일정기간 사용조건으로 토지소유자 명의로 건물신축한 경우 과세방법

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2006. 5. 2. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 부가가치세와 종합소득세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2000. 7. 20. 이○○, 구○○과 사이에, 이○○,구○○이 원고 소유의 ○○시 ○○동 81 대 2,608㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 임차하여 그 지상에 건물을 신축하여 마트를 운영할 목적으로 다음과 같은 내용의 임대차계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 1번 임대차계약’이라고 한다).

(1) 목적 부동산: 이 사건 토지 및 그 지상 건물

(2) 임대차보증금: 없음, 연 임대료: 2,700만원(매년 7. 20. 원고 주소지에서 지급)

(3) 임대차기간: 계약 체결일로부터 6년이고, 원고는 이 기간 내에 목적부동산을 처분하지 아니한다.

• 나. 이○○, 구○○은 2000. 10.경 2억 원을 들여 이 사건 지상에 철골조 샌드위치판넬지붕 단층근린생활시설 1,487㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)를 신축하였고, 원고는 이 사건 건물에 관하여 ○○지방법원 ○○등기소 2001. 2. 19.접수 제1879호로 원고 명의의 소유권보존등기를 경료하였다.
• 다. 원고는 2004. 3. 23. 이○○와 사이에, 임대차기간을 계약 체결일로부터 2006. 7. 20.까지로 정하는 것을 제외하고는 목적 부동산, 임대차보증금, 연 임대료를 이 사건 1번 임대차계약과 같은 내용으로 하는 임대차계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 2번 임대차계약’이라고 한다).
• 라. 원고는 2006. 1. 20. 김○○와 사이에 이 사건 건물에 관하여 임대차기간을 계약체결일로부터 2008. 1. 20.까지, 임대차보증금을 1억 원, 월 임대료를 440만 원으로 하는 임대차계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 3번 임대차계약’이라고 한다).
• 마. 피고는, ① 원고가 이 사건 토지를 임대하면서 연 임대료 2,700만 원 이외에 이 사건 건물의 신축가액 2억 원을 임대료조로 선지급 받았음에도 그 2억 원과 ② 원고 자신이 대주주로 있는 주식회사 ○○상가가 2001. 12. 31. ○○시 ○○동 81-2 대 2,275㎡, 같은 동 81-3 대 320㎡(이하 ‘이 사건외 토지’라고 한다) 지상에 4층 건물을 신축하였음에도 이 사건외 토지의 부동산 임대용역에 관하여 각 부가가치세 등을 신고하지 않았음을 이유로, ㉠ 위 2억 원을 선수임대금에 해당하는 것으로 보아 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항, 제13조 제1항 제2호, 같은 법 시행령(2006. 6. 12. 대통령령 제19507호로 개정되기 전의 것) 제49조의2 제4항을 적용하여 이 사건 건물의 신축가액 2억 원을 임대차 계약기간의 개월 수 72개원(6년 × 12월)로 나누어 부가가치세 과세표준을 산정하고, ㉡ 이 사건외 토지를 특수관계자에게 무상 사용하게 한 것은 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에 의한 부당행위 계산부인에 해당하는 것으로 보아 정기예금 이자율로 산정한 이 사건외 토지의 임대가액을 종합소득세 수입금액에 합산하여, 2006. 5. 2. 원고에게 다음과 같은 부가가치세 및 종합소득세 경정처분을 하였다. 부가가치세 부과처분 종합소득세 부과처분 기 분 과세표준 고지세액 귀속 수입금액증가분 소득금액 고지세액 이사건토지 이사건외토지

2000. 16,666,666 11,382,582 4,503,630

2001. 1기 16,666,666 738,930

2001. 33,333,333 22,166,666 8,540,220

2001. 2기 16,666,666 704,430

2002. 1기 16,666,666 744,990

2002. 33,333,333 11,698,260 29,946,008 9,431,260

2002. 2기 16,666,666 706,660

2003. 1기 16,666,666 643,170

2003. 33,333,333 10,681,020 40,436,211 12,240,660

2003. 2기 16,666,666 618,150

2004. 1기 16,666,666 646,740

2004. 33,333,333 9,155,160 39,421,514 10,337,630

2004. 2기 16,666,666 619,140

2005. 1기 16,666,666 591,990

2005. 2기 16,666,666 564,390 함 계 166,666,660 6,578,590 합 계 149,999,998 31,534,440 143,352,981 45,053,400

