고도기술사업으로 조세감면 받은 이후 사업의 세액추징면제사유 해당 여부

심사청구를 기각한다.

청구인은 2001. 7. 26. 상용차에 탑재할 엔진을 생산하기 위하여○○○○○○○○○○(이하 ‘○○○○’라 한다)와 50대 50의 비율로 ○○○○○○ (주)(2004. 11. 5. 청구인에 합병, 이하 “○○○○○○”이라 한다)을 합작하여 설립한 후, 2003. 6. 2. ○○○○로부터 도입하는 기술(동력발생장치 중 압축착화식엔진 제조 기술)을 재정경제부장관으로부터 ｢조세특례제한법｣ 제121조의2 제1항 제1호 의 고도기술 사업으로 인정받아 조세감면결정을 받았다. ○○○○○○은 2003. 2. 18.부터 2004. 5. 4.까지 86회에 걸쳐 엔진제조를 위하여 국외로부터 도입하는 자본재와 관련된 관세, 부가가치세 등을 감면(50%)받아 수입 통관하였다. 이후 청구인은 ○○○○와 상용차엔진 생산을 위한 합작 사업을 중지하기로 합의하고, 2004. 5. 12. ○○○○로부터 ○○○○○○의 주식(전체 지분의 50% 상당)을 양도받았다. 재정경제부장관은 ｢조세특례제한법｣ 제121조의5 제5항 제4호, ｢조세특례제한법시행령｣(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제116조의10 제2항 제1호의 규정에 의하여 산업자원부장관과의 협의 후, 2005. 3. 7. ○○○○○○이 조세추징면제를 받을 수 없다는 결정(이하 “이 사건 추징면제불가 결정”이라 한다)을 하였고, 처분청은 2005. 4. 1. 청구인에게 관세 3,167,486,340원, 부가가치세 1,044,879,350원 합계 4,212,365,690원을 부과ㆍ고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 무결점 완성품인 엔진시제품을 생산하였고, 합병해지 후에도 압축착화식 엔진의 실린더 블록을 ○○○○에 부분품으로 공급하고 있는 점 등에 비추어 청구인에 대한 조세감면은 ‘기술의 완전한 이전’으로 그 목적이 달성하였다고 할 것임에도 처분청이 추징면제의 요건에 따로 없는 ‘실제 상업적 생산 여부’를 판단기준으로 삼아 조세법률주의가 요구하는 엄격해석 원칙에 위배되는 처분을 하였고, 기술이전 여부에 대한 구체적인 사실조사 및 실사 없이 행해진 주무부장관(산업자원부장관)의 재량판단은 재량권의 일탈 내지 남용이어서 이 사건 부과처분은 위법하다.

• 가. 다툼 이 사건 부과처분이 법률에서 요구하지 아니하는 추징면제요건에 근거하여 이루어졌는지 여부 및 구체적 사실조사 및 실사 없이 행해진 재량 일탈의 주무부장관의 판단에 근거하여 위법한지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2001. 7. 26. 상용차에 탑재할 엔진을 합작으로 생산하기 위하여 ○○○○○○○○○○와 50대 50의 비율로 ○○○○○○을 설립한 후, 2003. 6. 2. ○○○○로부터 도입하는 기술(동력발생장치 중 압축착화식 엔진 제조기술)에 대하여 재정경제부장관으로부터 ｢조세특례제한법｣ 제121조의2 제1항 제1호 의 고도기술 사업으로 인정받아 조세감면결정을 받았다.

(2) ○○○○○○은 위 조세감면결정에 따라 2003. 2. 18.부터 2004. 5. 4.까지 86회에 걸쳐 엔진제조를 위하여 국외로부터 도입하는 자본재와 관련된 관세, 부가가치세 등을 감면(50%)받아 수입 통관하였다.

