부과제척기간 임박의 경우, 과세전적부심사 절차는 생략할 수는 있어도 과세예고통지 절차는 생략할 수 없음

사 건 광주고등법원(제주)2023누1783 법인세부과처분취소 원 고

○○ 영농조합법인 피 고

○○세무서장 판 결 선 고

2025. 5. 14.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2021. 3. 16. 원고에 대하여 한 2015사업연도 법인세 634,276,170원(가산세포함) 부과처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

1. 처분의 경위 및 원고 주장의 요지 이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결 3쪽 표 아래 1행의 “원고는” 다음에 “2016. 3. 28.”을 추가하고, 3쪽 첫 번째 글상자 아래 1행의 “원고는” 다음에 “2020년 10월 말경”을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 제1항 및 제3항의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분에 과세예고통지 부당 생략의 위법이 있다는 주장(제1 주장)에 관한 판단

• 가. 관련 규정과 법리

1. 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다.”라고 규정하면서, ‘납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호) 등을 과세예고통지 대상으로 들고 있다. 같은 조 제2항 본문 및 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 한편, 같은 조 제3항 각호에서는 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호(이하 ‘제3호 규정’이라 한다)에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다.

2. 구 국세기본법 제81조의15 제1항 은 각호 사유 중 하나에 해당하는 경우 과세관청의 과세예고통지 의무를 규정하면서 이를 생략할 수 있는 예외 조항을 두고 있지 않다. 또한 제2항 본문 및 제2호는 ‘과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내’에 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하는 한편, 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날’부터 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다는 취지로 규정함으로써 제3호 규정의 예외사유로 인정되기 위한 요건으로 과세예고통지 실시를 전제하고 있다. 이는 관세법 제118조 제1항 단서 제1호에서 이러한 경우 과세예고통지를 생략할 수 있도록 명문으로 정한 것과 대조된다.

3. 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 세법의 문언에 기초한 엄격해석의 원칙, 과세예고통지 생략에 관한 법률적 근거의 부존재, 과세전적부심사청구 외에도 납세자가 과세예고통지로 누릴 수 있는 절차적 이익 등에 비추어 볼 때, 과세예고통지에 관한 절차적 권리가 주로 과세전적부심사에 결부된 것임을 감안하더라도 과세전적부심사에 관한 제3호 규정의 예외사유를 들어 과세예고통지 역시 생략할 수 있다고 쉽사리 해석하여서는 안 된다. 따라서 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항 이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하며, 아래에서 보는 바와 같이 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다.

4. 다만 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세관청이 과세예고통지 없이 과세처분을 하게 된 데에 정당한 사유가 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 사정만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결, 대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두52642 판결 등 참조).

• 나. 판단

1. 피고가 과세예고통지 없이 이 사건 처분을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 이에 대하여 피고는, 상급기관의 업무감사 절차에 따라 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 원고에 대한 2015사업연도 법인세의 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 매우 임박한 상태에서 이 사건 처분을 하게 되었으므로, 피고가 과세예고통지 없이 위 처분을 하게 된 데에 정당한 사유가 있다고 주장한다.

3. 살피건대, 앞서 든 증거, 을 제10, 11, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 2020. 10. 15.부터 같은 달 30.까지 ○○지방국세청장이 피고에 대한 종합업무감사(이하 ‘이 사건 감사’라 한다)를 실시한 사실, 이 사건 감사와 관련하여 피고가 2020. 10. 15. 원고에게 이 사건 해명자료 제출안내를 발송한 사실, ○○지방국세청의 감사 담당 직원이 2020. 10. 30. 피고에게 이 사건 감사에 따른 지적사항에 관한 질문서를 발부하였는데, 지적사항 중에는 원고의 이 사건 토지 양도소득에 대한 법인세 신고 누락이 포함되어 있었던 사실, 피고의 담당자가 2020. 11. 16. ○○지방국세청 감사 담당직원에게 답변서를 제출한 사실, 이 사건 감사와 관련하여 2021. 1. 16. ○○지방국세청양정위원회의 심의 및 2021. 2. 17. 국세청(본청) 양정위원회의 심의가 이루어졌고, 2021. 2. 24. 피고에게 양정조정 심의결과가 통보된 사실, 원고에 대한 과세취지가 포함된 ○○지방국세청장의 감사결과 처분지시가 이 사건 처분이 있고 난 후인 2021. 3. 22. 피고에게 통보된 사실, 한편 이 사건 처분에 관한 부과제척기간(2015사업연도 법인세의 부과제척기간) 말일은 2021. 3. 31.로, 이 사건 처분일인 2021. 3. 16.로부터 불과 15일 후에 도래한 사실 등은 인정된다.

