영양물질이 부가가치세 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당하는지 여부

사 건 (전주)2022누2294 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 AA산업 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 6. 26. 판 결 선 고

2024. 9. 25.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2021. 10. 8. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 및 가산세 14,257,360원, 2019년 제2기 부가가치세 및 가산세 26,362,240원, 2020년 제1기 부가가치세 및 가산세 3,412,790원, 2020년 제2기 부가가치세 및 가산세 16,838,120원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 8. 12. 화공약품 제조 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 김을 양식하는 어민들에게 김 양식용 활성처리제인 유기산과 영양물질 등을 제조하여 판매 하고 있다.
• 나. 원고는 2018년경부터 2020년경까지 판매한 김 양식용 활성처리제인 유기산(제품명: CCCCCC)과 영양물질(제품명: DDDD)에 관하여 부가가치세 영세율(이하 ‘영세율’이라 한다)을 적용한 세금계산서를 발행·교부하고 다음과 같이 부가가치세에 관하여 영세율 신고를 하였다.
• 다. 피고는, 원고가 2021. 2. 17. 대통령령 제31459호로 개정되어 같은 날 시행된 ‘농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정’(이하 ‘이 사건 개정 특례규정’이라 한다) 시행일 전에는 위 영양물질 활성처리제가 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 해당하지 않음에도 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다는 이유로, 2021. 10. 8. 원고에 대하여 다음과 같이 부가가치세를 경정·고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 11. 25. 심사청구를 하였고, 국세청장은 2022. 3. 2. 원고의 심사청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 영양물질 활성처리제는 관계 법령에 따른 영세율 적용 대상에 해당한다는 주장(제1주장) 이 사건 처분의 과세기간 당시 시행되던 ‘농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정’(2021. 2. 17. 대통령령 제31459호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 개정 전 특례규정’이라 하고, 위 시행령을 개정 전·후를 불문하고 칭하는 경우에는 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 제3조 제7항 별표4 제30호에서는 영세율이 적용되는 어업용 기자재로 “김 양식용 유기산”이 열거되어 있는데, 이 사건 개정 전 특례규정에서 “김 양식용 유기산”이 구체적으로 무엇인지에대하여 달리 규정하고 있지 않으므로, 법령의 위임을 받아 김 양식어장에서 사용하는 활성처리제에 관한 사항을 규정하고 있는 해양수산부 고시인 ’김 양식어장 활성처리제 사용기준‘(이하 위 고시를 개정 전·후를 불문하고 칭하는 경우에는 ‘이 사건 고시’라 한다)이 그 해석의 기준이 되어야 한다. 이 사건 고시에서는 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용하기 위하여 유기산을 주성분으로 하여 제조한 물질을 ‘산처리제’라고 하였는데, 이 사건 특례규정이 부가가치세 과세 대상인 ‘재화’에 관한 규정이라는 점을 고려하면 “김 양식용 유기산”에서 ‘유기산’이란 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용하기 위한 기자재로서 유기산을 성분으로 하여 만든 재화인 이 사건 고시상의 ‘산처리제’를 의미한다고 보아 야 한다. 그리고 이 사건 고시의 개정 경과 등에 비추어 보면, 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용하는 유기산을 성분으로 한 물질은 당초 ‘산처리제’라고 불리다가 그 용어가 주는 부정적인 인상을 없애기 위하여 ‘활성처리제’로 명칭만이 변경된 것이므로 ‘산처리제’와 ‘활성처리제’는 동일한 개념이라고 할 것인바, 결과적으로 이 사건 개정 전 특례규정 제3조 제7항 별표4 제30호의 “김 양식용 유기산”은 ‘김 양식용 활성처리제’를 의미한다고 보아야 한다. 그런데 2014. 3. 11. 해양수산부고시 제2014-23호로 개정된 이 사건 고시에서 영양물질도 ‘활성처리제’에 포함되는 것으로 정하였는바, 위 고시가 시행된 이후로는 이 사건 특례규정상의 “김 양식용 유기산”에 영양물질 활성처리제도 포함되는 것으로 해석하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 영양물질 활성처리제에 영세율을 적용하는 비과세관행이 존재하였다는 주장(제2주장) 피고를 포함한 과세관청은 이 사건 개정 특례규정이 시행되기 전에도 장기간에 걸쳐 영양물질 활성처리제에 대하여 부가가치세를 과세한 사실이 없다. 뿐만 아니라 지방자치단체도 영양물질 활성처리제 공급 사업을 실시하면서 그 사업금액에 영세율을 적용한 내용의 입찰공고를 하거나, 수산업협동조합도 영양물질 활성처리제 공급계약에 서 그 공급가액에 영세율을 적용한 내용의 계약을 체결한 사실이 확인되는 등에 비추어 보면, 이 사건 처분의 과세기간 동안 영양물질 활성처리제에 대하여도 영세율을 적용하는 비과세관행이 성립·유지되고 있었다고 보아야 한다. 따라서 피고가 이러한 비과세관행에 반하여 한 이 사건 처분은 소급과세금지원칙 또는 신의성실원칙에 위반되어 위법하다.
• 다. 가산세가 면제되어야 한다는 주장(제3주장) 설령 이 사건 처분의 과세기간 동안 영양물질 활성처리제가 부가가치세 과세 대상에 해당하였다고 하더라도, 과세관청이 장기간에 걸쳐 영양물질 활성처리제에 대하여 유기산 활성처리제와 동일하게 부가가치세를 과세하지 않은 점, 다수의 지방자치단체 등이 영양물질 활성처리제에 관하여 영세율을 적용한 내용의 입찰공고를 하거나 공급계약을 체결하였고, 영세율 적용에 아무런 이의가 없었던 점 등을 종합해 보면, 원고가 영양물질 활성처리제에 대한 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데에는 국세기본법 제48조 제1항 제2호 에서 말하는 ‘정당한 사유’가 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분 중 ‘가산세’ 부분은 취소되어야 한다.

