이 사건 각 세금계산서는 소위 위장거래로 발급된 세금계산서로서 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당함

사 건 2019누10589 부가가치세 부과처분취소 원 고 유한회사 AA산업, 유한회사 CC산업 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2019. 11. 14 판 결 선 고

2020. 02. 13.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송총비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 및 항소취지

• 가. 피고가 2016. 9. 2. 원고 유한회사 AA산업에 대하여 한 2014년 제1기 부가가치세12,324,950원의 부과처분을 취소한다.
• 나. 피고가 2016. 9. 2. 원고 유한회사 BB산업에 대하여 한 2014년 제1기 부가가치세5,213,370원의 부과처분을 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

• 가. 원고들은 전남 영암군 삼호읍 대불산단6로 000)에서 기계·선박부품 제조업 등을 영위하던 회사들로, 2014년 제1기 부가가치세 과세기간에 유한회사 FF(이하 FF’이 라 한다)으로부터 아래 표 기재와 같이 매입세금계산서 각 1장(이하 ‘이 사건 각 세금 계산서’라 한다)을 수취한 후, 관련 금액을 매입세액으로 공제하고 손금에 산입하여 부 가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

1. 원고 유한회사 AA산업은 당초 위 주소에서 영업을 하다가 이 사건 소송 계속중인 2019. 10. 28. 전남 강진군 성전면 강진산단로 000로 주소변경을 신청하였다. 공급자 공급받는 자 작성일자 품목 공급가액(원) FF 원고 유한회사 AA산업

2014. 2. 6. H-beam(100×100×12m) 8,734,400 H-beam(150×150×10m) 13,232,500 H-beam(200×100×10m) 8,176,500 H-beam(250×125×12m) 15,904,000 H-beam(250×100×12m) 29,920,000 합계 75,967,400 원고 유한회사 BB산업

2014. 3. 31. 앵글 절단 및 가공 30,112,560

• 나. 피고는 2015. 9. 14.부터 2015. 10. 18.까지 FF을 조사하여 이 사건 각 세금계 산서상 공급가액을 가공경비로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 필요경비를 불산입하 여, 원고 유한회사 AA산업(이하 ‘원고 AA산업’이라 한다)에 2016. 9. 2. 2014년제1 기 부가가치세 12,324,950원, 2016. 9. 5. 2014 사업연도 법인세 11,829,640원, 원고 유한회사 BB산업(이하 ‘원고 BB산업’이라 한다)에 2016. 9. 2. 2014년 제1기 부가가치세 5,213,370원, 2016. 9. 5. 2014 사업연도 법인세 4,689,120원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017.

3. 8. 위 각 법인세 부과처분과 관련하여 원고 AA산업이 H-beam을, 원고 BB산업이 앵글 절단 및 가공 용역을 실제로 공급받고 그 대가를 지불한 것인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 하고, 원고들의 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.

• 라. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 2017. 4. 4.부터 2017. 4. 7.까지 현장확인을 실시하여, 당초 조세심판원의 재조사 결정과 관련하여 제출된 서류 외에 원가를 인정 할 만한 추가 자료를 확인할 수 없다는 이유로 당초 처분이 정당하다고 판단하여, 원 고들에 대하여 당초 처분과 같은 내용의 불복청구(심판) 재조사결정에 따른 처리결과 통지를 하였다.
• 마. 피고는 이 사건 소송 계속 중인 2019. 9. 3. 원고들이 FF으로부터 수취한 세금 계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지만 법인세 측면에서는 실질적으로 재화 또는 용역의 공급은 있었던 것으로 보아 원가를 손금으로 인정하기로 하여, 당초 원고 들에 대한 이 사건 각 법인세 부과처분을 모두 직권취소하였고, 이에 원고들은 각 법 인세 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분을 모두 취하하고, 피고는 원고들의 위 일부 소취하에 동의하였다(이하 남아 있는 원고들에 대한 위 각 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 한편, 피고는 FF의 실제 운영자인 KKK를 조세범처벌법위반죄로 검찰에 고발 하였는데, KKK는 원고들에게 실제로 재화나 용역을 제공하지 않았음에도 FF 명의 로 2014. 2. 6. 원고 AA산업에게 공급가액 75,967,400원의 세금계산서를, 2014. 3.

