이 사건 부동산은 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로 안분 계산한 금액을 공급가액으로 산정하여야함

사 건 (전주)2024누292 부가가치세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2024.8.28. 판 결 선 고 2024.11.27.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지 제1심 판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 2021. 12. 1. 원고에게 한 2020년 2기분 부가가치세 102,857,550원의 부과처분을 취소한다. 예비적으로, 피고가 2021. 12. 1. 원고에게 한 2020년 2기분 부가가치세 102,857,550원의 부과처분 중 8,759,183원을 초과하는 부분을 취소한다. 1)

1. 제1심 판결의 인용 원고가 이 법원에서 항소이유로 주장하는 사유는 제1심에서 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제1심 법원 및 이 법원에 제출된 증거를 다시 살펴보더라도 원고의 청구를 기각한 제1심 법원의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심 판결 12쪽 각주 4) 중 2행의 “(같은 동 37-96 토지)”를 “(같은 동 37-93 토지)”로 고치고, 원고가 항소이유로 강조하거나 추가한 주장에 대하여 아래 제2항과 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재(‘5. 결론’ 부분은 제외)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. ‘이 사건 상가의 양도는 재화의 공급에 해당하지 않는다’는 주장에 대하여

1. 원고는, 이 사건 부동산 등은 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)에 따른 정비구역 내에 있는 토지 및 건물로서 이 사건 추진위원회는 이 사건 부동산 등 중 토지만을 이용할 목적으로 원고로부터 이 사건 부동산 등을 매수한 것이고, 이 사건 매매계약상의 매매대금 전액을 토지의 취득가액으로 회계처리하였으며, 실제로 이 사건 추진위원회의 권리․의무를 승계한 ZZZ지역주택조합은 이 사건 상가를 비롯한 이 사건 건물을 철거하였는바, 이러한 사정들과 구 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 제3호 에서 ‘ 도시정비법 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우는 재화의 공급으로 보지 않는다’고 정하고 있는 것과의 형평 등을 고려해 보면, 이 사건 상가의 양도는 부가가치세 과세대상인 ‘재화의공급’에 해당하지 않는 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다.

2. 그러나 아래와 같은 이유로 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 건물의 소유자가 건물을 철거하고 도시정비법에 따른 사업시행자 또는 그러한 사업시행자 지위를 얻으려는 자에게 대지만을 인도하는 경우에는 건물에 대한 보상금 명목의 금원을 지급받았다고 하더라도 공급의 대상인 재화가 존재하지 않으나, 사업시행자 등이 건물과 대지를 인도받은 후에 그 건물을 철거하는 경우에는 해당 건물에 대한 처분권과 사용․수익권이 사업시행자 등에게 전부 이전되어 일단 재화의 공급자체는 있었다고 보아야 하고, 설령 사업시행자 등에게 그 건물을 그대로 사용하지 않고 철거할 목적이 있었다고 하더라도 그러한 건물 취득 목적에 따라 재화의 공급인지 여부가 달라질 수는 없다고 봄이 타당하다.
• 나) 제1심 판결의 이유에서 인정한 사실과 증거들, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고와 이 사건 추진위원회가 체결한 이 사건 매매계약은 원고 소유의 이 사건 부동산 등의 소유권을 이 사건 추진위원회에 이전하는 계약이고, 이 사건 매매계약상의 매매대금은 그 토지 및 건물의 소유권 이전에 따른 대가로 정해진 것으로 보일 뿐이고(한편 원고는 이 사건 상가를 비롯하여 이 사건 부동산 등에 포함된 각 개별 토지 및 건물에 대하여 개별적으로 산정한 양도소득세를 납부하기도 하였다), 원고와 이 사건 추진위원회가 이 사건 매매계약을 체결하면서 이 사건 건물의 철거를 이 사건 매매계약의 내용으로 정하였다거나 이 사건 매매계약상의 매매대금에 그러한 건물 철거로 인한 보상금을 포함시킨 것이라고 보이지 않는다.
• 다) 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 구 부가가치세법 시행령 제80조 제2호 에서는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액’을 ‘매출세액에서 공제하지 않는 매입세액’의 하나로 정하고 있는바, 이러한 규정들은 ‘철거되는 건축물의 취득 및 철거 비용’도 재화의 공급가액 자체에는 해당한다고 보아 과세대상이 되는 것을 전제한 규정이라고 할 것이다.
• 라) 사업자가 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는 면세하거나 비과세한다는 별도의 규정이 없는 한 모두 부가가치세의 과세대상이 된다. 협의취득과 도시정비법 등에 따른 공법상의 수용 절차는 그 법적 성격이 상이한바, 조세법규에 관한 엄격해석의 원칙상 구 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 제3호 를 이 사건과 같이 사업시행자가 수용절차 이전에 재화를 협의취득한 경우[이 사건 매매계약이 체결된 2020. 4. 7. 및 그에 따른 소유권이전등기가 마쳐진 2020. 9. 29.에는 ZZZ지역주택조합이 설립되지도 않았고(2021. 8. 13.에야 조합설립인가가 이루어졌다) 도시정비법에 따른 수용 결정이 공고되지도 않은 상태였다]에까지 확대하여 적용할수는 없다(대법원 2011. 12. 22. 선고 2010두2647 판결 2) 의 취지 참조).
• 나. ‘이 사건 상가의 양도에는 간이과세 세율이 적용되어야 한다’는 주장에 대하여