별지 기재와 같다.

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

2. 이 사건 고시 및 이 사건 특례 규정의 제·개정 경과

• 가) 이 사건 고시

(1) ‘김 양식어장 산처리제 사용기준’(수산청 고시 제1994-16호)은 1994. 9. 5. 김 양식어장에서 해적생물구제와 병해방제용으로 사용하는 산처리제의 적정사용 기준 등에 대한 필요한 사항을 정하여 어장환경을 보호하고 김의 품질향상을 도모할 목적으로 제정되었다.

(2) 1997. 9. 2. 해양수산부 고시 제1997-78호로 개정된 ‘김 양식어장 산처리제 사용기준’에서는 “‘산처리제’라 함은 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산을 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 정의하였다(제2조 제1호).

(3) 2008. 6. 25. 농림수산식품부 고시 제2008-31호로 개정된 ‘김 양식어장 활성처리제 사용기준’에서는 종전의 ‘산처리제’라는 용어를 ‘활성처리제’로 변경하였다(제2조 제1호).

(4) 2010. 10. 29. 농림수산식품부 고시 제2010-107호로 개정된 ‘김 양식어장 활성처리제 사용기준’은 “‘활성처리제’라 함은 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산 또는 산성전해수를 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 정함으로써(제2조 제1호) 활성처리제의 주성분 물질을 추가하였다.

(5) 2014. 3. 11. 해양수산부 고시 제2014-23호로 개정된 ‘김 양식어장 활성처리제 사용기준’은 “‘활성처리제’라 함은 김 양식어장에서 잡조제거, 병해방제, 성장촉진용으로 사용되는 유기산, 산성전해수 또는 영양물질을 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 정함으로써(제2조 제1호) 활성처리제의 용도 및 주성분 물질을 추가하고, “‘영양물질’이란 김의 성장을 촉진하기 위하여 김 양식어장에서 사용하는 물질을 말한다.” 라고 정하였다(제2조 제3호).

(6) 2017. 3. 6. 해양수산부 고시 제2017-37호로 개정된 ‘김 양식어장 활성처리제 사용기준’은 “‘활성처리제’란 김 양식어장에서 잡조제거, 병해방제, 성장촉진용으로 사용되는 유기산, 산성전해수, 영양물질 또는 고염수 중 어느 하나를 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 정함으로써(제2조 제1호) 활성처리제의 주성분 물질을 추가하였다.