• 바. 원고는 위와 같은 과세처분에 불복하여 2006. 7. 7. 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 같은 해 8. 31. 기각결정을 받게 되자, 2006. 11. 20. 위 과세처분 중 별지 목록 기재 부가가치세 및 종합소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다. [인정 근거] 일부 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 15, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 15, 을 제2호증의 1, 을 제4호증의 5 내지 9, 13, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6호증, 을 제7,8호증의 각 1 내지 3, 을 9, 10호증, 을 제15 내지 19호증의 각 1, 2, 을 제 26 내지 28호증의 각 1 내지 5, 을 제29호증의 1 내지 9, 을 제30호증의 1 내지 10의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이○○, 구○○과 사이에 이 사건 1번 임대차계약을 체결하면서 임대차기간 종료 이후 건물의 철거 내지 토지의 인도 편의를 위해 임차인들의 건물매수청구권을 포기시키게 할 목적으로, 임차인들로 하여금 투자금을 충분히 회수할 수 있게 임대차기간을 정하고 이 사건 건물에 관하여 원고 명의로 소유권보존등기를 경료한 것일 뿐 이 사건 건물을 이 사건 토지의 선임대료조로 지급받은 것이 아니다. 또한, 원고가 위와 같은 목적으로 원고 명의로 이 사건 건물의 소유권보존등기를 경료하였다고 하더라도 건물의 소유를 목적으로 하는 토지 임대차계약에서 임차인의 건물매수청구권을 사전에 포기시키는 것은 임차인에게 불리한 약정으로서 민법 제652조, 제643조, 제283조에 의하여 그 효력이 없으므로, 원고로서는 여전히 임차인들에게 건물매수청구권의 행사에 따른 매수대금을 지급할 부담을 갖고 있다. 따라서, 이 사건 건물의 신축가액 상당을 원고의 선임대수입으로 간주하여 부과한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 이○○ 외 1인은 이 사건 1번 임대차계약 체결 이전인 2000. 6. 2. 원고에게 “본인은 이 사건 건물에 대한 임대차계약이 본인의 부도 또는 다른 사유로 인해 해지 또는 만료될 때에 위 건물 내외에 있는 부대시설 일체를 포기하고 이를 임대인에게 무상으로 양도한다.”라는 건물 및 부대시설 포기각서를 작성해 주었다.

(2) 이 사건 건물에 관하여 춘천지방법원 동해등기소 2001. 2. 19. 접수 제1879호로 원고 명의의 소유권보존등기가 경료된 후, 이 사건 토지 및 건물에 관하여 같은 등기소 2001. 5. 17. 접수 제6238호로 채권최고액을 7억 4,100만원, 채무자를 원고, 근저당권자를 농업협동조합중앙회로 하는 근저당권설정등기가 경료되었다.

(3) 이 사건 건물의 사용현황은 다음과 같다.