31. 원고 BB산업에게 공급가액 30,112,560원의 세금계산서를 각 발급해 주었다는 범죄사실 등에 대하여 수사기관에서부터 일관되게 그 범행을 모두 자백하였고, 2019. 4.5. 광주지방법원[2018고합591, 2019고합23(병합), 51(병합)]에서도 위와 같은 범죄사실등에 대해 모두 자백하여 징역 1년 6개월에 집행유예 3년 및 벌금 6억 원을 선고받았으며, 위 판결에 대해 KKK가 양형부당 등을 이유로 항소(광주고등법원 2019노166호)하였으나 2019. 4. 11. 항소가 기각되어 그대로 확정되었다(이하 ‘관련 형사사건’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑가 제1 내지 3호증, 갑가 제18, 19호증, 을가 제1 내지 4, 13, 19 내지 21호증, 을나 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 AA산업은 FF으로부터 납품받은 H-beam을 가공하여 유한회사 HH산업 (이하 ‘HH산업’이라 한다)에 공급하여 HH산업은 가공된 H-beam을 기숙사 건설에 사용하였고, 원고 BB산업은 HH산업으로부터 도급받은 앵글 절단 및 가공 용역을 다시 FF에 하도급하여 FF으로부터 실제로 용역을 공급 받았으므로, 이 사건 각 세 금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서라고 볼 수 없다.
• 나. 나아가 원고들이 FF이 아닌 제3자로부터 재화 및 용역을 공급받은 것이라고 보더라도, 원고들은 그러한 사정을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실도 없다.

별지 기재와 같다.

• 가. 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1. 관련 법리 어느 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1 항 제2호가 규정하는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 그런데 여기서 세금계산서의 기재가 사실과 다르다는 의미는, “과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체, 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이므로(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급 주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 소위 ‘위장거래’로 발급된 세금계산서도 앞서 본 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다(대법원 2012. 4. 26.자 2012두959 판결 등 참조). 한편, 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되 는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법 한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568 판결 등 참조). 또한, 행정소송의 수소법원이 관련 형사재판의 사실 인정에 구속되는 것은 아니지만, 이미 확정된 관련 형사재판에서 인정한 사실은 당해 행정소송에서도 유력한 증거자료 가 되므로, 해당 행정소송에서 제출된 다른 증거들에 비추어 관련 형사재판의 사실 판 단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한, 이와 반대되는 사실은 인정 할 수 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2016두40016 판결, 대법원 1981. 1. 27. 선고 80누18 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑가 제6호증, 갑나 제13, 17호증, 을가 제6 내지 9, 15 내지 17, 을나 제4, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래 와 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고들은 FF으로부터 재화나 용역을 공급받 은 것으로 보기 어렵고, FF이 아닌 제3자로부터 무자료로 재화를 공급받거나 미등록 사업자로부터 용역을 제공받으면서도 부가가치세를 공제받기 위해 FF으로부터 이 사 건 각 세금계산서를 교부받은 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 각 세금계산서 는 소위 ‘위장거래’로 발급된 세금계산서로서 ‘사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해 당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가) 피고는 FF에 대한 세무조사를 통해 FF은 애초부터 정상적인 영업을 하기 위 해 설립된 회사가 아니라, 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서만 발행함으로써 상 대방으로 하여금 부당하게 부가가치세를 공제받도록 하여 일정 대가를 취득하고, 자신 이 납부해야 할 부가가치세는 체납하여 과세관청에 의해 직권폐업 되기까지 단기간 동 안만 사업자등록을 유지하는 이른바 ‘자료상’ 행위를 하기 위해 설립된 것으로 확정하 여 그 실질적 운영자인 KKK를 조세범처벌법위반 혐의로 검찰에 고발하였고, FF과 거래한 원고들에 대하여 금융거래내역 등을 조사한 후 정상거래를 한 것으로 보기 어 렵다고 판단하여 이 사건 각 처분을 하였다. 실제 FF은 선박임가공업을 영위하기 위해 2014. 1. 23. 개업하였으나 2014. 12.

31. 직권 기타 사유로 단기간 내 폐업 처리 되었고, 대표자의 명의가 실제와 다르며, 등록된 종업원이나 임금 지급 내역도 없어 그 실체가 존재하는지도 알 수 없을 뿐 아 니라, 영업기간 동안 발생한 2014년 1기 및 2014년 2기 부가가치세를 모두 납부하지 않아 1억 3,100만 원 상당의 부가가치세가 체납되기도 하였는바, 피고가 FF을 ‘자료 상’이라고 확정하고, FF이 발급한 세금계산서 중 정상적인 거래에 따라 발급되었음이 입증되지 않은 이 사건 각 세금계산서를 허위의 세금계산서로 판단한 것은 일응 정당한 것으로 보인다.