(3) 청구인은 ○○○○와 상용차엔진 생산을 위한 합작 사업을 중지하기로 합의하고, 2004. 5. 12. ○○○○로부터 ○○○○○○의 주식(전체 지분의 50% 상당)을 양도받았다.

(4) 재정경제부장관은 ○○○○○○이 조세추징면제를 받을 수 있는지 여부에 대하여 산업자원부장관에게 검토의견을 의뢰하였고{재정경제부 0000과-0000(2004. 9. 16.)}, 산업자원부장관은 재정경제부장관에게 산업자원부 0000과-0000(2004. 12. 7.)로 보낸 “조세추징면제 신청에 대한 검토의견서 송부”에서 “○○○○○○은 당초의 고도 기술(000 ○○, ○○) 생산을 위한 설비를 도입하였으나, 현재 동 설비를 활용한 고도기술제품의 생산은 이루어지지 않고 있음. 다만, 엔진부품인 실린더 블록은 ○○○와의 협의를 통해 생산되고 있으나, 당초 고도기술의 국내정착 및 기술이전 효과 등을 객관적으로 판단하기는 곤란함”이라고 의견을 제출하였다. 재정경제부장관은 산업자원부장관의 위 검토의견이 불명확하여 조세추징 면제 여부의 결정에 어려움이 있으므로 재검토하여 달라는 취지로 다시 의견을 의뢰하였고{재정경제부 0000과-0000(2004. 12. 31.)}, 이에 대하여 산업자원부장관은 재정경제부장관에게 산업자원부 0000과-00(2005. 1. 13.)로 보낸 “조세추징 면제 신청에 대한 재검토의견서 송부”에서 첫째, “○○○○○○의 제출서류에 의하면, 2003. 10. 31. 공장을 준공하고 2004. 1. 5. 생산설비 도입을 완료하여 ○○○○○○○○○○와 결별(2004. 5.)전까지 사실상 생산가능기간은 1년 미만으로 보이며, 이는 당초 기술도입기간이 2014년까지임을 감안하면 ○○와의 합작에 의한 고도기술의 체화 및 정착을 위한 기간으로는 충분하지 않은 것으로 보임. 또한, 현재 ○○○○○는 ○○와의 합작에 의한 고도기술을 대체하여 독자적으로 개발하여 생산하고 있음”, 둘째, “○○○○○○은 당초의 ○○○의 ○○ 엔진 생산을 위한 설비를 도입하였으나, 현재 동 설비를 활용한 고도기술제품의 생산은 이루어지지 않고 있음. 다만, 동사는 ○○와 결별 전 상기도입설비를 활용한 고도기술제품의 생산실적 관련서류를 별첨과 같이 제출하여 왔는바, 참고바람. 또한, 동사는 동 설비를 당초의 고도기술과 별개인 ○○ 엔진 생산을 위한 설비로 대체할 예정임을 밝히고 있는바, 향후 당초의 ○○○ 기술을 적용한 유로-3 엔진의 생산은 이루어지지 않을 것으로 전망됨”이라고 검토의견을 밝혔다.

(5) 청구인은 2004. 11. 5. 위 ○○○○○○ (주)를 흡수 합병하였다.

(6) 청구인은 2005. 1. 6. 재정경제부에 ○○시리즈 엔진 생산현황을 제출한 바 있고, 한편 청구인 회사내부 문서인 2004년 10월 7일자 품의서, 2005년 7월 26일 회의록, 2005년 8월 10일 보고서에 의하면, ○○공장에서 상용차를 위한 시제품으로 생산된 엔진 75대와 연구소 등에서 시험용으로 조립ㆍ생산한 19대 등 합계 94대가 ○○ 시리즈 엔진으로 생산되었는데 이 중 67대가 파기되고 27대는 시제품 형태로 공장에 그대로 보관되어 있다.