• 나) 이 사건 특례규정

(1) 구 조세감면규제법 제73조 제4호 및 제5호에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 1989. 2. 21. 대통령령 제12626호로 이 사건 특례규정이 제정되었고(제정 당시의 명칭은 ‘농·어업용기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정’이었다), 이 사건 특례규정에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 정할 목적으로 1989. 2. 23. 재무부령 제1778호로 ‘농·어업용기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정 시행규칙’이 제정되었다.

(2) 위 특례규정 시행규칙은 1999. 9. 15. 재정경제부령 제105호로 일부 개정되면서 ‘별표2 영세율이 적용되는 어업용 기자재’에 “30. 김 양식용 유기산”을 처음으로 포함하였다.

(3) 이 사건 특례규정이 2001. 12. 31. 대통령령 제17465호로 전부 개정되면서 ‘별표4 영세율이 적용되는 어업용 기자재(제3조 제6항 관련)’가 신설되었는데, 이는 위 (2)항의 특례규정 시행규칙에 있던 ‘별표2 영세율이 적용되는 어업용 기자재’와 그 내용이 동일하다.

(4) 2021. 2. 17. 대통령령 제31459호로 이 사건 특례규정이 일부 개정되면서 ‘별표4 영세율이 적용되는 어업용 기자재(제3조 제7항 관련)’ 중 “30. 김 양식용 유기산”이 “30. 김 양식어장 활성처리제”로 변경되었다.

