세금계산서를 가공세금계산서로 보아 손금불산입하여 법인세 과세한 처분의 당부

처분청은 2006. 3. 14. 청구인에게 한 법인세 부과처분과 법인 대표이사에게 한 상여처분에 관하여 청구인으로 하여금 실제 매입 관련 자료를 제출하도록 하여 소득금액을 결정하거나법인세법제66조 제3항 단서 규정에 따라 소득금액을 추계하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

청구인은 2004. 5. 24. 청구 외 (주) ○○○○○(현, (주) ○○○○○)에 컴퓨터 운용프로그램을 납품(납품가액: 562,5000,000원)한 후 이를 매출액으로 익금에 산입 하고 2004. 4. 14.부터 같은 해 5. 24. 사이에 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 있는 청구 외 (주) ○○○○○(대표이사 ○○○, 이하 “○○○○○”이라 한다)으로부터 교부받은 세금계산서(5매, 이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)상의 공급가액 480,000,000원을 매입비용으로 손금에 산입하여 2004년도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하였으나 위 ○○○○○이 ○○○○○○ 등 39개 회사에 70억여 원 상당의 세금계산서를 실물거래 없이 허위로 교부해 주고 그 대가로 수수료를 받는 등의 자료상 행위를 한 사실을 적발한 ○○○○국세청장이 2005. 7. 12. 이러한 사실을 관할세무서장에게 과세자료(자료상거래 확정자료)로 통보하자 처분청은 2006. 3. 14. 위 과세자료를 근거로 청구인이 위 ○○○○○으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공의 매입세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하여 부가가치세 66,081,000원(가산세 18,081,000원 포함)을 부과하는 한편 이 사건 세금계산서상의 공급가액 480,000,000원에 대한 손금산입을 부인하여 법인세 156,425,100원(가산세 35,446,180원 포함)을 부과하고 법인 대표이사인 ○○○에게 위 480,000,000원을 상여 처분(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 법인세 부과 및 상여 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 컴퓨터장비 판매업체인 청구 외 (주) ○○○○○(현, (주) ○○○○○, 이하 “○○○○○”이라 한다)으로부터 위 회사에서 판매할 컴퓨터장비를 운용하는데 필요한 컴퓨터 운용프로그램을 납품해달라는 주문을 받고 위 프로그램을 개발ㆍ공급해 줄 업체를 물색하다가 위 ○○○○○과 계약을 체결하게 되었으나 프로그램 검수과정에서 위 ○○○○○이 직접 개발하지 않고 ○○○○○○이라는 업체에 재하청을 준 사실을 발견하고 납품 후 유지ㆍ보수문제 등을 고려하여 실제 개발업체인 ○○○○○○과 개발ㆍ공급계약을 다시 체결하고 프로그램을 공급받아 발주업체인 위 ○○○○○에 납품하였으나 위 ○○○○○○이 세금계산서를 발행할 수 없는 무등록업체여서 어쩔 수 없이 세금계산서는 당초 계약업체인 ○○○○○으로부터 교부받은 것이므로 공급업체와 세금계산서 교부업체가 다른 위장세금계산서에 해당되어 매입세액공제를 받을 수 없다는 것은 인정하나 청구인이 위 운용프로그램을 ○○○○○에 납품한 사실은 인정하면서도 위 ○○○○○이 자료상으로 확인되었다는 이유로 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 가공 세금계산서라는 이 사건 처분은 실물 매출은 인정하면서도 실물 매입은 부인하는 모순된 처분으로 부당하다.

• 가. 다툼 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 가공의 세금계산서인지, 아니면 실물 매입업체와 세금계산서 발행업체가 다른 위장 세금계산서인지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2004. 5. 24. 청구 외 (주) ○○○○○에 컴퓨터 운용프로그램을 납품(납품가액: 562,5000,000원)한 후 이를 매출액으로 익금에 산입하고 2004. 4. 14.부터 같은 해 5. 24. 사이에 위 ○○○○○으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서상의 공급가액 480,000,000원을 매입비용으로 손금에 산입하여 2004년도 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하였으나 위 ○○○○○이 ○○○○○○ 등 39개 회사에 70억여 원 상당의 세금계산서를 실물거래 없이 허위로 교부해 주고 그 대가로 수수료를 받는 등의 자료상 행위를 한 사실을 적발한 ○○○○국세청장이 2005. 7. 12. 이러한 사실을 관할세무서장에게 과세자료로 통보하자 처분청은 2006. 3. 14. 위 과세자료를 근거로 청구인이 위 ○○○○○으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공의 매입세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하여 부가가치세 66,081,000원을 부과하는 한편 이 사건 세금계산서상의 공급가액 480,000,000원에 대한 손금산입을 부인하여 법인세 156,425,100원을 부과하고 법인 대표이사인 ○○○에게 위 480,000,000원을 상여 처분하였다.

