어민의 면세유 부정수급 확인을 위해 어민 및 어선 상황을 확인하여야 함에도 원고들은 이를 이행하지 않아 관리 부실의 책임이 있음.

사 건 2015구합2148 부가가치세등부과처분취소 원 고

1. AAA수○○협○○○

2. BBB수○○협○○○

3. CC수○○협○○○

4. DDD수○○협○○○

5. EEE수○○협○○○ 피 고

1. ○○세무서장

2. ○○세무서장

3. ○○세무서장 변 론 종 결 2019.10.31. 판 결 선 고 2019.12.12.

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 원고들에 대하여 한 별지 1 목록 기재 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고들은 수산업협동조합법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 지구별 수산업협동조합이고, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의2에 따른 면세유류 관리기관으로서 오른쪽 그림과 같이 정유사로부터 유류를 면세로 구입하여 수산업협동조합 급유소 및 공급대행 주유소를 통해 관리지역 내 어민들에게 어업용 면세유를 공급하여 왔다.
• 나. 피고들은 2013년 어업용 면세유 부정유통혐의자료 처리계획에 따라 원고들의 어민들에 대한 어업용 면세유류의 공급·관리에 대한 점검(대상년도: 2008. 1. 1. ~ 2012. 12. 31.)을 실시한 결과, 원고들이 ① 해외출국 중인 어민 또는 ② 사망한 어민에게 면세유류 구입카드 또는 출고지시서(이하 ‘면세유류 구입카드 등’이라 한다)를 발급하거나, ③ 폐선, ④ 계선 1), ⑤ 선박안전검사 미검사 선박에 대하여 면세유류 구입카드 등을 발급한 사실(이하 순번에 따라 ‘○처분사유’라 한다)을 확인하였다.
• 다. 이에 피고들은 면세유류 구입카드 등의 발급에 관리부실이 있다는 이유로, 원고들에 대하여 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호 에 따라 원고들이 감면받은 교통·에너지·환경세, 교육세, 부가가치세의 세액의 20%에 해당하는 별지 1 목록 각 기재 가산세를 각 부과(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 7. 29. 청구 기각 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1의147 내지 235, 1의 258 내지 1의281, 1의334 내지 1의368, 1의456 내지 1의458, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제4, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장 1) 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호 소정의 ‘잘못 발급’은 어민에게 면세유류 구입카드 등을 발급함에 있어서 단순한 실수나 오류가 있는 경우가 아니라 관련 증거서류를 제대로 확인하는 등의 ‘관리 부실’이 없었다면 발급되지 않았을 경우를 말하는데, 공급된 면세유류가 실제로 해당 어민에 의해 어업용으로 사용되었다면 면세유류 구입카드 등의 발급과정에 일부 착오나 오류가 있었더라도 가산세 부과대상이 되지 아니하고, 나아가 관리기관인 원고들이 어민이 제출한 증거서류를 통해 어업 경영사실을 확인하고 발급하였다면, 사후적으로 어민이 제출한 증거서류에 허위의 내용이 포함되어 있었더라도 그 발급 당시 증거서류가 허위로 발급되었거나 실제 조업여부와 무관하게 발급되었다고 의심할 수 있는 경우가 아닌 한, 원고들에게는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 ‘관리 부실’의 책임을 물어 가산세를 부과할 수 없다. 2) 그런데 원고들의 경우 다음과 같은 사정을 고려하면, 어민들이 제출한 증거서류를 통해 어업경영사실을 확인하고 면세유류 구입카드 등을 발급하였다고 할 것인바, 원고들에게 구 조세특례제한법 제106조의2 제11호 소정의 ‘관리 부실’이 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.
