실질적 대표이사의 횡령행위에 대하여 법인에게 10년의 국세부과제척기간 적용은 타당하나 부가가치세는 5년의 부과제척기간을 적용하여야 함.

사 건 광주고등법원(전주)-2013-누-821 (2014.04.14) 원고, 항소인 ㈜00 피고, 피항소인 00세무서장 제1심 판 결 전주지방법원-2012-구합-3658 (2013.09.04) 변 론 종 결 2014.03.31. 판 결 선 고 2014.04.14.

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2010. 11. 4. 원고에 대하여 한 2003년 1기분 부가가치세 1,134,170원，2003 년 2기분 부가가치세 45,290,090원，2004년 1기분 부가가치세 8,095,700원, 2004년 2기분 부가가치세 39,003,080원，2005년 1기분 부가가치세 24,645,880원의 부과처 분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 3/5은 원고가 부담하고，나머지는 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2010. 11. 4. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 귀속 법 인세 116,295,760원, 2004 사업연도 귀속 법인세 77,080,710원의 부과처분과 2003년 1 기분 부가가치세 1,134,170원，2003년 2기분 부가가치세 45,290,090원, 2004년 1기분 부가가치세 8,095,700원, 2004년 2기분 부가가치세 39,003,080^, 2005년 1기분 부가가 치세 24,645,880원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 00시 00로9길 51에서 자동차 부품 및 용품 제조업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. 피고는 2010. 7. 19.부터 2010. 10. 6.까지 원고에 대하여 법인세 통합조사를 실 시하였는데，그 결과 원고가 2003. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지의 과세기간 동안 아래 표 기재와 같이 매출누락 ․가공매출․가공매입의 방법을 거쳐 합계 5,631,168,884원의 법인소득을 과소계상한 사실을 발견하였다. [표] 법인소득 과소계상 내역(단위: 원) 구분 매출누락 가공매출 가공매입 인정이자 부가가치세 2003년 14,325,454 202,920,272 22,724,572 2004년 30,519,999 225,135,690 25,565,569 2005년 20,073,181 130,000,000 1,048,587,636 124,476,618 93,866,083 2006년 16,957,154 150,000,000 1,536,517,800 136,416,210 140,347,496 2007년 37,590,726 110,000,000 1,629,698,508 57,168,145 155,728,923 2008년 252,172,272 69,041,427 25,217,227 2009년 38,272,727 104,017,922 3,827,273
• 다. 피고는 2010. 11. 4. 원고에게 과소 계상된 법인소득금액 5,631,168,884원을 익금산입 등의 세무조정을 거쳐 원고의 사외이사인 곽00의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하고，구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법비라 한다) 제26조의2 제항 제1호에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하여 2003년 과세기간부터 2009년 과세기간까지 법인세 합계 2,185,416,010원, 2003년 제1 기 과세기간부터 2009년 저12기 과세기간까지 부가가치세 합계 200,398,930원을 경정 ․고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2011. 1. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판 원은 2012. 7. 20. ① 곽00이 원고의 실질적인 경영자로서 곽00의 의사를 원고의 의사와 동일시하거나 원고와 곽00의 경제적 이해관계가 일치한다고 보기 어렵고，비록 곽00이 원고의 실질적인 경영자라 하더라도 세무조사 착수 이전에 원고가 이미 대부분의 횡령 금액을 현금으로 환수하였거나 채권으로 확보하였으므로，피고가 곽00의 횡령금액을 사외유출된 것으로 보아 상여로 처분된 소득으로 평가한 것은 잘못이라는 이유로 5,631,158,884원에 대한 소득금액변동통지처분을 취소하고, ② 곽00은 원고의 자금담당 직원으로서 법인자금의 입출금 등 회사자금을 관리하는 김00으로 하여금 원고의 하청업체들에게 실제보다 많은 금액을 입금시켜 준 뒤 차액을 김00 계좌의 개인통장으로 돌려받는 등의 방법으로 비자금을 조성하도록 한 후 개인적인 차용금 변제，자회사인 다른 법인의 주식대금납부를 통한 지분권 확보 등에 사용하였고，이러한 행위는 과세관청의 조세부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위로써 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용된다는 이유로 법인세 합계 2,185,416,010원과 부가가치세 합계 200,398,930원에 대한 경정․고지처분을 기각한다는 내용의 재결을 하였다. 【인정 근거】 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 갑 제17 내지 21호증, 을 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 곽◎◎과 김◆◆은 공모하여 원고의 자금을 유용하는 횡령행위를 하였는바, 곽◎◎ 과 김◆◆의 원고 내에서의 실질적인 지 위, 원고에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이 르게 된 경위, 횡령 이후의 원고의 조치 등을 종합하여 보면，곽◎◎과 김◆◆의 의사 를 원고의 의사와 동일시하거나 곽◎◎, 김◆◆과 원고의 경제적 이해관계가 사실상 일치한다고 볼 수 없고，원고가 위와 같은 횡령행위에 가담하거나 이를 알면서도 묵인 또는 추인한 적도 없으므로, 곽◎◎과 김◆◆의 횡령행위를 납세자인 원고의 행위와 동일시 할 수는 없다.

