장기보유특별공제 적용이 부당한지와 토지에 대한 기준시가 적용이 조세평등의 원칙에 위배하는지 여부

심사청구를 기각한다.

청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇ 전 4,938㎡, 같은 동 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇ 전 256㎡, 같은 동 256 전 1,108㎡ 계 6,302㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 ㅇ인으로부터 취득한 후 “ㅇㅇㅇㅇ지구 제1차 택지개발사업”을 시행하는 ㅇㅇㅇㅇ공사에 이 사건 토지를 양도하고 2005. 1. 15.자를 양도일로 하여 이에 대한 양도소득세 102,101,929원을 같은 해 3. 31.예정신고ㆍ납부하였다가 ㅇㅇㅇㅇ공사의 협의매수에 동의한 위 지구내 다른 토지소유자들의 양도일자가 2004. 6. 25.이라는 이유로 이 날짜를 양도일로 하여 ㅇㅇㅇㅇㅇ장에게 양도소득세를 50,019,311원으로 경정청구를 하였으나, ㅇㅇㅇㅇㅇ장은 2006. 2. 10. 이 사건토지의 양도일을 토지 보상금 수령일인 2005. 1. 19.로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.

• 가. 청구취지 이 사건 경정청구 거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구이유 청구인은 이 사건 토지를 장기 보유할 목적으로 취득을 하였으나 ㅇㅇㅇㅇ공사의 택지개발사업으로 의사에 반해 양도하게 되어 관련법규가 인정하는 장기보유특별공제를 받지 못하였고, 보상은 2003년도의 저평가된 공시지가를 기준으로하여 받았는데 과세는 개발이익의 효과가 반영된 2005년 1월 양도시의 공시지가를 기준으로 하여 이중으로 손해를 보게되어 이는 조세평등의 원칙에 위반되므로 이 사건 거부처분은 취소되어야 한다.

• 가. 다툼

(1) 이 사건 토지에 대한 장기보유특별공제 적용이 부당한 지 여부

(2) 이 사건 토지에 대한 기준시가 적용이 조세평등의 원칙에 위배하는 지 여부

• 나. 인정사실 이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 이 사건 토지를 2000. 2. 14.부터 2001. 1. 16사이에 청구 외 ㅇㅇㅇ 외 ㅇ명으로부터 취득하였다,

(2) 2005. 1. 19. 청구인은 이 사건 토지에 대해 ㅇㅇㅇㅇ공사로부터 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률규정에 따라 감정평가된 1,983,483,700원을 보상금으로 수령하였다.

(3) 2005. 3. 31. 청구인은 이 사건 토지의 양도일을 2005. 1. 15.로 하여 기준시가에 의한 양도소득금액을 계산한 후 양도소득세 102,101,929원을 예정신고ㆍ납부하였다.

(4) 2005. 3. 15. ㅇㅇㅇㅇ공사는 이 사건 토지에 대해 “토지수용”을 원인으로 하는 소유권 이전 등기를 하였다.

(5) 2005. 12. 15. 청구인은 이 사건 토지의 양도일을 2004. 6. 25.로 하여 양도소득세 50,019,311원을 계산한 후 당초 신고ㆍ납부한 세액에서 이 금액을 뺀 나머지 부분을 환급하여 줄 것을 ㅇㅇㅇㅇㅇ장에게 경정청구 하였다

(6) 2006. 2. 10. ㅇㅇㅇㅇㅇ장은 청구인의 경정청구를 거부하였다.

• 다. 관계 법령의 규정

(1) ｢소득세법」제95조(양도소득금액) 제1항에는 “양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ‘양도차익’이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 규정되어 있고, 같은 법 제2항에는 “제1항에서 ‘장기보유특별공제액’이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. 1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10. 2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15”라고 규정되어 있다.

(2) 구 ｢소득세법」(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 이전의 것) 제96조(양도가액) 제1항에는 “제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.”(단서 생략)라고 규정되어 있다.

(3) ｢소득세법」제98조에는 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.”라고 규정되어 있다. (4) ｢소득세법 시행령」제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에는 “법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도 시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일”이라고 규정되어 있다.

