청구법인이 한국・말레이시아 조세협약 상의 거주자이기 때문에 이 사건 주식양도 소득은 말레이시아에서만 과세할 수 있다는 청구인의 주장은 이유 없음.
청구법인이 한국・말레이시아 조세협약 상의 거주자이기 때문에 이 사건 주식양도 소득은 말레이시아에서만 과세할 수 있다는 청구인의 주장은 이유 없음.
주 문
1. 처분청은 2005. 8. 5. 청구인에게 한 2000년 귀속 원천징수분 법인세 23,949,000,500원 의 부과처분에 대하여 주식 회사 000000의 주식 1주당 가액을 390,000원에서 346,000원 으로 변경하여 그 세액을 경정하여야 한다.
2. 청구인의 나머지 심사청구를 기각한다. 이 유
000-000(Korea) Ltd., 000-000 II(Korea) Ltd., 000-000(Korea) Ltd. {위 000-000(Korea) Ltd., 000-000 II(Korea) Ltd. 및 000-000(Korea) Ltd.를 합하여 이하 “000라부안법인“이라 한다} 는 1998. 7. 31. 말레이시아 라부안에 설립되어, 같은 해 8월 18일 00000 주식회사의 주식 (이하 “0000”이라 한다) 총 21,911,622주 (이하 “이 사건 주식”이라 한다) 를 취득한 후, 2000. 7. 26. 청구인에게 위 주식을 양도하고, 청구인은 매매대금으로 현금 521,585,784,399원 (원화 113,472,336,233원 + USD 79,999,971 + 어음 319,121,480,425원) 과 청구 외 주식회사 0000000의 주식 (이하 “000주식”이라 한다) 598,485주를 000라부안법인에게 지급하였다(위 현금과 000주식 598,485주를 합하여 “이 사건 주식매매대금”이라 한다). 한편, 청구인은 000라부안법인이 말레이시아의 거주자이기 때문에 ｢대한민국 정부와 말레이시아정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약｣에 따라 주식양도의 원천지국인 대한민국에서는 과세하지 아니한다는 전제 하에, 이 사건 주식양도대금을 000라부안법인에게 지급하면서 법인세를 원천 징수하지 아니하였다. 이에 대하여 처분청은, 위 000라부안법인은 버뮤다에 소재한 000 00000 00000000000000 0000, L.P. (이하 “000-000 L.P.”라 한다) 및 000 000 00000 00000000000000 0000 II, L.P. (이하 “000-000 II L.P.”라 한다) 와 케이만 아일랜드에 소재한 000 00000 00000000000 0000, L.P. (이하 “000-000 L.P.”라 한다. 위 000-000 L.P., 000-000 II L.P. 및 000-000 L.P.를 합하여 이하 “000모펀드”라 한다) 가 각 조세회피를 목적으로 설립한 페이퍼 컴퍼니들에 불과하고 실제 이 사건 주식의 양도인은 위 000모펀드의 출자자들이라는 이유로, 2005. 8. 5. 이 사건 주식 양도가액에 위 000모펀드의 출자자들 중 대한민국과 조세협약을 체결하지 아니한 국가 (또는 주식 양도 소득에 대하여 면세하는 것으로 조세협약이 체결되어 있지 아니한 국가를 포함 한다. 이하 같다) 의 거주자에 해당하는 출자자들 (이하 “000모펀드의 납세의무 출자 자들”이라 한다) 의 비율을 곱하여 산출된 금액의 각 10%에 해당하는 원천징수 세액의 합계 23,949,000,500원 (000-000 Ltd.: 10,161,676,343원, 000-000 II Ltd.: 13,729,778,967원, 000-000 Ltd.: 57,545,197원) 을 2000년 귀속 법인세로서 청구인에게 부과·고지 (이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다) 하였다.
(2) 청구인은 이 사건 주식양도소득의 원천징수의무자가 아니라고 주장한다. (가) 이 사건 주식양도소득이 000모펀드의 출자자들에게 귀속된다고 본다면 청구인은 000모펀드의 출자자들에게 소득을 지급한 것이 아니므로 청구인은 ｢법인세법｣상 원천징수의무자인 ‘지급하는 자’가 될 수 없다. (나) 000모펀드의 출자자들은 이 사건 주식양도소득을 국외에서 배당 등의 형태로 지급받았고, 000라부안법인 또는 000모펀드 모두 국내사업장이 없으므로 청구인은 ｢법인세법｣상 원천징수의무자가 아니다. (다) 청구인에게는 이 사건 주식양도대금의 사용처 및 000라부안법인의 주주 및 000모펀드의 출자자들에 관한 자료를 요구할 권리가 없어 원천징수할 방법이 사실상 없으므로 원천징수가 불가능하다.
(3) 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반한다고 주장한다. 첫째, 이 사건 부과처분은 i)말레이시아 라부안에 소재하는 법인이 ｢한국·말레이시아 조세협약｣의 적용을 받는다는 예규 (국총 46017-535, 1999. 8. 7.) 와 ii)파트너 (partner) 의 거주지국이 아니라 파트너쉽 (partnership) 의 거주지국과 체결한 조세협약의 규정에 따라 과세 여부를 판단한다는 예규 (국일 46107-471, 1997. 7. 12.) 에 각각 반하는 것으로서 청구인은 위 예규를 신뢰하고 원천징수를 하지 아니하였던 것이고, 둘째, 처분청은 ‘납부할 세액확인신청’에 대하여 원천징수할 세액이 없음을 확인하여 주고도 납세의무성립 후 약 5년이 지난 시점에서야 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.
(4) 이 사건 부과처분의 실질귀속자 과세비율, 소득의 구분, 양도가액의 산정 등에 있어 오류가 있다고 주장한다. (가) 처분청이, 000모펀드의 출자자들의 원출자자들 (나아가 원출자자들의 상위 원출자자들) 의 각 거주지국의 조세협약까지 적용하여야 함에도 000모펀드의 출자자들 단계까지만 고려하여 그 출자자들의 각 거주지국의 조세협약까지만 적용한 것은 실질귀속자의 비율을 잘못 산출한 것으로 위법하다. (나) 000모펀드의 출자자들은 금융업에 종사하는 투자기관에 해당하므로 이 사건 주식양도소득은 유가증권 양도소득이 아닌 사업소득으로 구분하여 그 지급액의 10%가 아닌 2%의 금액에 대해서만 원천징수의무가 있다. (다) 처분청은 현금 등 외에 지급된 000주식의 1주당가액을 협상 도중 논의된 가액인 390,000원으로 확정하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하였으나, 이 사건 주식양도는 정산절차를 수반하지 아니하는 단순한 교환으로서 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우로 보아야 하므로, 주식 교환일 현재 양도주식 (이 사건 주식) 의 기준시가 (청구인은 코스닥시장 종가인 16,800원을 주장한다) 를 근거로 하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하여야 한다.