2. 그렇지 않다고 하더라도, 곽◎◎과 김◆◆은 원고의 자금을 횡령하기 위한 수단으로 또는 횡령사실을 은닉하는 과정에서 장부상 매출을 누락하고 세금계산서를 발행하지 않거나，가공의 매입․매출액을 계상한 후 세금계산서를 발행하거나 수취한 것으로 서 조세포탈의 목적으로 장부를 조작한 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세 및 부가가치세 의 과소신고 역시 위와 같은 장부조작행위에 기계적으로 수반된 행위에 불과하므로， 조세포탈의 의도가 인정된다고 볼 수 없으며, 곽◎◎과 김◆◆이 원고의 거래업체에 과다 신고 ․납부하게 된 법인세와 부가가치세를 현금으로 보전해 주기도 하여 조세수 입의 감소를 의도하지도 않았다.

3. 따라서 피고가 2010. 11. 4. 원고에 대하여 한 2003사업연도 귀속 법인세 116,295,760원, 2004사업연도 귀속 법인세 77,080,710원의 부과처분(이하 '이 사건 법인세 부과처분’이라 한다) 및 2003년 1기분 부가가치세 1,134,170원, 2003년 2기분 부 가가치세 45,290,090원’ 2004년 1기분 부가가치세 8,095,700원’ 2004년 2기분 부가가치세 39,003,080원, 2005년 1기분 부가가치세 24,645,880원의 부과처분(이하 '이 사건 부 가가치세 부과처분’이라 한다)은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년 의 부과제척기간이 경과된 후 고지되었으므로 위법하다.

• 나. 인정 사실

1. 원고의 대표이사인 곽△△은 1999. 10. 28. 00시 00로9길 51에서 '00케미칼이라는 상호로 자동차부품(플라스틱 성형제품) 제조업을 영위하다가 2000. 4. 1. 원고를 설립하였는데，원고는 곽△△이 주식 지분 41%를 소유하고 있고 나머지 주식 지분도 곽△△이 지인이나 형제인 제3자에게 명의신탁하여 실질적으로 원고의 주식 지분 전부를 소유하고 있는 곽△△의 1인 회사 또는 가족회사이다.

2. 곽◎◎은 곽△△의 동생으로서 2003. 2경 원고의 기획실장으로 입사하여 자금관리업무 등을 총괄하면서 2004. 12. 19.부터 2010. 3. 30.까지 원고의 이사로，2010. 3. 31.부터 2010. 9. 8.까지 사외이사로 각 선임되었고, 김◆◆은 원고의 기획실 산하 지 원팀에 소속되어 자금의 입출금 등의 관리업무에 종사하였다.

3. 주식회사 00(이하 ’00'라 한다)는 2003. 8. 21. 자동차부품․용품 및 수리 임가공 판매업 등을 목적으로 자본금 500,000,000원，발행주식의 총수 보통주 100,000주 로 하여 설립된 법인인데, 00의 설립 당시 주식등변동상황명세서에 의하면 곽◎◎이 00의 주식 지분 59%를 소유한 대주주로 등록되어 있다.

4. 그 후 00은 유상증자를 실시하여 2003. 12. 4. 자본금을 700,000,000원(발행주 식의 총수 보통주 140,000주)으로，2004. 6. 30. 자본금을 1,000,000,000원(발행주식의 총수 보통주 200,000주)으로 각 증액하였다.

