취득가액이 분명하지 않은 경우 환산가액으로 계산한 피고의 과세는 정당함

사 건 2015구합395 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2016. 8. 25. 판 결 선 고

2016. 9. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 12. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 및 가산세 부과처분을 취소한다(청구취지 기재 처분일은 착오로 보인다).

• 가. 원고는 2004. 3. 4.경 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 000-0 답 000㎡, 같은 리 000-0 답 0,000㎡(그 중 19㎡는 같은 리 000-00로 분할되었다) 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 CCC 외 11명으로부터 880,000,000원에 매수하였다.
• 나. 원고는 2004. 5. 6.경 주식회사 DD종합건설(변경 후 상호 EEE건설 주식회사, 이하 ‘DD종합건설’이라 한다)에게 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 000-0 외 1필지 지상에 목욕장 영업을 위한 건물 신축공사를 도급하였다. 이에 DD종합건설은 위 도급계약에 따라 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하고, 2004. 12. 17. 사용승인을 받았다. 원고는 2005. 1. 19. 이 사건 건물에 관하여 원고 앞으로 소유권보존등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 이 사건 건물 신축을 위하여 대출받은 대출금 등으로 자금난에 처하게 되자, 2005. 1. 18.경 DD종합건설의 실제 대표자 FFF과 사이에 FFF이 원고의 위 대출금채무 등을 대신 변제하여 주기로 하고, 그 대가로 FFF에게 이 사건 토지 및 건물 소유권 1/2 지분을 양도하고 이 사건 건물의 목욕장 영업을 동업하기로 하는 약정을 체결하여 2005. 1. 19. 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분에 관하여 FFF의 처(妻) GGG 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 라. 원고는 위 지분 양도에 관하여 2005. 3. 31.경 피고에게 아래 표 기재와 같이 산정한 양도가액, 취득가액을 기초로 양도소득세 6,223,000원을 신고․납부하였다. 원고는 당시 이 사건 토지 및 건물의 각 양도가액을 구분하지 아니한 채 통틀어 아래 표 양도가액란 기재와 같이 1,050,000,000원으로 기재하고, 그 매매대금의 지급은 GGG이 원고의 채무로서 이 사건 토지 및 건물에 설정된 근저당권의 피담보채무 2,100,000,000원(기존 대출금 400,000,000원 및 이 사건 건물 신축공사를 위한 시설자금 추가 대출금 1,700,000,000원) 중 1/2을 인수하는 것으로 갈음하기로 약정하였다고 신고하였다.
• 라. 피고는 위 지분 양도에 관한 양도소득세 실지 조사를 한 후 2014. 12. 1. 지분양도의 대가로 상대방이 원고 채무를 인수한 것 외에 원고가 부담할 공사대금1,000,000,000원 상당의 채무에 관하여 대물변제 또는 대위 변제 약정이 추가로 있었다고 파악하고 이 사건 토지 및 건물의 양도가액을 2,050,000,000원(= 위 원고의 채무 인수액 1,050,000,000원 + 미지급 공사대금 채무의 대물변제 또는 대위 변제 1,000,000,000원)으로, 취득가액을 971,428,298원[= 440,000,000원(이 사건 토지 취득가액 880,000,000원 × 1/2) + 531,428,298원 7= 1,062,856,596원(이 사건 건물 신축 공사대금 지출액 합계 1,169,142,257원 - 부가가치세 환급액 106,285,661원) × 1/2 9]으로 산정한 뒤, 원고에게 이를 기초로 계산한 양도소득세 및 가산세 1,034,491,010원(양도소득세 515,508,851원 + 신고불성실 가산세 50,805,392원 + 납부불성실 가산세 474,399,770원 - 기 신고납부 세액 6,223,000원, 10원 미만 버림)을 경정․고지하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2015. 2. 23. 피고에 이의신청을 제기하였고, 이에 피고는 2015. 4. 14. “원고가 2004. 6. 28.~2004. 12. 3. 기간 DD종합건설 명의로 송금한 1,700,000,000원, DD종합건설의 감사 HHH 외 2인에게 송금한 467,000,000원 합계 2,167,000,000원 등 금융거래내역 및 원고의 대물변제에 관한 주장에 관하여 이 사건 건물 신축 공사대금, 필요경비 해당 여부 및 양도가액 적정 여부, 실제 귀속 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 이의신청은 기각한다.” 는 내용의 결정을 하였다.
• 바. 피고는 위 결정에 따라 이 사건 토지 및 건물의 양도가액은 종전과 같이2,050,000,000원으로 산정하고, 취득가액은 이 사건 건물의 취득가액에 관한 객관적 자료를 확인할 수 없고, 이 사건 토지 및 건물의 양도가액의 구분이 불명확하므로 구 소득세법(2005. 5. 31. 법률 제7528호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제4항에 따라 자산별 기준시가로 이 사건 토지와 건물의 양도가액을 구분하여 산정한 이 사건 건물의 양도가액에 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (다)목, 구 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제2항 제2호에 따라 환산한 가액을 이 사건 건물의 취득가액으로 적용하여 아래 표 기재와 같이 527,412,769원(양도소득세 262,836,947원 + 신고불성실 가산세 25,539,931원 + 납부불성실 가산세 239,035,891원)으로 감액하는 경정 결정을 고지하였다(이하 2014. 12. 1. 처분 중 이와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 하고, 환산가액 산정내역 등은 [별지1] 계산서 기재와 같다).
• 사. 원고는 이에 불복하여 2015. 8. 17. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 10. 30. 기각 결정을 하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 갑 제4호증의 1, 4, 5, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7호증의 2, 갑 제8호증의 1, 갑 제14, 15, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 2005. 1. 18. FFF과 사이에 이 사건 건물의 목욕장 영업을 동업하기로 하고 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분을 양도하는 약정을 체결하였고, 위 동업약정에 따라 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분에 관하여 FFF의 처 GGG 앞으로 소유권이전등기를 마친 것이므로, 원고는 그로 인한 대가를 취득한 바 없거나, 그 대가에 해당하는 동업의 결과로서 수익이 현실화되지 아니하였으므로 양도가액이나 양도소득 자체가 존재하지 아니한다.