(1) 이 사건 주식의 양도소득은 ｢한국·말레이시아 조세협약｣에 의하여 말레이시아에서만 과세할 수 있고 대한민국에서는 과세할 수 없는지 여부 (가) 이 사건 주식을 양도한 000라부안법인이 말레이시아 거주자인 경우 ｢한국·말레이시아 조세협약｣상 주식양도소득의 실질귀속자인지 여부에 불구하고 말레이시아에서만 과세할 수 있는지 여부 (나) ｢한국·말레이시아 조세협약｣에는 조세협약의 남용을 방지하는 규정이 없고 대한민국 세법에는 법인격부인에 관한 규정이 없음에도 불구하고 000라부안 법인의 법인격을 부인하는 것이 적법한지 여부
(2) 청구인이 이 사건 주식양도소득의 원천징수의무자에 해당되는지 여부 (가) 이 사건 주식양도소득이 000모펀드의 출자자들에게 귀속된다고 본다면 청구인은 ｢법인세법｣상 원천징수의무자가 될 수 없는지 여부 (나) 000모펀드의 출자자들이 이 사건 주식양도소득을 국외에서 배당 등의 형태로 지급받았고 000라부안법인 또는 000모펀드 모두 국내사업장이 없는 경우 청구인은 ｢법인세법｣상 원천징수의무자에 해당되지 아니하는지 여부 (다) 청구인이 이 사건 주식양도대금의 사용처 및 000라부안법인의 주주 및 000모펀드의 출자자들에 관한 자료를 요구할 권리가 없는 경우에도 주식양도 대금 지급시 원천징수를 할 수 있는지 여부
(3) 이 사건 부과처분이 i)말레이시아 라부안에 소재하는 법인이 ｢한국·말레 이시아 조세협약｣의 적용을 받는다는 예규 (국총 46017-535, 1999. 8. 7.) 와 ii)파트너 (partner) 의 거주지국이 아니라 파트너쉽 (partnership) 의 거주지국과 체결한 조세협약의 규정에 따라 과세 여부를 판단한다는 예규 (국일 46107-471, 1997. 7. 12.) 에 각각 반하고, 처분청이 ‘납부할 세액확인신청’에 대하여 원천징수할 세액이 없음을 확인하여 주고도 납세의무성립 후 약 5년이 지난 시점에서야 이 사건 부과처분을 한 것이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부
(4) 이 사건 부과처분의 실질귀속자 과세비율, 소득의 구분, 양도가액의 산정 등에 있어 오류가 있는지 여부 (가) 처분청이, 000모펀드의 출자자들의 원출자자들 (나아가 원출자자들의 상위 원출자자들) 의 각 거주지국의 조세협약까지 적용하지 않고 000모펀드의 출자자들 단계까지만 고려하여 그 출자자들의 각 거주지국의 조세협약까지만 적용하여 실질 귀속자의 비율을 산출한 것이 타당한지 여부 (나) 000모펀드의 출자자들은 금융업에 종사하는 투자기관에 해당하는 경우 이 사건 주식양도소득을 유가증권 양도소득이 아닌 사업소득으로 구분하여 그 지급액의 2%를 원천징수하여야 하는지 여부 (다) 처분청은 현금 등 외에 지급된 000주식의 1주당가액을 협상 도중 논의된 가액인 390,000원으로 확정하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하였으나, 이 사건 주식양도는 정산절차를 수반하지 아니하는 단순한 교환으로서 실지거래가액이 확인되지 아니하는 경우로 보아, 주식 교환일 현재 양도주식 (이 사건 주식) 의 기준 시가 (청구인은 코스닥시장 종가인 16,800원을 주장한다) 를 근거로 하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하여야 하는지 여부
(1) 버뮤다에 소재한 000-000 L.P. (1996. 11. 27. 설립) 및 000-000 II L.P. (1997. 11. 19. 설립) 와 케이만 아일랜드에 소재한 000-000 L.P.(
1998. 7.경 설립) 등 000모펀드는 1998. 7. 31. 000-000 (Korea) Ltd., 000-000 II (Korea) Ltd., 000-000 (Korea) Ltd. 등 000라부안법인을 말레이시아 라부안에 각 설립하였다.
(2) 이 사건 주식은 1998. 8. 18. 000라부안법인이 000 000-0000 0000000 Ltd., 0000, 0000 주식회사, 0000 주식회사, 0000 주식회사, 000 등 (이하 000라부안법인과 합하여 “00주식 양도인들”이라 한다) 과 함께 취득한 총 74,993,052주 중의 일부이고, 이후에는 000라부안법인이 13.98%, 000계열 법인이 20.97%, 국내법인 등이 12.9%의 비율로 주식을 각각 보유하면서 그 지분을 제휴하여 00000 주식 회사의 경영권을 유지하여 왔다.
(3) 위 00주식 양도인들 (000라부안법인 포함) 은, 2000년 3월경부터 위 각 보 유주식을 청구인에게 일괄 양도하기로 하는 내용의 협상을 진행하였고, 같은 해 6월 15일 청구인과 주식매매계약 (STOCK PURCHASE AGREEMENT) 을 체결하였으며, 같은 해 7일 25일 단일계약서에 연서로 서명·날인하는 형식으로 청구인과 주식 양도대금 조정에 따른 변경계약 (letter agreement) 을 체결하였고, 그에 따라 다음 날 (2000. 7. 26.) 청구인으로부터 주식양도대금을 [별표 1] “주식 양도대가 지급명세”와 같이 각각 지급받았다. 00주식 양도인들과 청구인이 2000. 6. 15. 체결한 주식매매계약 (STOCK PURCHASE AGREEMENT) 제 6.17조 (조세문제) 에 따르면, “본 계약에 의하여 예정된 거래의 완성으로부터 또는 이와 관련하여 발생하여 각 당사자에게 부과되거나 또는 각 당사자가 지급하여야 할 모든 한국 내 세금은 각 당사자의 단독책임이다. (ⅰ) 비거주 매도인이, 자본이득이 한국에서 (자본이득세 원천징수를 포함하여) 법인세의 대상이 되지 않는다는 소득세 관련 협정을 한국과 체결한 관할권내의 관할 기관 이 발급한 거주증명서를 0000 (청구인) 에 제공하고 (ⅱ) 0000이 비거주 매도인 에게 지급하여야 할 매매대금의 일부로부터 원천징수되어야 할 한국 내 세금은 없다는 납세완납증명서를 한국 과세당국으로부터 취득한 경우, 0000은 각 비 거주 매도인에게 지급하여야 할 총 매매대금에서 자본이득에 대한 한국 내 세금을 원천 징수하지 않는다. 동 매도인은 그러한 납세완납증명서를 취득하는데 있어서 합리적인 노력을 다하여 0000에 협조한다. (중략) 0000은 한국의 과세당국으로부터 납세완납증명서를 취득하는 것에 관하여 합리적인 노력을 다하여 각 매도인과 협력한다. 매매대금 중 비거주 매도인에게 지급하여야 할 부분으로부터 원천징수되어야 할 한국 내 세금은 없음을 확인하는 납세완납증명서에도 불구하고, 한국의 과세당국이 그 후 매수대상 주식의 매각에 기인하는 자본이득에 관하여 한국 내 세금이 적용 가능하다고 결정하거나 또는 이를 0000에 부과하는 경우 동 매도인은 (ⅰ) 0000이 공제하였어야 한다고 한국 과세당국이 결정하는 세금 또는 그러한 자본이득에 관하여 0000에 부과하는 세금 및 (ⅱ) 그에 대하여 부과된 부가가치세 또는 과태료로부터 0000을 면책하고 손해를 입지 않도록 한다”라고 되어 있다.