5. 원고는 2004. 6. 30. 유상증자에 참가하여 00의 주식 지분 30%(원고 보유주식 60,000주)를 1 주당 5,000원으로 하여 인수하였고, 2008년 곽◎◎으로부터 00의 주식 4,000주를 양도받아 00의 주식 지분 32%를 소유하게 되었는데，00에 대한 주식 지 분 변동 현황은 아래 표 기재와 같다. [표] 00의 주식변동현황(해당 연도의 말일 기준) 연도 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 주식수 140,000 200,000 좌동 좌동 좌동 좌동 좌동 주주출자자 주식 지분율(%) 원고 0 30 좌동 좌동 좌동 32 32 곽00 59 51 좌동 좌동 좌동 49 49 김00 1 1 좌동 좌동 좌동 1 1 윤00 20 9 좌동 좌동 좌동 9 0 이00 20 9 좌동 좌동 좌동 9 0 이00 0 0 0 0 0 0 18

6. 한편 곽◎◎은 2010. 7. 2. 00지방법원에서, "곽◎◎은 원고의 실질적인 대표이사이다. 곽◎◎은 원고의 자금 담당 직원으로서 자금의 입․출금 등 회사자금을 관리 하는 김◆◆으로 하여금 00정밀 등 원고의 하청업체들에게 실제거래 금액보다 많은 금액을 입금시켜 준 뒤 차액을 김◆◆의 개인통장으로 돌려받는 등의 수법으로 비자금 을 조성하도록 한 후 개인적인 차용금 변제, 자회사인 다른 법인의 주식대금 납부를 통한 곽◎◎의 지분권 확보에 사용하기로 마음먹었다. 곽◎◎은 김◆◆으로 하여금 2003. 5. 2. 주식회사 00상사 대표 염00에게 과다 계상된 돈을 지급한 다음 비자금 계좌인 김◆◆의 은행 계좌로 5,950,000원을 돌려받는 수법으로 그 무렵부터 2009. 11. 27.까지 원고의 비자금 약 7,000,000,000원을 조성하도 록 하여 이를 업무상 보관하던 중 00 등 곽◎◎이 최대 주주로 있는 회사의 자본금 출연，개인적인 차용금 변제, 생활비 등에 사용하는 등 2003. 5. 26.경부터 2010. 1. 22.경까지 사이에 총 242회에 걸쳐 4,849,237,420원을 개인 용도로 임의로 사용하였다. 이로써 곽◎◎은 김◆◆과 공모하여 위와 같이 4,849,237,420원을 업무상 횡령하였다.” 는 범죄사실로 징역 3년, 집행유예 4년을 선고받았는데(00지방법원 2010고합00호 판결)，그 무렵 위 판결이 그대로 확정되었다.

7. 위와 같이 곽◎◎이 횡령한 금액 대부분은 00, 주식회사 한국00(곽◎◎의 보유주식 20,000주)，주식회사 00 곽◎◎의 보유주식 100,000주)，주식회사 00(곽◎◎의 보유주식 30,000주)의 설립과 인수에 사용되었다.

8. 곽◎◎은 원고에게, 2010. 4. 6. 현금 800,000,000원을 변제하였으며，그밖에 횡 령액 상당액의 변제에 갈음하여 2010. 5. 10. 곽◎◎이 보유하고 있는 00 등의 주식 지분 전부를 2010. 6. 8. 주식회사 한국00이 가지고 있는 채권 1,043,269,611원， 주식회사 00이 가지고 있는 채권 1,224,799,400원을 각 양도하였다. 【인정 근거】 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 16 내지 21, 25, 26호증，을 제2 내지 4, 6호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 다. 판단

1. 곽◎◎，김◆◆의 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 소정의 납세자인 원고 의 행위와 동일시하여 10년의 부과제척기간을 적용할 수 있는지 여부