2. 설령 GGG 앞으로 소유권이전등기를 마친 위 지분의 양도를 현물출자로 볼 수 없다고 하더라도, 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분 양도가액이 2,050,000,000원 상당액이라고 인정한다면, 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분 취득가액 중 이 사건 건물 부분은 원고가 DD종합건설에 3,142,000,000원에 이 사건 건물 신축공사를 도급하였으므로 그 금액으로 산정되어야 한다.

3. 원고가 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분 양도가액이 GGG이 인수하기로 한 원고의 채무액 1,050,000,000원 및 원고의 미지급 공사대금의 대물변제 또는 대위 변제 약정액 1,000,000,000원의 합계 2,050,000,000원 상당액이라고 인정한 것은 이 사건 건물의 총 공사대금이 3,142,000,000원임을 전제로 한 것이므로, 만약 그 공사대금 상당액으로 이 사건 건물의 취득가액을 인정받지 못한다면, 적어도 위 미지급 공사대금 1,000,000,000원은 이 사건 건물의 양도가액에 포함되어서는 아니 된다.

• 나. 관계 법령 [별지2] 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 먼저 원고가 GGG 앞으로 소유권이전등기를 마친 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 양도를 FFF과의 동업약정에 따라 현물출자한 것으로 볼 수 있는지에 관하여 본다.

• 가) 갑 제3호증의 3, 갑 제6호증의 1의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하 면 다음 각 사실이 인정된다.

(1) 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 건물 신축 과정에서 생긴 자금난에서 벗어나기 위하여 FFF과 사이에 FFF이 원고의 대출금채무, 미지급 공사대금채무 등을 대신 변제하여 주기로 하고 GGG 앞으로 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.

(2) GGG은 원고와 FFF 사이의 위 약정에 따라 2005. 3. 31. 농업협동조합중앙회와 원고의 농업협동조합중앙회에 대한 대출금 채무에 관한 담보제공약정을 체결하였고, FFF 측은 그 무렵 원고의 이 사건 건물 신축에 관한 미지급 공사대금을 대신 변제하였다.

(3) 원고와 GGG 사이에 작성된 포괄양도․양수계약서 및 원고가 2005. 3. 22. BB세무서장에게 제출한 사업자등록정정신청서에 따르면 원고와 GGG은 이 사건 건물 목욕장 영업을 1/2 지분으로 동업한다는 취지로 기재되어 있다.

(4) FFF이나 GGG은 GGG 명의로 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분을 소유한 외에 이 사건 건물 목욕장 영업을 동업하기 위하여 재산을 따로 출자하지는 아니하였다.

