법인세 납부세액의 이중 환급에 대한 납부불성실가산세 부과처분의 당부

처분청은 2006. 2. 10.자 청구인에게 한 법인세 납부불성실 가산세 16,672,660원 의 부과처분을 취소하여야 한다.

청구인은 2000사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다.)에 결손이 발생되자, 법인세 신고 시 법인세 과세표준 및 세액조정계산서의 “기납부세액”란에 중간예납세액 47,898,110원, 원천납부세액 10,605,080원, (소급공제)세액 21,765,882원 소계 86,269,072원으로 기재하여 처분청에 제출하였고, 쟁점사업연도의 직전 사업연도 납부 법인세 21,765,882원의 환급을 요구하는 소급공제 법인세액 환급신청서를 작성하여 함께 제출하였다. 처분청은 2001. 4. 20. 쟁점사업연도의 기납부 법인세 86,269,070원을 환급하고, 2001. 4. 27. 소급공제 법인세액 환급신청에 따른 21,765,880원을 환급하였다. 청구인은 2005. 6. 29. 과다 환급받은 21,765,880원을 처분청에 자진납부하였으나, 처분청은 2006. 2. 10. 청구법인에게 법인세 납부불성실에 따른 가산세 16,672,660원을 부과ㆍ고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인이 법인세 신고 시 법인세 과세표준 및 세액조정계산서의 기납부세액란 항목에 (소급공제)세액 21,765,882원이라 표기하여 신고하였으므로 기납부세액과는 구분되며, 이중환급이 발생된 것은 처분청의 업무착오에 의한 것인데도 납부불성실에 따른 가산세를 부과함은 부당하다.

• 가. 다툼 이 사건 직전 사업연도 법인세 납부세액의 일부를 이중으로 환급받은데 대하여 납부불성실 가산세를 부과한 것이 정당한지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 내국법인으로 중소기업에 해당하며 2000사업연도에 77,735,294원의 결손금이 발생하였다.

(2) 청구인은 2001. 3. 31. 처분청에 2000사업연도 법인세 신고를 하면서 법인세 과세표준 및 세액조정계산서의“납부할 세액계산”란의 ‘기납부세액’ 항목에 중간예납세액 47,898,110원, 원천납부세액 16,605,080원, (소급공제)세액 21,765,882원, 기한내 납부세액 소계 86,269,072원으로 기재하여 제출하였다.

(3) 청구인은 위 법인세 신고일에 직전 사업연도 법인세 134,480,025원, 차감할 세액 112,714,143원, 환금신청세액 21,765,882원으로 기재한 소급공제 법인세액 환급신청서를 처분청에 제출하였다.

(4) 처분청은 청구인에게 2001. 4. 20. 86,269,070원을 환급하고, 같은 해 4. 27. 21,765,880원을 환급하였다.

(5) 청구인은 2005. 6. 30. 과세표준 수정신고서 및 추가 자진납부계산서를 제출하고 과다 환급받은 21,765,880원을 원 처분청에 납부하였다.

(6) 처분청은 2006. 2. 10. 청구인에게 법인세 납부불성실에 따른 가산세 16,672,660원을 부과ㆍ고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) 구법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법”이라 한다) 제72조 제1항은 “제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다.”고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법 제76조제1항 은 “납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다”고 규정하고 있고, 그 제3호는“제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제29조제4항. 제56조제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자 상당액 등을 포함한다.)에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액”이라 규정하고 있다.

(3) 구법인세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제110조 제3항은 “법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 재정경제부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다. (4) ｢법인세법｣ (2005. 12. 31.법률 제7838호로 개정된 것,이하 같다) 제76조 제1항 제3호는 “제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조제4항･제31조제4항 및 ｢조세특례제한법｣에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 때 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때(당해 법인에게 귀책사유가 없는 경우에는 그러하지 아니하다)에는 다음 각 목의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액”으로 개정되었고, 나목에 “초과하여 환급받은 세액⨉환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간⨉금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율”을 신설하였다. (5) 법인세법 부칙 제17조 제1항은“제76조 제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인세를 납부하거나 징수하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다.

• 라. 판단 이 사건 직전 사업연도 법인세 납부세액을 이중으로 환급받았다가 반납한데 대하여 납부불성실에 따른 가산세를 부과한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 구 ｢법인세법｣ 제76조 제1항 제3호 의 규정에 따르면 내국법인이 구 ｢법인세법｣ 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액을 가산하여 징수하도록 되어 있었다. 그런데 2005. 12. 31. 위 제76조 제1항 제3호를 개정하면서 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우 뿐만 아니라 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과 하는 때(당해 법인에게 귀책사유가 없는 경우에는 그러하지 아니하다)에도 그 초과하여 환급받은 세액에 대하여도 납부불성실 가산세를 부과할 수 있도록 동호에 나목을 신설하였다 또한 부칙 제17조 제1항의 규정에 따르면 위 제76조 제1항 제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 법인세를 납부하거나 징수하는 분부터 적용하도록 되어 있다. 따라서 이 사건 환급당시의 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것)의 규정에 의하면 청구인에게 귀책사유가 있는지 여부에 관계없이 환급받아야 할 세액을 초과하여 환급을 받았다 하더라도 납부불성실에 따른 가산세를 부과할 수 있는 근거규정이 없는데도 청구인이 2001. 4. 20. 과다 환급받은 21,765,880원을 2005. 6. 29. 반환한 것에 대하여 처분청은 2006. 2. 10. 법인세 납부불성실에 따른 가산세 16,672,660원을 부과하였다

그렇다면 처분청이 이 사건 법인세가 과다 환급된데 대하여 납부불성실 가산세 부과대상으로 보아 청구인에 대하여 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이고, 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.