• 가) ①처분사유(해외여행 관련): 원고들은 유류공급사업요령제23조 제3호에 따라 어민의 위임장, 수임인의 신분증 및 어업경영사실을 확인할 수 있는 서류를 확인한 후 이를 첨부하여 출고지시서를 발급하였고, 이에 따라 출고된 면세유류는 어업용으로 사용된 점 등을 고려하면, 원고들이 출고지시서 명의를 어민으로부터 위임받은 수임인의 명의가 아니라 어민 본인 명의로 출고지시서를 발급하였더라도 원고들의 ‘관리 부실’이 있다고 볼 수 없다. 나) ②처분사유(사망한 어민 관련): 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항, 유류공급사업요령제20조 제1항 단서에 의하면, 어민이 사망한 경우 사망한 어민의 가족 등 상속인에게 그 사실의 신고의무가 있는 점, 그럼에도 사망한 어민의 가족 등이 신고를 하지 아니한 채 계속하여 조업을 하는 경우 원고들로서는 어민의 사망사실을 알 수없는 점, 원고들로서는 사망한 어민 명의의 위임장과 위판 증명서류 및 선박출입항신고서가 제출된 경우 그 위임장이 위조되었거나 어민의 사망사실을 쉽게 알 수 있는 경우가 아닌 한 해당 증명서류를 신뢰하고 출고지시서를 발급할 수밖에 없는 점, 이에 따라 출고된 면세유는 실제로 어업용으로 사용된 점 등을 고려하면, 이와 관련하여 원고들의 ‘관리 부실’은 인정되지 않는다. 다) ③처분사유(폐선 관련): 어민이 폐선을 하고 대체선박을 구하였으나 대체선박에 대한 어업면허를 받기 위해서는 상당한 시일이 소요되므로, 실제로 대체선박을 이용해 조업하면서도 폐선된 선박 명의로 면세유를 공급받는 경우가 있는 점, 어민이 출고지시서를 발급받은 이후에는 급유소 등에서 유류를 공급받게 되므로, 원고들이 폐선과 실제로 면세유를 공급받은 어선이 동일한지를 확인할 수 없는 점, 원고들은 어업경영사실을 확인할 수 있는 증명서류를 확인한 후 이를 첨부하여 출고지시서를 발급하였고, 이에 따라 출고된 면세유는 실제로 어업용으로 사용된 점 등을 고려하면, 폐선과 관련하여 원고들의 ‘관리 부실’은 인정되기 어렵다. 라) ④처분사유(계선 관련): 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항, 유류공급사업요령제20조 제1항 단서에 의하면, 어민에게는 계선 등 사유의 신고의무가 있으므로, 이러한 신고가 없는 한 원고들로서는 해당 선박이 계선인지를 알 수 없는 점, 원고들이 계선관리주체인 선박안전기술공단이 관리를 소홀히 할 경우까지 예상하여 선박의 계선 여부를 일일이 조회할 수 없는 점, 원고들은 어업경영사실을 확인할 수 있는 증명서류를 확인한 후 이를 첨부하여 출고지시서를 발급하였고, 이에 따라 출고된 면세유는 실제로 어업용으로 사용된 점 등을 고려하면, 계선과 관련하여서도 원고들의 ‘관리 부실’이 있다고 볼 수 없다. 마) ⑤처분사유(선박검사 관련): 구 조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호 는 어선법이나 선박안전법을 위반하여 조업을 하는 경우를 면세대상에서 제외하고 있지 아니한 점, 어민들이 같은 조 제3항 등에 따라 선박검사기간 도과여부와 수검여부의 사유를 신고하지 아니하는 경우 원고들로서는 이와 같은 사유를 파악할 수 없는 점, 원고들은 어업경영사실을 확인할 수 있는 증명서류를 확인한 후 이를 첨부하여 출고지시서를 발급하였고, 이에 따라 출고된 면세유는 실제로 어업용으로 사용된 점 등을 고려하면, 안전검사 미수검 선박과 관련하여 원고들의 ‘관리 부실’은 인정될 수 없다.
• 나. 관계 법령 별지 2 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 구 조세특례제한법 제106조의2 는 대통령령이 정하는 어민 등이 어업 등에 사용하기 위한 석유류에 대해 교통·에너지·환경세, 교육세, 부가가치세 등의 세금을 감면하도록 규정하고 있는바, 이러한 면세유 제도의 입법취지는 선박 등에 사용할 목적으로 공급되는 석유류에 대해서 부가가치세 등을 감면함으로써 관련 비용을 절감시켜 어민 등의 소득증대를 지원하는 한편, 선박 등의 보급을 촉진하여 어업생산성을 제고함과 동시에 어촌 노동력 부족현상에 대비하기 위한 것이라고 할 수 있다(헌법재판소 2010. 12. 28. 선고 2009헌바171 전원재판부 결정 참조). 이러한 면세유제도가 그 입법목적을 달성하기 위해서는 면세유가 실제로 어민 등에게 공급되고, 또한 그 면세유가 실제로 어업에 사용되어야 할 것임에도 면세유가 정상적인 유통경로를 벗어나 불법유통되는 사례가 많은데, 이러한 면세유 부정유통에 대한 제재수단으로 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 은 관할 세무서장은 면세유류 관리기관인 조합이 “관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리 부실로 인하여 농어민 등에게 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하거나 농어민 등 이외의 자에게 면세유류 구입카드 등을 발급하는 경우(제2호)”에 해당하는 경우 석유류에 대한 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세의 감면세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 가산세로 징수한다고 규정하고 있다. 