(4) 청구인은, 위 주식양도대금을 지급하기 전인 2000. 7. 6. 말레이시아 라부안에 소재한 000라부안법인이 ｢대한민국정부와 말레이시아정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약｣의 적용을 받아 주식양도의 원천 지국인 대한민국에서는 과세하지 아니한다는 전제 아래, 처분청에게 이 사건 주식 양도의 원천징수세액이 “0”이라고 기재된 ‘납부할 세액 확인 신청서’ {위 신청서의 말미에 “비거주자 또는 외국법인에게 지급한(할) 소득에 대한 납부한(할) 세액이 위와 같음을 확인하여 주시기 바랍니다.”라고 기재되어 있다} 를 제출한 바 있고, 이에 대하여 처분청은 다음 날 위 신청서의 말미에 “상기 사실을 확인합니다”라는 문구 옆에 처분청 명의로 날인하여 준 사실이 있다. 청구인은
2000. 7. 26. 000라부안법인에게 이 사건 주식양도대금을 지급하면서 원천징수를 이행하지 아니하였다.
(5) 이에 대하여 처분청은, 위 000라부안법인은 000모펀드가 조세회피를 목적 으로 설립한 페이퍼 컴퍼니에 불과하고 실제 이 사건 주식의 양도인은 위 000 모펀드의 출자자들이라는 사실관계를 파악하고, 000모펀드의 출자자들 중 한국과 조세협약을 체결하지 아니한 국가의 거주자에 해당하는 출자자들을 이 사건 주식양도소득에 대한 납세의무자들로 보아, 2005. 8. 5. 이 사건 주식 양도가액에 위 000모펀드의 출자자들 중 대한민국과 조세협약을 체결하지 아니한 국가의 거주 자에 해당하는 출자자들의 비율을 곱하여 산출된 금액의 각 10%에 해당하는 원천 징수 세액의 합계 23,949,000,500원 (000-000 Ltd.: 10,161,676,343원, 000-000 II Ltd.: 13,729,778,967원, 000-000 Ltd.: 57,545,197원) 을 2000년 귀속 법인세로서 청구인에게 부과·고지하였다. (6) 한편, 000라부안법인의 재무상황, 인적 구성 및 사무실 현황, 이 사건 주식 양도 과정에서의 주요문서의 서명주체, 이 사건 주식양도 관련 투자의사 결정 과정, 이 사건 주식양도대금 일부의 입금 등과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 1998년 9월 외국인투자신고서 및 2000년 7월 외국인투자등록신청서에 의하면, 000라부안법인의 재무상황은 [별표 3]과 같다. (나) 000-000 (Korea) Ltd. 및 000-000 II (Korea) Ltd.의 각 이사들은 0000 0000 000 000000, 00000 00000, 00000000 00000 000000000000 등 3인으로 동일하게 구성되어 있고, 이들이 이 사건 주식의 취득과 관련하여 SHAREHOLDERS AGREEMENT 에 각 대표자로서 서명하였는데, 위 3인 중 0000 0000 000 000000, 00000 00000 는 모두 00에 소재하는 000 Investment Corporation (Asia) Limited.(이하 “00000”라 한다. 한편, 00000는 버뮤다 소재 법인이다) 의 직원이었고 (00000 00000 은 00000의 Executive Director로서 1998. 8. 27. 현재 00 00카드를 소지하고 있었다), 00000000 00000 000000000000 는 000-000 II L.P.의 사장이자 Emerging Markets Partnership 의 Executive Officer이었다. 000-000 (Korea) Ltd.의 이사인 000 0. 000는 1996년에 000 Global Investment Group (이하 “000 GIG”라 한다) 에 입사하여 000 GIG의 남아시아 직접투자 책임자 이었고, 000-000 L.P.의 Chief Operating Officer로서 1998. 8. 27. 현재 00 00 카드를 소지하고 있었다. (다) 국세청의 말레이시아 출장복명서 (2005. 5월), 000라부안법인의 외국인 투자등록신청서 (2000. 7. 11.) 에는, 000라부안법인의 소재지가 모두 Unit 3(1), 3 rd 00000 0000 000000 00000, 000000000 0000 000000, 00000 0000000 87000 0000000, 00000000000 000000, 00000000 로 동일하고, 위 주소에는 0000000 000000 Ltd.라는 관리회사가 소재하고 있으며, 위 관리회사의 책임자 00000000 00000, 0000000 0000 0000 및 여직원 1인 등 총 3인이 약 20평 규모의 사무실에서 000라부안법 인 외 여러 회사의 설립 업무 등을 관리하고 있고, 000라부안법인의 각 대표자는 모두 00의 00000의 대표자인 00000 0000000로, 각 연락처는 모두 000-0000 -0000 (이는 말레이시아 국번이 아닌 00 국번이다) 로 동일하게 기재되어 있다. 한편, 000라부안법인의 외국인투자신고서 (1998. 9월) 에는 000라부안법인의 각 종업원 수가 모두 0명으로 기재되어 있다. (라) 000, 0000 000 000000가 000-000 Ltd. 및 000-000 II Ltd.의 각 Director의 자격으로, 000 000가 000-000 Ltd.의 Director의 자격으로 작성한 각 Director's Certificate에 의하면, 000-000 (Korea) Ltd.는 000-000 L.P.의 투자위원회로부터, 000-000 II (Korea) Ltd.는 000-000 II L.P.의 투자위원회로부터, 000-000 (Korea) Ltd.는 000-000 L.P.의 투자위원회로부터 각 이 사건 주식 취득 및 투자와 관련 하여 사전 승인을 받은 것으로 기재되어 있다. (마)
1998. 8. 18.자 주주계약 (SHAREHOLDERS AGREEMENT) 에는 ① 000-000 (Korea) Ltd., 000-000 II (Korea) Ltd. 외에 000-000 L.P. 및 000-000 II L.P.의 각 general partner의 서명이 기재되어 있고 (000-000 L.P.의 경우에는 000 ASIAN INFRASTRUCTURE MANAGEMENT L.P.가 general partner로서 서명하였고, 000-000 II L.P.의 경우에는 000 ASIAN INFRASTRUCTURE MANAGEMENT II L.P.가 general partner로서 서명하였다),
② 00000 주식회사 이사회 구성원 16명의 지명과 관련하여, 000-000 II L.P. 및 000-000 L.P. (이들 펀드의 각각의 계열사 포함) 가 총 4% 이상의 보통주 주식을 보유 하는 경우에는 000-000 II L.P.는 1명의 이사를 지명할 수 있고, 000-000 L.P.도 계열사를 포함하여 총 3% 이상의 보통주 주식을 보유하는 경우에는 1명의 이사를 지명할 수 있으며, 00000 주식회사 감사위원회 멤버 중의 1명은 000-000 II L.P.가 지명하고, 집행위원회 멤버 중의 1명은 000-000 L.P.가 지명하도록 되어 있다. (바)
