

• 가. 관련 법리

1. 처분문서는 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 법원은 그 기재 내용을 부인할만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없으면 처분문서에 기재된 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 한다(대법원 2021. 3. 11. 선고 2020다253430 판결 등 참조). 진정성립이 인정된 처분문서의 증명력을 배척하기 위해서는, 이에 대한 반증이 있거나 그 문서에 기재된 내용이 객관적 진실에 반하는 것으로 볼 만한 합리적 이유가 있어야 한다(대법원 1994. 2. 8. 선고 93다57117 판결 등 참조).

2. 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 과세관청으로서는 양도소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 증명하여야 한다(대법원 2020. 4. 9. 선고 2018두57490 판결, 대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두11234 판결 등 참조).

• 나. 당사자들의 주장 및 판단

1. 당사자들의 주장 및 이 사건의 쟁점 이 사건 양도소득세 과세처분의 대상으로, 피고는 이 사건 토지(분양권)의 실질 소유자들인 원고 등이 2011. 9. 30. BBB(甲건설)에게 위 토지(분양권)를 48억 800만 원에 양도하기로 약정한 후 2011. 11. 1. 甲건설 명의로 소유권이전등기절차를 마쳤다는 것을 처분사유로 든 반면, 원고는 원고 등이 甲건설에 21억 원에 양도한 후 甲건설에 이전등기를 하였다고 주장한다. 특히 피고는 ① 이 사건 양해각서에 의하면 이 사건 토지(분양권)를 제공하는 매도인은 甲건설이 아닌 원고 등이고, ② 원고 등이 2011. 11. 1. 甲건설에 소유권이전등기를 마침으로써 BBB에게 이 사건 토지를 제공한 것으로 평가하였는바, 이에 관하여 살피기로 한다.

2. 이 사건 양해각서에 관한 판단 앞서 든 증거들과 갑 제5 내지 7, 9, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실 내지 사정들이 인정된다.

• 가) 인정사실 및 사정

(1) 앞서 기초사실에서 본 바와 같이 이 사건 토지(분양권)에 관한 분양권 명의인은 CCC이나 실질 소유자는 원고 등이다.

(2) 원고 등은 이 사건 양해각서 작성 당일에 주식 100%를 소유하던 乙개발을 설립하였다가 2011. 10. 14. 폐업하였고, 며칠 뒤인 2011. 10. 17. 다시 원고 등이 주식 100%를 소유한 甲건설을 설립하였다(갑 제9호증).

(3) CCC와 BBB 사이에 작성된 2011. 9. 30.자 이 사건 양해각서에 “부동산 제공자 乙개발이 사업시행자 BBB에게 이 사건 토지(분양권)를 48억 800만 원에 매도한다”는 내용이 기재된 사실이 인정되는바, 위 양해각서 본문에 원고 등이 아닌 乙개발이 부동산 제공자이자 매도인인 “갑”으로 기재되어 있다.

(4) 이 사건 양해각서 본문, 제3조, 제4조에는 이 사건 토지의 매매대금 및 대금이행계획을 정하고 제5조, 제6조에는 계약당사자들의 의무를 정하고 있는바, ① BBB은 토지제공자인 법인(작성당시에는 乙개발이라 기재되어 있다)에게 2011. 10. 20. 계약금 5억 원과 중도금 26억 원(이 사건 토지를 담보로 한 대출금)을 지급하고, 잔금 17억 800만 원은 이 사건 사업 분양승인 후 4개월 이내 지급할 것으로 정한 점, ② 이 사건 양해각서에서 정한 매도인의 의무(제5조)에 ‘BBB을 대표이사로 선임할 의무, 이 사건 사업에 관한 모든 권리를 BBB에게 양도 및 명의이전할 이무’를, 매수인의 의무(제6조)에 ‘매도인의 법인세 절감 협조의무’ 등이 포함되어 매도인이 ‘법인’이라는 점을 전제하고 있다.

(5) 비록 이 사건 양해각서의 작성명의인은 “CCC와 BBB”으로 기재되어 있으나, 위 약정 당시 아직 법인이 설립되지 않은 상태여서 이 사건 토지(분양권)의 명의인인 CCC와 BBB 명의의 이 사건 양해각서가 작성된 것으로 보일 뿐이다. 위 작성명의를 두고 향후 설립될 법인(甲건설)이 아닌 원고 등이 직접 BBB에게 부동산을 제공하는 매도인이라고 볼 수 없고, 원고 등이 법인(甲건설)의 100% 주주라는 사정만으로 법인(甲건설)과 원고 등을 동일한 법인격으로 볼 수도 없으며, 위 양해각서에 원고 등이 법인(甲건설)에 위 토지(분양권)를 이전한다는 구체적인 법률관계도 찾아볼 수 없다.

