비정상적으로 운영된 법인에 대한 추계과세의 정당여부

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2006. 10. 1. 원고에게 한 2002년 귀속 법인세 2,251,080,600원, 2003년 귀 속 법인세 1,274,067,340원, 2004년 귀속 법인세 2,332,213,770원, 2005년 귀속 법인세 2,210,537,170원의 부과처분(이하, 이 사건 각 부과처분이라 한다)을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 사건의 쟁점은, ① 피고가 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제3항 단서, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호, 제2항 제1호에 따라 원고의 사업수입금액에 소득세법 시 행령 제145조의 규정에 의한 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제하여 법인세 과세표준을 추계한 것이 적법한지 여부, ② 이 사건의 경우에 피고가 법령에 정한 방법으로 기준경비율을 적용하여 원고의 과세표준을 추계하였다고 하더라도, 추계방법이나 내용이 합리성과 타당성을 결여하고 있어 위법한지 여부이다. 제1심은, 이 사건 각 부과처분 당시 사실상 폐업상태에 있었으므로 법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호 에 따라 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 규정한 소기업이 폐업한 때에 해당한다는 것을 전제로 소득세법 시행령 제145조 에 따른 단순경비율을 적용해야 한다는 원고의 주장에 대하여, 이 사건 부과처분 당시 원고가 폐업상태였다는 점을 인정하기 어렵다고 배척하고, 피고가 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제3항 단서, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호, 제2항 제1호에 따라 원고의 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제하여 법인세 과세표준을 추계하여 내린 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였는데, 변론결과에 의하면 제1심의 이러한 판단은 정당하다. 따라서 이 법원의 판결이유는, 당심에서 새롭게 주장된 쟁점 ② 부분에 관한 원고의 주장에 대하여 아래와 같이 판단하는 것을 추가하는 외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