1998. 8. 18.자 주주계약 (SHAREHOLDERS AGREEMENT) 에는 000- 000 (Korea) Ltd. 및 000-000 (Korea) Ltd. 외에 이들의 모회사인 000-000 L.P. 및 000-000 II L.P.도 당사자로서 참여하여 그 general partner가 서명한 것으로 기재되어 있다. 또한, 1998. 9. 2.자 가입계약 (ACCESSION AGREEMENT) 에는 모든 통지, 승인 및 기타 연락들은 000-000 (Korea) Ltd.가 아닌 케이만 아일랜드에 있는 000-000 L.P. (전화번호 0 000 000 0000) 에게 하도록 하되, 그 사본을 00에 있는 00000 (전화번호 000 0000 0000, 참조: 000 000) 에게도 보내져야 하는 것으로 기재되어 있고, 000-000 L.P.의 서명 (000-000 L.P.의 general partner인 000 0000 00000000000 0.0. 000.의 이사 00000 00가 서명하였다) 만이 있으며, 000-000 (Korea) Ltd.의 서명은 존재하지 아니한다. (사) 000-000 (Korea) Ltd.에 대한 주식양도의 대가 중 일부 (000주식) 는 0000 00지점의 000-000 L.P. 명의로 subaccount 000-000 (Korea) Ltd.에 입고되었다.
(2) 구 ｢법인세법 (2000.12.29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)｣ 제93조에서는 외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다고 하면서, 제5호에서 외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득 (조세조약에 따라 국내원천 사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다) 으로서 대통령령이 정하는 것을, 제10호에서 내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장이 발행한 기타의 유가증권 (｢소득세법｣ 제94조 제5호 의 규정에 의한 기타 자산을 제외한다) 의 양도로 인하여 발생하는 소득 중 대통령령이 정하는 소득을 규정하고 있다. 구 ｢법인세법 시행령 (2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것. 이하 같다)｣ 제132조 제7항에서는 법 제93조 제10호의 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 다음 각호의 소득을 말한다고 하면서 제2호에서 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 당해 주식 또는 출자증권을 양도함으로써 발생하는 소득을 규정하고 있고, 다만 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자증권 (｢소득세법시행령｣ 제157조 제5항 제1호 각목에서 규정하는 것을 포함한다) 을 양도함으로써 발생하는 소득으로서 당해 양도법인 및 그 특수관계자가 당해 주식 또는 출자증권의 양도일이 속하는 연도와 그 직전 5년의 기간 중 그 주식 또는 출자증권을 발행한 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 25 미만을 소유한 경우는 제외하는 것으로 규정하고 있다. (3) 한편, ｢구 법인세법｣ 제98조 제1항 에서는 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호·제4호 내지 제6호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 의한 국내원천소득 으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액 (국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다) 을 지급하는 자는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세 무서등에 납부 하여야 한다고 하면서, 제1호에서는 제93조 제4호 및 제5호에 규정 하는 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 2를 규정하고 있고, 제4호에서는 제93조 제10호의 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 10으로 하되, 제92조 제2항 제2호 단서의 규정에 의하여 당해 유가증권의 취득가액 및 양도비용이 확인되는 경우에는 그 지급액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 동항 동호 단서의 규정에 의하여 계산한 금액의 100분의 25에 상당하는 금액 중 적은 금액으로 하는 것으로 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항에서는 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 외국법 인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항의 규정에 의한 기한 내에 납부하지 아니한 때에는 지체 없이 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 제76조 제2항에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 하는 것으로 규정하고 있다.
(4) 구 ｢법인세법시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) ｣ 제89조 제1항에서는 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가 격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하는 것으로 규정하고 있다. (5) ｢대한민국정부와 말레이시아정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약｣ (이하 ｢한국·말레이시아조세협약｣이라 한다) 제1조에서는 이 협약의 목적상 “일방체약국의 거주자”라 함은 그 국가의 법에 따라 주소, 거소, 본점 또는 주사무소의 소재지관리장소 또는 이와 유사한 성질의 다른 기준에 의하여 그 국가에서 납세의무가 있고 그 국가에 거주하는 인을 의미하는 것으로 규정하고 있고, 제13조 제1항에서는 제6조에 언급되고 타방체약국 내에 소재하는 부동산의 양도로부터 일방체약국의 거주자에게 발생되는 이득에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있는 것으로, 동조 제2항에서는 일방체약국의 기업이 타방체약국 내에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의 일부를 형성하는 동산의 양도나 독립적 인적용역의 수행목적상 일방체약국의 거주자가 이용할 수 있는 타방체약국 내의 고정시설에 속하는 동산의 양도로부터 발생되는 이득 및 그러한 고정사업장 (단독으로 또는 기업체와 함께) 또는 고정시설을 양도함으로써 발생하는 이득에 대하여는 그 타방체약국에서 과세할 수 있는 것으로, 동조 제3항에서는 국제운수에 운행되는 선박 또는 항공기 및 그러한 선박이나 항공기의 부수되는 동산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 기업이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세하는 것으로 각 규정하고 있고, 동조 제4항에서는 제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산이 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세하는 것으로 규정하고 있다.
