공익법인이 특수관계인에게 지급한 인건비에 대한 가산세를 부과하는 처분은 적법함

사 건 광주고등법원(전주)-2023-누-1496 원고, 항소인 재단법인 OO 피고, 피항소인 OO세무서장 제1심 판 결 전주지방법원 2023. 04. 20. 선고 2022구합2609 판결 변 론 종 결

2024. 03. 20. 판 결 선 고

2024. 04. 24.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2020. 11. 20. 원고에 대하여 한 증여세 56,756,780원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 대표자이자 실제 운영자인 주OO의 단독 재산 출연에 의하여 ‘환경오염의 저감, 복원방안연구 및 효율적 이용에 관한 연구, 환경기초과학 연구분야 증진과 환경관련 세미나 등 정보교류 등에 관한 업무를 수행함으로써 국내 환경기술 전문인력의 양성 등 연구기관 저변 확대에 기여하고 환경질 개선에 이바지하는 것’을 목적으로 민법 제32조 및 구환경부 및 기상청 소관 비영리법인의 설립과 감독에 관한 규칙(2012. 7. 4. 환경부령 제463호로 개정되기 전의 것)에 따라 2011. 2. 15. 전라북도지사로부터 설립허가(설립 목적을 달성하기 위한 사업을 수행하지 않거나, 비영리법인의 본질에 반하는 영리행위를 하거나, 민법과 위 규칙에 의한 전라북도의 지시사항을 위반하는 경우 허가를 취소하는 것을 허가조건으로 하였다)를 얻어, 2011. 2. 24. 설립등기를 마친 재단법인이다. 원고의 정관 및 등기부상의 목적사업은 아래와 같다.
• 나. 원고는 설립 당시 원고가 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제16조 제1항 소정의 ‘공익법인등’(이하 ‘상증세법상 공익법인’이라 한다)에 해당하는 것을 전제로 피고에게 상증세법 제48조 제5항에 따른 출연 재산에 관한 보고서를 제출하였고, 피고는 위 출연 재산에 관하여 상증세법 제48조 제1항 본문에 따라 증여세를 부과하지 않았다. 원고는 2011년도부터 이 사건 처분의 과세기간인 2019년도까지의 각 사업연도에 관하여 상증세법 제50조의3에 따른 결산서류등에 대한 공시의무를 이행하였다.
• 다. 피고는 2020년경 원고의 2019년 사업연도에 대한 공익법인 사후관리 실태조사를 실시하였고, 위 조사에서 주OO의 동생 주△△, 처형 김OO(이하 ‘주△△ 등’이라 한다)이 원고의 직원으로 근무하고 있고, 원고가 2019년도에 주△△ 등에게 급여 등으로 합계 56,756,780원(주△△ 26,636,220원, 김OO 30,120,560원, 이하 ‘이 사건 경비’라 한다)을 지급한 사실을 확인하였다.
• 라. 피고는, 주△△ 등이 원고의 직원으로 근무한 것은 상증세법 제48조 제8항의 ‘출연자의 특수관계인이 공익법인인 원고의 임직원이 되는 경우’에 해당한다는 이유로, 같은 법 제78조 제6항에 따라 원고에게 이 사건 경비 상당액 56,756,780원의 증여세 가산세를 부과하기로 하여, 2020. 9.경 과세예고 통보를 하였다.
• 마. 피고는 2020. 11. 20. 원고에게 위 56,756,780원을 2019년도 귀속 증여세 가산세로 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 하였으나 그 신청이 기각되었고, 2021. 8. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 그 청구가 2022. 7. 6. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증, 을 제2, 4, 6, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고가 상증세법상 공익법인에 해당하지 않는다는 주장 피고는 과세기간인 2019년도에 원고가 상증세법상 공익법인임을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 그러나 원고는 다음과 같은 이유에서 피고가 주장하는 상증세법상 공익법인에 해당하지 않는다.

