구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면과 세액공제가 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복 하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 봄이 타당함
구 조세특례제한법 제127조 제10항에 따라 세액감면과 세액공제가 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복 하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 봄이 타당함
사 건 2022누10619 법인세경정거부처분취소 원 고
○○○○○사 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2022. 8. 18 판 결 선 고
2022. 10. 6.
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. x. xx. 원고에 대하여 한 2016 사업년도 법인세xxx,xxx,xxx원, 2017 사업년도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 제3쪽 바.항 제3줄의 “2021. 2. 15.”을 “2021. 1. 25.”로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 ‘1. 처분의 경위 등’ 항목의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’ 중 법인세법, 법인세법 시행령, 법인세법 시행규칙 부분을 이 판결의 별지 ‘관계 법령 중 수정하는 부분’으로 고치는 외에는 제1심판결 이유 중 ‘2의 나. 관계 법령’ 항목 및 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
1. 원고의 주장 세액감면과 세액공제는 동시에 적용되는 것이 원칙이고, 다만 구 조세특례제한법 제127조 제4항 (이하 ‘이 사건 중복지원 금지조항’이라 한다)이 예외적으로 세액감면과 세액공제의 중복지원을 배제하고 있으나, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 이 ‘세액감면을 적용받는 사업’과 ‘그 밖의 사업’에 대한 구분경리를 요건으로 하여 다시 원칙으로 돌아가 세액감면과 세액공제의 동시 적용을 허용하고 있다. 따라서 구분경리가 이루어지기만 하면 세액감면과 세액공제의 각 대상 소득이 중복되는 경우에도 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 따라 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되어야 하고, 세액감면과 세액공제의 중복지원을 위하여 구분경리 외에 사업별 소득 내지 세액이 중복되지 아니할 것을 요구하는 것은 조세법률주의에 반한다.
2. 판단
① ‘제1공장과 제2공장을 구분경리하여 제1공장은 지방이전으로 인한 감면을 적용받고 있을 때 제2공장에서 임시투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부. 다만 제2공장의 투자세액공제액은 전액 제2공장에서만 공제되며 제1공장에서 공제되지 아니함’이라는 내용의 질의에 대하여, 기획재정부장관은 2010. 3. 23. ‘ 조세특례제한법 제127조 제4항 을 적용함에 있어 제조공정이 서로 무관한 2개의 공장을 영위하는 법인이 각각의 공장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 1개의 공장에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 다른 공장에 투자를 함에 따라 발생한 투자세액공제액은 제2공장에 귀속되는 세액을 한 도로 공제할 수 있다’고 회신하였다(조세특례제도과-284, 2010. 3. 23., 이하 ‘이 사건 질의회신’이라 한다. 갑 제5호증). 그런데 기획재정부장관은 이 사건 질의회신 이전인 2009. 10. 9.에는 위와 유사한 질의에 대하여 ‘세액공제 투자금액은 일반적으로 거액에 해당하여 당해 과세연도에 모두 공제되지 않고 장기간 이월공제 되는 특성을 감안할 때 특정 사업장에서 발생한 투자라 하여 당해 사업장으로 한정하여 세액공제 되지 아니하므로 사업장이 구분된다고 하더라도 중복문제가 발생한다’는 이유로 세액공제와 세액감면 중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다고 회신함으로써 이 사건 질의회신과는 상반되는 입장을 취한 적이 있다(조세특례제도과-866, 2009. 10. 9., 대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두47662 판결의 제1심판결 참조). 그리고 국세청 개정세법해설(2013)에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 은 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 아니함을 명확화하기 위하여 이 사건 질의회신을 법령에 반영한 것이다(갑 제6호증). 이러한 입법경위에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 은, 이 사건 중복지원 금지조항을 배제하기 위한 특별 규정이 아니고, 이 사건 중복지원 금지조항에 위배되는지 여부가 논란이 되는 사안에 대하여 그 결론을 밝힘으로써 이 사건 중복지원 금지조항의 적용 범위를 명확하게 하기 위한 규정임을 알 수 있다. 따라서 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에는 이 사건 중복지원 금지조항의 취지가 그대로 적용되며, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 의하더라도 동일한 소득 내지 세액에 대한 중복지원이 허용되지 아니한다는 점에는 변함이 없다.
