쟁점토지를 업무에 사용하지 않고 양도한데 대한 처분

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 7. 10. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 귀속 법인세 698,040,830원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 철구조물 제조 ․ 도매 및 관련 공사업을 영위하는 법인사업자로서 1999. 8. 28. 주식회사 ○○으로부터 공장부지로 사용되던 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 외 11필지 57,096.7㎡(아래에서는 ‘이 사건 ○○○ 토지’라고 한다)를 매수한 후 위 토지 상에 약 1,200세대의 아파트를 신축하여 분양하는 사업계획을 세우고, 1999. 9. 30. 원고의 정관에 주택건설사업을 고유 목적사업으로 추가한 후 1999. 10. 1. 법인등기부의 목적란에 변경사항을 기재하였다.
• 나. 그런데 ○○○○○장이 1999. 12. 1. 이 사건 ○○○ 토지 중 4,892.3㎡(아래에는 ‘이 사건 토지부분’이라고 한다)에 대하여 도시계획상의 용도를 행정산업업무용지로 결정 ․ 고시함에 따라 원고는 당초의 아파트 신축분양사업을 조정하여 이 사건 ○○○ 토지 중 이 사건 토지부분을 제외한 나머지 토지에 아파트 892세대를 신축하여 분양하고, 2001. 11. 8. 이 사건 토지부분은 주식회사 ○○에 매각하였다.
• 다. 피고는 2004. 7. 10. 이 사건 토지부분을 원고의 업무와 관련이 없는 자산으로 보고서 그 토지가액에 해당하는 차입금이자 1,362,691,735원(1999 사업연도: 64,661,500원, 2000 사업연도; 672,872,415원, 2001 사업연도; 625,157,820원)과 종합토지세 23,046,891원(2000 사업연도; 11,541,534원, 2001 사업연도 11,505,357원)을 손금불산입하고, 기타 사항을 세무조정하여 원고에게 2001 사업연도 귀속 법인세를 698,040,830원으로 경정하는 처분(아래에서는 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3호증, 갑 4호증의 1, 2, 갑 5호증, 갑 7호증의 2, 을 1호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 이 사건 ○○○ 토지를 매수할 당시 그 지역은 도시계획상 특별설계단지로서 상세 계획이 결정되지 아니한 상태라 아직 토지의 용도가 확정되지는 아니하였으나 토지의 주변 여건 등에 비추어 위 ○○○ 토지 전체가 공동주택 건설부지로 결정될 것으로 전망되어 원고는 위 ○○○ 토지를 취득하였고, 이 사건 토지부분이 공동주택 건설부지에서 제외되어 이 사건 토지부분 지상에 아파트를 건설할 수 없으리라는 것을 전혀 예상할 수 없었는데, 이후 ○○○○○가 도시계획상 이 사건 토지부분의 용도를 행정산업 업무용지로 결정하는 바람에 이 사건 토지부분을 공동주택 부지로 사용할 수 없었고, 또한 행정산업 업무용지에는 상가건물을 신축할 수 있으나 이는 원고의 고유 목적사업에 포함되지 아니할 뿐만 아니라 원고의 경험, 사업의 수익성 등 원고의 제반 경영 여건에 비추어 이 사건 토지부분에 상가건물을 신축할 수 없어 원고로서는 부득이 이 사건 토지부분을 상가건물 전문건설업체인 주식회사 ○○에게 매각하였으므로 원고가 이 사건 토지부분을 업무에 사용하지 못하고 양도한 데에 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제29호 소정의 정당한 사유가 있으니 이 사건 토지부분의 차입금이자와 유지관리비를 손금에 산입하여야 함에도 불구하고, 피고가 이를 손금불산입하여 행한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 법인세법 제27조 (업무와 관련없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득 ․ 관리함으로써 생기는 비용 대통령령이 정하는 금액 제28조 (지급이자의 손금불산입)

① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

① 법 27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화 전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산 유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. 제53조(업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입)

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 지급이자 × [{제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액 (총차입금을 한도로 한다)} ÷ 총차입금 ] 법인세법 시행규칙 제26조

① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “재정경제부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 기간 (이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년 (5산업직적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서 상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산: 취득일부터 5년

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산: 취득일부터 2년

② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “당해 법인의 업무”라 함은 다음 각 호의 업무를 말한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부 상의 목적사업(행정관청의 인가 ․ 허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가 ․ 허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.29. 당해 부동산의 취득 후 제2호 내지 제28호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

• 다. 인정사실

(1) ○○○○장은 1999. 6. 23. ○○구 고시 제1999-36호로 이 사건 ○○○ 토지를 도시계획상 상세설계구역 내의 특별설계단지로 결정 ․ 고시하였고, 같은 달 28일부터 같은 해 7. 12.까지 이 사건 토지부분의 용도를 행정산업 업무용지로 정한다는 취지의 도시계획(상세계획)안에 대하여 이해관계인 및 일반인의 공람절차를 거치고 1999. 7. 16. 도시계획위원회로부터 위 계획안이 타당하다는 결정자문을 받은 다음 1999. 7. 23. 이 사건 토지부분의 용도를 행정산업 업무용지로 한다는 내용이 포함된 도시계획(상세계획)을 입안하였다.