3. 구체적 판단 아래와 같은 이유에서, 영양물질 활성처리제는 이 사건 처분의 과세기간 당시 시행되던 이 사건 개정 전 특례규정 제3조 제7항 별표4 제30호에서 영세율이 적용되는 어업용 기재자로 규정한 “김 양식용 유기산”에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 가) 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제105조 제1항 제6호 나.목의 위임에 따른 이 사건 특례규정 제3조 제7항 별표4는 일부 어업용 기자재에 영세율을 적용할 수 있도록 함으로써 어민의 비용부담을 완화하기 위한 것이므로 조세공평의 원칙상 엄격하게 해석되어야 하는데, 이 사건 개정 전 특례규정에서는 “김 양식용 유기산”만을 그 적용 대상으로 규정하고 있었고, 2021. 2. 17. 이 사건 개정 특례규정이 시행되면서 비로소 “김 양식어장 활성처리제”로 그 적용 대상이 확대되었다.
• 나) 이 사건 개정 특례규정에 관한 개정이유(법제처 제공)에는 “부가가치세 영세율 적용 대상 어업용 기자재의 범위 확대(별표4 제30호)”라는 표제 하에 구체적으로 “어민의 영어비용 절감을 위하여 부가가치세 영세율 적용 대상을 원재료인 김 양식용 유기산에서 어민이 직접 공급받아 사용하는 완제품인 김 양식어장 활성처리제로 변경함”이라고 기재되어 있다. 이처럼 명시적으로 개정이유에서 “범위 확대”, “변경”이라는 표현을 사용하고 있는 점에 비추어 보면, 입법자는 종전에 ‘김 양식용 유기산’만을 영세율 적용 대상으로 한 것에서 ‘김 양식어장 활성처리제’를 영세율 적용 대상으로 하는 것으로 그 적용범위를 확대하기 위한 목적에서 이 사건 특례규정 제3조 제7항 별표4 제30호를 개정하였다고 봄이 타당하다. 위와 같은 개정이유 기재가 원고의 주장처럼 입법자의 실제 개정이유를 잘못 파악하여 사실과 다르게 기재된 것이라고 보기 어렵다.
• 다) 이 사건 고시의 개정 경과에 따르면, ‘김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산을 주성분으로 하는 물질’을 ‘산처리제’라는 용어로 칭하다가, 2008. 6. 25. 농림수산식품부 고시 제2008-31호로 개정 시 그 용어의 정의는 그대로 둔 채 용어만을 ‘활성처리제’로 변경하였고, 이후 2014. 3. 11. 해양수산부 고시 제2014-23호로 개정 시 ‘김의 성장을 촉진하기 위하여 김 양식어장에서 사용하는 물질’을 ‘영양물질’이라는 용어로 칭하면서, 영양물질을 주성분으로 하는 물질도 ‘활성처리제’에 포함하는 것으로 정하였다. 한편 해양수산부 고시 제2014-23호의 해당 부분 개정이유에는 “김 양식어장에서 사용할 수 있는 활성처리제 사용기준에 영양물질을 새로이 규정하여 무분별한 영양물질의 사용을 억제함으로써 어장환경을 보호하고 김의 품질 향상을 도모하려는 것 임”이라고 기재되어 있다. 해양수산부는 위 제2014-23호 고시에서 영양물질 활성처리 제를 규정한 취지에 관하여 “국립수산과학원에서 2010~2011년 김 양식장에서 발생한 대규모 황백화의 원인을 분석한 결과 김의 영양염(질소, 인 등) 부족이 주된 원인인 것으로 파악됨. 이러한 연구 결과를 바탕으로 활성처리제 정의에 김의 생장 촉진을 위해 사용할 수 있는 영양물질을 포함함”이라고 설명하였다(이 법원의 해양수산부에 대한 사실조회결과). 이처럼 2014. 3. 11. 해양수산부 고시 제2014-23호로 개정된 이 사건 고시에 따라 ‘유기산’을 주성분으로 하는 물질이나 ‘영양물질’을 주성분으로 하는 물질을 모두 이 사건 고시에서 규율하는 ‘활성처리제’에 포함시킨다고 하더라도, ‘유기산’을 주성분으로 하는 유기산 활성처리제와 ‘영양물질’을 주성분으로 하는 영양물질 활성처리제는 그 용도나 성분이 상당히 다른 물질이다.
• 라) 이 사건 개정 전 특례규정의 시행규칙 ‘별표2 영세율이 적용되는 어업용 기자재’에 처음으로 ‘김 양식용 유기산’이 포함된 1999. 9. 15. 시행 중이던 이 사건 고시 (해양수산부 고시 제1997-78호)에서는 “‘산처리제’라 함은 김 양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산을 주성분으로 하는 물질을 말한다.”라고 정하였는바, 위 규정은 이 사건 개정 전 특례규정의 시행규칙에 영세율 적용 대상으로 정해진 ‘김 양식용 유기산’의 관련 법령이자 해석 기준으로 작용했던 것으로 볼 수 있다. 그런데 이후 2008. 6. 25. 농림수산식품부 고시 제2008-31호로 개정 시 ‘산처리제’라는 용어가 ‘활성처리제’로 변경되었고, ‘활성처리제’의 범위가 2010. 10. 29. 농림수산식품부 고시 제2010-107호로 개정 시 종전의 ‘유기산’ 외에 ‘산성전해수’를 주성분으로 하는 물질을 포함하는 것으로, 다시 2014. 3. 11. 해양수산부 고시 제2014-23호로 개정 시 종전의 ‘유기산’과 ‘산성전해수’ 외에 ‘영양물질’을 주성분으로 하는 물질을 포함하는 것으로 각 확대되었음에도, 이 사건 개정 전 특례규정에서는 2001. 12. 31. 전부 개정 이후 계속하여 ‘김 양식용 유기산’만을 영세율 적용 대상으로 정하고 있다가, 2021. 2. 17. 개정된 이 사건 개정 특례규정에서 비로소 영세율 적용 대상을 ‘김 양식어장 활성처리제’로 변경한 것이다. 위와 같은 사정과 앞서 본 다)항과 같은 사정을 종합해 보면, 이 사건 개정 전 특례규정의 ‘김 양식용 유기산’은 ‘산처리제’를 일컫고, 이와 같은 ‘산처리제’는 이 사건 고시에서 규정하는 활성처리제의 종류 중 ‘유기산 활성처리제’에 상응하는 것으로 해석할 수 있을 뿐, 원고의 주장과 같이 ‘산처리제’와 ‘활성처리제’가 동일한 개념이라고 해석할 수는 없다.
• 나. 제2주장에 대하여