• 나) 위 인정사실에 의하여 인정되는 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 양도 경위, 이 사건 건물 목욕장 영업의 지분 비율 등에 비추어 보면, 원고가 GGG 앞으로 소유권이전등기를 마친 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 양도는 FFF이 원고가 이 사건 건물 신축 과정에서 부담한 채무를 대신 변제하기로 한 것에 대한 대가이고, 그 후 원고와 FFF(또는 GGG)은 이 사건 토지 및 건물을 각 1/2 지분씩 공유하게 되었으므로 이 사건 건물에서 목욕장 영업을 동업하기로 한 것으로 보인다.
• 다) 따라서 원고가 GGG 앞으로 소유권이전등기를 마친 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 양도를 FFF과의 동업약정에 따라 현물출자한 것으로 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 다음으로 피고가 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분의 양도가액을 2,050,000,000원으로 산정한 것이 위법한지에 관하여 본다.

• 가) 일반적으로 조세 부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용에 적합하지 아니한 사정을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등 참조). 또한, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 과세 근거 사실에 관한 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등).
• 나) 갑 제3호증의 2, 3, 갑 제6호증의 1의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 각 사정이 인정된다. 즉 ① 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분 양도 거래의 실질적 당사자인 FFF은 2014. 9. 28. BB세무서에서 세무조사를 받을 당시 원고가 이 사건 건물 신축 공사대금 중 일부를 변제하지 못하여, FFF의 처 GGG에게 이 사건 토지 및 건물의 1/2 지분을 양도하여 동업하기로 하되, GGG이 이 사건 토지 및 건물에 설정된 근저당권의 피담보채무 2,100,000,000원 중 1/2인 1,050,000,000원을 인수하는 한편 미지급 공사대금 1,000,000,000원 상당액을 대신 변제하기로 약정하였다는 취지로 진술하였다. ② 이에 대하여 원고도 2014. 9. 28. BB세무서에 FFF의 진술과 부합하는 취지의 확인서를 작성․제출한 사실을 인정할 수 있고, 위 확인서가 작성자의 의사에 반하여 작성되었거나 내용이 미비하다고 볼만한 사정이 없다.
• 다) 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 양도가액을 2,050,000,000원으로 인정한 것은 정당하다.

3. 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 취득가액 산정이 위법한지에 관하여 본다.

• 가) 쟁점 이 사건 토지 1/2 지분의 취득가액이 실지거래가액으로서 446,552,000원[(토지 취득가액 880,000,0000원 + 취․등록세 13,104,000원) × 1/2 지분]인 점은 다툼이 없다. 쟁점은 이 사건 건물 1/2 지분의 취득가액을 원고가 주장하듯 실지거래가액으로서 그 건물의 신축공사 금액을 3,142,000,000원으로 인정하여 그 중 1/2의 금액을 반영하여야 할 것인지, 아니면 피고가 산정하였듯이 실지거래가액을 확인할 수 없어 관련 법령에 따라 환산가액, 즉 [별지 1] 계산서 기재와 같이 1,059,532,962원으로 인정한 것이 정당한지 여부이다.
• 나) 관계 법령의 내용 구 소득세법 제96조 제1항 제4호 는 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우 그 양도가액은 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)에 의한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (다)목은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제하는 필요경비 중 하나인 취득가액을 ‘취득에 소요된 실지거래가액’에 의하여야 하는 경우에 그 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액에 의하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제163조 제12항 은 “구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (다)목에서 ‘대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액’이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다.”고 규정하고 있는데, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 에 따르면, 그 중 환산가액은 “양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × (취득 당시의 기준시가 / 양도 당시의 기준시가)”의 산식에 의하여 계산한 가액을 말한다. 한편 구 소득세법 제100조 제2항 에 따르면, 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 그리고 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제166조 제4항, 구 부가가치세법 시행령(2005. 12. 30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서 제1호에 따르면, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다.
• 다) 인정사실 갑 제3호증의 2, 3, 갑 제4호증의 3, 갑 제6호증의 1, 갑 제7호증의 2, 갑 제8호증의 1~8, 갑 제9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 DD종합건설 사이에 이 사건 건물 신축에 관하여 계약 일자, 공사내용 등은 모두 같고, 단지 공사대금만 달리 하여 2개의 계약서[공사대금 1,100,000,000원의 도급계약서(갑 제7호증의 2), 공사대금 3,142,000,000원의 도급계약서(갑 제8호증의 1)]를 작성하였다. 그 중 공사대금 1,100,000,000원의 도급계약서는 원고가 2005. 3. 31. 이 사건 양도소득세 신고를 할 당시 담당 공무원에게 제시한 것이고, 공사대금 3,142,000,000원의 도급계약서는 원고가 농업협동조합중앙회로부터 위 시설자금 대출을 받을 당시 제시한 것이다.