면세유의 경우 부정유통의 가능성이 높은 물품으로 부정유통을 근본적으로 막기 위해서는 면세유가 공급되기 이전부터 어민 등 이외의 자에게 유류가 공급되는 것을 관리‧감독할 필요성이 높다. 따라서 위 제재규정은 면세유 제도 운영의 기초가 되는 면세유류 구입카드 등의 발급 자체에 대한 철저한 관리‧감독을 위하여 조합에 대한 제제를 강화하고자 한 것으로서, 실제로 해당 면세유가 어업에 사용되었는지 여부와 관계없이 관리 부실로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하는 것 그 자체에 대하여 가산세를 부과하고자 한 것으로 봄이 타당하다. 한편 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현이 용이하도록 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결 참조). 2) 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거, 갑 제6호증의 기재와 관계 법령을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 볼 때, 면세유류 관리기관인 원고들은 어민으로부터 면세유류 구입카드 등의 발급신청이 있는 경우 발급상대방이 본인인지 여부, 실제 조업사실이 있는지 여부에 관하여 관련규정에 따른 증명서류를 제대로 징구하지 아니하거나, 징구된 증명서류와 본인 확인을 통해 사망한 어민인지 여부 등과 실제로 조업할 수 없는 어선인지 여부를 충분히 의심할 만한 상당한 이유가 있었음에도 그 사실을 제대로 확인하거나 조회하지 아니한 채 제출된 증명서류만을 형식적으로 확인하여 면세유류 구입카드 등을 발급하였다고 봄이 상당하고, 달리 원고들에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고들이 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호 소정의 ‘관리 부실’로 인하여 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하였다고 봄이 타당한바, 원고들의 주장은 모두 이유 없다.
• 가) 원고들의 내부 업무처리지침인 유류공급사업요령제21조 제1항, 제35조 제1항, 제2항에 따르면 면세유류 구입카드 등을 발급함에 있어서 면세유류의 부정유출을 방지하기 위하여 발급상대방이 본인인지 여부 등은 특히 철저히 관리하도록 하고 있는 점, 유류공급사업요령제35조 제6항은 어업인이 출고지시서에 반드시 자필서명을 한 후 급유소(주유소)에 제출하도록 하고 있는데, 출고지시서를 기초로 하여 급유소(주유소)에서는 유류공급 상대방의 본인여부 및 위임받은 자의 신분 확인을 하게 되므로, 출고지시서의 발급 명의는 엄격히 관리될 필요성이 있는바, 예외규정에 따른 위임관계에 기한 출고지시서의 발급의 경우 그 위임관계가 분명히 적시되어야 할 것이나, 원고들은 위임에 따른 수임인에 대한 출고지시서의 발급임에도 출고지시서를 위임자의 명의로 발급한 것으로 보이는 점, 유류공급사업요령제23조 제3호는 어업인의 배우자 또는 직계가족을 제외하고는 어업인의 선장, 기관장, 사무장만이 어업인으로부터 유류 인수 권한을 위임받을 수 있다고 규정하고 있는데, 어업인들로부터 유류 인수 권한을 위임받은 사람들이 위 선장, 기관장, 사무장에 해당하는지 확인하기 어려운 점, 나아가 선박 출입항신고서 사본, 위판 증명서류, 수산물 거래증명 확인서 등의 조업사실 확인서류가 제대로 제출되지 아니한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고들이 면세유류 구입카드 등의 발급상대방이 본인인지 여부와 적법한 위임 여부 및 실제 조업사실을 제대로 확인하지 아니한 채 해외여행 중에 있는 선주의 명의로 면세유류 공급카드 등을 발급하였으므로 ①처분사유가 인정된다고 봄이 상당하다.