(2) 위 ○○○○○은 가공 세금계산서를 발행하면서 실거래를 가장할 목적으로 ○○○○○ 명의로 신규 개설한 예금통장과 ○○○○○의 사용인감이 날인된 예금지급청구서를 거래상대방에게 건네주면 거래상대방이 직접 세금계산서 상의 거래금액을 입금하고 곧바로 인출하도록 하였다.

(3) 청구인은 사무자동화 관련 고객관리, 자료분석ㆍ정리 및 모니터링, 문자 메시지 대량전송시스템(SMS) 등의 컴퓨터 운용관련 프로그램을 컴퓨터 장비 판매업체인 ○○○○○ 등에 납품하는 사업을 하는 중소업체로서 별첨 “청구인의 연도별 컴퓨터 운용프로그램 납품현황”과 같이 2001년도의 경우 위 ○○○○○으로부터 관리자운용프로그램(ADI)을 개발ㆍ공급해달라는 납품의뢰(납품가액: 198,000,000원)를 받고 컴퓨터프로그램 개발ㆍ공급업체인 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 있는 ○○○○○○(대표: ○○○)과 위 프로그램에 대한 개발ㆍ공급계약(계약금액: 160,000,000원)을 체결하고 프로그램을 공급받아 2001. 9. 27. 원청업체인 ○○○○○에 납품하는 등 2001년부터 2003년까지 3년 동안 매년 위 ○○○○○으로부터 컴퓨터 운용프로그램 납품의뢰를 받고 위 ○○○○○○ 등 4개 업체에 하청을 주는 형태로 프로그램을 공급받아 납품하였고 2004년도의 경우에도 ○○대학교 ○○○과를 졸업한 대표이사 ○○○와 ○○고등학교를 졸업 한 후 인테리어 업체 및 인쇄업체에 근무한 경력을 가진 영업 및 경리업무 담당 ○○○ 단 두 명만이 회사를 운영하고 있었으므로 컴퓨터 관련 전문 인력이 개발하는 컴퓨터 운용프로그램을 자체 개발하여 납품할 수 있는 형편이 아니었다.

(4) 청구인은 2004년도의 경우에도 위 ○○○○○으로부터 위 회사가 판매할 컴퓨터장비를 운용하는데 필요한 컴퓨터 프로그램(○○ Program)을 개발ㆍ공급해 달라는 납품의뢰(납품가액: 562,500,000원)를 받고 2004. 5. 24. 위 프로그램을 납품하였다.

(5) 이에 대하여 청구인은 ○○○○○으로부터 위 프로그램을 개발ㆍ공급해 달라는 납품의뢰를 받고 하청업체를 물색하다가 위 00000과 프로그램 개발ㆍ공급계약을 체결하게 되었으나 프로그램 검수과정에서 위 ○○○○○이 직접 개발을 하지 않고 ○○○○○○이라는 업체에 하청을 준 사실을 발견하고 납품 후 프로그램의 유지ㆍ보수문제 등을 고려하여 당초 계약업체인 ○○○○○과 협의하여 ○○○○○○과 직접 개발ㆍ공급계약을 체결하고 거래대금도 ○○○○○○에 직접 지급하였는데 위 ○○○○○○이 세금계산서를 발행할 수 없는 무등록업체인 관계로 어쩔 수 없이 세금계산서는 ○○○○○으로부터 교부받기로 한 후 위 ○○○○○○으로부터 프로그램을 공급받아 발주업체인 위 ○○○○○에 납품하였는바, 이와 같은 사정으로 인하여 실제 공급업체가 아닌 ○○○○○으로부터 세금계산서를 교부받게 된 것이고 ○○○○○○의 ○○○ 사장이 은행거래를 할 수 없는 신용불량자여서 은행계좌로 입금할 수가 없었으며 ○○○ 본인도 현금으로 지급해달라고 요구하여 현금으로 지급하고 결제대금 지급 증거로 입금표 등을 받아 둔 것이라고 주장하면서 청구인이 ○○○○○에 제출한 견적서 및 ○○○○○의 발주서, ○○○○○과의 납품계약서, ○○○○○○과의 납품계약서, 프로그램 설치 및 검수 요청서와 그에 따른 프로그램 설치 및 검수 확인서, 검수 후 프로그램 수정 요구서와 그에 따른 수정 작업 보고서, ○○○ 명의의 물품대금 수령 확인서 및 입금표와 그에 따른 각서, 청구인 및 ○○○○○의 은행거래 통장 사본, 청구인의 연도별 대차 대조표 및 손익계산서 등을 그 증거자료로 제시하고 있다.