1. 원고는, ‘원고는 간이과세자 지위에서 이 사건 매매계약을 체결하였고, 그 계약 내용대로 소유권이전등기 및 인도가 이행되었는데, 이 사건 매매계약 체결일 이후 그에 따른 소유권이전등기나 인도가 마쳐지기 전에 원고가 일반과세자로 전환되었으므로, 이 사건 매매계약에 따른 “재화의 공급시기”는 일반적인 부동산 양도에 관하여 적용되는 재화의 공급시기인 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 (재화의 이동이 필요하지 않은 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때)가 아니라 같은 항 제3호[제1호(재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때)와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때]에 따라 정해야 하고, 이에 따른 재화의 공급시기는 “이 사건 매매계약 체결일”이라고 할 것이므로, 원고에게는 간이과세 세율이 적용되어야 한다‘고 주장한다.

2. 그러나 아래와 같은 이유로 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 재화의 공급시기는 재화의 공급이 어느 과세기간에 귀속되는지를 결정하는 기준이자 납세의무자가 부가가치세 과세표준 신고의무를 이행하는 시기를 정하는 기준 등으로서 중요한 의의를 지니는바, 이에 부가가치세법 15조 에서는 각 호의 구분에 따라 재화의 공급시기를 정하는 것으로 명시적으로 규정하고 있다.
• 나) 부가가치세의 성질에 비추어 재화의 공급시기는 공급받는 자가 공급받은 재화를 사용․소비할 수 있거나 그 효익을 누릴 수 있는 시점으로 보는 것이 타당한바, 이를 고려하여 부가가치세법 제15조 제1항 에서는 재화가 공급되는 시기를 ’재화의 이동이 필요한 경우‘(제1호)와 ’재화의 이동이 필요하지 않은 경우‘(제2호)로 구분하여 전자의 경우 ’재화가 인도되는 때‘를, 후자의 경우 ’재화가 이용가능하게 되는 때‘를 부가가치세 과세 기준이 되는 재화의 공급시기로 정하면서, 재화의 인도시기 또는 이용가능시기를 파악하기 어려운 경우에 대한 보충적 판단기준으로서 제3호에서 ’재화의 공급이 확정되는 때‘를 정하고 있다.
• 다) 이 사건에서 재화의 공급시기도 위와 같은 판단기준에 따라 정해져야 할 것인바, 이 사건에서 공급되는 재화인 이 사건 상가는 부동산으로 성질상 그 공급과 관련하여 ’재화의 이동이 필요하지 않은 경우‘에 해당하고, 따라서 이 사건 상가에 관한 재화의 공급시기는 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 에 따라 판단함이 타당하다.
• 라) 이때 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 가 정하는 ’재화가 이용가능하게 되는 때‘라 함은 ’재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때‘를 말하는 것이므로, 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그 부동산을 명도받기로 한 때라고 할 것이다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누1745 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2006두9900 판결 참조). 그런데 을 제5호증의 기재에 의하면, 원고와 이 사건 추진위원회는 2020. 4.7. 이 사건 매매계약 체결 당시 ① 2020. 9. 29.에 매매대금의 잔금 지급과 동시에 소유권이전등기 절차를 이행하기로 약정하면서 ② 특약으로 ’건물 명도는 2021. 2. 20.까지 한다‘라고 정한 사실을 인정할 수 있다. 이에 따라 이 사건 부동산 등에 관한 소유권이전등기가 잔금 지급일인 2020. 9. 29. 마쳐진 사실은 앞서 본 바와 같다. 이러한 인정사실에 의할 때 이 사건 상가는 위 특약에 따라 2021. 2. 20. 이 사건 추진위원회에게 명도된 것으로 추단되는바, 위 법리에 비추어 ’이 사건 상가가 이용가능하게 되는 때‘는 위 명도일인 2021. 2. 20.로 봄이 타당하고, 설령 그렇게 보지 않는다 하더라도 잔금지급일 겸 소유권이전등기일인 2020. 9. 29.을 ’이 사건 상가가 이용가능하게 되는 때‘로 봄은 별론으로 하고, ’이 사건 매매계약 체결일인 2020. 4. 7.‘이 이에 해당한다고 볼 수는 없다. 이처럼 이 사건 매매계약에 따른 ’재화(이 사건 상가)의 공급시기‘는 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 (재화의 이동이 필요하지 않은 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때)를 적용하여 충분히 특정할 수 있으므로, 같은 항 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우임을 전제로 같은 항 제3호가 적용되어야 한다거나, ’이 사건 매매계약 체결일‘을 위 제3호가 정하는 ’재화의 공급이 확정되는 때‘로서 ’재화의 공급시기‘로 보아 원고에게 간이과세 세율이 적용되어야 한다고 볼 수는 없다.
• 마) 원고의 주장과 같이, 원고가 이 사건 매매계약 체결일인 2020. 4. 7.에는 부가가치세법상의 간이과세자였는데, 2020. 7. 1.부터 부가가치세법상 일반과세자로 과세유형이 전환된 사실이 있고, 이에 따라 이 사건 상가의 소유권이전등기일(2020. 9. 29.)을 기준으로 산정한 부가가치세는 이 사건 매매계약을 체결할 당시를 기준으로 산정한 부가가치세보다 증액된 결과가 초래되기는 한다. 그러나 부가가치세법령에서 위와 같이 재화의 공급 과정에서 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 경우의 재화의 공급시기를 다르게 판단하는 기준을 별도로 두고 있지 않은 이상, 이 경우에도 재화를 공급한 사업자의 부가가치세 납세의무 성립에 관하여는 앞서 본 부가가치세법 제15조 에 따라 재화의 공급시기를 판단하여야 할 것이고, 재화의 공급 과정에서 그 사업자가 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 결과로 인하여 그 사업자와 상대방이 계약 체결 당시 고려하거나 계약 내용에 포함시킨 부가가치세액이 달라진 사유는, 이들 사이의 사법상 계약 관계에서의 문제일 뿐, 그 사업자의 국가에 대한 부가가치세 납세의무 성립에 어떠한 영향을 미치는 것은 아니라고 봄이 타당하다.
• 바) 부가가치세법상 간이과세는, 일정기준에 미달하는 개인사업자(이 사건 당시 시행되던 구 부가가치세법 제61조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제109조 에 따르면 ’직전 연도의 공급대가의 합계액이 4,800만 원 미만‘인 개인사업자)에 대하여 세금계산서를 발행하지 않고, 업종별 부가가치율에 따라 간단하게 계산된 부가가치세를 내면 납세의무가 종료되도록 하여, 이들의 조세부담을 덜어주고 납세편의를 도모하기 위하여 마련된 특혜적 제도이다. 나아가 원고는 이 사건 매매계약 체결 당시 자신의 직전연도(2019년)의 공급대가의 합계액이 4,800만 원을 초과한다는 사실을 알고 있었을 것이므로 2020. 7. 1.부터 일반과세자로 과세유형이 전환될 것을 예상할 수도 있었다고도 보인다. 이러한 점들을 고려하면, 이 사건 상가의 양도에 대하여 일반적인 부동산 양도에서와 마찬가지로 부가가치세법 제15조 제1항 제2호 에 따른 재화의 공급시기를 인정하여 일반과세를 부과한 것이 형평에 반하거나 불합리하다고 보기 어렵다.
• 다. ‘과세표준이 되는 이 사건 상가의 공급가액은 0원’이라는 주장에 대하여