1. 관련 법리

• 가) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조, 제18조 제3항이 정하는 신의칙 내지 비과세관행이 성립되었다고 하려면, 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 않았다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석된다. 이때 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는, 단순한 과세 누락과는 달리 과세관청이 상당 기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조). 나) 국세기본법 제18조 제3항 에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 등 참조), 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결, 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).
• 다) 장기간에 걸쳐 과세하지 않는 상태가 계속되었다 하더라도 그것이 착오로 인한 것이라면 그와 같은 비과세는 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행으로 되었다고 할 수 없고, 과세관청은 그 사항에 대한 세금부과징수권이 소멸될 때까지 언제라도 정당한 세율을 적용하여 과세처분을 할 수 있다(대법원 1985. 3. 12. 선고 84누398 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 갑 제4, 13 내지 21, 29 내지 31호증의 각 기재, 이 법원의 EE군, FF군, GG군에 대한 각 사실조회결과 및 변론 전체의 취지에 의하면 아래와 같은 사정들이 인정되고, 이에 의하면 피고를 비롯한 과세관청이 이 사건 처분이 있은 2021년경 전까지 비교적 장기간에 걸쳐 사업자가 영양물질 활성처리제의 공급에 관하여 영세율 신고를 한 것에 대하여 부가가치세 부과처분을 하지 않았던 것으로 보이기는 한다.

(1) 2014. 3. 11. 해양수산부 고시 제2014-23호로 개정된 이 사건 고시에서 ‘영양물질을 주성분으로 하는 물질’을 활성처리제의 종류로 추가하였고, 그 개정이유를 “김 양식어장에서 사용할 수 있는 활성처리제 사용기준에 영양물질을 새로이 규정하여 무분별한 영양물질의 사용을 억제함으로써 어장환경을 보호하고 김의 품질 향상을 도모하려는 것임”이라고 밝히고 있는 점에 비추어 보면, 적어도 2014년경 이전부터 김양식어장에 영양물질 활성처리제가 다수 공급되고 있었던 것으로 보인다.

(2) 원고를 비롯한 활성처리제 제조·판매 업체들은 이 사건 개정 특례규정이 시행(2021. 2. 17.)되기 전에도 장기간에 걸쳐 수산업협동조합, 어촌계 등과 영양물질 활성처리제에 영세율이 적용되는 것을 전제로 공급계약을 체결하였고, 영세율을 적용한 세금계산서를 발행·교부해 왔다.

(3) 피고는 이 사건 처분이 있은 2021년경까지, 원고가 영양물질 활성처리제 공급에 대하여 영세율 신고를 한 것에 관하여 부가가치세 부과처분을 하지 않았고, 피고를 비롯한 과세관청이 2021년경 이전에 영양물질 활성처리제 공급에 대하여 영세율 신고를 한 것에 관하여 부가가치세 부과처분을 한 사실을 확인할 수 있는 자료는 발견되지 않는다.

(4) EE군, FF군, GG군은 2014년경부터 2021년경까지 영양물질 활성처리제 공급사업을 진행하면서, 그 사업에 참여한 업체들이 영세율을 적용한 세금계산서를 작성·제출한 것에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않았다.

(5) FF군은 2018. 10. 12.경 활성처리제(유기산), 활성처리제(영양물질) 공급사업을 진행하면서 활성처리제(영양물질)의 경우에도 활성처리제(유기산)와 마찬가지로 그 사업금액에 영세율을 적용한 물품입찰공고를 하였다.

• 나) 그러나 앞서 든 증거들, 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 앞서 인정한 사실이나 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 개정 특례규정 시행 이전에 ‘영양물질 활성처리제’를 영세율 적용 대상으로 하는 비과세관행이 성립되어 있었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 피고를 비롯한 과세관청이 원고를 비롯한 활성처리제 제조·판매 업체 등이나 외부에 ‘영양물질이나 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제에 대하여는 부가가치세를 과세하지 않겠다’는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시한 사실이 없다.

(2) 부가가치세와 같이 납세자인 사업자가 신고·납부하여야 하는 신고·납부방식 조세의 경우 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령한 것은 단지 사실행위에 불과하여 이를 과세관청이 납세자에게 과세하지 않는다는 의사를 표시한 것으로 볼 수 없다.