(6) 원고 등과 BBB은 이 사건 양해각서를 작성하면서 “이 사건 사업을 위하여 다음과 같은 계약서 이전의 절차상 약정으로 그 효력은 제4조 대금 이행 계획 중 계약금 납부일부터 효력이 발생한다”고 기재하여 그 약정의 효력 발생 시기를 분명하게 밝혔다. 그런데 BBB은 위 계약금 지급기일인 2011. 10. 20.까지 원고 등 또는 법인에게 위 계약금 5억 원을 지급하지 않았다(이에 대하여 피고는 원고 등이 2011. 11. 1. 甲건설로부터 23억 원을 지급받음으로써 이 사건 양해각서상 계약금과 중도금의 일부를 BBB으로부터 지급받았다는 취지로 주장하나, 뒤에서 보는 바와 같이 이는 BBB이 아니라 甲건설이 이 사건 분양권매매계약에 따라 지급한 것인 점, 당시 甲건설의 주식은 원고 등이 100% 보유하고 있었던 점, 甲건설이 원고 등에게 위 돈을 직접 지급한 것이 아니라 원고 등의 채무를 대신 변제하는 방식에 불과한 점, BBB이 이 사건 양해각서상 계약금 및 중도금을 지급하였다는 사정은 찾아볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, BBB이 이 사건 양해각서에 따른 이행의 제공을 하였다는 피고의 주장은 이유 없다).

• 나) 판 단 위 인정사실 및 사정들에다가 뒤에서 보는 바와 같이 원고 등이 甲건설을 설립한 다음 甲건설에 이 사건 토지(분양권)를 이전한 점, 원고 등이 BBB과 사이에 甲건설의 주식을 양도하기로 하는 법인인수계약을 체결한 점 등을 종합하면, 이 사건 양해각서는 이 사건 토지(분양권)를 원고 등이 BBB에게 직접 이전한다는 내용이 아니라 원고 등이 100% 주주인 법인(약정 당시에는 乙개발)이 BBB에게 이전한다는 내용으로 봄이 상당하므로, 이와 달리 원고 등이 이 사건 양해각서에 따라 BBB에게 이 사건 토지(분양권)를 이전하기로 하는 약정을 하였다는 피고의 주장은 이유 없다. 나아가 위 인정사실 및 사정들에 의하면 BBB이 위 양해각서에서 정한 계약금을 지급하지 않음으로써 이 사건 양해각서에서 정한 약정의 효력이 발생하지 않았다고 봄이 상당하다.

3. 이 사건 분양권매매계약 및 소유권이전등기에 관한 판단

• 가) 인정사실 및 사정 앞서 든 증거들, 갑 제13, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실 내지 사정들이 인정된다.

(1) CCC와 甲건설이 체결한 2011. 10. 26.자 이 사건 분양권매매계약에 따르면, 매도인 CCC가 매수인 甲건설에 이 사건 토지(분양권)를 매매대금 21억 원으로 정하여 이전하기로 하되, 그 특약사항으로 “이 사건 토지 분양권에 대한 한국토지공사 잔금(원금+이자) 및 부대비용을 甲건설이 부담하기로 한다”고 정하였다.

(2) 甲건설은 위 분양권매매계약에 따라 CCC로부터 이 사건 토지(분양권)에 관한 수분양자 지위를 승계하였고, 2011. 11. 1. 이 사건 토지에 관하여 2002. 10. 4.자 이 사건 매매계약을 등기원인으로 하여 이 사건 소유권이전등기를 마쳤다.

(3) 甲건설은 2011. 11. 1. 한국토지공사으로부터 이 사건 토지대금으로 2,451,099,930원(= 원금 2,147,610,000원 + 할부이자 142,895,460원 + 지연손해금 160,594,470원)을 지급하였다는 확인서를 받았고, 그 무렵 합계 23억 원을 대출받은 다음 원고 등의 한국토지공사 및 은행에 대한 채무를 대위변제하는 방식으로 이 사건 분양권매매계약이 정한 매매대금 및 부대비용 명목으로 23억 원을 지급하였다(원고 등이 위 돈을 직접 지급받은 바 없는 것으로 보인다).

(4) 2011년 과세연도에 대하여 2012. 10. 29. 작성된 甲건설의 재무제표(갑제13호증)에 유형자산으로 이 사건 토지 가액은 2,631,113,071원(= 이 사건 분양권매매계약에 따른 대금 21억 원 + 한국토지공사 잔금 392,410,430원 + 재산세 23,512,234원 + 법무비용 137,654,697원 1) 등)으로, 장기차입금은 23억 원으로 각 기재되어 있다.