(1) 이 사건 주식의 양도소득은 ｢한국·말레이시아 조세협약｣에 의하여 말레이시아에서만 과세할 수 있고 대한민국에서는 과세할 수 없는지 여부 (가) 이 사건 주식의 양도소득의 소득자인 000라부안법인은 말레이시아 법률에 의하여 설립된 법인이므로 ｢한국·말레이시아 조세협약｣상 말레이시아의 거주자에 해당하여 위 주식양도소득에 대하여는 말레이시아에서만 과세할 수 있다고 주장한다. ｢한국·말레이시아 조세협약｣ 제13조 제4항에서는 “제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세한다.”라고 규정하고 있어, 이 사건과 같은 주식양도의 경우 청구인이 주장하는 바와 같이 000라부안법인이 말레이시아의 거주자로 인정될 때에는 거주지국인 말레이시아에서만 과세할 수 있고 대한민국에서는 과세할 수 없도록 되어 있다. 한편, 국세기본법 제14조 제1항 의 규정에 따르면 과세대상이 되는 소득의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 보는 것으로 되어 있다. 먼저 이 사건 주식양도계약의 실제 양도인이 누구인지 살펴본다. 위 인정사실 (6)에서 본 바와 같이 000라부안법인은 종업원이 1명도 없고 00 주식에 대한 투자 외의 사업 활동은 없었던 점, 000모펀드가
1998. 8. 18.자 주주계약에 당사자로서 참여하고, 00000 주식회사의 이사, 감사위원회 멤버 중의 1명과 집행위원회 멤버 중의 1명을 지명하도록 되어 있는 등 실질적으로 00000 주식회사에 대한 경영권 및 중요 의사결정에 영향력을 행사할 수 있었던 점, 00000 주식회사의 중요의사 결정과 관련된 모든 통지, 승인 및 기타 연락들을 000모펀드에게 하도록 되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 000라 부안법인은 형식 상의 양도인에 불과하다 할 것이고, 청구인은 000모펀드의 출자 자들이 이 사건 주식 매매계약의 양도인이라는 점을 인식하고 있었다고 볼 수 있으므로 이 사건 주식 매매계약의 양도인은 000라부안법인이 아니라 000모펀드의 출자자들이 라고 보아야 할 것이다. 따라서, 000라부안법인이 이 사건 주식매매계약의 실제 양도인이라는 점을 전제로 하여 000라부안법인이 ｢한국·말레이시아 조세협약｣상의 거주자이기 때문에 이 사건 주식양도소득은 말레이시아에서만 과세할 수 있다는 청구인의 주장은 이유 없다. (나) ｢한국·말레이시아 조세협약｣에는 조세협약의 남용을 방지하는 규정이 없고 대한민국 세법에는 법인격부인에 관한 규정이 없음에도 불구하고 단순히 실질과세의 원칙만을 내세워 000라부안법인의 법인격을 부인하여 ｢한국·말레 이시아 조세협약｣상 거주자임을 인정하지 않는 것은 위법하다고 주장한다. 살피건대, 조세협약의 남용을 방지하는 명문의 규정이 없다 하더라도 이를 조세협약의 남용을 용인하는 것으로 해석할 이유는 없고, 나아가 이 사건 주식 매매계약의 당사자로 되어 있는 000라부안법인은 직원이 1명도 없는 페이퍼 컴퍼니로서 형식상 양도인에 불과하고 이 건 주식의 양도소득이 귀속된 000모 펀드의 출자자를 실제양도자로 본 사실인정문제에 불과할 뿐이므로, 법인격 부인 과는 관련이 없다 할 것이다. 또한, 위와 같이 이 사건 부과처분이 법인격 부인과 관련이 없다고 판단하는 이상 외국법인이라고 해서 법인격을 부인하는 것은 ｢한국·말레이시아 조세협약｣ 상 무차별조항에 반한다는 청구인의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다 할 것이다. (다) 소결 따라서, 이 사건 주식 매매계약의 양도인은 000라부안법인이 아니라 000모펀드의 출자자라 할 것이고, 이와 달리 이 사건 주식 매매계약의 양도인이 000라부안법인임을 전제로 하여 000라부안법인이 ｢한국·말레이시아 조세협약｣상의 말레이시아의 거주자에 해당한다는 주장 등은 받아들일 수 없다 할 것이다.
(2) 청구인이 이 사건 주식양도소득의 원천징수의무자인지 여부 (가) 이 사건 주식양도소득이 000모펀드의 출자자들에게 귀속된다고 본다면 청구인은 000모펀드의 출자자들에게 소득을 지급한 것이 아니므로 청구인은 ｢법인세법｣상 원천징수의무자인 ‘지급하는 자’가 될 수 없다고 주장한다. 살피건대, 위에서 인정한 바와 같이 000라부안법인은 페이퍼 컴퍼니로서 형식상 양도인에 불과하므로 청구인은 이 사건 주식의 실제 양도자인 000모펀드의 출자자들에게 이 사건 주식양도대금을 지급한 것으로 보아야 하므로 청구인의 이 부분 주장은 이유 없다 할 것이다. (나) 000모펀드의 출자자들은 이 사건 주식양도소득을 국외에서 배당 등의 형태로 지급받았고, 000라부안법인 또는 000모펀드 모두 국내사업장이 없으므로 청구인은 ｢법인세법｣상 원천징수의무자가 아니라고 주장한다. 살피건대, 설사 000모펀드의 출자자들에 대한 소득의 귀속의 형식이 000 라부안법인으로부터 000모펀드로의 배당 등을 거쳐 이루어졌다 하더라도 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 주식 매매계약의 양도인을 000라부안법인이 아니라 000 모펀드의 출자자들로 보는 이상 000모펀드의 출자자들은 내국법인인 청구인으로부터 이 사건 주식 매매대금을 지급받은 것이라 할 것이어서 그 대금은 국내 에서 지급된 것이라고 보아야 하므로, 청구인의 이 부분 주장은 이유 없다 할 것이다. (다) 청구인에게는 이 사건 주식 매매대금의 사용처 및 000라부안법인의 주주 및 000모펀드의 출자자들에 관한 자료를 요구할 권리가 없어 원천징수할 방법이 사실상 없으므로 원천징수가 불가능하다고 주장한다. 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인이 000라부안법인 등과 체결한 주식매매계약서 (2000. 6. 15.) 에 따르면, 청구인과 000라부안법인 등은 본 건 주식양도로 인해 발생될 소득에 대하여 각 당사자에게 부과되거나 또는 각 당사자가 지급하여야 할 모든 세금은 각 당사자가 단독으로 책임질 것을 명시 하고 있고, 청구인은 000라부안법인 등과 본 건 주식 양도소득과 관련하여 원천징수를 피할 수 있도록 사전에 관련서류를 검토하는 등 000라부안법인 등과 협의한 점에서 청구인은 본 건 주식매매가 있기 전부터 000라부안법인 등과 본 건 과세 처분을 예견하고 있었다고 볼 수 있으므로, 원천징수가 불가능하다는 청구인의 주 장은 이유없다 할 것이다. 더욱이 지급자의 원천징수의무가 적법하게 성립되는 한 원천징수의무는 그 원천징수의무자가 본래의 납세의무자로부터 현실적으로 법인세 등의 징수가 가능한가 아니한가를 불문하고 국가에 대하여 부담 하는 의무라 할 것이다. (라) 소결 따라서, 청구인은 이 사건 주식양도소득의 원천징수의무자라 할 것이므로 이와 달리 청구인에게 원천징수의무가 성립할 수 없거나 존재하지 아니한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.