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 상속세․증여세 이외의 국세의 부과제척기간에 관하여 그 제3호에서 원칙적으로 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과 한 후에는 부과할 수 없다고 규정하면서도, 제1호에서 납세자가 사기 기타 부정한 행 위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부 터 10년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있다. 위와 같은 부과제척기간의 입법취지 및 위 규정의 문언해석상 여기서 말하는 납세자라 함은 사기 기타 부정한 행 위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․공제받은 당해 납세자를 의미함은 명백하다. 한편 구 국세기본법 제2조 는 용어들을 정의하면서 제9호에서 납세의무자란 세법에 따라 국세를 납부할 의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다)가 있는 자를 말 하고，납세자란 납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 남세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부 할 의무를 지는 자를 말한다고 규정하고 있고, 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제3조에서는 법인의 대표자, 법인의 대리인, 사용인, 기타의 종업원이 그 법인의 업무 또는 재산에 관하여 이 법에 규정하는 범칙행위를 한 때에는 행위자를 벌하는 외에 그 법인에 대하여서도 처벌한다고 규정하고 있다. 이와 같은 관련 법령의 규정 내용들과 입법취지에 법인의 경우에는 법인이 직접 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우를 상정하기 어려운 점，앞서 본 바와 같이 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제 받은 당해 납세자를 문언 그대로 법인으로 한정하게 되면 법인의 대표자 또는 사용인，종업원 등이 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․공제받을 경우 그러한 행위 주체인 법인의 대표자 개인 또는 사용인，종업원 등에 대하여는 국세를 부과할 수 없기 때문에 납세자인 법인으로서는 그들의 행위에 숨어 부당이득을 꾀할 우려도 있는 점 등을 보태어 보면, 법인의 대표자 또는 사용인，종업원 등을 납세의무자인 법인과 동일시하여 법인과 함께 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 조세포탈의 주체가 된다고 해석함이 타당하다. 위 인정 사실과 앞서 든 증거들，갑 제13호증의 7, 을 제7 내지 9호증의 각 기재 에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 사정 즉, ① 곽◎◎과 김◆◆ 은 원고의 사업경영과정에서 자금담당업무를 수행하면서 직접 또는 간접적으로 원고의 감독 ․통제 아래 그 사업에 종사하였던 원고의 사용인, 기타 종업원으로 보이는 점，② 특히 곽◎◎에 대한 관련 형사사건에서，곽◎◎이 원고의 실질적인 대표이사로서 2003. 12. 30.부터 2007. 4. 30.까지 23회에 걸쳐 ’대표이사 개인대여금을 비자금으로 상환’하여 횡령하였다는 사실이 인정되었는바, 이미 유죄로 확정된 형사사건의 판결에 서 인정된 위와 같은 사실은 적어도 곽◎◎이 원고의 실질적인 대표이사이거나 원고로 부터 포괄적인 대리권을 수여받아 업무를 수행하였다는 사실에 관한 유력한 증거자료 에 해당된다 할 것인 점, ③ 곽◎◎과 김◆◆이 2003. 1. 1.부터 2009. 12. 31.까지의 과세기간 동안 매출누락 ․가공매출 ․가공매입의 방법을 거쳐 법인소득을 과소계상 한 데 따른 법적 효과는 납세의무자인 원고에게 귀속된다 할 것인 점, ④ 원고 내부적으로 작성된 2008. 1. 24.자 재고조사 보고(2007년 12월)에 의하면，조사대상에 00이 포함되어 있고, 00의 재고금액이 230,123,360원(도장비 제외), 최근 3개월 동안 월평균 매입량이 196,487,000원으로 재고비율이 123.40%로 조사된 것으로 보고 되었고，원고가 곽◎◎으로부터 주식 지분을 양수받은 후인 2013. 4. 17. 주식회사 00의 대표이사가 곽△△에서 곽◎◎으로 변경되기도 하였는바, 이에 의하면 곽◎◎이 횡령한 금액 대부분을 사용하여 설립 또는 인수한 00, 주식회사 한국00, 주식회사 00 등은 원고 의 자회사라고 엿볼만한 사정도 존재5》하고, 원고는 2009. 12. 24. 그 일부를 분할하여 00시 00면 00리 1366에 주식회사 00을 설립하였는데, 곽◎◎은 2011. 11. 1. 주식회사 00의 유상증자를 통해 주식회사 00의 주식 지분 34.38%(보유 주식 110,000주)를 소유하기도 하였으며, 그 밖에 원고와 곽◎◎，김◆◆의 관계, 곽◎◎과 김◆◆의 횡령행위 기간과 방법, 횡령금의 액수 및 사용처 등의 제반 사정에 비추어 보면, 원고로서는 곽◎◎과 김◆◆이 매출누락 ․가공매출 ․가공매입의 방법을 거쳐 과소계상 된 법인세를 신고․납부하였다는 점을 알았거나 알 수 있었고，이와 같이 곽◎◎과 김◆◆의 위반행위를 방지하기 위하여 원고가 상당한 주의와 감독을 다하지 아니하여 정당한 국세를 신고․납부하여야 할 의무를 해태하였다고 보이는 점 등의 사정을 고려하여 보면, 원고의 사용인, 종업원인 곽◎◎과 김◆◆이 행위자로서 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 조세포탈행위는 납세자인 원고의 행위와 동일한 것으로 평가되어 10년의 부과제척기간이 적용된다고 봄이 타당하다.