(2) 주식회사 ○○은 특별설계단지에서는 지방자치단체 또는 토지소유자가 상세한 개발계획을 작성하여 도시계획 심의위원회의 승인을 받으면 개발이 가능하므로 이 사건 ○○○ 토지를 아파트 용지로 매각하여 기업 구조조정을 추진하기로 결정하였다.

(3) 원고는 ○○○○주식회사와 사이에 이 사건 ○○○ 토지를 매입하여 아파트 1,200세대를 신축분양하기로 약정하고서 1999. 8. 28. 주식회사 ○○으로부터 이 사건 ○○○ 토지를 매수하였고, 또한 1999. 9. 30. 원고의 정관을 변경하여 법인의 목적사업에 주택건설사업을 추가하는 한편 1999. 10. 13. 주택사업자 등록을 마쳤으며, 2000. 3. 31. 다시 원고의 정관을 변경하여 법인의 목적사업에 ‘각 호에 기재된 사업에 관련된 부대사업 일체’를 추가하였다.

(4) 원고가 이 사건 ○○○ 토지를 매수할 당시 그 지역은 도시계획상 특별설계단지로서 상세계획이 결정되지 아니하여 아직 토지의 용도가 확정되지는 아니한 상태이었는데, ○○○○○장은 1999. 12. 1. ○○○○○고시 제1999-378호로 이 사건 ○○○ 토지 중 52,204.5㎡는 공동주택용지로, 이 사건 토지부분은 공동주택을 건설할 수 없는 행정산업 업무용지로 결정 ․ 고시하였다.

(5) 원고는 이 사건 ○○○ 토지 중 이 사건 토지부분을 제외한 나머지 부지 상에 승인받은 바에 따라 아파트를 신축하여 분양하였으나, 2001. 1. 5.부터 2001. 11. 1. 까지 7회에 걸쳐 ○○○○○○ 주식회사에게 개발사업성 분석을 의뢰한 결과 이 사건 토지부분은 자체적으로 개발하는 것보다는 매각하는 편이 낫다는 용역조사결과를 얻은 후, 이 사건 토지부분 지상에 상가를 신축하여 분양하는 사업은 사업성 검토 결과 자체적으로 신축하더라도 수익성은 있으나 위 ○○○○이 참여를 거절하여 자금지원을 받을 수 없는 상황에서는 사업진행이 어렵고 따라서 이 사건 토지부분을 매각하는 편이 낫다고 판단하고서 2001. 12. 20. 이 사건 토지부분을 상가개발 전문회사인 주식회사 ○○에 매도하였고, 이후 주식회사 ○○은 이 사건 토지부분 지상에 용도가 근린생활시설 및 업무시설로 지정된 지하 3층, 지상 7층 규모의 상가건물을 신축하여 분양하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증의 1, 2, 갑 3호증, 갑 4호증의 1, 2, 갑 5호증, 갑 7호증의 2, 갑 8, 9호증의 각 1, 2, 3, 을 2 내지 4호증, 을 5호증의 1, 2의 각 기재, 제1심 증인 ○○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지

(1) 구 법인세법 시행규칙(2005.2.28. 재정경제부령 제420호로 일부 개정되기 전의 것. 아래에서는 ‘법 시행규칙’이라고 한다) 제26조 제5항 제29호에서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상 ․ 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 10. 선고 2000두4989 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조)

