법령에 따라 사용이 제한된 토지의 사용이 제한된 기간은 비사업용 토지로 사용되지 않은 기간으로 계산해야 함

사 건 2020구합30468 양도소득세부과처분취소 원 고 최○○ 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2020. 12. 10. 판 결 선 고 2021. 1. 14.

1. 피고가 2019. 11. 5. 원고에 대하여 한 양도소득세 176,548,040원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 1) 원고는 1999. 4. 19. 시 동 6-* 답 640㎡ 및 위 동 6** 전 156㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 1999. 4. 7. 각 증여를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

2. AA신탁주식회사는 2010. 12. 16. 이 사건 각 토지에 관하여 2010. 12. 13. 각 신탁을 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

3. 주식회사 BB 및 주식회사 CC은 2016. 12. 29. 이 사건 각 토지 중 각 1/2 지분에 관하여 2016. 12. 20. 각 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

• 나. 1) 이 사건 토지를 포함한 시 동 토지 일원에 대한 주택재개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 하는 DD지역주택조합이 2003. 4. 17. 설립인가를 받았고, 원고는 2003. 7.경 DD지역주택조합에게 이 사건 사업 수행을 위하여 이 사건 각 토지의 사용을 승낙하는 내용의 토지사용승낙서를 제출하였다.

2. 이에 따라 이 사건 각 토지 일원은 2007. 6. 4. 경기도 고시 제2007-*호로 이 사건 사업 수행을 목적으로 하는 ‘ · 재정비촉진지구’로 지정되었다.

3. 위와 같이 재정비촉진지구로 지정된 이후인 2010. 5. 11. 경기도 고시 제2010-*호로 DD지역주택조합의 이 사건 각 토지 일원에서의 이 사건 사업계획이 포함된 ‘시 ·재정비촉진지구 재정비촉진계획 결정’이 고시되었다.

• 다. 원고는 2017. 2. 1.경 이 사건 각 토지를 1999. 4. 19. 취득하여 2016. 12. 29. 양도(이하 ‘쟁점거래’라 한다)하였다면서 장기보유특별공제액 179,397,876원을 적용한 양도소득세 138,716,110원을 신고·납부하였다.
• 라. △△지방국세청장은 피고에 대한 감사결과, 원고가 이 사건 각 토지를 자경하지 않아 이 사건 각 토지는 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항 제1호에 따른 비사업용 토지인 농지라고 봄이 상당하므로, 쟁점거래로 인한 양도소득세 산정시 구 소득세법 제95조 제4항 단서, 제2항에 따라 장기보유특별공제가 적용될 여지가 없다는 취지로, 원고에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중가산세율을 적용한 쟁점거래로 인한 2016년 귀속 양도소득세를 부과할 것을 피고에게 통보하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 2019. 11. 5. 원고에 대하여 쟁점거래로 인한 2016년 귀속 양 도소득세 176,548,040원(가산세 포함)을 경정·고지하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 이 사건 처분의 납세고지서는 2019. 11. 8. 원고에게 도달하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 1. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 6. 8. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 9 내지 15호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 내지 영상, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 양도소득세 부과처분에 있어 토지지목의 판정은 현황에 의하여야 하는바, 이 사건 각 토지의 지목이 전과 답이기는 하나, 실제로 전과 답으로 이용되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 각 토지는 ‘농지’에 해당하지 않는다.

2. 또한 도시재정비 촉진을 위한 특별법(이하 ‘도시재정비법’이라 한다) 및 신탁법의 취지상 이 사건 각 토지는 소득세법 제104조의3 제2항 에 따라 비사업용 토지의 예외에 해당한다고 봄이 상당하다.

3. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 각 토지가 구 소득세법 제1항 제1호 의 비사업용 토지인 농지에 해당한다고 보았고, 그에 따라 구 소득세법 제95조 제4항 단서, 제2항에 따라 원고의 이 사건 각 토지 보유기간에는 장기보유특별공제가 적용될 여지가 없다는 전제에서 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 소득세법 제104조의3 제2항 및 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다. 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다. 공부상 등재현황이 ‘대’인 토지에 대하여 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에는 원칙적으로 본래 용도에 따른 사용이 제한된다고 볼 수 있어 통상적인 제한의 범위를 넘는 특별한 사용 제한에 해당되고, 공부상 등재현황이 ‘전’ 또는 ‘답’이지만 실제 이용현황은 ‘대’ 또는 ‘잡종지’인 토지에 대하여 법령의 규정에 따라 건축허가 등의 통제가 이루어지는 경우에도 토지의 이용현황이 불법적인 형질변경 등을 통하여 변경되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 특별한 사용 제한에 해당될 수 있다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결, 2011두14425 판결 등 참조). 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법목적이 있다. 그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항, 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 것이다(2013. 2. 14. 선고 2011두288950 판결 등 참조).