1. 상증세법상 공익법인에 해당하는지는 정관 및 등기사항전부증명서상의 목적이나 목적사업 등 형식적 기재사항이 아니라 당해 법인이 실질적으로 영위하는 주된 사업의 성격에 따라 판단되어야 한다. 그런데 원고는 당초 토양오염조사를 실질적인 목적 사업으로 하여 설립되어 현재까지 토양오염조사에 관한 사업과 같은 수익 사업만을 영위하였고, 학술 연구나 발표와 같은 학술단체로서의 고유목적사업을 실제로 영위한 사실이 없는바, 원고는 상증세법상 공익법인의 하나인 ‘학술연구단체가 운영하는 고유목적사업을 하는 자’에 해당하지 않는다.

2. 원고가 실제 영위한 토양오염조사에 관한 사업은 영리를 목적으로 하는 사업이고, 그에 따라 피고도 원고가 토양오염조사 사업을 하면서 얻은 매출에 대하여 부가가치세를 부과·징수해 왔는바, 원고는 상증세법상 공익법인 중의 하나인 ‘환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 않는 사업을 하는 자’에 해당하지 않는다.

• 나. 이 사건 경비는 상증세법 제78조 제6항 소정의 가산세 부과대상에 해당하지 않는다는 주장 상증세법 제78조 제6항에서 가산세 부과대상이 되는 ‘직·간접경비’는 상증세법상 공익법인이 고유목적사업과 관련하여 임·직원에게 지급한 급여 등 직·간접경비에 한정되는 것으로 해석해야 하고, 원고가 토양오염조사 업무를 수행한 직원들인 주△△ 등에게 지급한 급여 등 인건비 명목의 돈은 원고가 수익 사업인 토양오염조사에 관한 사업을 통한 매출을 창출하기 위하여 지출한 비용 성격의 돈이므로, 이 사건 경비는 위 규정에 따른 가산세 부과대상이 되는 직·간접경비에 해당하지 않는다.

별지 기재와 같다.

• 가. 원고가 상증세법상 공익법인에 해당하는지 피고는, 주△△ 등이 원고의 직원으로 근무한 것이 상증세법 제48조 제8항에 정해진 ‘출연자의 특수관계인이 대통령령으로 정하는 공익법인의 임직원이 되는 경우’에 해당한다는 이유로 이 사건 처분을 하였다. 이처럼 이 사건 처분은 원고가 상증세법상 ‘공익법인’에 해당함을 전제로 하므로, 원고가 상증세법상 ‘공익법인’에 해당하는지에 관하여 먼저 살펴본다.