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 ○○○ 토지에 대한 매매계약 체결 당시 이 사건 토지부분 상에 아파트를 신축하는 것이 가능할 것으로 전망되었을 뿐이고 그것이 불가능할 것으로는 전혀 예상할 수 없었다고 주장하나, 앞서 본 바에 의하면, 특별설계단지는 지방자치단체 또는 토지소유자가 상세한 지구단위계획을 작성하여 도시계획 심의위원회의 승인을 받아야 그 용도가 도식계획으로 결정되는 것인데, 1999. 6. 23.부터 1999. 7. 23.까지 사이에 이 사건 토지부분의 용도가 아파트를 건설할 수 없는 행정산업 업무용지로 정한다는 취지가 기재된 도시계획이 일반인의 공람절차를 거치는 등 일련의 절차를 거쳐 ○○○○○이 1999. 12. 1. 이 사건 토지부분을 행정산업 업무용지로 결정 ․ 고시한 사실이 인정되므로, 원고가 주식회사 ○○과 사이에 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결할 당시 이 사건 토지부분 상에 아파트를 신축하는 것이 가능할 것인지 여부가 확정되지 않았을 뿐 아니라 그것이 불가능할 것으로 전혀 예견할 수 없는 상태였다고 보기도 어렵다. 또한, 원고는 원고가 이 사건 토지부분을 취득한 후 이 사건 토지부분이 행정산업 업무용지로 결정됨으로써 원고가 도시계획의 변경 등의 사유로 이 사건 토지부분을 업무에 사용하지 못한 것이라고 주장하나, 위에서 본 인정사실에 의하면, 이 사건 토지 부분은 위 매매계약 체결 당시 상세계획구역 내의 특별설계단지로 지정되어 도시계획이 확정되지 않았던 점, 원고가 ○○○○장에게 이 사건 토지부분의 개발계획을 제출하여 승인을 얻은 점, 이 사건 토지부분을 매수한 주식회사 ○○이 이 사건 토지부분에 실제로 근린생활시설과 업무시설로 사용될 건물을 신축한 점, 이 사건 토지부분 상에 아파트를 신축하는 것 이외의 사용에 다른 제한이 있어 업무에 사용할 수 없는 것으로 보이지는 않는 점을 알 수 있는바, 이러한 점에 비추어 볼 때 원고가 이 사건 토지부분을 취득한 후 이 사건 토지부분이 행정산업 업무용지로 확정되었다고 하여 원고가 도시계획의 변경으로 인하여 이 사건 토지부분을 업무에 사용하자 못한 것이라고 보기 어렵다. 또한, 원고는 이 사건 토지부분 상에 상가를 신축하여 분양하는 것은 원고의 목적사업이 아니어서 이 사건 토지부분을 업무에 사용하지 못하고 매각한 데에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다고 주장하나, 위에서 본 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고의 법인등기부 상 목적사업 란에 ‘주택건설 사업 및 관련 부대사업 일체’라고 기재되어 있는 사실, ○○○○○○이 이 사건 토지부분을 1999. 12. 1. 행정산업 업무용지로 결정 ․ 고시하기 이전인 1999. 11. 11. 원고가 작성한 ‘○○동 아파트 사업계획서’의 ‘4. 상세계획 진행현황’에 따르면 원고는 1999. 10. 28. 이 사건 토지부분을 포함한 특별설계단지 제3지구의 상세계획이 입안되어 승인 예정인 사실을 알고 사업을 추진한 사실, 원고는 ○○○○에 이 사건 ○○○ 토지에 대한 개발계획을 제출하면서 이 사건 토지부분이 행정산업 업무부지로 적합하도록 1단지로 개발계획을 제출하면서 이 사건 토지부분이 행정산업 업무부지로 적합하도록 1단지로 개발하겠다는 내용을 포함하였고, 행정산업 업무부지에는 주상복합, 상가 등만을 건축할 수 있도록 되어 있었는데, 위 개발계획은 원고가 정관을 변경하여 이 사4건 토지부분을 개발하는 것을 당연한 전제로 하는 것이었던 사실, 원고가 ○○○○○○ 주식회사에 대한 용역의뢰 조사결과 등을 토대로 이 사건 토지부분 상에 상가를 자체적으로 신축하는 것은 수익성은 있으나 ○○○○으로부터 자금지원을 받을 수 없게 된 사정을 고려한 경영상의 판단 하에 이 사건 토지부분을 매각한 사실을 인정할 수 있고, 이러한 사실에 일반적으로 아파트 신축분양업자는 아파트를 신축하면서 부대사업으로 자신이 직접 또는 전문건설업체에 도급을 주는 방법으로 상가를 신축하고 있는 점 등을 보태어 보면, 원고가 아파트를 신축하여 분양하면서 연접한 이 사건 토지부분 상에 상가를 건축하여 단일 필지로 개발하는 것은 당초의 사업 허가조건 등에 비추어 원고의 목적사업의 일부에 해당한다고 할 것이고, 원고가 자신의 자금사정 및 사업성측면을 고려하여 이 사건 토지부분을 목적사업에 사용하지 아니하고 매각하였다고 하더라도 원고가 이 사건 토지부분을 매각한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 마지막으로, 원고는 설사 원고가 상가건설 및 분양을 주택건설사업의 부대사업으로 시행할 수 있다고 할지라도 원고의 부족한 자금능력 및 일천한 경험과 시행능력에 비추어 이 사건 토지부분을 취득목적에 맞게 업무상 사용하는데 사실상의 장애가 발생하였다고 할 것이고 이러한 사정은 법 시행규칙 제26조 제5항 제29호에서 정한 ‘정당한 사유’에 해당한다고 주장하므로 살피건대, 위 법 시행규칙 소정의 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 제한, 금지 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유뿐 아니라 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다고 할 것이나, 원고가 이 사건 토지부분을 취득목적에 맞게 개발하는 것보다는 매각하는 것이 경영상 유리하다는 판단 하에 이 사건 토지부분을 매각한 사실은 위에서 본 바이므로, 원고가 이 사건 토지부분을 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음을 전제로 한 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 따라서, 원고가 이 사건 토지부분을 목적사업에 사용하지 아니하고 매각한 데에 법 시행규칙 제26조 제5항 제29호 소정의 정당한 이유가 있다고 할 수 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.