과세사업자인 청구법인이 국민주택규모 이하인 쟁점주택을 신축하여 임직원에게 무상 임대하여 사택으로 사용하는 경우, 관련 매입세액은 공제가능함

사 건 광주고등법원 2020누10240 경정거부처분 취소청구 원고, 항소인 AA주식회사 피고, 피항소인 BB세무서장 제1심 판 결 광주지방법원 2019구합10306 (2020.1.16.) 변 론 종 결

2020. 07. 17. 판 결 선 고

2020. 09. 25.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2018. 2. 19. 원고에 대하여 한 2012년도 제2기분 부가가치세 95,587,742원 및 가산세 15,409,993원1)과 2013년도 제1기 예정신고분 부가가치세 43,771,967원 및가산세 5,729,751원에 대한 감액경정거부처분을 모두 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 전력자원 개발 및 전력생산을 주요 사업목적으로 하고 있는 부가가치세 과세사업자이다.
• 나. 원고는 전남 DD군 CC읍 일대에 EEEEE본부를 두고 6기의 원자력 발전설비를 운영하고 있는데, 같은 읍 OO리 1373-7 외 2필지 지상에 총 382세대(43㎡형 120세대, 84㎡형 198세대, 103㎡형 198세대, 103㎡형 6세대, 116㎡형 58세대)의 사택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 신축하여 2017. 1. 4. 소유권보존등기를 마친 다음 이를 원고의 임직원에게 무상으로 임대하고 있다.
• 다. 원고는 위 주택을 건설하는 과정에서 건설자재는 입찰을 통하여 직접 구매하였고, 설계, 건설, 감리용역 등은 다른 사업자로부터 공급받았다. 원고는 이 중 자재와 감리용역 공급에 대한 세금계산서를 발급받았는데 그중 국민주택규모 2) 이하 세대에 대한자재 및 감리용역의 공급가액(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다) 및 부가가치세 상당액은 다음과 같다. -표 생략-
• 라. 원고는 2012년도 제2기 부가가치세 예정 및 확정신고와 2013년도 제1기 부가가치세 예정신고 당시 각 과세기간(이하 총칭하여 ‘이 사건 각 과세기간’이라 한다)에 이 사건 주택의 취득에 소요된 자재 및 감리용역 전부에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 신고·납부하였다가, 2013. 8. 6. 이 사건 비용에 대한 부가가치세를 각 과세기간의 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액으로 수정신고하고, 이에 대한 부가가치세[2012년 제2기분 95,587,742원(2012년 3분기 11,474,216원 + 4분기 84,113,526원), 2013년 제1기분 43,771,967원] 및 가산세[2012년 제2기분 15,409,993원(2012년 3분기 2,128,467원 + 4분기 13,281,526원), 2013년 제1기분 5,729,751원]를 모두 납부하였는데, 원고는 2018. 1. 11. 다시 피고에게 이 사건 비용에 관련한 부가가치세를 이 사건 각 과세기간의 매출세액에서 공제하여야 한다는 이유로 위와 같이 수정신고 시 신고․납부한 부가가치세와 가산세를 모두 취소해 달라는 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2018. 2. 19. 국민주택 규모 이하 사택의 신축 관련 매입세액은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 관련 예규에 따라 부가가치세 면제대상이라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 5. 16. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 24. 원고의 청구를 모두 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

직권으로 판단한다.

• 가. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2006. 9. 28. 선고 2004두5317 판결, 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 등 참조).
• 나. 직권으로 보건대, 피고는 당심 변론종결일 이후인 2020. 8. 27. 제1심 판결의 취지에 따라 이 사건 처분을 직권으로 취소하고 이 사건 비용에 관한 부가가치세 및 가산세를 환급하는 결정을 하였는바, 이에 의하여 이 사건 처분은 효력을 상실하여 더이상 존재하지 않게 되었다. 따라서 이 사건 소는 이미 소멸하고 없는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하여 각하하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 소를 각하하며, 소송총비용은 행정소송법 제32조 에 따라 피고가 부담하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.