(5) ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제67조 제1항, 제2항, 제68조, 제70조의 규정을 종합하여 보면, 보상액의 가격시점은 협의에 의한 경우는 협의 성립 당시를, 재결에 의한 경우에는 수용 또는 사용의 재결 당시의 가격을 기준으로 하고, 당해 공익사업으로 인하여 토지 등의 가격에 변동이 있는 때에는 이를 고려하지 아니하도록 되어 있으며, 보상액 산정은 2인 이상의 감정평가업자로 하여금 산정하게 하고, 보상액은 공시지가에 의하되 당해 공익사업으로 인한 지가의 영향을 받지 아니하는 지가변동률 등을 감안한 감정가액으로 하도록 되어 있다.

• 라. 판단 청구인은 이 사건 토지를 ㅇㅇㅇㅇ공사에 “ㅇㅇㅇㅇ지구 제1차 택지개발사업”부지로 양도하고 2005. 1. 19. 보상금 1,983,483,700원을 수령한 후 같은 해 3. 31.기준시가에 의하여 양도소득세를 자진신고ㆍ납부하였다가 같은 해 12. 15. 처분청에 기준시가 적용이 잘못되었다는 이유로 경정청구를 하였다. 그러나 처분청은 청구인의 당초 신고ㆍ납부가 정당한 것으로 보아 경정청구를 거부하자, 청구인은 이 사건 토지의 양도는 자의에 의한 것이 아닌데도 장기보유특별공제를 제대로 받지 못하였고, 기준시가를 적용함에 있어서도 보상은 저평가된 공시지가로 받고 세금부담은 개발계획이 반영된 2005년도 기준시가를 적용하였기 때문에 이중손해를 보게 되었는데 이것은 조세평등의 원칙에 어긋난다고 주장하고 있다. 살피건대, 먼저 관계법령을 보면, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률상 공익사업용 토지의 보상은 재결에 의한 경우에는 재결당시의 공시지가를 기준으로 하되 당해 공익사업 이외의 영향에 의한 지가변동률 등을 감안한 2인 이상의 감정평가업자가 산정한 가격으로 보상하도록 되어 있고, 이에 대한 양도소득세의 부과는소득세법에 따라 양도 당시의 기준시가를 기준으로 하여 과세하도록 되어 있다. 그리고 양도소득세를 부과함에 있어 적용할 장기보유특별공제액은 양도의사의 유무에 불구하고 당해자산의 보유기간에 따라 공제율을 다르게 적용하도록 되어 있으며 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 경우에는 양도차익의 100분의 10을 공제하도록 되어 있다. 그리고 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의하되 자산의 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보도록 되어 있다. 그리고 인정사실에 따르면 청구인은 이 사건 토지를 ㅇㅇㅇㅇ공사에 “ㅇㅇㅇㅇ지구 제1차 택지개발사업”부지로 양도하고 2005. 1. 19. 보상금 1,983,483,700원을 스스로 수령하였다. 이와 같은 인정사실을 관계법령에 비추어 볼 때 청구인의 이 사건 토지의 양도일은 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ공사로부터 보상금을 수령한 2005. 1. 19.로 보아야 하며, 이 사건 토지의 보유기간은 2000. 2. 14.부터 2005. 1. 19.까지 4년 11월 26일이 되어 5년 미만이므로 장기보유특별공제는 청구인이 공제받은 바와 같이 양도차익의 100분의 10을 적용받는 것이 정당하다. 다음으로 이 사건 토지에 적용된 기준시가를 본다. 청구인은 이 사건 토지의 양도로 인하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 공시지가에 지가변동률 등을 감안하여 평가된 1,983,483,700원을 보상받았지만 처분청은 이 금액을 양도소득금액 산정을 위한 양도가액으로 하지 아니하고소득세법에서 규정한 대로 기준시가에 따라 양도가액을 663,580,000원으로 산출한 후 양도소득금액을 350,129,409원으로 하여 과세를 하였다. 이와 같이 이 사건의 토지에 대한 보상과 과세는 각각 정한 법률에 따라 정당하게 이루어졌음이 확인되고, 보상과 과세시에 적용된 공시지가가 서로 다르다하여 청구인이 손해를 본 점이 보이지도 않는다. 그런데도 청구인은 보상은 저평가된 공시지가로, 과세는 개발계획이 반영된 공시시가를 적용하였기 때문에 이중으로 손해를 보게 되어 조세평등의 원칙에 위배된다고 하는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 따라서 청구인이 당초 신고ㆍ납부한 양도소득세를 정당한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 이 사건 거부처분은 잘못이 없다.

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 거부처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.