• 나) 또한, KKK는 관련 형사사건의 수사기관에서부터 항소심 법원에 이르기까지 일 관되게 FF이 허위의 세금계산서 발행을 위해 설립한 ‘자료상’ 업체임을 인정하였고, 원고들에게 발행한 이 사건 각 세금계산서가 FF에서 재화 또는 용역을 공급한 것이 아님에도 공급자를 FF 명의로 하여 발급된 것이라는 점까지 모두 인정하여 조세범처 벌법위반죄 등으로 유죄판결을 선고받고 그 판결이 확정되었다.2) 따라서 FF이 소위 ‘자료상’ 업체에 해당한다는 사실, 이 사건 각 세금계산서가 ‘위장거래’로 발급된 세금 계산서에 해당한다는 사실은 이 사건 소송에서 제출된 다른 증거들에 비추어 이를 채 용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 그와 반대되는 사실을 인정할 수 없
• 다. 다) 이에 대해 원고 AA산업은 FF이 H-beam을 원고 AA산업에게 공급하였다는 납품확인서가 존재하고, 그 내용이 FF이 원고 AA산업에게 발행한 세금계산서와 같 으며, 원고 AA산업이 부가가치세를 포함한 H-beam 금액 83,564,140원을 FF의 계 좌에 입금하였을 뿐 아니라, 원고 AA산업이 위 H-beam을 HH산업의 공사 용역에 제공한 사실도 인정되므로, 원고 AA산업의 경우 FF으로부터 실제 재화를 공급받은 것으로 보아야 할 특별한 사정이 인정된다고 주장한다. 그러나 기록에 비추어 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 ① 위 납품확인서 는 FF이 ‘자료상’으로 인정되는 이상 허위로 발급된 세금계산서에 대응하여 형식적으로 작성된 것이라는 가능성을 배제할 수 없어, 이를 확정판결에서 인정한 사실과 반대되는 사실을 증명할 수 있는 객관적 증거로 보기 부족한 점, ② 원고 AA산업이 FF에게 지급한 금원 중 대부분(82,860,000원)이 FF의 계좌에 입금된 즉시 KKK가 또다른 ‘자료상’ 업체로 설립·운영하고 있던 유한회사 성진산업 계좌로 이체되었고, 그 이후 위 성진산업은 2014. 5. 14. 직권 기타 사유로 폐업처리 되어 위 금원의 사용처를 확인할 수 없게 되었는데, 이러한 금융 흐름은 허위의 세금계산서를 발급·수취하되 그에 상응하는 금융거래의 외형까지 만들어 세무당국의 추적을 피하려는 ‘자료상’의 전형적인 거래 형태에서 찾아볼 수 있는 것인바, 위 계좌 입금 내역만으로는 FF이 원고 AA산업에게 실제 재화를 공급하였다는 사실을 인정하기 부족한 점, ③ 원고 AA산업이 HH산업의 공사 용역에 H-beam을 제공한 것은 이 사건 세금계산서 발급 이후의 사정에 불과할 뿐 아니라, 위 H-beam이 원고 AA산업이 실제 FF으로부터 공급받은 그것이라고 단정하기도 어려운 점, ④ 원고 AA산업은 위 증거들 외에 운송장, 인수증 등 위 H-beam이 정상적인 경로로 납품된 것이라거나 실제 FF으로부터 납품된 것이라는 점을 증명할 수 있는 객관적인 증거를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고 AA산업이 제출한 증거들만으로는 관련 형사사건의 확정판결에서 인정한 사실과 반대되는 사실을 인정할 만한 특별한 사정이 인정된다고 보기 어렵다.
• 라) 원고 BB산업 또한 FF과 사이에 정산합의서가 존재하고, 그 정산금이 FF이 원고 BB산업에게 발행한 세금계산서 기재와 같으며, 원고 BB산업은 2014. 9. 1. 부가가치세를 포함한 용역대금 33,124,316원을 FF의 계좌에 입금하였을 뿐 아니라, HH산업으로부터 앵글제작 및 가공용역을 도급받아 FF에게 하도급한 사실이 인정되므로, 원고 BB산업의 경우 FF으로부터 실제 용역을 제공받은 것으로 보아야 할 특별한 사정이 인정된다고 주장한다. 그러나 기록에 비추어 인정되는 아래와 같은 사정들, 즉 ① FF이 ‘자료상’으로 인 정되는 이상 위 정산합의서 또한 허위로 발급된 세금계산서에 대응하여 형식적으로 작 성된 것이라는 가능성을 배제할 수 없어, 이를 확정판결에서 인정한 사실과 반대되는 사실을 증명할 수 있는 객관적 증거로 보기 부족한 점, ② 원고 BB산업은 이 사건 세금계산서가 발급된 날로부터 약 5개월 후인 2014. 9. 1. 위 세금계산서에 대응하는 금원을 FF에게 지급하기는 하였으나, FF에게 이체된 위 금원 중 대부분(33,100,000원)은 즉시 현금으로 인출되어 그 사용처를 알 수 없게 되었고, 2014. 9. 5. 원고 BB산업의 대표자인 신BB의 계좌에서 원고 BB산업 계좌로 30,000,000원이 이체되었는바,3) 이와 같은 금융의 흐름은 ‘자료상’의 전형적인 거래 형태에서 찾아볼 수 있는 것인 점, ③ 원고 BB산업은 HH산업으로부터 도급받은 앵글제작 및 가공용역에 FF의 ‘물량팀’으로부터 제공받은 용역을 투입하였다고 주장하는데, ‘물량팀’이란 어느 회사에도 소속되지 않은 기술자들이 사업자등록을 하지 않고 혼자 또는 자신의 팀을 데리고 다니면서 현장에서 노무를 제공하는 방식을 말하므로, 위 주장 자체에 의하더라도 원고 BB산업이 FF으로부터 용역을 제공받은 것이라 보기 어려운 점, ④ 앞서본 바와 같이 FF에는 소속된 근로자가 없고, FF이 근로자에게 임금을 지급한 내역도 존재하지 않아 위 ‘물량팀’을 FF 소속으로 볼만한 특별한 사정도 발견되지 않는점 등을 종합하여 보면, 원고 BB산업의 경우에도 관련 형사사건의 확정판결에서 인정한 사실과 반대되는 사실을 인정할 만한 특별한 사정이 인정된다고 보기 어렵다.
• 나. 원고들이 선의·무과실인지 여부