(3) 오히려 과세관청은 2007년경 및 2015년경 이 사건 특례규정에 따른 영세율 적용 대상이 되는 농업용 기자재, 축산업용 기자재에 해당하는지를 묻는 질의에 대하여, ‘동일·유사한 용도에 사용되는 기자재라고 하더라도 이 사건 특례규정에 열거되지 않은 기자재에 대하여는 영세율을 적용할 수 없다’라는 내용으로 회신하여, 이 사건 특례규정에서 영세율이 적용되는 기자재로 명시되어 있지 않은 경우에는 영세율을 적용할 수 없다는 의사를 표시한 사실이 있다.

(4) 일부 지방자치단체나 수산업협동조합 등이 영양물질 활성처리제에 영세율이 적용되는 것을 전제로 한 공급계약을 체결하였다고 하더라도, 이를 과세관청의 공적인 견해 표명으로 보거나 원고에게 비과세에 대한 정당한 신뢰를 부여한 것으로 볼 수 없다.

(5) 피고를 비롯한 과세관청이 상당한 기간 영양물질 활성처리제에 부가가치세를 부과하지 않은 것은, 원고와 같은 다수의 사업자들이 영양물질 활성처리제의 공급에 관하여 장기간에 걸쳐 영세율 신고를 함에 따라 위 재화의 공급에 대하여도 영세율이 적용되는 것으로 착오를 일으켜 이에 대한 과세를 누락하였다가, 이 사건 개정특례규정에서 영양물질 활성처리제도 영세율이 적용되는 어업용 기자재에 포함시켜 영세율 적용 대상을 확대한 것을 계기로, 뒤늦게 위와 같은 착오를 파악하게 된 것으로 볼 여지가 크다.

• 다. 제3주장에 대하여

1. 관련 법리 국세기본법 제48조 제1항 제2호 는 ‘정부는 국세기본법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 않는다’라고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결 참조). 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려하지 않는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 피고를 비롯한 과세관청이 ‘영양물질 활성처리제’에 대하여 부가가치세를 과세하지 않겠다는 의사를 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시한 사실이 인정되지 않음은 앞서 본 바와 같고, 여기에 앞서 본 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 내세우는 사정들만으로는 원고가 영양물질 활성처리제 공급에 관한 부가가치세 납세의무를 불이행 한 것에 ‘정당한 사유’가 있다고 인정하기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

• 가) 사업자가 재화를 공급하는 경우 조세 법령에서 특별히 면세나 영세율 적용 대상으로 정하고 있지 않으면 원칙적으로 부가가치세 과세 대상이 된다는 것은 사업자 에게 통용되는 상식이다.
• 나) 부가가치세는 납세자인 사업자 스스로가 신고·납부하여야 하는 방식을 취하고 있으므로, 조세 법령의 문언상 면세나 영세율 적용 대상에 해당하는 예외적인 경우라는 점이 분명하지 않은 경우, 납세자로서는 과세관청에 대한 질의 등을 통하여 그 불분명함이 해소되기 전에는 면세나 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고·납부하는 것에 신중을 기할 필요가 있다.
• 다) 원고의 주장과 같이 김 양식업계 종사자들 사이에서 영양물질이 유기산과 더불어 활성처리제의 하나로 인식·취급되고 있었다고 하더라도, 이 사건 개정 전 특례 규정의 해당 문언(“김 양식장 유기산”)에 비추어 영양물질 활성처리제가 영세율 적용대상이 된다고 쉽게 단정할 수 없음에도, 원고는 영양물질 활성처리제가 영세율 적용대상에 해당하는지에 관하여 과세관청에 문의하는 등의 조치를 취하지 않았다.
• 라) 일부 지방자치단체나 수산업협동조합 등이 영양물질 활성처리제에 영세율이 적용되는 것을 전제로 그에 관한 공급거래를 하였다고 하더라도, 이를 과세관청의 의사 표시로 보거나 원고에게 비과세에 대한 정당한 신뢰를 부여한 것으로 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.