(3) 이 사건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반하는지 여부 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째 과세관청의 공적인 견해표명이 있어야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 위 견해표명을 신뢰하고 어떠한 행위를 하여야 하며, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 바, 둘째 요건에서 말하는 귀책사유라 함은 과세관청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 부정한 방법에 의한 신청행위 등의 부정행위에 기인하거나 그러한 부정행위가 없다고 하더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못할 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임자 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다. 살피건대, 첫째 i)말레이시아 라부안에 소재하는 법인이 ｢한국·말레이시아 조세협약｣의 적용을 받는다는 예규 (국총 46017-535, 1999. 8. 7.) 는 라부안에 소재하는 법인에 대한 ｢한국·말레이시아 조세협약｣의 적용 가능 여부에 대한 납세자의 질의에 대한 일반론적인 견해표명으로서 말레이시아의 거주자로서 실질적으로 영업을 한 경우 ｢한국·말레이시아 조세협약｣을 적용 받는다는 견해를 표 명한 것이므로 납세자의 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이라고 보기 어렵고, ii)미국의 과세목적상 파트너쉽 (partnership) 으로 취급되는 회사의 경우, 그 회사에 지급하는 국내원천소득에 대한 과세 여부는 파트너 (partner) 의 거주지 국이 아니라 파트너쉽 (partnership) 의 거주지국과 체결한 조세협약의 규정에 따라 판단하여야 한다는 예규 (국일 46107-471, 1997. 7. 12.) 는 조세협약의 적용 여부를 판단함에 있어 파트너 (partner) 와 파트너쉽 (partnership) 의 각 거주지 국 중 어느 국을 기준으로 할 것인가에 관한 내용으로서 000라부안법인을 ｢한국·말레이시아 조세협약｣상 말레이시아의 거주자로 보아야 한다거나 뒤에서 보는 바와 같이 000모펀드의 출자자들의 원출자자들 (나아가 원출자자들의 상위 원출자자들) 의 각 거주지국의 조세협약까지 고려하여 실질귀속자의 비율을 산정하여야 한다는 등의 청구인의 주장과는 관련이 없는 내용이라 할 것이므로 청구인이 원천징수를 이행하지 아니 한 것에 대한 신뢰의 대상이 된다고 보기 어렵다 할 것이다 (이 사건 주식 매매계약의 양도인은 000라부안법인이 아닌 000모펀드의 출자자들이므로 000라부안법인은 말레이시아의 거주자로 인정될 수 없다는 점은 위에서 살펴본 바와 같다). 또한, “납부할 세액확인”은 인정사실 (4)에서와 같이 청구인은 우리나라와 말레 이 시아와의 조세협약에 따라 이 사건 주식의 형식상의 양도인인 000라부안법인에 지급할 소득에 대한 세액이 “0”이라고 기재된 납부할 세액 확인신청서를 처분청에 제출하여 확인받고 그 양도대금을 지급하면서 원천징수를 이행하지 아 니하였다. 그러나 000라부안법인은 직원이 1명도 없는 페이퍼 컴퍼니에 불과하고 이 사건 주식의 실제양도인은 000모펀드의 출자자이므로 이 사건 주식의 양도소득은 법인세 과세대상에 해당된다 할 것이다. 나아가 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 앞에서 살펴 본 여러 요건을 충족하여야 하는데 이 사건의 경우 처분청은 청구인의 사실과 다른 납부할 세액 확인신청과 그에 대한 소명에 따라 납부할 세액을 “0”으로 확인하였다가 00지 방 국 세청의 세무조사결과 이 사건 주식의 실제 양도인이 우리나라와 조세협약이 체결되지 않은 국가의 거주자인 000모펀드의 출자자로 확인되자 이 사건 부과처분을 하였다. 그러므로 처분청에서 이 사건 주식의 양도소득에 대하여 납부할 세액이 없다고 확인한 것은 청구인의 귀책사유에 의하여 사실과 다른 납부할 세액 확인 신청을 한 것에 기인한다 할 것이다. 더욱이 청구인은 앞에서 살펴본 바와 같이 000라부안법인 등과 이 사건 주식의 양도소득과 관련하여 원천징수를 피할 수 있도록 납부할 세액이 없다는 내용의 확인서를 발급받도록 하되, 우리나라 과세 당국이 이 사건 주식의 매각으로 발생하는 자본이득에 관하여 청구인에게 세금을 부과하는 경우 그 부과된 세금과 관련하여 청구인을 면책하고 손해를 입지 않도록 약정한 점 등을 고려하면 납부할 세액확인이 정당하다고 신뢰한 데 대하여도 청구인에게 귀책사유가 없다고 보기 어렵다 할 것이다. 한편, 처분청이 발급한 “납부할 세액확인”은 납세자의 편의를 위해 외환관리 규정에 따라 신청 후 3시간 이내에 청구인이 제출한 서류를 그대로 믿고 확인해 준 송금인증서류에 불과하므로, 처분청이 납부할 세액을 “0”으로 기재하여 발급한 확인신청서는 앞에서 살펴 본 바와 같이 사실과 다르다는 것을 알고서도 납부할 세액이 없다고 확인한 것으로 보기 어려울 뿐 아니라 이를 알지 못한 데 대하여 중대한 과실이 있다고 보기 어렵다 할 것이므로 납세자의 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명으로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 과세관청이 이 사건 주식의 양도소득에 대하여 납부할 세액이 없다고 확인한 후 그로부터 5년여가 지난 시점에서야 과세대상에 해당된다고 보아 이 사 건 부과처분을 하였다 하더라도 신뢰보호원칙에 반한다고 볼 수 없다 할 것이다. 결론적으로, 신의성실의 원칙 및 소급과세의 원칙 위배에 관한 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다 (다만, 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 일정한 사항의 보고, 신고, 납부 기타 협력 등 여러 가지 의무를 납세의무자에게 과하는 한편, 이러한 의무의 이행을 확보하기 위하여 이를 해태하였을 때 세금의 형태로 과징하는 행정상 제재로서 그 의무의 불이행에 관하여 정당한 이유가 있는 경우에는 부과 할 수 없는 것인바, 처분청이 청구인에게 가산세를 부과하지 아니한 것은 이러한 사정에 기인한 것이라 할 것이다). (4) 이 사건 부과처분의 실질귀속자 비율, 소득의 구분, 양도가액의 산정 등에 오 류가 있는지 여부 (가) 처분청이, 000모펀드의 출자자들의 원출자자들 (나아가 원출자자들의 상위 원출자자들) 의 각 거주지국의 조세협약까지 적용하여야 함에도 000모펀드의 출자자들 단계까지만 고려하여 그 출자자들의 각 거주지국의 조세협약까지만 적용한 것은 실질귀속자의 비율을 잘못 산출하여 위법하다고 주장한다. 