1. 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제1호, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 에 따르면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 그 실지거래가액 중 그 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는, 토지와 건물에 대한 소득세법상의 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 공급가액으로 하되, 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

2. 원고는, ‘이 사건 추진위원회가 원고로부터 이 사건 부동산 등을 취득한 이후 주식회사 삼창감정평가법인에 의뢰하여 이 사건 부동산 등의 가액에 대하여 감정평가(이하 ’이 사건 감정평가‘라 한다)를 하였고, 이 사건 감정평가에서 이 사건 상가의 가액을 ‘0원’으로 평가하였으므로, 앞서 본 규정에 따라 이 사건 상가의 과세표준인 공급가액은 ‘0원’이라고 보아야 한다‘는 취지로 주장한다. 그러나 갑 제6호증, 을 제10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 감정평가는 OO시 OO구 ZZZ 3가 37-37 등 42 필지 토지(전체 면적 8,301㎡)를 감정목적물로 하여 그 가액을 평가한 것이고, 이 사건 감정평가에서 이 사건 상가의 가액에 대한 감정평가는 이루어지지 않은 사실을 인정할 수 있는바, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 원고의 위와 같은 예비적 청구는 주위적 청구에 대한 수량적 일부분을 감축한 것으로 소송상 예비적 청구라고 할 수 없는바, 처분의 위법사유에 관한 예비적 주장으로 보아 판단한다. 2) ‘원고가 건물에서 음식점을 운영하다가 유적정비사업을 시행하고자 하는 부여군수에게 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의절차에 따라 건물을 매도하고 그에 관하여 부여군 앞으로 소유권이전등기를 마친 이상, 이는 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하고, 부여군수가 유적정비사업을 위하여 이 사건 건물을 철거하였다 하더라도 달리 볼 수 없다’는 원심의 판단은 정당하다고 판시한 사안이다.