1. ‘학술연구단체가 운영하는 고유목적사업을 하는 자’ 해당 여부

• 가) 상증세법 제16조 제1항은 ‘종교·자선·학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자’를 ‘공익법인 등’으로 정하고 있는데, 이 사건 과세기간(2019년도) 당시 시행 중이던 구 상증세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31446호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제12조는 ‘상증세법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(공익법인 등)를 말한다’고 하면서, 제9호에서 ‘ 법인세법 시행령상의 지정기부금단체등이 운영하는 고유목적사업’을 정하였다. 한편 법인세법 시행령이 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정(2018. 2. 13.부터 시행)되면서 종전에 위 ‘지정기부금단체등’의 하나로 규정하고 있던 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체’가 위 ‘지정기부금단체등’에서 제외되었는데, 위 개정 법인세법 시행령 부칙 제16조에 따라 ‘개정 전에 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체’의 경우 2020. 12. 31.까지는 개정 규정에도 불구하고 위 ‘지정기부금단체등’에 해당하는 것으로 본다. 그렇다면 만일 원고가 이 사건 처분의 과세기간(2019년도) 당시 ‘학술연구단체가 운영하는 고유목적사업을 하는 자’에 해당하였다면, 위 규정들에 따라 상증세법상 ‘공익법인’에 해당할 수 있다.
• 나) 그런데 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 및 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 1호의 규정 취지 등에 비추어, 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 (다)목 소정의 ‘학술단체’란 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이고, 어느 단체가 ‘학술단체’에 해당하는지는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동 내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누7515 판결, 대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결, 대법원 2018. 11. 29. 선고2016두50037 판결의 취지 참조). 한편, 상증세법상 공익법인에 해당하는지를 판단함에 있어, 어느 법인이 과거 상증세법상 공익법인에 해당함을 이유로 세제 감면 등 수혜적 조치를 받았다고 하더라도, 사후에 그 법인이 상증세법상 공익법인으로 볼 수 있는 고유사업목적을 처음부터 실질적으로 영위하지 않았거나 특정 시점부터 더 이상 실질적으로 영위하지 않는 것으로 밝혀지면, 법인 설립허가 취소나 감면한 세제에 관한 제재 조치를 하거나 상증세법상 공익법인에 대한 수혜적 조치를 더 이상 부여하지 않음이 마땅하고, 앞서 본 법리와 달리 현재 그 법인이 실질적으로 영위하고 있는 목적사업과 무관하게, 과거에 상증세법상 공익법인이라는 이유로 수혜적 조치를 받았다는 사정을 들어 상증세법상 공익법인에게 부과되는 것으로 규정되어 있는 제재 조치의 대상이 되는 공익법인이라고 보는 것은 타당하지 않다.
• 다) 위와 같은 법리에 기초하여 살피건대, 원고가 정관 및 등기부상 ‘환경오염예방, 저감, 복원을 위한 연구’, ‘국내·외 환경 관련 교육, 학술세미나, 강연회 개최 및 참가’, ‘환경 관련 학술연구논문집 및 홍보물 발간’ 등을 목적사업으로 하고 있음은 앞서 본 바와 같으나, 갑 제15, 16, 17, 22호증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면, 원고는 설립 당시부터 이 사건 처분의 과세기간인 2019년도까지 학술연구단체로서의 실질을 갖춘 사실이 없고, 이와 달리 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 처분의 과세기간(2019년도) 당시를 기준으로 원고가 ‘학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 학술연구단체’에 해당한다고 볼 수 없다.

① 원고가 설립 당시부터 현재까지 수행한 업무의 거의 대부분은 토양정밀조사, 토양오염도검사, 토양정화검증, 토양환경평가 등 토양오염조사에 관련된 용역 업무이다.

② 한편 원고가 외부 사업체나 기관으로부터 토양오염에 관련된 ‘연구’를 용역을 받아 이를 수행하는 업무를 사업의 일부로 하고 있는 것으로 보이기는 하나, 원고의 전체 업무에서 조사 또는 검사 용역 업무가 아닌 연구 용역 업무가 차지하는 비중은 매우 미미해 보인다.

③ 원고가 학술활동으로 경비를 지출한 내역에 관한 자료가 없고, 또한 원고가 환경오염 예방, 저감, 복원 등에 관련된 학술적 연구와 발표를 수행하여 이를 외부에 공표한 결과물도 찾아볼 수 없다.

④ 원고는 토양오염에 관련된 조사나 검사 외에 학술 연구나 발표에 관한 업무를 전문적으로 담당한 부서나 직원을 따로 두지는 않았던 것으로 보이고, 원고가 직원 채용사이트에 올린 채용모집 공고에서도 원고의 사업 내용이 ‘유류저장시설·산업체·군부대·4대강·장항저련소 등의 토양오염검사 및 정밀조사, 정화검증’으로 기재되어 있을 뿐, 환경오염 등과 관련된 학술 연구나 발표에 관한 내용은 기재되어 있지 않다.

⑤ 원고는 2011년도부터 이 사건 처분의 과세기간인 2019년도까지 매년 과세관청에 검사용역수수료를 원고의 매출액으로 신고하였고, 검사용역수수료 외 다른 내역으로 신고된 매출은 없다.