먼저 000모펀드의 출자자들 외에 그 출자자들의 원출자자들 (이하 ‘원출자들’ 이 라 한다) 의 각 거주지국의 조세협약까지 적용하여야 한다고 하는 주장에 대하여 살펴보면, 이를 주장하는 청구인이 원출자자들의 각 거주지국과 우리나라와의 조세협약에 의해 원출자자들에 대하여 원천징수의무가 면제된다는 것을 구체적 으로 주장하면서 이를 입증하여야 함에도 이에 대한 구체적인 주장과 입증자료의 제출없이 실질귀속비율 산출에 오류가 있을 수 있다는 가능성만을 주장할 뿐이므로 이러한 청구인의 주장을 인정할 수 없다 할 것이다. 또한, 이 사건 주식 매매계약의 당사자 확정이라는 사실문제의 관점에서 보면, 이 사건 주식 매매계약의 양도인은 000라부안법인이 아닌 000모펀드의 출자자들이라는 점은 앞에서 살펴본 바와 같고, 나아가 파트너쉽 (partnership) 형태의 기업을 납세의무 부담의 관점에서 보면, 파트너쉽 (partnership) 자체는 과세의무가 없고 파트너 (partner) 의 출자비율에 따라 납세의무를 직접 진다고 할 것이어서 조세 협약의 적용 여부에 대한 판단 역시 파트너쉽 (partnership) 의 거주지 국이 아닌 파트너 (partner) 의 거주지국의 조세협약의 규정에 따라 판단하여야 하는바, 000모펀드의 출자자들의 거주지국과 대한민국이 체결한 각 조세협약의 존재에 따라 000모펀드의 출자자들 중 과세가 가능한 출자자의 지분에 따라 과세비율이 정하여진다 할 것이다. 따라서 이 건 청구인과 000-000(Korea) Ltd.의 대리인으로부터 000모펀드 출자자들의 거주지 국, 출자비율 등을 제출받아 소득귀속비율을 산정한 후, 각 출자자별 거주지국과 우리나라와의 조세협약을 적용하여 실질귀속자의 비율을 산출한 것은 정당하다 할 것이다. 한편, 청구인은 이 사건 부과처분이 2006. 7. 1. 이후 시행되는 법인세법상 원천징수절차 특례의 소급적용이라고 주장하나, 이 사건 처분은 위 개정 법률에 근거한 것이 아니므로 이 부분 주장은 이유 없다 할 것이다. (나) 000모펀드의 출자자들은 금융업에 종사하는 투자기관에 해당하므로 이 사건 주식양도소득은 유가증권 양도소득이 아닌 사업소득으로 구분하여 그 지급액의 10%가 아닌 2%의 금액을 원천징수하여야 한다고 주장한다. 구 법인세법 제98조 제1항 제4호 에 의하면, 국내사업장이 없는 외국법인에게 지급하는 소득의 금액이 사업소득인 경우에는 그 지급액의 2%를, 유가증권 양도 소득인 경우에는 10% (다만, 당해 유가증권의 취득가액 및 양도비용이 확인되는 경우에는 그 지급액등의 10%에 상당하는 금액과 수입금액에서 위 취득가액 및 양도비용을 공제하여 계산한 금액의 25%에 상당하는 금액 중 적은 금액) 를 각 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다고 규정되어 있다. 살피건대, 위에서 본 바와 같이 000라부안법인이 아니라 000모펀드의 출자 자 들을 이 사건 주식 매매계약의 양도인으로 보는 이상 000모펀드의 출자자 들을 기준으로 조세협약의 체결 여부를 판단하여야 하고, 이 사건의 경우에는 000모펀드의 출자자들 중 조세협약이 체결되어 있지 아니한 거주지국의 거주자들의 비율에 따라 징수처분이 이루어졌으므로, 이 사건 주식의 양도소득은 국내 법인세법상 국내원천소득의 유형에 따라 과세하여야 할 것이다. 따라서, 이 사건 소득이 국내 법인세법에 따라 사업소득에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다. 구 법인세법 제93조 제5호, 동법 시행령 제132조 제1항 제5호에서는 외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득으로서 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 동법 시행령 제1호 내지 제8호 외의 사업을 영위하는 경우에는 당해 사업에서 발생하는 소득 중 당해 사업에 관련된 업무를 국내업무와 국외업무로 구분하여 이들 업무를 각각 다른 독립사업자가 행하고 또한 이들 독립사업자간에 통상의 거래조건에 의한 거래가격에 따라 거래가 이루어졌다고 가정할 경우 그 국내 업무와 관련하여 발생하는 소득 또는 그 국내업무에 관한 수입금액과 경비, 소득 등을 측정하는데 합리적이라고 판단되는 요인을 고려하여 판정한 그 국내업무와 관련하여 발생하는 소득을 국내원천소득의 하나로 구분하여 규정하고 있다. 위 조항에서 국내 및 국외에 걸쳐서 사업을 영위하는 경우로서 국내에서 사 업을 영위한다고 할 때에는 국내에서의 양도인의 당해 자산의 취득 및 보유 현황, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하고, 그 판단을 함에 있어서는 당해 양도 자산에 대한 것뿐만 아니라, 양도인이 국내에 보유하는 해당 자산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 할 것이다. 이 사건의 경우에는 위 인정사실에서 본 바와 같이 000모펀드의 출자자들 은 금융자산에 투자하여 투자수익을 거두는 것을 목적으로 하여 설립된 기관이라고 볼 수 있으나, 이러한 사실만으로는 이 사건 주식양도가 국내에서 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성을 띤다고 보기에는 부족하고, 달리 국내 에서의 사업으로서의 계속성과 반복성이 있다는 점을 인정할 만한 사정이 보이지 아니하므로 이 사건 주식양도소득이 사업소득에 해당하므로 2%의 원천징수 세율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다. (다) 처분청이 000주식의 1주당가액을 협상 도중 가액인 390,000원으로 확정하여 이 사건 주식 양도가액을 산정한 것이 위법하다고 주장한다. 구 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항 의 규정에 따르면 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 보도록 되어 있다. 처분청은 이 사건 주식 양도가액을 산정함에 있어 이 사건 주식매매계약 및 변경계약이 체결되기 이전의 협의과정에서 000주식의 1주당 가액으로 390,000원이 거론되었다는 점을 근거로 최종적인 000주식의 1주당가액을 390,000원으로 확정 하고 이를 000주식 외에 지급한 현금 등과 합산하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하였으나, 2000. 7. 25.에 변경계약이 체결되었고, 위 변경계약에서는 청구인이 PCS 가입자 수 등 자산실사결과에 의하여 손해배상을 요구하여 양도인들과 합 의한 손해배상액을 차감하고 양도가액을 합의하였다고 볼 수 있는 점 등에 비추어
