주식 양도가액에 개인이 가지고 있는 사업장 시설물 상당액이 포함되었는지 여부

원고 주○○ 피고 속초세무서장

1.피고가 2008.10.1.자로 원고에게 부과한 2001년 귀속 양도소득세 47,034,750원의 부과처분 중 36,188,250원을 초과하는 부분을 취소한다. 2.원고의 나머지 청구를 기각한다. 3.소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2008.10.1.자로 원고에 대하여 한 47,034,750원(소장 기재 42,795,900원은 47,034,750원의 오기인 것으로 보인다)의 양도소득세 부과처분 중 3,848,250원을 초과하는 부분을 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 1996.5.경 박AA로부터 ○○시 ○○구 ○○동 43-1, 같은 동 43-2 양 지상 건물(이하‘이 사건 건물’이라 한다)과 1급 자동차정비시설, 공구, 차량 및 집기 일체(이하‘이 사건 시설물’이라 한다)를 320,000,000원에 매수하여 자동차, 특장차 제조업, 자동차 종합수리․서비스업 등 자동차관련 업무를 영위하다가, 1999.12.경 위 자동차관련 사업에 관하여 자본금 5,000만원(발행 주식 총수 10,000주, 1주의 금액 5,000원)의 △△장 주식회사(이하‘△△장’이라 한다)를 설립하였으나, 이 사건 건물의 등기 명의는 그대로 원고 앞으로 둔 채 △△장의 영업을 위하여 사용하였다.
• 나. 그러다가 원고는 2001.10.10.주식회사 ◇◇인(대표이사 BB중, 이하 ◇◇인이라 한다)에게 △△장의 제무제표상 등재되어 있는 자산, 부채, 자본 일체를 △△장의 발행주식 100%인 10,000주(원고 명의 7,000주, 장CC 명의 3,000주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 및 △△장의 권리 일체를 ◇◇인에게 이전하는 방법으로 양도하였는데 이 사건 주식의 양도에 관한 계약서(갑 제6호증 참조, 이하‘이 사건 계약서’라 한다)에 의하면 매매대금은 820,000,000원이되 △△장의 채무 4억 2,000만원을 승계하기로 하여 4억을 지급하기로 하고, 계약체결시 계약금 10%(40,000,000원), 2001.10.16.중도금 50%, 2001.11.15.잔금을 각 지급하기로 하였다.
• 다. 원고는 이 사건 주식 양도에 대한 양도소득세를 신고납부하지 아니하였고, 이에 피고는 2008.10.1.△△장 주식 10,000주에 대한 양도대금을 이 사건 계약서상의 대금 4억 원(△△장 주식 1주당 가액 40,000원)으로 보아 원고에게 △△장 주식 10,000주 양도에 대하여 2001년 귀속분 양도소득세 72,922,500원을 결정고지(이하‘당초 부과 처분’이라 한다)하였다가, 위 10,000주 중 3,000주는 원고 명의 주식이 아니라는 원고의 이의신청을 받아들여 원고에게 △△장 주식 7,000주 양도에 대한 2001년 귀속분 양도소득세로 50,888,250원(가산세 포함)을 경정고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 이 사건 주식의 양도는 △△장의 자산에 포함되지 아니한 원고 개인 재산인 이 사건 건물 및 이 사건 시설물에 대한 양도와 함께 이루어졌고, 그 전체 양도가액이 4억이었으므로, 이 사건 주식의 양도 대금은 4억 원에서 이 사건 건물 및 시설물의 가액 합계 3억 2,000만원을 뺀 8,000만원(1주당 8,000원)이라고 주장하며 2008.12.17.조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2009.8.28.원고 주장 중 이 사건 건물 가액 공제 주장의 일부를 받아들여 ‘△△장주식 10,000주의 양도 대금을 4억 원에서 이 사건 건물 기준시가인 55,045,600원을 뺀 344,954,400원(1주당 34,495원)이라고 평가하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’라고 결정하였다.