(7) 청구인이 심사청구서와 함께 제출한 ｢외국인 투자지역의 투자실현성 및 타당성 분석 보고서(2003. 7월 법무법인 ○○)｣에 따르면 “○○○○○○이 ○○○○○○○○로부터 기술 도입하는 엔진은 ○○○○○의 마이티 트럭, 카운티 버스, 에어로 버스 등에 탑재할 엔진인 것으로 되어 있다.

(8) 청구인이 2006. 10. 31. 감사원에 제출한 ○○연구원 작성의 “○○/○○ 엔진의 ○○○○○○○○ 기술이전 검증시험에 대한 보고(2006. 8월)”에는 “100시간 내구시험 도중 심각한 문제가 발생하지 않은 점과 내구전과 후의 엔진 성능 변화가 거의 없고 오일소모량도 측정오차의 수준으로 나타났으므로 국산화 부품의 양산에 문제가 없는 것으로 나타남”이라고 기재되어 있다.

(9) 재정경제부장관은 ｢조세특례제한법｣ 제121조의5 제5항 제4호, ｢조세특례제한법 시행령｣(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제116조의10 제2항 제1호의 규정에 의하여 2005. 3. 7. 000000이 조세추징면제를 받을 수 없다는 결정을 하였고, 처분청은 2005. 4. 1. 청구인에게 관세 3,167,486,340원, 부가가치세 1,044,879,350원 합계 4,212,365,690원을 부과․고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구 ｢조세특례제한법｣ (2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제121조의2 제1항 제1호에는 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면하는 것으로 규정하고 있고, 구 ｢조세특례제한법시행령｣ (2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제116조의2 제1항 및 제2항에는 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 감면하는 외국인투자는 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 고도의 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업이면서 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술이거나 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술을 수반하는 사업 이어야 되는 것으로 규정되어 있다.

(2) 구 ｢조세특례제한법｣ (2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제121조의3 제1항에는 제121조의2 제1항 각호의 사업에 소요되는 다음 각호의 자본재를 도입하는 경우에는 관세 및 부가가치세 등을 면제하는 것으로 규정 되어 있다. (3) ｢조세특례제한법｣ 제121조의5 제2항 에는 세관장 또는 세무서장은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제121조의3의 규정에 의하여 면제된 관세ㆍ특별소비세 및 부가가치세를 추징하는 것으로 규정하면서 제3호에서 외국투자가가 이 법에 의하여 소유하는 주식 등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도하는 경우를 규정하고 있다. 한편, 같은 조 제5항에서는 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면된 세액을 추징하지 아니할 수 있는 것으로 규정하면서, 제4호에서 제1호 내지 제3호 외에 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 규정하고 있다. (4) ｢조세특례제한법 시행령｣ 제116조의8 (관세 등의 추징) ①법 제121조의5 제2항의 규정에 의한 관세·특별소비세 및 부가가치세의 추징은 다음 각호의 기준에 의하는 것으로 규정하면서 제3호에서 법 제121조의5 제2항 제3호의 경우에는 외국인투자가가 관세 등의 면제일부터 3년 이내에 법에 의하여 소유하는 주식 등을 양도하는 경우 자본재에 대하여 감면된 세액추징을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 제1항 제3호의 규정에 의한 추징금액은 다음 산식에 의하여 산출한 금액으로 하고, 이 경우 경과월수는 관세 등의 면제일부터 외국인투자가의 주식 등의 양도일까지 경과된 월수로 하되, 월수의 계산에 있어서 1월 미만의 월수는 이를 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. {감면된 세액 ×(1-경과월수/36) ×감면당시의 외국인투자가의 주식양도비율} 한편, 같은 조 제3항에서는 ｢관세법｣ 제100조 제2항 의 규정은 제1항의 규정에 의한 추징 관세액의 계산에 관하여 이를 준용하는 것으로 규정하고 있다. (5) ｢조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)｣ 제116조의10 제2항에서는 법 제121조의5 제5항 제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 하면서, 제1호에서 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 산업지원서비스업 또는 고도의 기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 소유주식 등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도한 경우로서 재정경제부장관이 주무부장관과 협의 후 당해기업이 그 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업에서 생산되거나 제공되는 제품 또는 서비스를 국내에서 자체적으로 생산하는 데 지장이 없다고 인정하는 경우를 규정하고 있다.