• 나) 이에 대하여 원고는 대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959판결 등을 근거로 곽◎◎이 원고의 실질적인 경영자로서 곽◎◎의 의사를 원고의 의사와 실질적으로 동일시할 수 있거나 원고와 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 경우에 해당되지 않으므 로, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 부과제척기간이 적용되지 않는다고 주장 한다. 살피건대，원고가 내세우는 위 대법원 판결은 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 원칙적으로 당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하므로，대표이사 등에게 상여로 소득처분하여 법인에게 근로소득세를 과세할 수 있으나, 다만 유용 당 시부터 사외유출에 해당한다고 볼 수 없는 특별한 사정6》이 있으며 그렇지 않다는 전 제하에 특별한 사정의 판단기준을 명확히 하고 이에 대한 증명책임이 법인에게 있다는 내용으로서 이 사건과는 사안이 달라 원용하기에 적절하지 않다. 그뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 조세심판원은 위와 같이 대법원이 설시한 법리를 근거로 곽◎◎이 원고 의 자금을 유용․횡령한 행위가 사외유출에 해당한다고 볼 수 없는 특별한 사정을 인 정하여 피고가 곽◎◎의 상여로 소득 처분한 5,631,158,884원에 대하여 소득금액변동통지처분을 취소하기도 하였다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 '사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세범처벌법 제9조 소정의 ’사기 기타 부정한 행위와 동일한 의미로 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 인정되는 행위，즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서，어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다고 할 것이나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아 울러 장부상의 허위기장 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적 극적인 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만드는 것으로 인정할 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도 13345 판결 등 참조). 또한，구 조세범처벌법 제9조 소정의 범의가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거 나 하려고 하는 것은 의미한다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003도1851판결 등 참조). 위 인정 사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음의 사정 즉, ① 기간과세를 하는 법인세의 경우에 납세의무자는 장부상에 계상된 가액을 기준으로 과세표준과 세액을 산정하여 신고․납부할 뿐 별도로 계약서 등 원천 증빙서류까지 과세관청에 제출할 의무는 없으므로, 이러한 경우 장부상 허위기장 행위나 세금계산서 허위 발행 행위 등은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위의 유력한 징표로 볼 수 있다 할 것인 데，원고의 자금관리업무를 담당하였던 곽◎◎과 김◆◆은 00정밀 등 원고의 하청업 체들과 거래하면서 매출누락 ․가공매출 ․가공매입의 방법으로 실제 거래금액보다 많은 가공의 매입세금계산서를 수취하여 회계장부상에 기재하였고, 이를 기초로 과소계상 된 법인세를 원고가 신고. 납부한 점, ② 위와 같이 법인세가 과소신고 된 사실을 숨 기기 위하여 곽◎◎과 김◆◆은 원고의 거래업체인 00정밀 등의 하청업체들에게 실제거래 금액보다 많은 금액을 입금시켜 준 뒤 그 차액을 김◆◆의 개인통장으로 돌려받는 등의 수법으로 원고의 자금을 횡령하여 비자금을 조성한 점, ③ 이에 의하면, 원 고의 자금관리업무를 담당하였던 곽◎◎과 김◆◆은 원고의 자금을 횡령하여 비자금을 조성할 목적으로 매출누락․가공매출․가공매입의 방법으로 실제 거래금액보다 많은 가공의 매입세금계산서를 수취하는 방법으로 법인세를 포탈하고, 그러한 행위로 국가의 조세수입 감소결과가 발생한다는 사실을 인식하였다고 보이는 점(구 조세범처벌법 제9조 소정의 조세포탈죄는 고의범이지 목적범이 아니므로, 곽◎◎과 김◆◆에게 조세 포탈에 대한 고의 이외에 법인세를 회피하거나 포탈할 의도나 목적까지 가질 것을 요하는 것은 아니다) 등의 사정을 고려하여 볼 때，원고는 조세의 부과와 징수를 불가능 하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 하여 법인세를 포탈하였다고 보는 것이 타당하므로, 이 부분 법인세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 10년이라고 할 것이다. 따라서 이 사건 법인 세 부과처분은 10년의 부과제척기간이 도과하기 전에 이루어진 것으로서 적법하다.
• 나) 이에 대하여 원고는 앞서 본 대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959판결 등을 근거로 곽◎◎, 김◆◆의 매출누락 ․가공 매출․매입 등의 행위가 조세포탈을 목적으로 한 적극적인 위계라기보다는 단순히 자신의 횡령사실을 은폐하기 위한 것에 해당되어 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당되지 않는다고 주장한다. 살피건대, 원고가 내세우는 위 대법원 판례는 법인세법의 규정에 따라 대표이사 등에 대한 상여로 소득 처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 법률의 규정에 의하여 의제하는 것에 불과하므로，대표이사 등이 유용․횡령한 금원을 은폐하기 위해 법인의 회계장부를 조작하는 등의 행위를 하였다 하더라도 그 시점에 곧바로 사외유출 되는 것이 아니라 법인이 그에 대응하는 손해배상청구권 등을 취득하여 보유하게 되면 횡령액 상당은 여전히 사내유보 되어 대표이사 등에 대한 상여 등의 소득처분이 있다고 볼 수 없는 만큼 위와 같은 회계장부를 조작하는 등의 행위만으로는 대표이사 등에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기 어렵다고 판단한 사안으로서 이 사건에 그대로 원용하기에는 적절하지 않으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

3. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우，그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 정한 '사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에도 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청 구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서 상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516판결 참조). 그런데 곽◎◎과 김◆◆이 광영정밀 등 원고의 하청업체들과 거래하면서 매출누락․가공매출․가공매입의 방법으로 실제 거래금액보다 많은 가공의 매입세금계산서를 수취하여 회계장부에 기재한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 다른 한편 갑 제27 내지 29 호증의 각 기재, 당심의 00세무서장, 00세무서장, 00세무서장에 대한 각 과세정보제출명령결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 곽◎◎과 김◆◆은 00정밀 등 원고의 하청업체들에게 실제 거래금액보다 많은 가공의 매입 세금계산서를 수취하면서 원고가 공제받은 매입세액에 상당하는 금액을 하청업체들에게 계좌이체 등의 방식으로 보전하여 주었고, 이에 따라 하체업체들도 가공의 매출세금계산서에 의한 매출세액 전부를 신고 ․납부한 사실이 인정된다. 이에 의하면, 곽◎◎과 김◆◆으로서는 원고의 자금을 횡령하여 비자금을 조성할 목적으로 허위 세금계산서를 수취하였고, 그와 같은 세금계산서로 부가가치세 신고를 함에 있어서 원고는 매입가액으로 신고하고, 세금계산서를 발행한 원고의 거래업체들은 매출가액으로 신고를 하여 곽◎◎과 김◆◆에게는 허위의 세금계산서에 의하여 원고의 매입세액의 환급을 받는다는 인식이 있었다고 할 것이나，원고의 거래업체들에 대한 매출세액에 포함될 것을 인식하여 하청업체들에게 계좌이체 등의 방식으로 정당하게 납부해야 할 매출세액을 보전하여 주고 그에 따라 매출세액 전부가 신고․납부된 만큼 허위의 세금계산서에 의한 부가가치세 납세의무를 면탈함으로써 결과적으로 납세자인 원고가 매입세액의 공제를 받는 것이 국가의 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식 까지 있었다고 보기는 어려우므로，이 부분 부가가치세에 대한 부과제척기간은 구 국세 기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년이라고 할 것이다. 따라서 이 사건 부가가 치세 부과처분은 5년의 부과제척기간이 도과하여 이루어진 것으로 위법하다.

그렇다면，원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바，제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고 의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 이 사건 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분 에 대한 원고 패소부분을 취소하고，이 사건 처분 중 위 패소부분에 해당하는 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.