② 법인세는 ‘각 사업연도의 소득’ 등이 과세대상이 되고[구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제1호], 내국법인의 ‘각 사업연도의 소득’은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다(구 법인세법 제14조 제1항). 한편 구 조세특례제한법 제127조 제10항, 제143조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제136조 제1항, 구 법인세법 제113조 제6항, 법인세법 시행령 제156조 제1항, 법인세법 시행규칙 제75조 에 의하면, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 따라 사업을 구분경리한다는 것은 각 사업별로 자산․부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것을 의미한다. 결국 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 따라 사업을 구분경리하게 되면, 각 사업별로 손익이 독립된 계정과목에 의하여 특정되어 ‘사업별 소득’ 및 그에 기초하여 산정되는 ‘법인세 산출세액 중 사업별로 귀속되는 세액’ 역시 구분될 수밖에 없다. 따라서 구 조세특례제한법 제127조 제10항 의 문언이 사업에 대한 구분경리만을 규정하고 있다고 하더라도, 그것은 구분경리에 의하여 소득 내지 세액이 구분되는 것을 당연한 전제로 한다고 보아야 한다.
③ 구 조세특례제한법 제127조 제10항 의 신설 배경이 된 이 사건 질의회신의 사안은 ‘제2공장의 투자세액공제액은 전액 제2공장에서만 공제되며 제1공장에서 공제되지 아니하는’ 사안이었다. 또한 이 사건 질의회신은 “산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우”를 전제로 하면서, 제2공장에서 발생한 세액공제액은 “제2공장에 귀속되는 세액을 한도로” 공제할 수 있다고 회신하였다. 나아가 구 조세특례제한법 제127조 제10항 의 문언은 “세액감면을 적용받는 사업”과 “그 밖의 사업”을 대비시키고 있어서 “그 밖의 사업”은 ‘세액감면을 적용받지 아니하는 사업’으로 해석되며, 위 조항은 세액감면을 적용받지 아니하는 “그 밖의 사업”에만 세액공제가 적용되는 것으로 규정하고 있다. 이러한 사정들을 종합하면, 기획재정부장관이 이 사건 질의회신의 사안에 대하여 이 사건 중복지원 금지조항에 위배되지 아니한다고 판단한 이유는, 구분경리에 의하여 사업장별로 소득 내지 세액이 구분되는 경우에, 감면대상 사업장에서 발생하는 소득에 대하여는 세액감면을 적용받고, 위 감면대상소득을 제외 한 나머지 소득에 대하여는 세액공제를 적용받는다면, 그것은 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제를 받는 것에는 해당하지 아니한다고 판단하였기 때문으로 볼 수 있다. 즉 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 따라 이 사건 중복지원 금지조항이 금지하는 중복지원에 해당하는지 여부를 판단하는 경우 그 최종적인 판단 기준은 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라고 할 것이고, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 이 사업별 구분경리를 규정하고 있는 것도 구분경리에 의하여 사업별로 소득 내지 세액을 구분함으로써 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 판단하기 위한 것이라고 볼 수 있다. 구분경리에 대하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제143조 가 동일한 조문 내에서 감면대상사업의 소득금액을 계산하는 구체적인 방법에 대한 조항을 두고 있는 것도 같은 취지라고 볼 수 있으며, 원고도 “구 조특법 제127조 제10항이 동시 적용의 요건으로서 ‘구분경리’를 요구하는 것은 ‘각 사업장별로 귀속되는 세액’을 합리적으로 구분하기 위한 것인바”라고 주장하여(원고의 2021. 6. 9.자 준비서면 전자기록 제12쪽), 구 조세특례제한법 제127조 제10항 이 의도하는 것은 구분경리 그 자체가 아니라 구분경리를 통한 소득 내지 세액의 구분이라는 점을 인정하고 있다.