(6) 청구인이 2004년도에 ○○○○○에 납품한 위 프로그램은 청구인이 2004년도 중에 매출한 유일한 프로그램이며 청구인의 2004년도 손익계산서에 따르면 2004년도 연간 매입액이 이 사건 세금계산서의 공급가액인 480,000,000원으로 되어 있다.

(7) 청구인은 위 ○○○○○이 2004. 6. 28. 개설한 ○○은행통장(계좌번호: 000-000000- 00-000)에 같은 해 7. 6. 공급가액의 10%에 해당하는 480,000,000원을 입금한 후 ○○○○○으로부터 위 통장과 위○○○○○의 인감이 날인된 백지 예금지급청구서 10여 장을 건네받아 2004. 7. 13.부터 같은 해 9. 20. 사이에 5회에 걸쳐 위 세금계산서의 공급가액 480,000,000원을 인터넷뱅킹으로 입금(7. 13.: 1억 원, 8. 10.: 1억 원, 9. 1.: 1억 원, 9. 16.: 1억 원, 9. 20.: 8,000만 원)한 후 2004. 7. 14.부터 같은 해 9. 24. 사이에 11회에 걸쳐 15,000,000원 내지 80,000,000원 계 479,000,000원을 현금으로 인출하였고 현금으로 인출한 위 금액 중 464,600,000원을 10회에 걸쳐 ○○○○○○에 지급하였다고 주장하고 있다.

(8) 처분청이 ○○○○국세청장으로부터 과세자료 통보를 받고 자체조사 후 작성한 “자료상 혐의자 조사종결 보고서”에는 “청구인이 2003년도에 청구 외 (주) ○○○○○와 (주) ○○○○○에 하청을 주어 ○○○○○에 납품한 575,000,000원의 컴퓨터 운용프로그램은 정상거래로 판단되고 청구인이 2004년도에 ○○○○○에 납품한 562,500,000원의 컴퓨터 운용프로그램도 대금결제 사항, 납품 후 매월 유지보수에 따른 수수료를 지급받은 사실 등이 신빙성이 있어 정상거래로 판단되나 ○○○○○으로부터 매입한 480,000,000원의 컴퓨터 운용프로그램 관련 거래는 ○○○○국세청에서 자료상 혐의자 조사결과 위 거래분을 가공거래로 확정하였으며 위 ○○○○○이 자료상으로 고발된 점, 청구인이 위 프로그램의 실제 매입처를 ○○○○○○으로 소명하면서 ○○○○○○과 체결한 납품계약서, 프로그램 설치 및 검수 확인서, 입금표 등을 제시하였으나 위 ○○○○○○이 2002. 6. 30. 직권폐업 처리된 무등록업체인 점, 거래대금이 고액임에도 모두 현금으로 결제하였다고 주장하고 있고 실제 결제여부 또한 객관적으로 입증이 되지 않는 점 등을 종합적으로 검토한 결과 소명내용이 신빙성이 없어 가공거래로 판단된다”라고 되어 있다.

