양도소득세 부과처분 취소

사 건 2021구합30960 양도소득세부과처분취소 원 고 박〇〇 피 고 삼〇세무서장 변 론 종 결 2022.08.18 판 결 선 고 2022.09.22.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2021. 4. 7. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 35,077,350원의 부과처분 중 19,068,428원을 초과하는 부분 및 2018년 귀속 양도소득세 65,473,560원의 부과처분 중 37,088,572원을 초과하는 부분을 각 취소한다

• 가. 원고는 2002. 10. 11. 마AA으로부터 동BB 단CC 42-4 답 49㎡ 및 같은 동 43-3 전 2,170㎡를 매매로 취득하였고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 위 42-4 토지는 2012. 6. 7. 위 43-3 토지에 합병되었다. 이후 위 43-3 토지는 2017. 11. 15. 동BB 단CC 43-3 전 482㎡1)(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다), 43-4 전 1,381㎡2)(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다), 43-5 전 356㎡(이하 ‘이 사건 제3 토지’라 하고, 이 사건 제1, 2 토지와 통칭하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)로 각 분할되었다.
• 나. 원고는 2017. 10. 20. 이 사건 제1, 3 토지를 주식회사 세DD발에 매도하고, 2017.12. 6. 각 이에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 2018. 1. 18. 이 사건 제2 토지를 주식회사 세DD발에 매도하고 2018. 1. 19. 그에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다(다만 그 명의는 신탁계약에 따라 한국자산신탁 주식회사에 마쳐주었다).
• 다. 원고는 이 사건 매매계약에 따라 작성된 검인계약서(이하 ‘이 사건 검인계약서’라 한다)상 가액 9,600만 원을 이 사건 각 토지의 취득가액으로 하여 2017년도 귀속 양도소득세를 37,318,110원, 2018년 귀속 양도소득세를 57,402,820원으로 각각 신고·납부하였다.
• 라. 피고는 2018. 5.경 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후 이 사건 각 토지의 취득가액을 9,600만 원으로 하되 자본적 지출을 부인하여, 2018. 6. 1. 원고에게 2017년도 귀속 양도소득세로 16,827,670원, 2018년 귀속 양도소득세로 45,159,300원의 경정·고지 처분을 하였다.
• 마. 원고는 2018. 9. 4. ‘이 사건 검인계약서는 허위계약서로서 이에 기재된 가액을 취 득가액으로 볼 수 없고, 이 사건 각 토지의 실지매입가액이 불분명한 경우로서 이에 관하여 환산취득가액 397,138,333원을 적용해야 한다’고 주장하며 피고에게 양도소득세 경정청구를 하였고, 피고는 2018. 10. 17. 이를 받아들여 양도소득세를 경정하고(2017년 귀속분 19,068,428원, 2018년도분 37,088,572원, 이하 ‘이 사건 경정처분’이라 한다), 원고에게 2017년 귀속분 35,077,350원, 2018년 귀속분 65,473,540원 등 합계 100,550,900원의 양도소득세를 환급하였다.
• 바. 이후 2020. 9. 중FF청은 정기감사를 실시한 후 피고에게 이 사건 각 토지 에 대하여 환산취득가액을 적용하지 말라는 지시를 하였고, 이에 따라 피고는 2021. 4. 7. 원고에게 2017년도 귀속 양도소득세 44,576,990원(가산세 11,407,844원 포함), 2018년 귀속 양도소득세 82,289,510원(가산세 21,603,990원 포함)의 경정·고지 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 4. 28. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 2021. 9. 14. 이 사건 처분 중 납부불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정하라는 취지로 원고의 청구를 일부 인용하고, 나머지 청구는 기각하는 결정을 하였다. 원고는 위 결정을 2021. 9. 16. 송달받았다.
• 아. 이와 같은 조세심판원 결정에 따라 피고는 이 사건 처분 중 2018. 6. 이후의 납부 불성실가산세를 제외하여 2017년도 귀속 양도소득세를 35,077,350원, 2018년 귀속 양도소득세를 65,473,560원으로 각 경정하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1(가지번호 포함, 이하 같다) 내지 7호증, 을 제1 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 검인계약서는 2002년 당시 관행적으로 작성되던 다운계약서일 뿐 진실한 매매계약서가 아니고, 당시의 개별공시지가, 인근토지의 매매사례에 비추어 볼 때 위 검인계약서상 기재된 9,600만 원을 실지거래가액으로 볼 수 없으며, 실질적 거래당사자였던 원고의 모친이 사망하고 대금도 현금 내지 수표로 지급되는 등의 이유로 이 사건 각 토지의 실지매입가액을 확인할 수 없으므로, 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세를 계산함에 있어서는 환산취득가액을 기준으로 해야 한다. 그럼에도 위 9,600만 원을 실지거래가액으로 본 이 사건 처분은 위법하다.