1. 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 의하더라도 세액감면과 세액공제의 중복지원은 금지되며, 동시 적용이 가능한지 여부를 판단하는 최종적인 기준은 구분경리 그 자체가 아니라 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는지 여부라는 점은 앞에서 살핀 바와 같다. 한편 이 사건 세액감면은 본사의 지방이전으로 인한 것이므로, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 이 구분경리의 기준으로 제시하는 “세액감면을 적용받는 사업”과 “그 밖의 사업”은 ‘이전본사의 사업’과 ‘이전본사 외 사업장의 사업’이 된다. 원고도 ‘본사의사업’과 ‘본사 외 전국 각 사업장의 사업’으로 구분경리하였다고 주장하면서 소득구분계산서를 제출하였는데[갑 제21호증의 1, 2, 원고는 산업통상자원부고시인 ○○사업회계분리기준 등에 따라 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’과 ‘그 외의 사업(해외사업, 기타사업)’으로 구분하여 회계자료를 작성하였는데, 그중 ‘그 외의 사업(해외 사업, 기타사업)’을 ‘본사의 사업’에, ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’을 ‘본사 외 전국 각 사업장의 사업’에 각 대응시키고 있는 것이다 1) ], 이에 의하면 2016 사업년도 원고 법인 전체의 과세표준 약 x조 x,xxx억 원 중 이전본사 감면분 과세표준은 약 2,xxx억 원, 이전본사 외 사업장의 과세표준은 약 x조 x,xxx억 원이고, 2017 사업년도 원고 법인 전체의 과세표준 약 x조 x,xxx억 원 중 이전본사 감면분 과세표준은 약 xx억 원, 이전본사 외 사업장의 과세표준은 약 x조 x,xxx억 원이다. 그런데 원고는 위와 같이 구분경리된 이전본사 감면분 과세표준을 감면대상소득으로 하여 이 사건 세액감면을 신청한 것이 아니고, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 이 정하고 있는 감면대상소득 계산방식에 따라 산정된 금액에 기초하여 이 사건 세액감면을 받았다. 즉 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 은 법인이 본사를 지방으로 이전하는 경우 ‘해당 과세연도의 과세표준에서 부동산 양도차익 등을 공제한 금액’에 ‘이전본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율’ 또는 ‘이전본사 근무인원의 급여총액이 법인 전체 근무인원의 급여총액에서 차지하는 비율’ 중 작은 비율 등을 곱하여 산정한 금액에 대하여 세액감면을 하도록 규정하고 있고, 그 결과 실제로 이 사건 세액감면의 대상이 된 소득은 조세심판원의 결정을 반영한 최종적인 금액이 2016사업년도 약 x,xxx억 원, 2017 사업년도 약 x,xxx억 원이었다. 결국 이 사건 세액감면의 대상 소득 중 2016 사업년도 약 x,xxx억 원(= 약 x,xxx억 원 - 약 x,xxx억 원), 2017 사업년도 약 x,xxx억 원(= 약 x,xxx억 원 - 약 xx억 원)은 이전본사 외 사업장의 소득이 반영된 것인바, 만약 이전본사 외 사업장의 소득에 대하여 다시 이 사건 각 세액공제를 적용하게 되면 위와 같이 이 사건 세액감면에 이미 반영된 이전본사 외 사업장의 소득 내지 그에 기초한 세액 부분에 관하여는 동일한 소득 내지 세액에 대하여 중복하여 감면과 공제가 이루어지는 것이 되므로, 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용될 수 없다.
2. 원고는, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 의 문언이 사업의 구분경리만을 요구하고 있을 뿐이므로, 원고가 구분경리의 요건을 갖춘 이상, 위와 같이 대상 소득이나 세액이 중복되더라도 위 조항에 의하여 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제는 동시에 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞에서 살핀 바와 같이 원고는 관련 회계기준에 따라 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’과 ‘그 외의 사업(해외사업, 기타사업)’으로 구분하여 회계자료를 작성한 다음 그것을 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 따른 구분경리로 주장하는 것에 불과하다. 나아가 구 조세특례제한법 제127조 제10항 이 사업별 구분경리를 규정한 이유는 사업별 소득 내지 세액을 구분하여 동일한 소득 내지 세액에 대한 중복된 감면과 공제가 이루어지는지 여부를 판단하기 위한 것이라는 점은 앞에서 살핀 바와 같은데, 원고는 그 주장과 같은 구분경리에 의하여 구분된 소득에 대하여 이 사건 세액감면을 받은 것이 아니라 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 에 따라 계산한 금액에 대하여 이 사건 세액감면을 받았으므로, 원고의 위 주장과 같은 구분경리가 이루어졌다는 사실 자체는 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 중복지원 여부를 판단하는 데에 별다른 의미를 갖지 못한다. 