• 다. 관계법령의 규정 (1) ｢부가가치세법｣ 제16조 제1항 은 “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일 및 기타 대통령령이 정하는 사항을 기재한 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다”라고 규정하고 있다. (2) ｢부가가치세법｣ 제17조 제2항 제1의 2호의 규정에 따르면 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항(공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 되어 있다 (3) ｢법인세법｣ 제19조 제1항 및 제2항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 하고 손비는 이 법 또는 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정하고 있다. (4) ｢법인세법｣ 제60조 제1항 은 “납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다”라고 규정하고 있다. (5) ｢법인세법｣ 제66조 제2항 은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정하고 있다. (6) ｢법인세법｣ 제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제1항의 규정에 따르면 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우는 추계할 수 있도록 되어 있다. (7) ｢법인세법｣ 제67조 는 “제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외 유출ㆍ사내 유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다”라고 규정하고 있다. (8) ｢법인세법 시행령｣ 제106조 제1항 제1호 의 규정에 따르면 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타 소득, 기타 사외유출로 하되 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 되어 있다.
• 라. 판단 청구인은 이 사건 세금계산서가 실제 공급한 자와 세금계산서를 교부한 자가 다른 경우의 위장 세금계산서인 점은 인정하나 실물거래 없이 교부받은 가공 세금계산서는 아니라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 위 관련규정에 따르면 부가가치세 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하고 교부 받은 세금계산서가 사실과 다르게 기재된 경우에는 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있으며, 법인세의 과세표준 신고내용에 오류가 있거나 탈루가 있어 과세표준을 경정하면서 오류 또는 탈루분에 대한 손금 산입을 부인하고 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외 유출 등으로 처분하되 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 되어 있는바, 처분청이 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 매입세액 공제대상에서 제외함과 동시에 손금산입을 부인하여야 하는 가공 세금계산서로 보아 이 사건 처분을 하였으므로 매입세액 공제는 받을 수 없으나 공급가액에 대한 손금산입은 받을 수 있는 위장세금계산서인지 여부가 이 사건의 쟁점이라 할 것이다. 위 인정사실과 같이 위 ○○○○○○은 사업자등록이 직권 말소된 무등록 업체로서 체납된 국세 217,157,000원이 무 재산으로 결손 처리된 업체라는 점, 위 ○○○가 신용불량자라 하더라도 수표로 거래대금을 지급하는 데는 문제가 없는데도 4억 원이 넘는 거래대금을 모두 현금으로 지급하였다는 주장은 통상의 거래 관행에 비추어 볼 때 믿기 어려운 점, 위 세금계산서가 자료상으로 밝혀진 업체로부터 교부받은 것이라는 점, 자료상 업체가 컴퓨터 프로그램을 직접 개발ㆍ공급하는 것처럼 계약을 체결한 후 재하청을 준 사실을 검수과정에서 발견하고 재하청 업체와 직접 계약을 체결하여 공급을 받았다는 주장 또한 현실적으로 믿기 어려운 점 등을 종합해 보면 위 ○○○○○○이 위 프로그램을 실제 개발ㆍ공급한 업체라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 그러나 청구인은 컴퓨터 장비 판매업체로부터 컴퓨터 운용프로그램을 개발ㆍ공급해달라는 주문을 받으면 프로그램을 개발ㆍ공급하는 업체에 하청을 주어 납품하는 형태의 영업을 하던 회사로서 프로그램을 자체 개발할 수 있는 인력을 보유하고 있지 않아 ○○○○○에도 매년 위와 같은 형태로 컴퓨터 운용프로그램을 납품해 왔고 2004년에도 이와 같은 형태로 ○○○○○에 납품한 사실이 있으며 이에 대하여는 처분청에서도 실제 매출이 있는 정상거래로 인정하고 있는 점, 2004년도에는 ○○○○○에 납품한 프로그램이 유일한 프로그램 매출이고 이 사건 세금계산서상의 공급가액이 2004년도 연간 매입액의 전부라는 점 등을 종합해 보면 청구인이 2004년도에 ○○○○○에 납품한 프로그램도 컴퓨터 프로그램을 개발ㆍ공급하는 업체에 하청을 주어 납품을 한 것으로 보여 진다. 따라서 사실관계가 이와 같다면 이 사건 세금계산서는 프로그램을 개발ㆍ공급한 실제 공급업체와 세금계산서를 교부한 업체가 다른 경우의 위장 세금계산서로 인정된다 하겠으나 실제 개발ㆍ공급업체와 매입비용이 불분명한 경우로 보아야 할 것 이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 교부된 가공 세금계산서로 보아 청구인에게 한 이 사건 처분은 잘못이 있다 할 것이므로 청구인으로 하여금 실제 매입 관련 자료를 제출하도록 하여 소득금액을 결정하거나 실제 매입비용을 알 수 없을 때에는 ｢법인세법｣ 제66조 제3항 단서 규정에 따라 소득금액을 추계하여 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. [별표] 청구인의 연도별 컴퓨터 운용프로그램 납품현황 (단위: 백만 원) 발주업체 수주업체 납품일자 납품가액 하청 내용 하청업체 하청금액 (주)○○○○○ (주)○○○○○

2001. 9. 27. 198

○○○○○○ (대표: ○○○) 160 〃 〃

2002. 12. 23. 150

○○○ (대표: ○○○) 129 〃 〃

2003. 5. 30. 575 (주)○○○○○ (대표이사: ○○○) 350 (주)○○○○○ (대표이사: ○○○) 150 ※ 위 ○○○○○○은 ○○○라는 자가 운영하던 소규모 개인회사로서 1997. 10. 22. 개업하여 컴퓨터 관련 소프트개발 및 판매업을 하다가 2002. 6. 30. 직권 폐업처리 되었고 체납 세금 217백만 원이 무 재산으로 결손처리 된 상태이며 위 ○○○는 사업자등록 및 은행거래를 할 수 없는 신용불량자 신분임.