(2) DD종합건설의 대표이사이던 FFF은 2014. 9. 28. BB세무서에서 세무조사를 받을 당시 ‘원고와 DD종합건설 사이에 체결한 실제 도급계약은 공사대금 1,100,000,000원의 도급계약서의 것으로서 일부 공사에 관한 것이고, 나머지 공사는 원고가 직영하기로 하였으며, 공사대금 3,142,000,000원의 도급계약서는 원고의 요청에 따라 은행대출용으로 작성한 것에 불과하고, 원고로부터 1,100,000,000원을 초과하는 공사대금을 수령한 것은 원고가 원고 직영 공사 부분을 맡은 공사업자들에게 지급할 공사대금을 DD종합건설 측에서 해당 공사업자를 소개한 연유로 원고를 대신하여 지급하기 위하여 수령하였기 때문이라는 취지로 진술하였다.

(3) 원고는 이 사건 건물 신축 공사를 위하여 농업협동조합중앙회로부터 시설자금대출금으로 이 사건 건물 신축공사 기성고에 따라 2004. 7. 5. 400,000,000원, 2004. 8. 13. 500,000,000원, 2004. 9. 8. 320,000,000원, 2004. 10. 25. 260,000,000원, 2004. 12. 3. 220,000,000원 등 5차례에 걸쳐 합계 1,700,000,000원을 대출받고, 위 각 대출금이 원고의 계좌로 입금된 즉시 이를 DD종합건설 명의 계좌로 송금하였다. 그리고 원고는 2004. 6. 28. DD종합건설의 감사로 재직 중이던 HHH 명의 계좌로 이 사건 건물의 설계비 명목으로 17,000,000원을 지급하였다. 그러나 원고가 DD종합건설에 송금한 위 각 대출금 중 2004. 7. 7. 400,000,000원, 2004. 8. 16. 450,000,000원 등 합계 850,000,000원은 DD종합건설 명의 계좌에서 수표로 발행되어 원고의 계좌로 다시 입금되었다. 따라서 결국 원고가 이 사건 건물 신축 공사와 관련하여 DD종합건설 및 공사관계자 측에 지급한 것으로 확인된 금액은 867,000,000원(= 1,700,000,000원 + 17,000,000원 - 850,000,000원)에 불과하다[① 한편 원고의 이 사건 토지 및 건물에 설정된 근저당권의 피담보채무 400,000,000원은 원고가 2004. 5. 6.경 DD종합건설과 이 사건 건물 신축공사에 관한 도급계약을 체결하기 이전인 2004. 4. 13. 발생한 채무이므로 위 대출금은 이 사건 건물 신축 공사대금에 해당한다고 볼 수 없고, 원고도 위 대출금이 이 사건 건물 신축 공사대금에 해당한다고 주장하지는 아니한다. ② 그리고 원고가 HHH 명의 계좌로 2004. 9. 3. 250,000,000원, 2004. 9. 4. 100,000,000원을 입금하고, 2004. 7. 7. JJ레미콘 명의 계좌로 50,000,000원, 2004. 8. 18. KK부스타 명의 계좌로 50,000,000원 등 합계 467,000,000원을 송금한 사실은 인정되나, 원고가 제출한 증거만으로는 위 각 금원이 이 사건 건물의 신축대금으로 지급되었다는 점을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다].

• 라) 위 인정사실에 의하면, 공사대금 3,142,000,000원의 도급계약서(갑 제8호증의 1)가 이 사건 건물 총 공사대금을 반영하는 진정한 계약서라고 인정하기 어렵다. 그 밖에 달리 이 사건 건물 총 공사대금을 확인할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 건물을 취득하기 위해 소요된 실제 공사대금 등 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에 해당한다고 보고, 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 총 양도가액에서 양도 당시의 이 사건 토지 및 건물의 각 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산하는 방법으로 이 사건 건물 1/2 지분의 양도가액을 산출하고, 위 양도가액에 ‘이 사건 건물의 취득 당시의 기준시가/양도 당시의 기준시가’를 곱하여 이 사건 건물 1/2 지분의 취득가액을 1,059,532,962원으로 산정한 것은 앞서 본 법령에 따른 것이므로 정당하다.

4. 소결론 따라서 이 사건 토지 및 건물 1/2 지분의 양도에 관하여 피고가 산정한 취득가액과 양도가액은 모두 인정된 사실과 법령에 근거한 것으로 정당하므로 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.