• 가. 원고의 주장 쟁점 ②와 관련하여 원고는, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호, 제2항 제1호에 의하여 기준경비율을 적용하여 법인세 과세표준을 추계하는 경우 ‘매입비용과 사업용 고정자산에 대한 임차료’,‘임직원에 대한 인건비’가 증빙서류에 의해 입증될 것을 전제로 단순경비율과 비교하여 현저히 낮은 수치로 기준경비율을 정한 것이므로 기준경비율을 적용하려면 주요 경비가 합리적인 수준에서 결정되는 것이 전제되어야 함에도 불구하고, 원고가 제출한 기부금, 노무비, 공사대금 등에 관한 증빙서류가 사후에 임의로 작성되었다는 이유로 이에 근거한 경비를 인정하지 않음으로써 이 사건 각 부과처분은 추계방법이나 내용에 합리성과 타당성을 결여하고 있어 위법하다고 주장한다.
• 나. 판단 추계과세를 함에 있어서는 그 추계의 방법과 내용에 있어 가장 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있어야 하고, 추계과세대상 납세자에게 특수한 사정이 있는 경우에는 그러한 사정까지 고려되어야 하므로, 과세관청이 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 하였다 하더라도 그 추계방법에 의한다면 불합리하게 된다고 볼 만한 특수한 사정이 있는 경우에는, 그러한 특수한 사쟁을 참작하지 아니하고 행하여진 추계과세는 그 추계방법과 내용에 있어 합리성과 타당성을 인정할 수 없어 위법하다고 할 것이다(대법원 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결 등 참조). 그러므로 살피건대, 을제1호증, 을제5호증의 1 내지 3, 을제8호증, 을제12호증의 2 내지 4, 을제14, 25호증의 각 1 내지 4의 각 기재, 이 법원의 광주세무서에 대한 사실 조회결과, 증인 정○배의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 당초에 수입금액을 2002사업연도 3,348,787,000원, 2003사업연도 3,882,024,000원, 2004사업연도 2,024,517,000원, 2005사업연도 2,025,593,000원, 합계 11,280,921,000원으로 각 신고한 반면에, 피고가 감사원의 원고에 대한 조사결과, ○○은행에 대한 입출금내역 조회, ○○대학교의 지출결의서, 매입세금계산서, 원고의 수정신고금액을 참작하여 조사한 후 원고의 수입금액을 2002사업연도 10,538,802,000원, 2003사업연도 8,587,479,000원, 2004사업연도 10,210,063,000원, 2005사업연도 10,813,957,000원, 합계 40,150,301,000원으로 확정한 사실, 원고가 법인세 수정신고 당시 추가손금으로 27,905,675,000원을 신고하였으나 이는 위 수입누락금액 합계 28,869,335,000원(원고가 신고한 누락수입금액은 28,638,294,000원)에 육박하고 있었고 위 추가손금 부분에 대한 관련 장부 및 증빙서류가 없어 피고가 원고에게 2006. 7. 19., 2006. 7. 25. 두 차례에 걸쳐 자료제출을 요구하였으나 원고가 아무런 자료도 제출하지 않은 사실, 원고가 추가손금 부분의 신빙성을 확인하기 위하여 원고가 검찰청에 제출한 기부금, 노무비, 공사대금의 지출근거 서류를 조사한 결과, 이들 서류는 모두 사후에 원고의 입·출금거래내역에 따라 임의적으로 거짓되게 기재되었거나, 당시 진행된 ○○보건대학, ○○대학교 건축공사와 구분되지 않게 기재되어 사실여부에 대한 확인이 불가능하다고 결론지은 사실, 위 결론에 따라 피고가 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제3항 단서, 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호, 제2항 제1호에 따라 원고의 사업수입금액 합계 40,150,257,000원(=2002사업연도 10,538,802,000원, 2003사업연도 8,587,479,000원, 2004사업연도 10,210,063,000원, 2005사업연도 10,813,913,000원)에서 원고가 당초신고한 것에 근거하여 주요경비 합계 10,772,434,000원(=2002사업연도 3,281,217,000원, 2003사업연도 3,797,448,000원, 2004사업연도 1,953,252,000원, 2005사업연도 1,740,517,000원)을 공제 한 다음, 소득세법 시행령 145조 에 규정한 기준경비율을 곱하여 계산한 기준경비 합계 4,987,519,000원(=2002사업 연도 1,380,583,000원, 2003사업연도 1,064,847,000원, 2004사업연도 1,266,048,000원, 2005사업연도 1,276,041,000원)을 공제하여 소득금액을 합계 24,390,304,000원(=2002사업연도 5,887,002,000원, 2003사업연도 3,725,184,000원, 2004사업연도 6,990,763,000원, 2005사업연도 7,797,355,000원)으로 산정하고 이를 근거로 과세표준을 확정한 후 이 사건 각 부과처분을 한 사실, 피고는 원고의 대표이사였던 박○채, 김○성에게 각 4차례에 걸쳐 조사를 위하여 출석을 요구하였으나 김○성은 출석하지 않았고, 박○채만 2006. 9. 7. 출석하여 원고의 대표이사로 있으면서 원고를 실질적으로 경영한 사실이 없고 단지 공사현장에 노무자를 동원하는 업무만 담당하였으며, 원고의 실제 경영자는 모른다고 진술한 사실, 당시 현장소장으로 원고의 공사를 지휘·감독한 정○배도 원고의 대표이사만을 알고 있을 뿐 그 이외의 원고의 경영진에 대하여 전혀 모르고 있는 사실, 원고는 학교법인 ○남학원, ○복학원, ○남학원, ○남학원, ○호학원, 의료법인 ○○재단에서 운영하고 있는 학교와 병원의 시설물 공사를 위해 1996. 8. 8. 자본금 750,000,000원으로 설립된 회사인데, 위 각 학교법인 및 의료법인의 실질적인 설립자 이○하가 원고를 사실상 경영하고 있고, 원고의 주주인 이○수, 김○성, 신○환은 모두 위 각 학원의 대표, 교장, 행정실장 등 관련자들이고 다른 주주인 서○영은 위 이○하의 처인 사실, 원고가 건설공사를 수급한 ○○대학교는 학교법인 ○남학원에 속해 있고, 원고가 포기한 공사를 인수하였다는 주식회사 ○○건설의 대주주 겸 대표이사인 신○건이 이○하가 실질적으로 운영하는 ○호학원 산하 ○○대학교의 직원이었고, 전 주주였던 신○환도 ○남학원의 대표였던 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실과 같이, 원고는 통상적인 건설회사와는 달리 이○하가 운영하는 학교법 인 및 의료법인의 건축시설 공사를 위하여 위 학교법인 및 의료법인의 특수관계인에 의하여 설립되어 정상적인 절차나 회계에 의하여 않고 수입금액을 누락시키는 등 비정상적으로 운영되었고, 피고의 여러 차례에 걸친 요구에도 불구하고 원고가 추가손금 부분에 관한 아무런 증빙서류도 제출하지 않았다면, 비록 원고의 매출액 대비 영업이익률이 업종평균 영업이익률보다 훨씬 높고, 사업수입금액 중 노무비가 차지하는 비중 이 노동부장관고시 건설공사 노무비율보다 크게 낮은 점은 인정되나, 그것만으로써 곧바로 피고가 법령에서 정한 방법으로 추계과세를 한 것이 그 추계방법이나 내용에 합리성과 타당성을 결여하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 부과처분은 추계방법이나 내용에 합리성과 타당성을 결여하고 있어 위법하다는 원고의 주장도 이유 없다.

그렇다면, 결국 제1심 판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.