⑥ 원고의 대표자이자 출연자인 주OO은 원고의 설립 경위에 관하여, ‘토양오염조사에 관한 사업을 영위하고자 하는데, 원고를 설립할 당시 토양환경보전법상 토양오염조사를 수행하는 기관은 지방환경관서, 국·공립연구기관, 고등교육법에 의한 대학, 특별법에 의하여 설립된 특수법인 또는 환경부장관의 설립허가를 받은 비영리법인 중에서 지정하도록 되어 있어, 부득이 재단법인 형태로 원고를 설립하면서 형식적으로 환경오염 예방, 저감, 복원을 위한 연구 및 관련 기술 개발 등을 목적사업으로 정하였을 뿐, 실제로는 설립 당시부터 현재까지 토양오염조사에 관한 사업 외에 다른 목적사업을 한 사실이 없다’고 주장하고 있고, 이러한 주장은 구 토양환경보전법(2011. 4. 5. 법률 제10551호로 개정되기 전의 것) 제23조2의 규정 내용과 앞서 본 객관적 사정들에 의하여 뒷받침된다.

• 라) 따라서 원고는 이 사건 처분의 과세기간(2019년도) 당시 ‘학술연구단체의 고유목적사업을 영위하는 자’로서는 상증세법상 공익법인에 해당한다고 볼 수 없는바, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 있다.

2. ‘환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업을 하는 자’ 해당 여부

• 가) 상증세법 제16조 제1항의 위임에 따라 상증세법상 공익법인의 범위를 정하고 있는 상증세법 시행령 제12조가 2018. 2. 13. 대통령령 제28638호로 개정(2018. 2. 13. 시행)되면서 제7호(“공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업”)가 삭제되었으나, 위 개정 상증세법 시행령 부칙 제12조에서는 “2018년 12월 31일에 종전의 제12조 제5호부터 제8호까지 및 제11호에 따라 공익법인등에 해당하는 자는 제12조의 개정 규정에도 불구하고 2020년 12월 31일까지 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.”라고 규정하였다.
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거, 갑 제35호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 설립 당시부터 현재까지 수행하고 있는 토양오염조사에 관한 사업은 ‘환경보호에 현저히 기여하고, 영리를 목적으로 하지 않는 사업’이라고 봄이 타당하므로, 원고는 이 사건 처분의 과세기간(2019년도) 당시 구 상증세법 시행령 부칙(제28638호, 2018. 2. 13) 제12조, 구 상증세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것) 제12조 제7호에서 정한 상증세법상 공익법인에 해당한다고 할 것이다.

① 토양환경보전법은, 토양오염으로 인한 국민건강 및 환경상의 위해를 예방하고, 오염된 토양을 정화하는 등 토양을 적정하게 관리·보전함으로써 토양생태계를 보전하고, 자원으로서의 토양가치를 높이며, 모든 국민이 건강하고 쾌적한 삶을 누릴 수 있게 함을 목적으로 하고(제1조), 위와 같은 목적을 위하여 토양환경보전법이 그 절차와 내용을 정하고 있는 각종 조사 및 사업, 즉 토양정밀조사, 토양오염도검사, 토양정화의 검증, 오염토양개선사업의 지도·감독 등의 업무를 수행하는 기관으로 ‘토양오염조사기관’, 토양환경평가를 하는 기관으로 ‘토양환경평가기관’ 등과 같은 ‘토양관련전문기관’에 관하여 정하고 있으며(제23조의2 제1항), 토양환경보전법 제23조의2 제2항 의 위임에 따라 토양환경보전법 시행령에서는 토양관련전문기관이 갖추어야 하는 검사시설, 장비 및 기술능력과 준수사항을 구체적으로 정하고 있는바, 원고와 같은 토양관련전문기관이 수행하는 업무는 환경의 주요 영역인 토양을 적정하게 관리·보전하기 위한 것으로 매우 큰 공익적 성격을 가진다.

② 토양환경보전법은 위와 같은 공익적 목적을 달성하기 위하여 토양관련전문기관을 지방환경관서, 국·공립연구기관, 고등교육법에 의한 대학, 특별법에 의하여 설립된 특수법인 또는 환경부장관의 설립허가를 받은 비영리법인 중에서만 지정하도록 정하고 있는바(제23조의2 제3항), 영리를 목적으로 하는 영리법인은 애초에 토양환경보전법상의 토양관련전문기관이 될 수 없다. 원고 역시 재단법인으로 설립되었고, 재단법인의 경우 그 본래적 성질상 비영리법인에 해당하며 영리법인이 될 수는 없고, 원고가 비영리법인의 본질에 반하는 영리행위를 하는 것은 원고에 대한 설립허가의 조건에 위배되는 행위로서 주무관청은 이를 이유로 그 설립허가를 취소할 수 있다(민법 제38조).

