쟁점세금계산서가 실제 물품거래와 상관없이 발행되었다고 본 민사소송 판결문이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부 ​

사 건 2020누11489 부가가치세경정거부처분취소 원고, 항소인 주식회사 OOO 피고, 피항소인 OO세무서장 제1심 판 결 광주지방법원 2020. 7. 9. 선고 2019구합15424 판결 변 론 종 결

2021. 5. 6. 판 결 선 고

2021. 6. 10.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 4. 15. 원고에 대하여 한 2011년도 1기분 부가가치세 30,440,958원, 2011년도 2기분 부가가치세 28,822,885원, 2012년도 1기분 부가가치세 32,125,312원, 2012년도 2기분 부가가치세 30,564,248원, 2013년도 1기분 부가가치세 17,774,178원, 2013년도 2기분 부가가치세 31,000,766원, 2014년도 1기분 부가가치세 30,590,899원, 2014년도 2기분 부가가치세 36,737,833원, 2015년도 1기분 부가가치세 44,300,747원, 2015년도 2기분 부가가치세 38,746,312원, 2016년도 1기분 부가가치세 15,037,042원의 각 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 자동차부품 제조업을 영위하는 회사로, CCC 주식회사(이하 ‘CCC’라한다) 등으로부터 수취한 각 매입세금계산서와 CCC 주식회사 등에게 발행한 각 매출세금계산서를 근거로 2011년 1기부터 2016년 1기까지의 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 원고는 2011년부터 2016년까지 CCC에게 자동차 부품을 판매하고, CCC로부터 자동차부품 자재를 매입하는 등의 거래를 계속하였는데 원고와 CCC의 위 기간 동안 발생한 채권을 대등액 범위에서 상계하면 원고의 CCC에 대한 물품대금채권이 418,699,070원이 남았다고 주장하며, CCC를 상대로 위 물품대금 및 지연손해금을 구하는 민사소송을 제기하였다. 위 사건 제1심(광주지방법원 2016가합OOO호) 법원은 원고가 제출한 증거만으로 CCC에 대한 위 물품대금채권이 있다고 보기 부족하다는 이유로 원고의 청구를 기각하였고, 항소심(광주고등법원 2017나OOO호) 법원은 아래와 같은 사정 등에 비추어 원고가 제출한 증거만으로 CCC에 대한 위 물품대금채권이 있다고 보기 부족하다는 이유로 원고의 항소를 기각하였으며, 상고심(대법원 2018다OOO호)에서 2018. 11. 16. 원고의 상고가 기각되어 제1심 판결이 그대로 확정되었다(이하 ‘이 사건 확정판결’이라 한다).
• 다. 원고는 2019. 2. 15. 이 사건 확정판결에서 원고가 실제물품거래와 관계없이 매출세금계산서를 발행한 것으로 확정되었으므로 원고가 발행한 매출세금계산서 중 임가공비에 해당하는 부분(합계 OOO원)에 대해서는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 후발적 경정청구 사유로 규정한 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 해당한다는 이유로 피고를 상대로 부가가치세 경정청구를 하였다.
• 라. 원고가 부가가치세 납부와 관련 당초 신고한 내역 및 경정청구 내역은 다음과 같다.
• 마. 피고는 2019. 4. 15. 원고와 CCC간 실제 거래사실이 없다고 인정할 만한 입증자료가 미비하다는 이유로 경청청구 거부통지를 하였고(이하 ‘이 사건 거부처분’이라한다), 원고는 이에 불복하여 2019. 5. 30. 조세심판원에 심판을 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 9. 9. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 제1 내지 9호증 및 을 제1, 3, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 확정판결에서 원고가 발행한 매출세금계산서가 실제 물품거래와 관계없이 비용 처리를 위해 발행된 것으로 판단하였고, 이는 국세기본법상 후발적 경정청구 사유에 해당한다. 또한 위 판결의 취지는 원고가 CCC의 요구에 따라 매입세금계산서상 금액에 다시 원고의 임가공비를 가산하여 실제 물품거래와 상관없이 매출세금계산서를 발행하였다는 것이므로, 원고가 발행한 매출세금계산서상 금액 중 법원이 실제 물품거래와 상관없는 금액이라고 판단된 원고의 임가공비 합계 OOO원 상당의 금액을 제외하면 원고는 청구취지 기재와 같이 합계 OOO원을 환급받아야 한다. 그럼에도 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 다음과 같은 이유로 이 사건 확정판결이 있었다는 사실만으로는 이 사건에서 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 의 후발적 경정청구 사유에 해당하는 판결이 있었다고 볼 수 없으므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 거부처분은 적법하다.

• 가) 이 사건 확정판결은 원고가 제출한 증거만으로 CCC에 대한 물품대금채권OOO원이 있다고 보기 부족하다는 이유로 원고의 청구를 기각하는 내용이고, 구체적으로 원고의 CCC에 대한 물품대금채권이 얼마 발생하였고(원고가 발행한 매출세금계산서 관련), CCC의 원고에 대한 물품대금채권이 얼마 발생하였으며(원고가 수취한 매입세금계산서 관련), 원고가 CCC에게 얼마를 지급하였고, CCC가 원고에게 얼마를 지급하였는지에 관하여는 판단이 이루어지지 않았다.
• 나) 이 사건에서는 2011년부터 2016년까지 원고의 CCC에 대한 물품대금채권이얼마나 발생하였는지가 문제되는데, 이에 대하여 원고는 2011년부터 2016년까지 원고의 CCC에 대한 물품대금채권 발생액(원고가 발행한 매출세금계산서상 공급가액 합계액) 중에서 임가공비 합계 OOO원이 제외되어야 한다고 주장하나, 이 사건 확정판결에서 원고 주장과 같은 내용의 판단은 전혀 이루어지지 않았다.
• 다) 한편 이 사건 확정판결은 그 이유에서 ‘원고의 CCC에 대한 매출/매입 세금계산서는 실제 물품 거래와 관계없이 CCC가 원고 명의로 발생된 비용 등을 지급하고 이를 비용 처리하게 위해 발행된 것이라는 CCC의 주장에 신빙성이 있다’고만 설시하고 있을 뿐, 위 세금계산서가 허위라거나 원고와 CCC 사이의 사법상 거래 또는 행위가 무효라고 판단한 것은 아니다(위 세금계산서가 허위라고 한다면 원고와 CCC는 조세범처벌법 제10조 에 따라 형사처벌을 받을 수 있다. 원고는 이 사건 확정판결 이후 CCC를 상대로 허위 세금계산서 수취를 이유로 세무서에 고발하였으나, 정당거래로 인정되어 조사 종결되었다).
• 라) 설령 이 사건 확정판결이 원고의 CCC에 대한 매출/매입 세금계산서가 허위이고, 원고와 CCC 사이의 사법상 거래 또는 행위가 무효라는 취지의 판결이라 하더라도, 이는 2011년부터 2016년까지 원고의 CCC에 대한 매출/매입 세금계산서가 ‘모두’ 허위라는 취지이지 원고의 주장처럼 매출 세금계산서의 공급가액 합계액 중 임가공비 합계 OOO원 부분만 허위라는 취지는 아닌 것으로 보인다 {2011년부터 2016년까지 원고의 CCC에 대한 매출/매입 세금계산서가 모두 허위라고 본다면, 부가가치세법 제60조 제3항 에 따라 827,857,646원 상당의 가산세가 발생하는 등 원고가 세법에 의해 정당하게 납부해야 할 최종적인 세액(OOO원)이 원고가 당초 신고하여 납부한 부가가치세액(OOO원)보다 OOO원만큼 증가하게 된다 }.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.