2. 피고는 2018. 10.경 취득 당시 기준시가, 전 소유자 진술, 현장확인 등 조사를 실시한 후 이 사건 경정처분을 한 것인데, 이후 중FF청장의 정기감사에 따라 재차 이 사건 처분을 하였는바, 이는 국세기본법 제81조 의 4에서 금지하고 있는 중복세무조사에 따라 이루어진 것으로서 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 환산취득가액 적용 여부

• 가) 관련 법리 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이 라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다(대법원 2011. 2. 10.선고 2009두19465 판결 참조). 그리고 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성 되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야한다(대법원 1993. 4. 9. 선고 93누2353 판결 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 본 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들, 갑 제8 내지 16 호증의 각 기재, 증인 마AA의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 의 사실 내지 사정에 비추어 보면, 이 사건 검인계약서에 기재된 매매금액이 이 사건 각 토지의 취득 당시 실지거래가액에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이에 반하는 원고 의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 검인계약서는 2002. 10. 11. 동GG소에서 검인을 받은 것으로서 매매당 사자인 원고와 마AA의 각 인장이 날인되어 있어 그 진정성립이 인정되므로, 그 기재 내용을 부정할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 이상, 문서의 기재 내용에 따른 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 한다.

② 원고는 이 사건 각 토지의 매도인인 마AA이 작성한 영수증(갑 제10호증), 확인서 (갑 제12호증)를 제출하였는데, 위 영수증 및 확인서에는 이 사건 각 토지의 매매대금이 1억 6천만 원이라 기재되어 있다. 그러나 마AA은 이 법정에 증인으로 출석하여 위 영수증 및 확인서를 언제, 왜 작성한 것인지 잘 기억이 나지 않는다고 증언하였는바, 위 영수증 및 확인서만으로는 이 사건 검인계약서의 내용을 부정할 수 없다. 달리 이 사건 각 토지를 9,600만 원에 취득한 것이 아님을 인정할만한 다른 자료, 즉 별도의 매매계약서, 금융거래내역 등도 제출되지 않았다.

③ 2002년 당시 이 사건 각 토지의 개별공시지가는 105,380,100원이었는데 이는 이 사건 검인계약서상 대금 9,600만 원과 유사한 금액이다.

④ 원고는 ‘2건의 인근 토지 매매사례를 바탕으로 이 사건 각 토지의 2002년 당시 감 정가액을 추정하면 219,541,871원 또는 172,080,944원이 되는데, 이에 비추어보면 이 사건 검인계약서상 9,600만 원이 실지거래가액이 아님을 알 수 있다’고 주장한다. 그러나 원고의 주장에 따르더라도 위 2건의 매매사례에 따른 이 사건 각 토지의 추정 감정가액인 219,541,871원 또는 172,080,944원은 그 액수에 큰 차이가 있어 이를 그대로 2002년 당시의 이 사건 각 토지의 감정가액으로 인정할 수 없을 뿐만 아니라, 이를 근거로 9,600만 원이 실지거래가액이 아니라고 볼 수도 없다.

⑤ 구 소득세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제1항에서는 환산취득가액을 적용할 수 있는 경우로서 ‘양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’, ‘장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우’ 등을 규정하고 있다. 그러나 이 사건 각 토지에 관하여는 이 사건 검인계약서가 존재하고, 그 내용이 거짓임이 명백한 경우에도 해당하지 않으므로, 환산취득가액을 적용할 수 있는 경우에 해당하지 않는다.

2. 중복세무조사에 해당하는지 여부 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사실 내지 사정 즉, 이 사건 처분이 이루어진 것은 피고의 감사기관인 중FF청이 피고에 대한 감사를 실시한 후 ‘환산취득가액을 적용한 것이 부당하므로 이에 관한 시정조치를 할 것’을 요구함에 따른 것이고, 이와 같은 감사 과정에서 원고에 대하여 질문조사권을 행사하거나 서류제출을 요구하는 등 세무조사가 이루어졌다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 중복세무조사에 따라 이루어졌다고 볼 수 없다. 따라서 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.