③ 원고가 수행한 토양오염조사에 관한 용역 업무의 검사수수료에 관하여는 토양환경보전법의 위임에 따라 토양환경보전법 시행규칙에서 그 구체적인 항목과 액수를 정하고 있고, 원고는 위 시행규칙에서 정한 액수를 초과하는 검사수수료를 지급받을 수 없는바, 이처럼 원고가 토양오염조사에 관한 사업을 통하여 얻을 수 있는 수익은 관계 법령에 의하여 통제되며 그 범위도 제한적이다.

④ 원고는, 원고가 수행한 토지오염조사에 관한 용역 업무의 대가로 지급받은 검사수수료에 대하여 과세관청으로부터 부가가치세가 부과되었던 점에 비추어, 원고가 수행한 토지오염조사에 관한 용역 업무는 영리를 목적으로 한 업무라고 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제1호, 제2조 제3호에 따르면 사업자, 즉 ‘사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자’에 해당하는 법인은 부가가치세법에 따른 부가가치세를 납부할 의무를 부담하고, 다만 부가가치세법 제26조 제1항 에서 정한 각 호의 재화 또는 공급의 경우와 같이 부가치세법에서 정한 예외적인 경우에 한하여만 부가가치세를 면세받을 수 있다. 한편 부가가치세법 제26조 제1항 제18호 는 부가가치세를 면제하는 경우로 “종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”을 정하고 있고, 위 위임사항을 정한 구 부가가치세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31445호로 개정되기 전의 것) 제45조는 “주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역”(제1호)을 부가가치세 면세 범위에 포함시키고 있을 뿐이다. 따라서 원고가 상증세법상 공익법인에 해당하더라도, 토양오염조사에 관한 용역을 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급한 것이 아닌 이상, 원고는 그 용역 공급에 대한 부가가치세를 납부할 의무를 부담하는바, 원고가 토양오염조사에 관한 용역에 대한 부가가치세를 납부해 왔다는 사정을 들어 원고가 상증세법상 공익법인에 해당하지 않는다고 볼 수는 없고, 한편 원고가 그동안 토양오염조사에 관한 용역을 실비 또는 무상으로 공급하였다고 인정되지도 않는다.

3. 소결론 위와 같이 원고는 이 사건 처분의 과세기간(2019년도) 당시 ‘학술연구단체의 고유목적사업을 영위하는 자’에는 해당하지 않았지만, ‘환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 않는 사업을 하는 자’로서 상증법상 ‘공익법인’의 지위에 있었다고 봄이 타당하다. 나아가 상증세법 제48조 제8항의 요건을 충족하기 위해서는 ‘출연자의 특수관계인이 “대통령령으로 정하는 공익법인등”의 임직원이 되는 경우’여야 한다. 구 상증세법 시행령 제38조 제11항 제3호는 ‘상증세법 제48조 제8항에서 “대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 다음 각 호의 법인을 말한다’고 정하면서 제3호에서 ’출연자와 제2조의2 제1항 제8호의 관계에 있는 비영리법인‘을 정하고 있고, 구 상증세법 시행령 제2조의2 제1항 제8호는 ’본인이 재산을 출연하여 설립하는 비영리법인‘을 정하고 있다. 그렇다면 앞서 본 바와 같이 주OO이 단독으로 출연하여 설립한 비영리법인인 원고는, 구 상증세법 시행령 제38조 제11항 제3호의 비영리법인에 해당한다. 결국 원고는 상증세법 제48조 제8항 소정의 ‘대통령령으로 정하는 공익법인등’에 해당하므로, 이에 반하는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 나. 이 사건 경비가 상증세법 소정의 가산세 부과대상에 해당하는지 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 8쪽 14행의 “구 상증세법”을 “구 상증세법 시행령”으로 고치는 외에는 ‘제1심 판결 7쪽 2행부터 9쪽 3행까지’ 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.