멸실한 구건물의 취득가액을 토지 및 건물의 필요경비에 산입할 수 없음

사 건 2024구합83 양도세결정청구 거부처분취소 청구 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 4. 23. 판 결 선 고

2025. 5. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 1. 30. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2017. 9. 27. DD시 DD동 000-4 대 1,020㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 구건물’이라 한다)을 470,000,000원에 취득하였다.
• 나. 이 사건 구건물은 2019. 4. 4. 발생한 DD·BB 산불로 멸실되었다.
• 다. 원고는 2019. 9. 30. 이 사건 구건물을 멸실등기하고, 이 사건 토지 위에 신축한 건물(이하 ‘이 사건 신건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 경료하였다.
• 라. 원고는 2023. 4. 3. C에게 이 사건 부동산을 650,000,000원에 양도하고 소유권이전등기를 경료해주었다.
• 마. 원고는 2023. 8. 31. 이 사건 부동산에 대하여 양도가액을 650,000,000원(= 이 사건 토지 양도가액 350,000,000원 + 이 사건 신건물 양도가액 300,000,000원), 취득가액을 411,006,122원(= 이 사건 토지 실지거래가액 134,915,897원 + 이 사건 신건물 환산 취득가액 276,090,225원)으로 신고하여 73,833,371원을 신고·납부하였다.
• 바. 원고는 2023. 12. 18. 화재로 멸실된 이 사건 구건물의 취득가액 341,660,463원이 이 사건 부동산 양도 관련 필요경비로 인정되어야 한다는 이유로 양도소득세 60,305,421원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2024. 1. 30. 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 사. 원고는 2024. 4. 24. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2024. 9. 9. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

화재로 멸실된 이 사건 구건물의 취득가액인 341,660,463원(이하 ‘쟁점 금액’이라 한다)은 이 사건 토지 본래의 목적에 사용하기 위한 필요경비이거나, 건물이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래의 목적에 사용하기 위한 자본적 지출액에 해당하므로, 위 금액을 필요경비에 산입하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 이 사건의 쟁점 양도소득금액은 토지와 건물별로 구분하여 계산한다(소득세법 제102조 제1항, 제94조 제1항 참조). 따라서 쟁점 금액이 이 사건 부동산의 양도소득금액 계산에 있어서 필요경비에 해당하는지 여부는, 쟁점 금액을 ① 이 사건 토지에 대한 필요경비로 볼 수 있는지와 ② 이 사건 신건물에 대한 필요경비로 볼 수 있는지(이 부분과 관련하여, 원고는 쟁점 금액이 건물이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래의 목적에 사용하기 위한 자본적 지출액이라는 취지로도 주장하고 있다)로 구분된다.
• 나. 쟁점 금액을 이 사건 토지에 대한 필요경비로 볼 수 있는지 여부 1) 소득세법 제97조 제1항 에 의하면, 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로 토지와는 별개인 건물의 취득가액은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다.

2. 다만, 예외적으로 토지와 건물의 취득이 토지만의 이용을 위한 것인 경우와 같은 다른 특별한 사정이 있다면, 건물의 취득가액을 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 볼 수 있다. 즉, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조).

3. 그런데 원고는 이 사건 토지 및 구건물을 취득한 후 위 건물이 화재로 멸실되기 전까지 이를 임대하는 방법으로 약 2년 동안 사용한 사실을 자인하고 있는바, 이에 비추어 보면 원고가 당초부터 이 사건 토지만을 이용하려는 목적에서 이 사건 구건물까지 일괄 취득한 것은 아니었다고 봄이 타당하다.

4. 따라서 이 사건 구건물의 취득가액인 쟁점 금액을 이 사건 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당한다고 보기 어렵고, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

• 다. 쟁점 금액을 이 사건 신건물에 대한 필요경비로 볼 수 있는지 여부 1) 소득세법 제97조 제1항 제2호 는 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”을 필요경비로서 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제한다고 정하고 있고, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제163조 제3항 은 ‘제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액(1호)’, ‘양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액(2호)’, ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액(2호의2)’, ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해·노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)(3호의1)’, ‘개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)(3호의2)’, ’재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)(3호의3)‘, ’제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것(제4호)‘을 자본적지출액 등으로서 열거하고 있다.

2. 위 제1호와 관련하여 소득세법 시행령 제67조 제2항 에 의하면, 자본적 지출은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 의미하고, 위 제3호는 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해·노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)을 자본적지출액으로 규정하고 있는데, 이 사건 건물은 수선, 용도변경 내지 개량된 것이 아니라 멸실되었을 뿐이고 양도자산도 이 사건 신건물이라는 점에서 쟁점 금액은 여기에 해당하지 않는다. 또한 위 제4호와 관련하여 소득세법 시행령의 위임을 받은 소득세법 시행규칙 제79조 제1항 은 “영 제163조 제3항 제4호에서 기획재정부령이 정하는 것이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.”고 규정하면서 ’하천법·댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용(1호)‘, ’토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용(2호)‘, ’토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비(3호)‘, ’토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액(4호), ‘사방사업에 소요된 비용(5호)’, ‘제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용(6호)’을 열거하고 있는바, 쟁점 금액은 여기에 해당하지도 않는다.

3. 따라서 위와 같은 관련 규정의 내용에 의하면, 이 사건 구건물의 취득가액인 쟁점 금액은 이 사건 신건물의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않고, 이 부분 원고의 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.