4. 그러나 앞서 본 처분의 경위 사실과 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 위 인정사실만으로는 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 이 사건 처분에 관한 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 매우 임박하게 되었다거나, 이로 인하여 과세관청이 과세예고통지를 없이 과세처분을 하게 된 데에 정당한 사유가 있다는 등의 특별한 사정을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고는 2016. 3. 28. 2015사업연도 법인세 신고를 할 당시 이 사건 토지에 관한 처분이익 3,951,630,310원을 유형자산 처분이익 계정에 계상하여 법인세를 신고하면서도 이를 ‘토지 등 양도소득’의 과세표준으로 신고하지 아니하였다. 피고가 이 사건 감사의 개시 당일인 2020. 10. 15. 원고의 당초 신고에 관한 별도의 제보나 자료 등을 받지 아니한 채 곧바로 원고에게 이 사건 해명자료 제출안내를 송부한 점, ○○지방국세청의 감사 담당 직원 또한 마찬가지로 추가 제보나 자료 없이 위와 같은 원고의 당초 신고를 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 신고누락으로 보고 이를 지적사항에 포함시킨 점 등을 고려하여 보면 피고로서는 원고의 당초 신고를 접수할 때부터 그 내용에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고누락을 파악하거나 적어도 의심해 볼 수 있었던 것으로 보인다. 그러나 피고는 이 사건 감사가 있기 전까지 4년 6개월이 넘게 원고의 당초 신고에 대한 해명요구나 자료수집 등 이 사건 처분을 위한 조치를 하지 아니하였다.

② 이 사건 감사 과정에서 피고 직원이 제출한 답변서에는 ‘법인세과 업무가 과중하여 법인사업자에 대한 신고관리가 미흡했던 점을 반성하며 … 앞으로 법인사업자 신고 관리에 만전을 기하도록 하겠다.’라는 내용이 기재되어 있을 뿐이고, 피고가 원고의 당초 신고 내용에서 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고누락 사항을 파악하지 못한 데에 귀책사유가 없는 부득이한 사정이 있었다고 볼 만한 내용은 전혀 기재되어 있지 않다.

③ 피고가 2020. 10. 15. 원고에게 이 사건 해명자료 제출안내를 송부하였고, 이에 대해 원고가 같은 달 말경 ‘ 법인세법 부칙 제8조 단서, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26969호로 개정되기 전의 것) 제2조에 따라 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 계산하지 않고 신고하였다.’라는 취지의 해명이 담긴 소명서를 제출하였으며, 앞서 본 바와 같이 피고는 2020. 11. 16. 제출한 답변서에서 ○○지방국세청장의 지적사항을 ‘신고관리 미흡에 따른 과오’로 평가하고 있었으므로, 피고로서는 늦어도 위 답변서를 제출할 무렵에는 이 사건 처분을 할 수 있는 상태에 있었을 것으로 보인다. 또한 이때는 아직 원고에 대한 2015사업연도 법인세의 부과제척기간 말일이 3개월 넘게 남아있었으므로, 피고가 이 사건 처분에 앞서 과세예고통지를 하는 것에 별다른 장애가 없었다고 봄이 타당하다. 그럼에도 피고는 아무런 조치를 하지 아니하다가 위 법인세에 관한 부과제척기간 만료일이 도래하기 15일 전에야 이 사건 처분을 하였다.

④ 이에 대해 피고는 이 사건 감사의 절차상 상급기관인 ○○지방국세청장이 내린 감사결과를 기다려 처분을 할 수밖에 없었다면서, 최대한 신속하게 절차에 따라 이 사건 처분을 하였다고 주장한다. 그러나 피고가 주장하는 사정은 과세관청의 내부적인 감사업무 처리절차에 관한 것으로서 과세처분의 대상자에 대하여도 이를 정당한 사유라고 주장할 수는 없다고 보아야 한다. 피고가 원고에 대한 2015사업연도 법인세의 부과제척기간 말일이 가까워지자 ○○지방국세청장의 감사결과 처분지시가 있기 전에 감사담당 직원의 업무연락만으로 이 사건 처분에 나아간 점(피고가 위 처분에 앞서 대기한 기간의 상당 부분은 양정위원회의 심의로 인한 것인데, 이는 원고의 법인세 신고누락 지적사항에 관한 처리방향을 정하는 심의가 아니었으므로, 피고로서는 양정위원회 심의가 진행되는 동안에도 위 감사 담당 직원에게 원고의 법인세 신고누락 지적사항의 처리방향에 관하여 미리 업무연락을 할 수도 있었다), 설령 피고가 ○○지방국세청장의 감사결과에 따른 처분요구가 있기 전에 이 사건 처분을 하는 것이 곤란하였더라도, 적어도 그 처분을 위한 준비절차로서 과세예고통지를 먼저 할 수는 있었던 점(앞서 본 바와 같이 피고는 위 부과제척기간의 말일이 3개월 넘게 남은 때에 이미 과세예고통지를 할 수 있었다) 등을 더하여 보면 더욱 그렇다.

5. 따라서 이 사건 처분은 구 국세기본법 제81조의15 제1항 이 정한 과세예고통지를 누락한 절차상 위법이 있으므로, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다(이처럼 원고의 위 주장을 받아들여 이 사건 처분이 위법하다고 보는 이상 원고의 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다.