(5) 이 사건 분양권매매계약 당시 甲건설의 주식을 100% 소유하고 있었던 원고 등이 甲건설에 이 사건 토지(분양권)의 실제 가치를 상회하는 대금으로 전매하여 양도차익을 취할 경제적인 이유가 없고, 이 사건 분양권매매계약서에 기재된 매매대금 21억 원(특약사항에서 정한 금액 포함)과 다른 가액으로 거래하였다거나 이 사건 분양권매매계약서가 양도소득세 부담을 덜기 위해 허위로 작성되었다고 볼 사정도 찾아볼 수 없다.

• 나) 판 단 위 인정사실 및 사정에 의하면, 원고 등과 甲건설은 甲건설이 이 사건 분양권매매계약에 따라 매매대금 21억 원 및 부대비용을 부담하고 원고 등이 甲건설에 위 토지에 관한 수분양자 지위를 이전하기로 약정하였고, 위 약정에 따라 2011. 11. 1. 甲건설 명의로 한 소유권이전등기절차가 이루어졌다고 할 것이다. 이에 대하여 피고는, 甲건설 앞으로 이루어진 소유권이전등기가 2011. 9. 30. 원고 등과 BBB 사이에 체결된 이 사건 양해각서에 따른 것이므로 원고 등이 BBB으로부터 양도대금을 지급받고 BBB에게 양도한 것이라는 취지로 주장한다. 살피건대, 甲건설 앞으로 소유권이전등기가 될 무렵 BBB이 甲건설의 대표이사였던 사정은 앞서 본 바와 같으나, BBB은 2011. 10. 21. 甲건설의 대표이사로 취임하였다가 2011. 12. 13. 곧바로 사임한 점, 뒤에서 보는 바와 같이 BBB이 2012. 2. 24. 체결한 이 사건 법인인수계약에 따라 甲건설의 실질적 지배자인 원고 등에게 법인 인수대금을 모두 지급하여야만 비로소 법인 운영자의 지위에 있게 되는 점 등을 종합하면, 위 소유권이전등기(분양권매매계약) 당시 甲건설의 대표이사가 BBB이었다는 사정만으로 위 분양권매매계약의 당사자를 甲건설이 아닌 BBB으로 볼 수는 없고, BBB과 甲건설은 동일한 법인격이 아닐 뿐만 아니라 당시 甲건설의 주주구성에 비추어 甲건설 앞으로 이루어진 소유권이전을 BBB에게 이전된 것으로 평가할 수도 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

4. 이 사건 법인인수계약에 관한 판단

• 가) 인정사실 및 사정 앞서 든 증거들, 갑 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실 내지 사정들이 인정된다.

(1) 앞서 기초사실에서 본 바와 같이 BBB은 2011. 10. 21. 甲건설의 대표이사로 취임하였다가 2011. 12. 13. 사임하였고, 같은 날 DDD가 甲건설의 대표이사로 취임한 이후 甲건설과 BBB 명의의 2012. 2. 14.자 이 사건 법인인수계약이 작성되었고, 그 당시 甲건설의 100% 주식을 원고 등이 보유하고 있었다.

(2) 이 사건 법인인수계약서의 명의인은 甲건설과 BBB으로 되어 있기는 하나, 실제 주식지분 소유자로서 법인 및 주주에 관한 권리이전의 주체는 원고 등인 점, 위 계약서에 계약금은 2012. 2. 14. 2억 원이고, 중도금 5억 원은 토지신탁공사 준비금 수령시에 지급하기로 정하였으며, 잔금지급시기는 공란인 점(제4조), 甲건설의 주식 지분을 BBB에게 대금납입 비율 대비로 양도하고, 법인도장 및 법인 인감카드를 BBB에게 양도한다고 정하였고 있는 점(제5조), BBB은 위 법인인수계약일인 2012. 2. 14. 계약금 2억 원을 원고 등에게 지급하고 甲건설의 대표이사로 다시 취임한 점, 원고는 2013. 1. 31. 甲건설 주식 24,000주 중 12,000주를 BBB에게 양도한 점 등을 종합하면, 이 사건 법인인수계약의 당사자는 원고 등과 BBB으로 봄이 상당하다.