2000. 7. 25.에 이르러 최종적으로 이 사건 주식 매매계약이 확정되었다고 보아야 할 것이고, 위 변경계약에는 000주식의 수량만이 정하여져 있었을 뿐이므로 현금 등과 그 시가의 합계액을 양도가액으로 산정하면 될 것이고, 000주식은 증권 거래소에서 자유로이 거래되고 있었으므로 이때 시가는 장외매매의 경우에는 증권 거래소의 거래당일의 종가를 적용하여야 할 것이므로, 위 2000. 7. 25. 당시의 종가인 346,000원을 000주식의 1주당 가액으로 하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하는 것이 타당하고, 이를 인정하는 범위 내에서 이 사건 주식 양도가액의 계산에 관한 청구인의 심사청구는 일부 이유가 있다 할 것이다. 한편, 청구인은, 이 사건 주식양도는 정산절차를 수반하지 아니하는 단순한 교환에 해당하므로, 000주식이 아닌 이 사건 주식의 기준시가 (청구인은 코스닥 시장 종가인 16,800원을 기준시가로 주장한다) 를 근거로 하여 이 사건 주식 양도가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 위에서 살펴 본 바와 같이 000주식 외에 현금 등이 함께 지급된 점에 비추어 보면, 이 사건 주식의 양도는 정산절차를 수반하지 아 니하는 단순한 교환 (즉, 이 사건 주식과 000주식의 맞교환) 으로는 볼 수 없으므로, 000주식이 아닌 이 사건 주식의 기준시가를 기준으로 이 사건 주식의 양도가액을 산정하여야 한다는 청구인의 위 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. (라) 소결 따라서, 이 사건 부과처분에 있어 이 사건 주식 양도가액은 000주식의 1주당 가 액을 346,000원으로 하여, 000라부안법인 중 000-000 Ltd.에 관하여는 228,873,965,553원 {원화 35,641,966,450원 + USD 25,128,139(=27,952,541,824원) + 어음 100,236,647,279원 + 000주식 187,985주의 가액 65,042,810,000원(=187,985주 × 346,000원)} 을, 000-000 II Ltd.에 관하여는 235,320,559,534원 {원화 36,645,838,386원 + USD 25,835,913(=28,739,869,621원) + 어음 103,059,971,527원 + 000주식 193,280주의 가액 66,874,880,000원(=193,280 주 × 346,000원)} 을, 000-000 Ltd.에 관하여는 264,467,069,313원 { 원화 41,184,531,397원 + USD 29,035,919(=32,299,556,296원) + 어음 115,824,861,620원 + 000 217,220주의 가액 75,158,120,000원(=217,220주 × 346,000원)} 을 이 사건 주식 양도에 따라 지급받은 대가로 각각 산정하는 것이 타당하고, 여기에 각 조세협약이 체결되어 있지 아니한 거주지국의 거주자들의 비율을 곱하여 과세 표준과 세액을 경정하여야 할 것이므로, 이를 인용하는 범위 내에서 청구인의 심사 청구는 일부 이유 있다 할 것이다.
그러므로 처분청은 이 사건 부과처분에 대하여 000주식의 1주당 가액을 390,000원에서 346,000원으로 변경하여 그 세액을 경정하여야 할 것이므로, 청구인의 이 사건 심사청구는 일부 이유 있고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여 ｢감사원법｣ 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
2007. 9. 13. 감 사 원 [별표 1] 주식 양도대가 지급명세 양도자 양도주식 (주) 대금지급방식 원화(원) 달러화 (US＄) 약속어음(원) 000 주식(주) 000-000 Ltd. 7,952,804 41,184,531,397 29,035,919 115,824,861,620 217,220 000-000 Ltd. 6,882,481 35,641,966,450 25,128,139 100,236,647,279 187,985 000-000 II Ltd. 7,076,337 36,645,838,386 25,835,913 103,059,971,527 193,280 소 계 21,911,622 113,472,336,233 79,999,971 319,121,480,425 598,485 000 000-0000 0000000 Ltd. 28,707,767 144,524,133,550 20,491,404 478,682,525,751 897,731 0000 4,159,686 25,683,322,418 99,508,625 소 계 32,867,453 170,207,455,968 120,000,029 478,682,525,751 897,731 0000 주식회사 11,330,759 128,402,163,332 811,334 0 0 0 5,883,218 66,669,526,019 421,265 0000 주식회사 1,500,000 16,998,400,325 107,406 주식회사 00 1,500,000 16,998,400,325 107,406 소 계 20,213,977 229,068,490,001 1,447,411 합 계 74,993,052 (47.85%) 512,748,282,202 200,000,000 797,804,006,176 2,943,627 [별표 2] 처분청의 산출세액 계산근거 (단위: 백만 원, 천 달러, 주) 양도인 양도주식 수 대금수급방식 대금 합계 (a) 과세가능 비율 (b) 산출세액 (ab0.1) 원화 달러화 약속어음 000 주식 수 000-000 Ltd. 6,882,481 35,642 25,128 100,237 187,985 (73,314) 237,145 42.85% 10,162 (27,953) 000-000 II Ltd. 7,076,337 36,646 25,836 103,060 193,280 (75,379) 243,825 56.31% 13,730 (28,740) 000-000 Ltd. 7,952,804 41,185 29,036 115,825 217,220 (84,716) 274,025 0.21% 57 (32,300) 합 계 21,911,622 113,472 80,000 319,121 598,485 (233,409) 754,995
• 23,949 (88,992) 주: 1) 2000. 7. 25.자 변경계약에 근거함.
2. 달러화의 괄호는 1$당 1,112.4.원을 적용하여 산출된 원화 금액임.
3. 000주식 수의 괄호는 1주당 390,000원으로 적용하여 산출된 금액임.
4. 과세가능비율(b)는 000모펀드의 출자자들 중 조세협약이 체결되지 아니한 국가의 거주자 비율임. [별표 3] 000라부안법인의 재무상황 (단위: 천 달러) 구분 1998년 9월 자기자본 2000년 7월 자기자본 출자자(출자비율) 000-000(Korea) Ltd. 24,534 42,649 000-000 L.P.(100%) 000-000(Korea) Ltd. 24,534 44,091 000-000 II L.P.(100%) 000-000(Korea) Ltd. 27,602 49,345 000-000 L.P.(100%)
결정 내용은 붙임과 같습니다.