또한 원고는, 구 조세특례제한법 제127조 제10항 의 구분경리는 세액을 합리적으로 구분하기 위하여 요구되는 것인데, 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 에 따라 감면대상소득을 산정함으로써 이전본사의 소득 내지 세액이 합리적으로 구분되었으므로, 이로써 구 조세특례제한법 제127조 제10항 에 따른 구분경리 요건을 갖추었다고도 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 이 일정한 계산방식에 의하여 ‘이전 본사’의 감면대상소득을 산정하도록 하고 있다고 하여, 법인 전체의 과세표준에서 그와같이 산정된 금액을 공제한 잔액이 ‘이전본사 외 사업장’의 소득으로 의제되는 것이 아니다. 이전본사 외 사업장의 소득은 실제 발생한 소득으로 산정되어야 하고, 원고 역시 이전본사 외 사업장의 소득은 회계기준에 따른 구분 중 ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’ 항목에 의하여 산정하는 것으로 주장하였는바(원고의 2021. x. x.자 준비서면 전자기록 제25 내지 27쪽), 이와 같이 산정되는 이전본사 외 사업장의 소득이 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 에 따라 산정되는 이전본사의 감면대상소득과 중복된다는 점은 위 1)항에서 살핀 바와 같다. 즉 구 조세특례제한법 제127조 제10항 의 ‘구분’은 단순히 ‘특정’을 의미하는 것이 아니라 ‘중복되지 아니하도록 나누는 것’을 의미한다고 보아야 하는데, 원고의 위 주장에 의하더라도 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제의 각 대상 소득이 중복되어 구분되지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
3. 원고는, 위와 같이 해석하면 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 이 정하는 계산방식에 의하여 감면대상소득을 산정하게 되는 본사의 지방이전에 따른 세액감면에 관한 한 일부 세액공제와의 중복지원이 원천적으로 불가능하게 되고, 이는 기업의 지방이전을 촉진하려는 구 조세특례제한법 제63조의2 의 입법취지를 몰각시키는 것으로서 부당하다고 주장한다. 그러나 원고는 당초 2016, 2017 사업년도 법인세를 신고하면서 이 사건 세액감면과 이 사건 각 세액공제 중 이 사건 세액감면을 적용받는 것이 더 유리하다고 판단하여 이 사건 세액감면을 선택함으로써 구 조세특례제한법 제63조의2 가 정한 혜택을 받았는바, 본사의 지방이전에 따른 세액감면과 일부 세액공제의 중복지원이 금지된다고 하여 그것이 곧바로 구 조세특례제한법 제63조의2 의 입법취지를 몰각시키는 것이 된다고 단정할 수 없다. 나아가 세액공제를 선택함으로써 본사의 지방이전에 따른 세액감면을 받지 못하는 경우가 있다고 하더라도, 그것은 구 조세특례제한법 제63조의2, 제127조 제4항이 기업의 지방이전을 촉진하기 위한 세액감면을 규정하면서도 그 세액감면을 예외 없이 관철시키는 태도를 취하지 아니하고 일부 세액공제와의 관계에서는 그중 하나만을 선택하도록 정하고 있기 때문으로서, 이는 세액공제의 성격이나 여러 이해관계 등을 종합적으로 고려한 입법자의 결단에 따른 결과라고 볼 수 있다. 원고는,공장과 본사를 함께 지방으로 이전하는 경우에 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 에 따라 산정되는 이전본사의 소득이 이전공장에서 발생하는 소득과 중복될 수 있음에도 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제3호 가 이들 소득을 합산하여 세액감면을 하도록 규정하고 있다는 점을 강조하기도 하나, 이 역시 입법자가 명시적인 규정을 두어 그러한 방식의 중복된 세액감면을 허용하기 때문에 가능한 것으로서, 소득의중복 적용에 관한 명시적인 규정이 없는 이 사건에서 그와 동일하게 해석할 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는, ‘기타사업’을 본사의 사업으로, ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업), 해외사업’을 본사 외 사업장의 사업으로 주장하였다가(2021. x. x.자 준비서면 전자기록 제27쪽), 그 후에 제출한 준비서면에서는 ‘해외사업 및 기타사업’을 본사의 사업으로, ‘국내○○사업(aa사업, bb사업, cc사업)’을 본사 외 사업장의 사업으로 주장하였는데(2021. xx. xx.자 준비서면 전자기록 제11쪽, 2022. x. xx.자 준비서면 전자기록 제21쪽), 갑 제4호증의 기재에 비추어 앞의 주장이 오기이거나 뒤의 주장으로 앞의 주장을 변경한 것으로 선해한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.