• 나) 유류공급사업요령제21조 제1항, 제35조 제1항, 제2항에 따르면 면세유류구입카드 등을 발급함에 있어서 면세유류의 부정유출을 방지하기 위하여 발급상대방이 본인인지 여부는 철저히 관리되어야 하고, 본인에 대한 면세유류 구입카드 등의 발급이 아닌 대리인에 대한 발급의 경우 더욱 면밀하게 심사‧관리되어야할 필요성이 있는 점, 어업인의 사망 여부는 유류공급사업요령제35조 제2항에 따라 제출받게 되어 있는 가족관계증명서 등을 제출받음으로써 쉽게 확인이 가능하고, 나아가 면세유류 관리기관인 원고들은 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항 에 따라 면세유 관리업무를 효율적으로 수행하기 위하여 행정기관 등에 사망·이농자료 등을 요청하여 확인할 수 있는 권한도 부여받고 있는 점, 그럼에도 원고들은 어민인 본인이 사망한 경우에도 가족관계증명서 등을 제출받지 아니한 채 만연히 출고지시서를 발급한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고들이 면세유류 구입카드 등의 발급상대방이 본인인지 여부, 특히 본인의 사망사실 등을 제대로 확인하지 아니한 채 사망한 선주의 명의로 면세유류 공급카드 등을 발급하였으므로 ②처분사유가 인정된다고 봄이 상당하다.
• 다) 원고들은 자신들의 급유소 또는 면세유류 공급대행계약을 체결한 공급대행주유소를 통해 관리지역 내 어민들에게 어업용 면세유를 공급하고 있는데, 유류공급사업요령제33조 제2호는 급유소 직원이 유류를 공급할 때에는 출고지시서상에 명시된 선명과 실제 수유(受油)하는 어선이 동일한지 여부를 확인하도록 하고 있는 점, 원고들이 급유소나 공급대행 주유소에 대한 관리‧감독을 제대로 하였다면 폐선인 출고지시서상의 선박과 실제로 수유하는 선박의 동일성 여부는 쉽게 파악될 수 있었을 것으로 보이는 점, 어선법 제13조 에 따르면 등록된 어선이 폐선된 이후 대체선박이 어선법에 따라 등록되기 전에는 그 선박은 어선으로 사용될 수 없으므로, 조업을 하지 못하는 선박의 경우 면세유의 공급대상이 될 수 없는 점 등을 고려하면, 원고들은 폐선인지 여부를 제대로 확인하지 아니한 채 형식적으로 제출된 증명서류만에 기초하여 면세유류 구입카드 등을 발급하였으므로 ③처분사유가 인정된다고 봄이 상당하다.
• 라) 라) 유류공급사업요령제21조 제1항에 따르면 유류카드 발급시에는 선박검사증서 사본 등을 징구‧보관하되 그 유효기간 경과 여부 등을 철저히 확인하여야 하는 점, 유류공급사업요령제22조 제5항 제1호에 따르면 유류카드의 유효기간은 발급일로부터 어업면허증상의 유효기간과 선박검사증서상의 유효기간 중 일찍 도래하는 기일을 만료일로 하게 되므로, 유류공급에 있어서 유효한 선박검사증서의 확인은 기본적으로 이루어져야 하는 사항인 점, 유류공급사업요령제52조 제2항 제5호는 행정관청에 계선 중인 어선에 대하여는 해당기간 동안 면세유류의 공급을 중단하여야 하는데, 계선인지 여부는 선박검사증서의 반납여부를 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항 에 따라 주기적으로 관계 행정기관에 조회‧확인함으로써 비교적 쉽게 확인할 수 있을 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고들은 어선이 계선 중인지 여부를 제대로 확인하지 아니한 채 형식적으로 제출된 증명서류만에 기초하여 면세유류 구입카드 등을 발급하였으므로 ④처분사유가 인정된다고 봄이 상당하다.
• 마) 유류공급사업요령제21조 제1항에 따르면 유류카드 발급시에는 선박검사증서 사본 등을 징구‧보관하되 그 유효기간 경과 여부 등을 철저히 확인하여 하고, 제35조 제1항 제3호에 따르면 출고지시서 발급시 유류카드 유효기간 경과 여부를 확인하여야 하는 점, 유류공급사업요령제22조 제5항 제1호는 선박에 대한 유류카드의 유효기간은 발급일로부터 어업면허증(어업허가증‧어업신고증)상의 유효기간과 선박검사증서상의 유효기간(중간검사 미수검 선박의 경우에는 중간검사를 받아야 하는 검사시기의 최종만료일) 중에 일찍 도래하는 기일을 만료일로 한다고 규정하고 있는 점, 선박안전법 제17조 제1항 은 선박검사증서 등이 없는 선박이나 선박검사증서 등의 효력이 정지된 선박을 항해에 사용하여서는 아니 된다고 규정하고 있는 점, 유류공급에 있어서 선박검사증서의 확인은 기본적 사항이고, 선박검사를 받았는지 여부는 이미 제출받은 선박검사증서의 유효기간을 확인함으로써 비교적 쉽게 확인할 수 있을 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고들은 어선이 선박검사를 받았는지 여부를 제대로 확인하지 아니한 채 형식적으로 제출된 증명서류만에 기초하여 면세유류 구입카드 등을 발급하였으므로 ⑤처분사유도 인정된다고 봄이 상당하다.
• 바) 아울러 위와 같이 관리부실이 인정되는 경우 원고들의 주장과 같이 공급된 면세유류가 어민에 의해 어업용으로만 사용되었다고 단정할 수 없다.

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 선박검사증서를 발급받은 자가 일정 기간 동안 운항하지 아니할 목적으로 그 증서를 반납한 후 해당 선박을 계류하는 것을 말한다(선박안전법 시행령 제2조 제1항 제1호).