(3) 원고 등은 2013. 7. 1. BBB이 이 사건 법인인수계약 체결 이후 중도금 계약 이행일(2013. 4. 30.)까지 중도금 5억 원을 지급하지 않았다는 이유로 이 사건 법인인수계약을 해지할 것을 통보하면서, BBB에게 ‘甲건설의 대표이사 직에서 사임할 것’과 ‘이 사건 사업 시행으로 인한 모든 권리를 포기하고 법인을 원상복구할 것’, ‘시행업무 진행 사항에 대하여 甲건설에 책임을 추궁하지 않을 것’ 등을 요구하였을 뿐, 이 사건 토지에 대한 권리를 원고 등에게 원상회복할 것을 요구하지는 않았다.

(4) 甲건설의 유일한 재산인 이 사건 토지가 제3자에게 이전되자, 원고 등이 甲건설 등 이해관계인들을 상대로 사해행위취소의 소를 제기하여 미지급채권 23억 원의 존부를 확인받는 등 위 돈을 변제받기 위한 노력을 계속한 사정이 인정되나, 원고 등이 위 소송절차에서 BBB으로부터 받아야 할 미지급 매매대금채권이 아닌 제3자와 체결한 별개의 약정을 토대로 한 채권을 주장하고 있는 점 등에 비추어보면, 위 인정사실만으로는 2011년 당시 원고 등이 BBB 또는 甲건설에 이 사건 토지를 매매대금 48억 800만 원에 양도하였다고 보기도 어렵다.

• 나) 판 단 위 인정사실 및 사정들을 종합하면, 원고 등과 BBB은 甲건설의 100% 주식의 보유자인 원고 등이 ‘이 사건 법인인수계약’에 따라 BBB으로부터 위 법인의 주식대금을 모두 지급받으면 원고 등이 위 주식의 양도를 통하여 BBB에게 ‘甲건설의 주식과 이 사건 사업권 등 甲건설에 관한 모든 권리’를 양도할 의사였다고 봄이 상당하다. 한편 이 사건 토지(분양권)는 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제94조 제1항 제2호 가목에 따라 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로서 양도소득세 과세대상에 해당하는 반면, 甲건설의 주식은 같은 법 제94조 제1항 제3호 나목에 따라 ‘주권비상장법인의 주식등’의 양도로 발생하는 소득으로서 양도소득세의 과세대상에 해당한다. 따라서 원고 등이 이 사건 분양권매매계약에 따라 甲건설에 이 사건 토지(분양권)를 이전한 이후, 이 사건 법인인수계약에 따라 BBB에게 이루어지는 주식 양도는 시기적으로 분리된 별개의 법률행위로써, 각각 독립적인 과세대상에 해당한다(앞서 판단한 바와 같이 이 사건 양해각서와 이 사건 법인인수계약은 계약당사자가 상이할 뿐만 아니라, 계약목적물도 상이한 점에 비추어보면, 이 사건 법인인수계약은 이 사건 양해각서의 내용을 구체화한 것에 불과하다는 취지의 피고의 주장은 이유 없다).
• 다. 소결

1. 그렇다면 원고 등이 BBB에게 이 사건 법인인수계약에 따라 비상장법인인 甲건설의 주식을 양도하였다고 보아 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에 근거하여 양도소득세를 과세할 수 있는지에 대해서는 별론으로 하고 2), 원고 등이 이 사건 양해각서에 따라 BBB(또는 甲건설)에 이 사건 토지를 대금 48억 800만 원에 양도하였음을 전제로 이 사건 처분을 한 것은 그 과세요건에 해당하는 과세원인을 오인한 것으로서 위법하다.

2. 이와 같이 이 사건 처분의 처분사유가 부존재한다고 보는 이상, 원고의 다른 주장은 더 나아가 살피지 않는다.

원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 피고의 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1)

2011. 10. 31. 작성된 비용계산서(법무사 영수증)에 매수인은 甲건설, 매도인은 토지주택공사(CCC)로 기재되어 있고, 등기이전 등에 필요한 비용이 합계 137,654,697원(= 취·등록세 98,043,997원 + 교육세 9,804,400원 + 농특세 4,902,200원 + 부동산등기신청 수수료 514,000원 + 국민주택채권매입 21,658,800원 + 명의변경 개서료 300,000원 + 송달료 300,000원 + 교통비 및 일당 100,000원 + 열람등초본대 6,000원 + 법무비용 1,747,000원 + 부가가치세 248,300원)이다. 2) 다만 원고는 이에 대하여 이 사건 법인인수계약이 BBB의 채무불이행을 이유로 한 원고의 2013. 7. 1.자 해지통보(갑 제12호증)에 따라 해제되었고, 부과제척기간이 도과하여 양도소득세를 부과할 수 없다고 주장하고 있기는 하다.