① 2000. 10.경부터 2004. 3.경까지는 이 사건 1번 임대차계약의 임차인인 이○○, 구○○이 ‘○마트’라는 상호로 사용

② 2004. 3.경부터 2006. 1.경까지는 이 사건 2번 임대차계약의 임차인인 이○○가 ‘○마트’라는 상호로 사용

③ 2006. 1.경부터는 이 사건 3번 임대차계약의 임차인인 김○○가 ‘○○마트’라는 상호로 사용

(4) 한편, 원고는 이 사건 부과처분과 관련한 세무조사를 받을 당시인 2006. 3. 15. 국세공무원에게 “본인은 이 사건 토지를 2000. 7. 20.부터 ○○마트 이○○에게 6년간 사용하게 하고, 그 대가로 연 2,700만 원의 임대료를 수취하였으며, 이○○가 신축한 이 사건 건물의 소유권을 2000. 10. 17. 무상으로 취득하였고, 또한 이 사건 토지 및 건물에 대한 조세, 기타 공과금을 임차인의 부담으로 임대차계약을 체결하였으나, 임차인의 사업부진 등의 이유로 상호 합의하에 본인이 실제로 부담하였다.”라는 확인서를 작성해 주었다. [인정 근거] 을 제2호증의 2,3, 을 제4호증의 8, 10, 11, 을 제11호증, 을 제12호증의 1, 2, 을 제14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 먼저 원고가 이 사건 1번 임대차계약을 체결하면서 이 사건 건물을 이 사건 토지의 선임대료조로 지급받은 것인지 여부에 관하여 보건대, ① 이 사건 1번 임대차계약서에 이 사건 토지와 건물이 임대차목적물로 명기된 점, ② 이 사건 1번 임대차계약기간 만료일 전에 체결된 이 사건 2번 임대차계약은 그 임대차기간을 이 사건 1번 임대차계약의 기간 만료일로 정한 것 외에 그 임대차보증금과 연 임대료가 이 사건 1번 임대차계약과 같은 내용으로 되어 있는데, 이는 이 사건 1번 임대차계약의 임대기간을 그대로 보장하기 위한 것이었다고 보이는 점, ③ 이 사건 3번 임대차계약은 임대기간이 2년, 임대차보증금이 1억 원, 연 임대료가 5,280만 원인데 반하여, 이 사건 1번 임대차계약은 이례적으로 임대차기간이 6년이고, 임대차보증금이 없으며, 연 임대료가 2,700만 원에 불과하여, 이 사건 건물의 소유권 내지 실질적 처분권한이 원고에게 귀속되었다고 보지 않는 이상 거래계의 통념에 비추어 이를 합리적으로 설명하기 곤란한 점(더욱이 임대차기간 동안 임대인인 원고는 임차인의 기간 보장 차원에서 임대차목적물을 처분하지 못하게 약정되어 있다.), ④ 이 사건 건물에 관하여 2001. 2. 19. 원고명의로 소유권보존등기가 경료된 이래 같은 해 5. 17. 원고를 채무자로 하는 근저당권설정등기까지 경료된 점, ⑤ 원고는 이 사건 1번 임대차계약 체결 이전에 이미 이○○등으로부터 임대차계약의 해지 등을 전제로 이 사건 건물 외에 그 지상건물 내외의 부대시설 일체까지 무상양도를 받기로 약정하였을 뿐만 아니라 이 사건 부과처분 직전인 2006. 3. 15. 국세공무원에게 이 사건 건물의 소유권을 2000. 10. 17. 무상으로 취득하였고, 이 사건 건물에 대한 조세, 공과금 등을 원고가 실제로 부담하여 왔다는 점을 확인하였던 점, ⑥ 그 밖에 이 사건 건물의 사용 현황 등 제반 사정을 종합하면, 이 사건 건물의 신축비용(2억 원) 상당은 원고가 이 사건 1번 임대차계약을 체결하면서 임차인인 이○○ 등으로부터 이 사건 토지의 임대용역에 대한 대가, 즉 선수 임대료 명목으로 지급받은 것으로 봄이 상당하다.

(2) 다음으로 임차인들의 건물매수청구권 포기약정이 강해규정에 위배되어 여전히 원고가 건물매수청구권의 행사에 따른 매수대금 지급의무를 부담하고 있는지 여부에 관하여 보건대, 임차인의 건물매수청구권 행사에 따른 임대인의 대금지급의무는 임차인이 이른바 형성권인 건물매수청구권을 행사하였음을 전제로 하는 것인데, 기록상 이사건 1번 임대차계약의 임차인들이 위와 같은 건물매수청구권을 행사하였음을 인정할 아무런 증거가 없을 뿐만 아니라, 설사 향후에 위 임차인들이 원고에게 이 사건 건물에 대한 건물매수청구권을 행사한다고 가정하더라도, 위와 같이 이 사건 건물의 신축비용 전액이 원고에게 이 사건 1번 임대차계약의 선수 임대료조로 지급된 금원으로 볼 수 있는 이상, 원고가 임차인들에게 위 건물의 매수대금을 지급할 의무가 있다고는 할 수 없으므로 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

(3) 따라서 이 사건 건물의 신축가액 2억 원을 이 사건 토지의 임대용역에 대한 원고의 선임대수입으로 간주하고 부과한 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다.

그렇다면 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.