• 마. 피고는 위 심판결정 취지에 따라 원고에 대한 당초 부과처분을 47,034,750원(가산세 포함)으로 하는 감액경정처분을 하였다(이하 감액되고 남은 당초 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다). [인정근거]갑 제1,2,3,6,11호증, 을 제1호증의 1,2,3의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장 요지 원고는 ◇◇인에게 △△장을 양도하면서 원고 개인 소유와 △△장의 소유를 구별하지 아니하고 △△장의 영업과 관련된 일체의 재산 및 권리를 양도하였으므로, 이 사건 주식의 양도시 △△장의 자산에 포함되지 아니한 원고 개인 재산인 이 사건 건물 및 이 사건 시설물에 대한 양도도 함께 이루어졌으나 이 사건 계약서상에는 “△△장의 재무제표상 등재되어 있는 자산, 부채, 자본 일체”라고만 기재하였다. 따라서 이 사건 계약서상의 대금 4억 원은 이 사건 주식 뿐 아니라 이 사건 건물 및 시설물 대금이 모두 포함된 금액이므로, 이 사건 주식의 양도대금은 4억 원에서 이 사건 건물 가액 1억 원 및 이 사건 시설물 가액 2억 2,000만원을 뺀 8,000만원(1주당 8,000원)이다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 (1)우선 원고 개인 소유인 이 사건 시설물을 이 사건 주식 양도시 함께 양도하였고, 이 사건 계약서상의 대금 4억 원에 이 사건 시설물 대금도 포함되어 있다는 주장에 대하여 살피건대, 앞서 든 증서 및 갑 제6호증, 제7호증의 3,4,5, 을 제2호증의 각 기재에 의하면 국제 특장은 자동차 관련 제조․수리 등을 사업목적으로 하고 있으며 이 사건 시설물은 △△장이 사업목적에 따라 차량정비업을 등록하고나 사업을 영위함에 있어 필수적으로 보유해야 할 시설물인 사실, △△장의 2000사업연도 대차대죠표(을 제2호증 참조)상에 기계장치, 차량운반구, 비품, 시설장치 등 이 사건 시설물로 보이는 항목들이 유형자산으로 계상되어 있는 사실, 원고가 2001.10.10.△△장의 재무제표상 등재되어 있는 자산, 부채, 자본 일체를 원고가 보유하고 있는 △△장의 발생주식 100%인 10,000주 및 △△장의 권리 일체를 ◇◇인에게 이전하는 방법으로 양도한 사실, 이 사건 계약서에 원고 개인 소유인 시설물을 양도한다는 기재가 없을 뿐만 아니라 이 사건 시설물 양도에 관한 별도의 계약서도 존재하지 아니하는 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 이 사건 시설물은 △△장의 1주당 가액을 계산하는데 있어 고려되어야 할 자산이라고 봄이 상당하므로, 위 원고 주장은 이유 없다. (2)다음으로 원고가 이 사건 주식 양도시 이 사건 건물도 함께 양도하였고, 이 사건 계약서상의 대금 4억 원에는 이 사건 건물 대금 1억 원도 포함되어 있다는 주장에 대하여 살펴본다. 갑 제12호증, 을 제2,3,4호증의 각 기재 및 BB중의 증언에 의하면, 원고가 이 사건 건물을 매수하여 원고 명의로 등기한 이후 △△장이 설립된 이후에도 원고 명의로 유지해 오다가 이 사건 주식 양도 이후인 2002.1.16.△△장 앞으로 그 등기 명의를 이전한 사실, △△장의 2000사업연도 대차대조표상 유형자산의 건물항목은 0원이었으나 2001사업연도 대차대조표상 유형자산의 건물항목에는 104,272,728원이 계상되어 있는 사실, 원고와 ◇◇인 사이에 2001.12.1.자로 이 사건 건물에 대한 매매대금 1억 원(계약금 5천만 원은 계약시, 잔금 5천만 원은 2001.12.17.지급하기로 한다)의 매매계약서가 작성된 사실이 인정되고, 위 인정사실에 의하면 원고가 이 사건 주식 양도 무렵 원고 명의의 이 사건 건물 역시 ◇◇인에게 매도하였고, 당시 이 사건 건물의 매매대금은 1억 원으로 정했던 것으로 봄이 상당하다(을 제7호증의 기재에 의하면, 원고는 2002.1.11.이 사건 건물 양도에 대한 양도소득세 신고 당시 양도가액을 64,084,000원으로 신고하였으나, 이는 당시 소득세법 관계법령에 따라 실지거래가액이 아닌 기준시가로 신고한 것이므로, 위 매매대금 인정에 방해가 되지 아니한다). ◇◇인의 대표이사인 증인 BB중이 이 사건 계약서상 대금 4억 원은 이 사건 주식 양도 대금 뿐 아니라 △△장의 영업에 필요한 이 사건 건물 및 시설물 대금을 모두 포함하여 정한 것이고, 2001.12.1.자 계약서는 세무편의상 작성한 것이어서 이 사건 계약서상 대금 4억 원 이외에 별도로 이 사건 건물 매매대금으로 금원을 지급한 적이 없다고 증언한 점, 무엇보다도 2001.11.20.자 잔금 영수증(을 제4호증 참조)에는 “1억 100만 원을 △△장 매매계약 잔금으로 정히 영수함, 잔금 정산 내역: 총계약금 4억 원(채무 4억 2천만 원) - 1차 계약금 4천만 원, 2차 중도금 1억 8천만 원, 가지급금 3억 9천만 원, 2층 임대보증금 4천만 원, 잔금 1억 100만 원”이라고 기재되어 있는바, 이 사건 건물 2층의 임대보증금 반환채무 4천만 원을 이 사건 계약서상의 대금 4억 원의 잔금 지급에서 공제한 점 등을 종합하여 보면, 비록 이 사건 계약서에 매매대상으로 “△△장의 재무제표상 등재되어 있는 자산, 부채, 자본 일체”라고 기재되어 있고 이 사건 건물에 관한 기재는 없다고 하더라도 이 사건 건물의 매매대금은 이 사건 계약서상의 대 금 4억 원에 포함되어 있는 것으로 봄이 상당하므로, 결국 이 사건 주식의 양도가액은 대금 4억 원에서 이 사건 건물 대금을 공제한 3억 원이라고 할 것이어서, 이 사건 주식의 양도가액을 344,954,400원(1주당 34,495원)이라고 보아 그 과세표준과 세액을 결정한 이 사건 부과처분은 위법하다. 따라서 이 경우 정당한 세액은 별지 목록 세액산출내역 기재와 같으므로, 결국 이 사건 부과처분 중 36,188,250원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다. 3.결 론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.