2. 위 법리에 따라 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실과 앞서 든 증거들 및 갑 제3 내지 8, 16, 17호증, 을 제3, 4호증(가지번호가 있는 증거는 가지번호 포함)의 각 기재 내지 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어보면, 이 사건 각 토지는 실질적으로 이 사건 사업을 위한 대지로서 이용되었다고 보이는바, ‘농지’에 해당하지 않고, 따라서 비사업용 토지로 보지 않아야 된다고 봄이 타당하다.

① 원고가 1999. 4. 19. 이 사건 각 토지를 취득한 이후인 2007. 6. 4. 이 사건 각 토지 일원은 도시재정비법상 재정비촉진지구로 지정되었고, 2010. 5. 11. 도시재정비법에 따라 이 사건 사업 등을 목적으로 하는 재정비촉진계획이 결정 고시되었다. 더군다나 원고는 2003. 7.경 이 사건 사업을 수행하고자 하는 DD주택조합에게 이 사건 각 토지에 대한 토지사용승낙서를 제출한 상태였다. 그에 따라 이 사건 각 토지는 2003. 7.경 이래로 이 사건 사업 수행을 위하여 도로 사이에 외부인의 출입을 막는 철조망이 쳐져 있고, 공터로 남아 있어 온 것으로 보인다. 즉, 이 사건 각 토지는 2003. 7.경 이래로 양도시기까지 이 사건 사업을 위한 대지로 사용되었다고 봄이 타당하다.

② 이 사건 각 토지 중 일부에 농작물이 경작되고 있는 사실은 인정된다. 그러나 이 사건 각 토지 중 농작물이 경작된 면적이 전체 면적 중 극히 일부만을 차지하고 있는 점, 이 사건 각 토지는 이 사건 사업 수행을 위하여 그 주위에 외부인 출입을 막는 철조망이 쳐져있는 등 나름 관리가 되어 왔던 점, 이 사건 각 토지 중 경작지는 다른 사람이 원고 허락 없이 임의로 경작하였던 것으로 보이는 점, 집합건물 대지 또는 주택부지 내에서 소규모로 농작물이 경작되는 경우도 왕왕 있는 점 등을 고려하면, 이와 같은 사정만으로 이 사건 각 토지가 농지로 사용되어 왔다고 볼 수는 없다.

③ 앞서 살폈듯이 이 사건 각 토지는 원고 취득 이후인 2007. 6. 4. 재정비촉진지구로 지정되어 2010. 5. 11. 재정비촉진계획이 결정 고시되었는바, 2007. 6. 4.부터 이 사건 각 토지 양도시기인 2016. 12. 29.까지 도시재정비법 제8조 에 따라 건축물 내지 공작물 건축을 할 수 없도록 제한된 상태였다. 또한, 이 사건 각 토지가 위 기간 동안 사실상 주택재개발 사업인 이 사건 사업 수행을 위한 대지로 사용되었던 이상, 위와 같은 법률상 제한은 이 사건 각 토지의 본래 용도에 따른 사용 제한이라고 봄이 타당하다.

④ 원고의 이 사건 각 토지 취득 및 양도 경위, 토지 취득시기와 이 사건 사업이 시작된 시기 사이의 시간적 간격, 이 사건 각 토지가 재정비촉진지구로 지정된 기간, 이 사건 사업의 진행 경위 등을 종합하면, 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 것에 투기적인 목적이 있다고 보기도 어렵다.

⑤ DD주택조합이 이 사건 사업을 추진하여 오다가 2013. 5. 22. **시장으로부터 이 사건 사업계획승인 신청 반려처분을 받았고, 그 이후 주식회사 BB 및 주식회사 CC이 DD주택조합으로부터 이 사건 사업을 승계받아 추진할 목적으로 원고로부터 이 사건 각 토지를 매입한 것으로 보이는 이상, 향후 이 사건 사업이 최종적으로 좌절되는 경우 이 사건 각 토지의 용도가 그 지목인 전과 답으로 변경될 가능성이 있다고도 보인다.

⑥ 위와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 토지는 2007. 6. 4.부터 2016. 12. 29.까지 소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 정하는 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당하였다고 보인다. 한편, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호, 소득세법 제104조의3 제3항, 소득세법 시행령 제168조의6 제1호, 제168조의14 제1항 제1호를 종합하면, 위와 같이 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’의 ‘사용이 제한된 기간’은 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에 따른 기간을 산정함에 있어서 비사업용 토지로 사용되지 않은 기간으로 계산을 하여야 하는바, 이 사건 각 토지는 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 가, 나목의 요건을 충족하지 못하고, 따라서 이 사건 각 토지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 에서 정하는 비사업용토지에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

3. 결국 쟁점거래로 인한 양도소득세를 산정함에 있어서는 그 보유기간 동안의 장기보유특별공제액을 공제하여 산정하여야 하는데, 위 인정사실과 구 소득세법 제95조 제2항 에 의하면 쟁점거래로 인한 장기보유특별공제액은 179,397,876원[= 양도차익 597,992,920원(= 양도가액 752,884,320원 – 취득가액 154,891,400원) × 구 소득세법 제95조 제2항 표 1 보유기간 10년 이상 공제율 30/100]이다. 따라서 이 사건 처분은 전부 위법하고 원고의 청구는 이유 있다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.