• 라. 판단 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 살피건대, 구 ｢조세특례제한법｣ (2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 121조의2 제1항과 구 ｢조세특례제한법시행령｣ (2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제116조의2 제1항 및 제2항에 따르면 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술과 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업에 대한 외국인투자에 대하여 감면하는 것으로 규정되어 있고, 제121조의3 제1항 에는 고도기술 수반사업에 소요되는 자본재를 도입하는 경우에는 관세 및 부가가치세를 면제하는 것으로 규정되어 있다. 그리고 ｢조세특례제한법시행령｣ 제116조의10 제2항 제1호 에는 법 제121조의5 제2항에 규정된 조세의 추징을 면제하는 경우로서 “고도의 기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 소유주식 등을 대한민국법인에게 양도한 경우로서 재정경제부장관이 주무부장관과 협의 후 당해기업이 고도의 기술을 수반 하는 사업에서 생산되는 제품을 국내에서 자체적으로 생산하는 데 지장이 없다고 인정하는 경우”를 규정하고 있다. 이 사건의 경우, 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인(당시에는 ○○○○○○임)은 ○○○○로부터 도입하는 압축착화식 엔진 제조기술을 고도기술 사업으로 인정받아 재정경제부장관의 감면 결정을 받고 그에 따라 고도기술 수반사업에 소요된다고 수입신고한 자본재에 대하여 관세 및 부가가치세를 감면받았다. 청구인은 위 엔진제조기술로 압축착화식 엔진을 생산하여 마이티 트럭, 카운티 버스, 에어로 버스 등에 탑재하기 위하여 위 제조기술의 도입을 추진하였던 것으로 인정된다. 그런데 당초 청구인이 엔진제조기술의 도입을 추진한 것은 마이티 트럭 등에 탑재하기 위한 것이었으나, 청구인은 ○○○○와 합작기술을 이용하여 엔진을 생산 하지 않고 독자적으로 기술을 개발하여 엔진을 생산하고 있는 점과 기술도입과 관련된 설비는 도입하였으나 생산은 이루어지지 않고 있는 점 그리고 당초 기술도입기간은 2001년부터 2014년까지 14년간으로 되어 있으나 공장 준공일로부터 ○○○○와 합작을 해지할 때까지 1년도 되지 아니하여 고도기술이 이전되었다고 보기 어렵고 달리 고도기술이 이전되었다고 인정할 만한 증거도 없는 점과 재정경제부장관도 산업자원부장관과 협의 후 이 사건의 경우 조세추징의 면제사유에 해당되지 않는다고 판단한 점 등을 종합적으로 검토하면 청구인이 고도의 기술을 수반하는 사업에서 생산되거나 제공되는 제품을 국내에서 자체적으로 생산하는데 지장이 없다고 인정하기 어렵다고 할 것이다. 한편, 기술이전 여부에 대한 구체적인 사실조사 및 실사 없이 행해진 주무부장관의 재량판단은 재량권의 일탈 내지 남용이라고 주장하나, ｢조세특례제한법｣ 제121조의5 제2항 과 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제116조의10 의 조항에는 사실조사 및 실사를 한 후 조세추징의 면제여부를 판단해야 한다고 규정되어 있지 않으므로 주무부장관은 필요하다고 인정될 경우 사실조사 및 실사를 하는 것이므로 사실조사 및 실사 없이 조세추징의 면제여부를 판단하였다 하여 재량권의 일탈 내지 남용이라고 보기 어렵다고 할 것이다. 따라서 재정경제부장관이 조세추징면제 사유에 해당되지 않는다고 결정하고 그에 따라 처분청이 이 사건 부과처분을 한데 잘못이 없다고 할 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.