1. 관련 법리

3. 한편, 원고 BB산업은 위 30,000,000원에 대해 신BB이 원고 BB산업에 대여한 금원이라고만 주장하고 있다. 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산 서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없 는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의 위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하 는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 참조).

2. 구체적 판단 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑가 제17호증, 갑나 제21호증의 각 기 재 및 변론 전체의 취지에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 선박부품이 나 기계를 제작·가공하는 원고들의 입장에서는 매입한 재화나 용역에 대한 부가가치세 를 공제받기 위해 거래상대방의 세금계산서의 발행 가능 여부가 매우 중요한 사항이었 을 것으로 보이고, FF과의 거래 액수도 상당함에도 FF의 사업장 소재지나 사업 시 설 등을 실제로 확인하는 등 거래상대방이 실제로 매출·매입을 발생시킬 수 있는 사업 자인지 확인하는 최소한의 조치도 취하지 않은 것으로 보이는 점, ② 원고들이 FF으 로부터 수취한 사업자등록증은 단순한 사업사실의 등록을 증명하는 증서에 불과하고 그에 의하여 사업을 할 수 있는 자격이나 요건을 갖추었음을 인정하는 것은 아니므로 (대법원 2005. 7. 15. 선고 2003도6934 판결 등 참조), 공급자의 사업자등록 여부를 확인한 것만으로는 주의의무를 다하였다고 보기 어려운 점,4) ③ 나아가 FF은 2014. 1.23. 개업하여 이 사건 각 세금계산서 발행 당시 신규사업자에 해당할 뿐 아니라 소속된 근로자도 없이 애초부터 ‘자료상’ 행위를 목적으로 설립된 법인이므로, 원고들이 조금만 주의를 기울였다면 거래상대방인 FF이 정상적으로 세금계산서를 발행할 수 없는 사업자라는 사실을 알 수 있었을 것으로 보이는 점, ④ 원고 AA산업의 경우 FF으로부터 H-beam을 공급받았다고 주장하면서도 위 H-beam의 출처, 상차지 정보, 운송 경위 등을 입증할 수 있는 최소한의 자료도 제출하지 못하고 있는바, FF과의 거래 당시 그 거래가 진정한 것인지 확인해 보기 위한 노력을 하였다고 보기 어려운 점,

⑤ 원고 BB산업의 경우 독립된 미등록사업자인 ‘물량팀’으로부터 용역을 제공받은 것으로 보이는 바, 거래 관행상 ‘물량팀’과의 거래에서 정상적인 방법으로는 세금계산서를 수취할 수 없다는 점을 알고 있었을 것으로 보이는 점, ⑥ 달리 원고들이 신생업체인 FF을 신뢰하여 이 사건 거래를 하였다고 볼 만한 특별한 사정을 찾기도 어려운점 등을 종합하여 보면, 원고들이 주장하는 사정들만으로는 원고들이 선의·무과실의 거래당사자에 해당한다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고들의 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.